data_9OJ2 # _entry.id 9OJ2 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.417 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9OJ2 pdb_00009oj2 10.2210/pdb9oj2/pdb WWPDB D_1000295645 ? ? EMDB EMD-70529 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-09-23 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-09-23 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9OJ2 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-05-06 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'sx20S complex (NSF-alphaSNAP-syntaxin-1a), non-hydrolyzing, class 1' _pdbx_database_related.db_id EMD-70529 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email brunger@stanford.edu _pdbx_contact_author.name_first Axel _pdbx_contact_author.name_last Brunger _pdbx_contact_author.name_mi T _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-5121-2036 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'White, K.I.' 1 0000-0001-8182-3655 'Brunger, A.T.' 2 0000-0001-5121-2036 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 16 _citation.language ? _citation.page_first 8371 _citation.page_last 8371 _citation.title 'Structural remodeling of target-SNARE protein complexes by NSF enables synaptic transmission.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-025-62764-0 _citation.pdbx_database_id_PubMed 40993127 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'White, K.I.' 1 0000-0001-8182-3655 primary 'Khan, Y.A.' 2 0000-0003-0201-2796 primary 'Qiu, K.' 3 ? primary 'Balaji, A.' 4 0000-0002-0075-4203 primary 'Couoh-Cardel, S.' 5 0000-0002-5186-4648 primary 'Esquivies, L.' 6 ? primary 'Pfuetzner, R.A.' 7 ? primary 'Diao, J.' 8 0000-0003-4288-3203 primary 'Brunger, A.T.' 9 0000-0001-5121-2036 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Vesicle-fusing ATPase' 82907.430 6 3.6.4.6 ? ? ? 2 polymer man 'Alpha-soluble NSF attachment protein' 33290.715 4 ? ? ? ? 3 polymer man Syntaxin-1A 29350.803 4 ? ? 'residues 1-253' ? 4 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 1 ? ? ? ? 5 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 11 ? ? ? ? 6 non-polymer syn 'PHOSPHATE ION' 94.971 1 ? ? ? ? 7 water nat water 18.015 93 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'N-ethylmaleimide-sensitive fusion protein,NEM-sensitive fusion protein,Vesicular-fusion protein NSF' 2 'SNAP-alpha,N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein alpha' 3 'Neuron-specific antigen HPC-1,Synaptotagmin-associated 35 kDa protein,P35A' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GAHMAGRSMQAARCPTDELSLSNCAVVSEKDYQSGQHVIVRTSPNHKYIFTLRTHPSVVPGSVAFSLPQRKWAGLSIGQE IEVALYSFDKAKQCIGTMTIEIDFLQKKNIDSNPYDTDKMAAEFIQQFNNQAFSVGQQLVFSFNDKLFGLLVKDIEAMDP 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SANKCLLKVAGYAAQLEQYQKAIDIYEQVGTSAMDSPLLKYSAKDYFFKAALCHFCIDMLNAKLAVQKYEELFPAFSDSR ECKLMKKLLEAHEEQNVDSYTESVKEYDSISRLDQWLTTMLLRIKKTIQGDEEDLR ; K,M,N,L ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MKDRTQELRTAKDSDDDDDVTVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSAILASPNPDEKTKEELEELMS DIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQHSTLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTT TSEELEDMLESGNPAIFASGIIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHA VDYVERAVSDTKK ; ;MKDRTQELRTAKDSDDDDDVTVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSAILASPNPDEKTKEELEELMS DIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQHSTLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTT TSEELEDMLESGNPAIFASGIIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHA VDYVERAVSDTKK ; H,G,I,J ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 4 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 5 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 6 'PHOSPHATE ION' PO4 7 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 ALA n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 GLY n 1 7 ARG n 1 8 SER n 1 9 MET n 1 10 GLN n 1 11 ALA n 1 12 ALA n 1 13 ARG n 1 