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_citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Yang, C.' 1 0000-0002-3481-119X primary 'Nagai, S.' 2 0009-0005-0212-479X primary 'Chen, D.-H.' 3 0000-0002-5247-0106 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer syn 'promoter DNA' 14789.550 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'TATA-box-binding protein' 27042.275 1 ? ? ? ? 3 polymer syn 'promoter DNA' 14771.523 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Transcription initiation factor IIE subunit beta' 37050.434 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Transcription initiation factor IIE subunit alpha' 54804.809 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'Transcription initiation factor IIB' 38257.340 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'Transcription initiation factor IIF subunit beta' 46684.492 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'Transcription initiation factor IIA large subunit' 32230.805 1 ? ? ? ? 9 polymer 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;MSNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLTETKVTTFSWDNQFNEGNINGVQNDLNFNLATPG VNSSEFNIKEENTGNEGLILPNINSNNNIPHSGETNINTNTVEATNNSGATLNTNTSGNTNADVTSQPKIEVKPEIELTI NNANITTVENIDDESEKKDDEEKEEDVEKTRKEKEQIEQVKLQAKKEKRSALLDTDEVGSELDDSDDDYLISEGEEDGPD ENLMLCLYDKVTRTKARWKCSLKDGVVTINRNDYTFQKAQVEAEWV ; U ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MAVPGYYELYRRSTIGNSLVDALDTLISDGRIEASLAMRVLETFDKVVAETLKDNTQSKLTVKGNLDTYGFCDDVWTFIV KNCQVTVEDSHRDASQNGSGDSQSVISVDKLRIVACNSKKSE ; ;MAVPGYYELYRRSTIGNSLVDALDTLISDGRIEASLAMRVLETFDKVVAETLKDNTQSKLTVKGNLDTYGFCDDVWTFIV KNCQVTVEDSHRDASQNGSGDSQSVISVDKLRIVACNSKKSE ; V ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 10 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 DC n 1 2 DG n 1 3 DG n 1 4 DT n 1 5 DG n 1 6 DA n 1 7 DA n 1 8 DA n 1 9 DA n 1 10 DC n 1 11 DA n 1 12 DT n 1 13 DA n 1 14 DT n 1 15 DA n 1 16 DA n 1 17 DA n 1 18 DA n 1 19 DA n 1 20 DG n 1 21 DG n 1 22 DG n 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J N N 10 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 9PB8 9PB8 ? 1 ? 1 2 UNP TBP_YEAST P13393 ? 2 ;MADEERLKEFKEANKIVFDPNTRQVWENQNRDGTKPATTFQSEEDIKRAAPESEKDTSATSGIVPTLQNIVATVTLGCRL DLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIGFAAKFTDFKIQNI VGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM ; 1 3 PDB 9PB8 9PB8 ? 3 ? 1 4 UNP T2EB_YEAST P36145 ? 4 ;MSKNRDPLLANLNAFKSKVKSAPVIAPAKVGQKKTNDTVITIDGNTRKRTASERAQENTLNSAKNPVLVDIKKEAGSNSS NAISLDDDDDDEDFGSSPSKKVRPGSIAAAALQANQTDISKSHDSSKLLWATEYIQKKGKPVLVNELLDYLSMKKDDKVI ELLKKLDRIEFDPKKGTFKYLSTYDVHSPSELLKLLRSQVTFKGISCKDLKDGWPQCDETINQLEEDSKILVLRTKKDKT PRYVWYNSGGNLKCIDEEFVKMWENVQLPQFAELPRKLQDLGLKPASVDPATIKRQTKRVEVKKKRQRKGKITNTHMTGI LKDYSHRV ; 1 5 UNP T2EA_YEAST P36100 ? 5 ;MDRPIDDIVKNLLKFVVRGFYGGSFVLVLDAILFHSVLAEDDLKQLLSINKTELGPLIARLRSDRLISIHKQREYPPNSK SVERVYYYVKYPHAIDAIKWKVHQVVQRLKDDLDKNSEPNGYMCPICLTKYTQLEAVQLLNFDRTEFLCSLCDEPLVEDD SGKKNKEKQDKLNRLMDQIQPIIDSLKKIDDSRIEENTFEIALARLIPPQNQSHAAYTYNPKKGSTMFRPGDSAPLPNLM GTALGNDSSRRAGANSQATLHINITTASDEVAQRELQERQAEEKRKQNAVPEWHKQSTIGKTALGRLDNEEEFDPVVTAS AMDSINPDNEPAQETSYQNNRTLTEQEMEERENEKTLNDYYAALAKKQAKLNKEEEEEEEEEEDEEEEEEEEMEDVMDDN DETARENALEDEFEDVTDTAGTAKTESNTSNDVKQESINDKTEDAVNATATASGPSANAKPNDGDDDDDDDDDEMDIEFE DV ; 1 6 UNP TF2B_YEAST P29055 ? 6 ;MMTRESIDKRAGRRGPNLNIVLTCPECKVYPPKIVERFSEGDVVCALCGLVLSDKLVDTRSEWRTFSNDDHNGDDPSRVG EASNPLLDGNNLSTRIGKGETTDMRFTKELNKAQGKNVMDKKDNEVQAAFAKITMLCDAAELPKIVKDCAKEAYKLCHDE KTLKGKSMESIMAASILIGCRRAEVARTFKEIQSLIHVKTKEFGKTLNIMKNILRGKSEDGFLKIDTDNMSGAQNLTYIP RFCSHLGLPMQVTTSAEYTAKKCKEIKEIAGKSPITIAVVSIYLNILLFQIPITAAKVGQTLQVTEGTIKSGYKILYEHR DKLVDPQLIANGVVSLDNLPGVEKK ; 1 7 UNP T2FB_YEAST P41896 ? 