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EMDB EMD-70475 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-08-27 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-08-27 ? 3 FSC 1 0 2025-08-27 ? 4 'Half map' 1 0 2025-08-27 1 5 'Half map' 1 0 2025-08-27 2 6 Image 1 0 2025-08-27 ? 7 Mask 1 0 2025-08-27 ? 8 'Primary map' 1 0 2025-08-27 ? 9 'Structure model' 1 1 2025-09-10 ? 10 FSC 1 0 2025-08-27 ? 11 'Half map' 1 0 2025-08-27 1 12 'Half map' 1 0 2025-08-27 2 13 Image 1 0 2025-08-27 ? 14 Mask 1 0 2025-08-27 ? 15 'Primary map' 1 0 2025-08-27 ? 16 'Structure model' 1 2 2025-10-08 ? 17 'EM metadata' 1 1 2025-10-08 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider 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_citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev J.Virol. _citation.journal_id_ASTM JOVIAM _citation.journal_id_CSD 0825 _citation.journal_id_ISSN 1098-5514 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 99 _citation.language ? _citation.page_first e0091325 _citation.page_last e0091325 _citation.title 'A modification to heptad repeat 1 of gp41 improves yield and/or quality of soluble pre-fusion HIV-1 envelope glycoprotein trimers.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1128/jvi.00913-25 _citation.pdbx_database_id_PubMed 40862550 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Chaturbhuj, D.N.' 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no ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALDGSGSGGS GHHHHHHHH ; ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALDGSGSGGS GHHHHHHHH ; B,D,F ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 12 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLN n 1 2 VAL n 1 3 GLN n 1 4 LEU n 1 5 LEU n 1 6 GLN n 1 7 SER n 1 8 GLY n 1 9 ALA n 1 10 ALA n 1 11 VAL n 1 12 THR n 1 13 LYS n 1 14 PRO n 1 15 GLY n 1 16 ALA n 1 17 SER n 1 18 VAL n 1 19 ARG n 1 20 VAL n 1 21 SER n 1 22 CYS n 1 23 GLU n 1 24 ALA n 1 25 SER n 1 26 GLY n 1 27 TYR n 1 28 ASN n 1 29 ILE n 1 30 ARG n 1 31 ASP n 1 32 TYR n 1 33 PHE n 1 34 ILE n 1 35 HIS n 1 36 TRP n 1 37 TRP n 1 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E CYS 233 SG ? ? ? 1_555 E CYS 244 SG ? ? A CYS 228 A CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf11 disulf ? ? E CYS 301 SG ? ? ? 1_555 E CYS 335 SG ? ? A CYS 296 A CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? ? disulf12 disulf ? ? E CYS 301 SG ? ? ? 1_555 E CYS 448 SG ? ? A CYS 296 A CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? ? disulf13 disulf ? ? E CYS 382 SG ? ? ? 1_555 E CYS 448 SG ? ? A CYS 378 A CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf14 disulf ? ? E CYS 389 SG ? ? ? 1_555 E CYS 421 SG ? ? A CYS 385 A CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf15 disulf ? ? E CYS 504 SG ? ? ? 1_555 F CYS 94 SG ? ? A CYS 501 B CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf16 disulf ? ? F CYS 87 SG ? ? ? 1_555 F CYS 93 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf17 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 100 SG ? ? K CYS 22 K CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf18 disulf ? ? H CYS 23 SG ? ? ? 1_555 H CYS 84 SG ? ? N CYS 23 N CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf19 disulf ? ? 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A ASN 339 A NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? E ASN 367 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? A ASN 363 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? E ASN 390 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? A ASN 386 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? E ASN 396 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? A ASN 392 A NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? E ASN 451 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? A ASN 448 A NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? K ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? C ASN 88 C NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? K ASN 138 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? C ASN 133 C NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? K ASN 142 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 137 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? K ASN 153 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 156 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? K ASN 157 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? C ASN 160 C NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? K ASN 202 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? C ASN 197 C NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? K ASN 239 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? K ASN 267 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 262 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? K ASN 281 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? C ASN 276 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? K ASN 300 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? C ASN 295 C NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? K ASN 306 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? C ASN 301 C NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? 