14 CYS n 1 15 PRO n 1 16 THR n 1 17 ASP n 1 18 GLU n 1 19 LEU n 1 20 SER n 1 21 LEU n 1 22 SER n 1 23 ASN n 1 24 CYS n 1 25 ALA n 1 26 VAL n 1 27 VAL n 1 28 SER n 1 29 GLU n 1 30 LYS n 1 31 ASP n 1 32 TYR n 1 33 GLN n 1 34 SER n 1 35 GLY n 1 36 GLN n 1 37 HIS n 1 38 VAL n 1 39 ILE n 1 40 VAL n 1 41 ARG n 1 42 THR n 1 43 SER n 1 44 PRO n 1 45 ASN n 1 46 HIS n 1 47 LYS n 1 48 TYR n 1 49 ILE n 1 50 PHE n 1 51 THR n 1 52 LEU n 1 53 ARG n 1 54 THR n 1 55 HIS n 1 56 PRO n 1 57 SER n 1 58 VAL n 1 59 VAL n 1 60 PRO n 1 61 GLY n 1 62 SER n 1 63 VAL n 1 64 ALA n 1 65 PHE n 1 66 SER n 1 67 LEU n 1 68 PRO n 1 69 GLN n 1 70 ARG n 1 71 LYS n 1 72 TRP n 1 73 ALA n 1 74 GLY n 1 75 LEU n 1 76 SER n 1 77 ILE n 1 78 GLY n 1 79 GLN n 1 80 GLU n 1 81 ILE n 1 82 GLU n 1 83 VAL n 1 84 ALA n 1 85 LEU n 1 86 TYR n 1 87 SER n 1 88 PHE n 1 89 ASP n 1 90 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LYS n 1 175 ILE n 1 176 GLU n 1 177 VAL n 1 178 GLY n 1 179 LEU n 1 180 VAL n 1 181 VAL n 1 182 GLY n 1 183 ASN n 1 184 SER n 1 185 GLN n 1 186 VAL n 1 187 ALA n 1 188 PHE n 1 189 GLU n 1 190 LYS n 1 191 ALA n 1 192 GLU n 1 193 ASN n 1 194 SER n 1 195 SER n 1 196 LEU n 1 197 ASN n 1 198 LEU n 1 199 ILE n 1 200 GLY n 1 201 LYS n 1 202 ALA n 1 203 LYS n 1 204 THR n 1 205 LYS n 1 206 GLU n 1 207 ASN n 1 208 ARG n 1 209 GLN n 1 210 SER n 1 211 ILE n 1 212 ILE n 1 213 ASN n 1 214 PRO n 1 215 ASP n 1 216 TRP n 1 217 ASN n 1 218 PHE n 1 219 GLU n 1 220 LYS n 1 221 MET n 1 222 GLY n 1 223 ILE n 1 224 GLY n 1 225 GLY n 1 226 LEU n 1 227 ASP n 1 228 LYS n 1 229 GLU n 1 230 PHE n 1 231 SER n 1 232 ASP n 1 233 ILE n 1 234 PHE n 1 235 ARG n 1 236 ARG n 1 237 ALA n 1 238 PHE n 1 239 ALA n 1 240 SER n 1 241 ARG n 1 242 VAL n 1 243 PHE n 1 244 PRO n 1 245 PRO n 1 246 GLU n 1 247 ILE n 1 248 VAL n 1 249 GLU n 1 250 GLN n 1 251 MET n 1 252 GLY n 1 253 CYS n 1 254 LYS n 1 255 HIS n 1 256 VAL n 1 257 LYS n 1 258 GLY n 1 259 ILE n 1 260 LEU n 1 261 LEU n 1 262 TYR n 1 263 GLY n 1 264 PRO n 1 265 PRO n 1 266 GLY n 1 267 CYS n 1 268 GLY n 1 269 LYS n 1 270 THR n 1 271 LEU n 1 272 LEU n 1 273 ALA n 1 274 ARG n 1 275 GLN n 1 276 ILE n 1 277 GLY n 1 278 LYS n 1 279 MET n 1 280 LEU n 1 281 ASN n 1 282 ALA n 1 283 ARG n 1 284 GLU n 1 285 PRO n 1 286 LYS n 1 287 VAL n 1 288 VAL n 1 289 ASN n 1 290 GLY n 1 291 PRO n 1 292 GLU n 1 293 ILE n 1 294 LEU n 1 295 ASN n 1 296 LYS n 1 297 TYR n 1 298 VAL n 1 299 GLY n 1 300 GLU n 1 301 SER n 1 302 GLU n 1 303 ALA n 1 304 ASN n 1 305 ILE n 1 306 ARG n 1 307 LYS n 1 308 LEU n 1 309 PHE n 1 310 ALA n 1 311 ASP n 1 312 ALA n 1 313 GLU n 1 314 GLU n 1 315 GLU n 1 316 GLN n 1 317 ARG n 1 318 ARG n 1 319 LEU n 1 320 GLY n 1 321 ALA n 1 322 ASN n 1 323 SER n 1 324 GLY n 1 325 LEU n 1 326 HIS n 1 327 ILE n 1 328 ILE n 1 329 ILE n 1 330 PHE n 1 331 ASP n 1 332 GLU n 1 333 ILE n 1 334 ASP n 1 335 ALA n 1 336 ILE n 1 337 CYS n 1 338 LYS n 1 339 GLN n 1 340 ARG n 1 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EA 7 HOH 5 905 77 HOH HOH D . EA 7 HOH 6 906 52 HOH HOH D . EA 7 HOH 7 907 80 HOH HOH D . EA 7 HOH 8 908 60 HOH HOH D . EA 7 HOH 9 909 85 HOH HOH D . EA 7 HOH 10 910 71 HOH HOH D . EA 7 HOH 11 911 89 HOH HOH D . EA 7 HOH 12 912 51 HOH HOH D . EA 7 HOH 13 913 62 HOH HOH D . EA 7 HOH 14 914 90 HOH HOH D . EA 7 HOH 15 915 74 HOH HOH D . EA 7 HOH 16 916 79 HOH HOH D . EA 7 HOH 17 917 81 HOH HOH D . EA 7 HOH 18 918 82 HOH HOH D . EA 7 HOH 19 919 2 HOH HOH D . EA 7 HOH 20 920 76 HOH HOH D . FA 7 HOH 1 901 86 HOH HOH E . FA 7 HOH 2 902 75 HOH HOH E . FA 7 HOH 3 903 84 HOH HOH E . GA 7 HOH 1 901 94 HOH HOH F . 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'expression tag' 0 22 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? hexameric 6 2 author_defined_assembly ? octameric 8 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,D,E,F,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA 2 1 G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 227 ? 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