7 ;MSSGSAGAPALSNNSTNSVAKEKSGNISGDEYLSQEEEVFDGNDIENNETKVYEESLDLDLERSNRQVWLVRLPMFLAEK WRDRNNLHGQELGKIRINKDGSKITLLLNENDNDSIPHEYDLELTKKVVENEYVFTEQNLKKYQQRKKELEADPEKQRQA YLKKQEREEELKKKQQQQKRRNNRKKFNHRVMTDRDGRDRYIPYVKTIPKKTAIVGTVCHECQVMPSMNDPNYHKIVEQR RNIVKLNNKERITTLDETVGVTMSHTGMSMRSDNSNFLKVGREKAKSNIKSIRMPKKEILDYLFKLFDEYDYWSLKGLKE RTRQPEAHLKECLDKVATLVKKGPYAFKYTLRPEYKKLKEEERKATLGELADEQTGSAGDNAQGDAEADLEDEIEMEDVV ; 1 8 UNP TOA1_YEAST P32773 ? 8 ;MSNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLTETKVTTFSWDNQFNEGNINGVQNDLNFNLATPG VNSSEFNIKEENTGNEGLILPNINSNNNIPHSGETNINTNTVEATNNSGATLNTNTSGNTNADVTSQPKIEVKPEIELTI NNANITTVENIDDESEKKDDEEKEEDVEKTRKEKEQIEQVKLQAKKEKRSALLDTDEVGSELDDSDDDYLISEGEEDGPD ENLMLCLYDKVTRTKARWKCSLKDGVVTINRNDYTFQKAQVEAEWV ; 1 9 UNP T2AG_YEAST P32774 ? 9 ;MAVPGYYELYRRSTIGNSLVDALDTLISDGRIEASLAMRVLETFDKVVAETLKDNTQSKLTVKGNLDTYGFCDDVWTFIV KNCQVTVEDSHRDASQNGSGDSQSVISVDKLRIVACNSKKSE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9PB8 N 1 ? 48 ? 9PB8 -110 ? -63 ? -110 -63 2 2 9PB8 O 1 ? 240 ? P13393 1 ? 240 ? 1 240 3 3 9PB8 T 1 ? 48 ? 9PB8 63 ? 110 ? 63 110 4 4 9PB8 X 1 ? 328 ? P36145 1 ? 328 ? 1 328 5 5 9PB8 W 1 ? 482 ? P36100 1 ? 482 ? 1 482 6 6 9PB8 M 1 ? 345 ? P29055 1 ? 345 ? 1 345 7 7 9PB8 R 1 ? 400 ? P41896 1 ? 400 ? 1 400 8 8 9PB8 U 1 ? 286 ? P32773 1 ? 286 ? 1 286 9 9 9PB8 V 1 ? 122 ? P32774 1 ? 122 ? 1 122 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP B 81 ? 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THR M 188 ILE M 196 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 AD3 LYS F 199 ? GLU F 219 ? LYS M 199 GLU M 219 1 ? 21 HELX_P HELX_P31 AD4 THR F 227 ? SER F 231 ? THR M 227 SER M 231 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 GLN F 234 ? THR F 237 ? GLN M 234 THR M 237 5 ? 4 HELX_P HELX_P33 AD6 TYR F 238 ? GLY F 247 ? TYR M 238 GLY M 247 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO F 249 ? LYS F 264 ? PRO M 249 LYS M 264 1 ? 16 HELX_P HELX_P35 AD8 SER F 273 ? PHE F 289 ? SER M 273 PHE M 289 1 ? 17 HELX_P HELX_P36 AD9 THR F 294 ? LEU F 302 ? THR M 294 LEU M 302 1 ? 9 HELX_P HELX_P37 AE1 THR F 305 ? TYR F 317 ? THR M 305 TYR M 317 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 HIS F 319 ? VAL F 324 ? HIS M 319 VAL M 324 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP F 325 ? ASN F 331 ? ASP M 325 ASN M 331 1 ? 7 HELX_P HELX_P40 AE4 SER F 335 ? LEU F 339 ? SER M 335 LEU M 339 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 PRO G 295 ? TYR G 310 ? PRO R 295 TYR R 310 1 ? 16 HELX_P HELX_P42 AE6 SER G 314 ? ARG G 323 ? SER R 314 ARG R 323 1 ? 10 HELX_P HELX_P43 AE7 PRO G 325 ? LYS G 335 ? PRO R 325 LYS R 335 1 ? 11 HELX_P HELX_P44 AE8 ALA H 4 ? GLY H 29 ? ALA U 4 GLY U 29 1 ? 26 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP H 31 ? LYS H 50 ? ASP U 31 LYS U 50 1 ? 20 HELX_P HELX_P46 AF1 GLU I 8 ? ARG I 12 ? GLU V 8 ARG V 12 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 SER I 13 ? ARG I 31 ? SER V 13 ARG V 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P48 AF3 ILE I 32 ? LYS I 53 ? ILE V 32 LYS V 53 1 ? 22 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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W CYS 152 ? 1_555 111.3 ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id LYS _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 199 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id B _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id LYS _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 199 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id O _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 200 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 200 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 O _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -4.30 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 10 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? 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