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E ASN 133 E NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? Q ASN 142 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? E ASN 137 h NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? Q ASN 153 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? E ASN 156 g NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? Q ASN 157 ND2 ? ? ? 1_555 JB NAG . C1 ? ? E ASN 160 E NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? Q ASN 202 ND2 ? ? ? 1_555 KB NAG . C1 ? ? E ASN 197 E NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? Q ASN 239 ND2 ? ? ? 1_555 QB NAG . C1 ? ? E ASN 234 E NAG 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? Q ASN 267 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? E ASN 262 i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? Q ASN 281 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? E ASN 276 j NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? Q ASN 300 ND2 ? ? ? 1_555 LB NAG . C1 ? ? E ASN 295 E NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? Q ASN 306 ND2 ? ? ? 1_555 MB NAG . C1 ? ? E ASN 301 E NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? Q ASN 336 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? E ASN 332 k NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? Q ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 NB NAG . C1 ? ? E ASN 339 E NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? Q ASN 367 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? E ASN 363 m NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? Q ASN 390 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? E ASN 386 l NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? Q ASN 396 ND2 ? ? ? 1_555 OB NAG . C1 ? ? E ASN 392 E NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? Q ASN 451 ND2 ? ? ? 1_555 PB NAG . C1 ? ? E ASN 448 E NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? 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None 'Disulfide bridge' 66 CYS E 504 ? CYS F 94 ? CYS A 501 ? 1_555 CYS B 605 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 67 CYS F 87 ? CYS F 93 ? CYS B 598 ? 1_555 CYS B 604 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 68 CYS G 22 ? CYS G 100 ? CYS K 22 ? 1_555 CYS K 100 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 69 CYS H 23 ? CYS H 84 ? CYS N 23 ? 1_555 CYS N 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 70 CYS I 22 ? CYS I 95 ? CYS J 22 ? 1_555 CYS J 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 71 CYS J 15 ? CYS J 83 ? CYS M 23 ? 1_555 CYS M 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 72 CYS K 59 ? CYS K 79 ? CYS C 54 ? 1_555 CYS C 74 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 73 CYS K 124 ? CYS K 210 ? CYS C 119 ? 1_555 CYS C 205 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 74 CYS K 131 ? CYS K 201 ? CYS C 126 ? 1_555 CYS C 196 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 75 CYS K 136 ? CYS K 154 ? CYS C 131 ? 1_555 CYS C 157 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 76 CYS K 223 ? CYS K 252 ? CYS C 218 ? 1_555 CYS C 247 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 77 CYS K 233 ? CYS K 244 ? CYS C 228 ? 1_555 CYS C 239 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 78 CYS K 301 ? CYS K 335 ? CYS C 296 ? 1_555 CYS C 331 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 79 CYS K 301 ? CYS K 448 ? CYS C 296 ? 1_555 CYS C 445 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 80 CYS K 382 ? CYS K 448 ? CYS C 378 ? 1_555 CYS C 445 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 81 CYS K 389 ? CYS K 421 ? CYS C 385 ? 1_555 CYS C 418 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 82 CYS K 504 ? CYS L 94 ? CYS C 501 ? 1_555 CYS D 605 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 83 CYS L 87 ? CYS L 93 ? CYS D 598 ? 1_555 CYS D 604 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 84 CYS M 22 ? CYS M 100 ? CYS P 22 ? 1_555 CYS P 100 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 85 CYS N 23 ? CYS N 84 ? CYS R 23 ? 1_555 CYS R 88 ? 1_555 SG SG . . . 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None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 B . ? SER 7 L PRO 8 B ? PRO 8 L 1 -2.51 2 SER 7 H . ? SER 7 N PRO 8 H ? PRO 8 N 1 -2.49 3 SER 7 N . ? SER 7 R PRO 8 N ? PRO 8 R 1 -2.54 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 6 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 7 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 6 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 6 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 6 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 3 ? AD4 ? 5 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 5 ? AD8 ? 3 ? AD9 ? 5 ? AE1 ? 7 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 4 ? AE4 ? 6 ? AE5 ? 4 ? AE6 ? 6 ? AE7 ? 4 ? AE8 ? 4 ? AE9 ? 6 ? AF1 ? 4 ? AF2 ? 5 ? AF3 ? 3 ? AF4 ? 3 ? AF5 ? 5 ? AF6 ? 3 ? AF7 ? 2 ? AF8 ? 5 ? AF9 ? 3 ? AG1 ? 5 ? AG2 ? 7 ? 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