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'Structures of dynamic interactors at native proteasomes by PhIX-MS and cryo-electron microscopy' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lee, K.' 1 ? primary 'Negi, H.' 2 0000-0001-8476-3926 primary 'Chen, X.' 3 0000-0002-0036-0212 primary 'Atallah-Yunes, K.' 4 ? primary 'Truslow, S.' 5 ? primary 'Castelino, R.E.' 6 ? primary 'Guest, M.' 7 ? primary 'Ciancone, A.M.' 8 ? primary 'Lu, X.' 9 ? primary 'Tarasov, S.G.' 10 ? primary 'Chari, R.' 11 ? primary 'Walters, K.J.' 12 0000-0001-7590-2891 primary ;O'Reilly, F.J. ; 13 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 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P 16 283 GLY 283 283 283 GLY GLY g . n P 16 284 LYS 284 284 284 LYS LYS g . n P 16 285 LYS 285 285 285 LYS LYS g . n P 16 286 GLY 286 286 286 GLY GLY g . n P 16 287 GLU 287 287 287 GLU GLU g . n P 16 288 SER 288 288 288 SER SER g . n P 16 289 HIS 289 289 289 HIS HIS g . n # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 ADP ? ? ADP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 AGS ? ? AGS ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 3 MG ? ? MG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 4 ZN ? ? ZN ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Q 17 AGS 1 501 501 AGS AGS C . R 18 MG 1 502 502 MG MG C . S 17 AGS 1 501 501 AGS AGS D . T 18 MG 1 502 502 MG MG D . U 17 AGS 1 501 501 AGS AGS E . V 19 ADP 1 501 501 ADP ADP F . 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3 ;MADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRLKELREQLKELTKQYEKSENDLKALQSVGQIVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYV VGCRRQLDKSKLKPGTRVALDMTTLTIMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPLTNPELFQ RVGIIPPKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESARLIREMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGG RRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRVKMIMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPI TKHGEIDYEAIVKLSDGFNGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV ; 1 4 UNP PRS6A_HUMAN P17980 ? 4 ;MNLLPNIESPVTRQEKMATVWDEAEQDGIGEEVLKMSTEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKI KVNKTLPYLVSNVIELLDVDPNDQEEDGANIDLDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVNKDSYLI LETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARAC AAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGF QPNTQVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGAQCKAVC VEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA ; 1 5 UNP PSMD1_HUMAN Q99460 ? 5 ;MITSAAGIISLLDEDEPQLKEFALHKLNAVVNDFWAEISESVDKIEVLYEDEGFRSRQFAALVASKVFYHLGAFEESLNY ALGAGDLFNVNDNSEYVETIIAKCIDHYTKQCVENADLPEGEKKPIDQRLEGIVNKMFQRCLDDHKYKQAIGIALETRRL DVFEKTILESNDVPGMLAYSLKLCMSLMQNKQFRNKVLRVLVKIYMNLEKPDFINVCQCLIFLDDPQAVSDILEKLVKED NLLMAYQICFDLYESASQQFLSSVIQNLRTVGTPIASVPGSTNTGTVPGSEKDSDSMETEEKTSSAFVGKTPEASPEPKD QTLKMIKILSGEMAIELHLQFLIRNNNTDLMILKNTKDAVRNSVCHTATVIANSFMHCGTTSDQFLRDNLEWLARATNWA KFTATASLGVIHKGHEKEALQLMATYLPKDTSPGSAYQEGGGLYALGLIHANHGGDIIDYLLNQLKNASNDIVRHGGSLG LGLAAMGTARQDVYDLLKTNLYQDDAVTGEAAGLALGLVMLGSKNAQAIEDMVGYAQETQHEKILRGLAVGIALVMYGRM EEADALIESLCRDKDPILRRSGMYTVAMAYCGSGNNKAIRRLLHVAVSDVNDDVRRAAVESLGFILFRTPEQCPSVVSLL SESYNPHVRYGAAMALGICCAGTGNKEAINLLEPMTNDPVNYVRQGALIASALIMIQQTEITCPKVNQFRQLYSKVINDK HDDVMAKFGAILAQGILDAGGHNVTISLQSRTGHTHMPSVVGVLVFTQFWFWFPLSHFLSLAYTPTCVIGLNKDLKMPKV QYKSNCKPSTFAYPAPLEVPKEKEKEKVSTAVLSITAKAKKKEKEKEKKEEEKMEVDEAEKKEEKEKKKEPEPNFQLLDN PARVMPAQLKVLTMPETCRYQPFKPLSIGGIIILKDTSEDIEELVEPVAAHGPKIEEEEQEPEPPEPFEYIDD ; 1 6 UNP PSMD3_HUMAN O43242 ? 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8 ;MAAAAVVEFQRAQSLLSTDREASIDILHSIVKRDIQENDEEAVQVKEQSILELGSLLAKTGQAAELGGLLKYVRPFLNSI SKAKAARLVRSLLDLFLDMEAATGQEVELCLECIEWAKSEKRTFLRQALEARLVSLYFDTKRYQEALHLGSQLLRELKKM DDKALLVEVQLLESKTYHALSNLPKARAALTSARTTANAIYCPPKLQATLDMQSGIIHAAEEKDWKTAYSYFYEAFEGYD SIDSPKAITSLKYMLLCKIMLNTPEDVQALVSGKLALRYAGRQTEALKCVAQASKNRSLADFEKALTDYRAELRDDPIIS THLAKLYDNLLEQNLIRVIEPFSRVQIEHISSLIKLSKADVERKLSQMILDKKFHGILDQGEGVLIIFDEPPVDKTYEAA LETIQNMSKVVDSLYNKAKKLT ; 1 9 UNP PSMD6_HUMAN Q15008 ? 9 ;MPLENLEEEGLPKNPDLRIAQLRFLLSLPEHRGDAAVRDELMAAVRDNNMAPYYEALCKSLDWQIDVDLLNKMKKANEDE LKRLDEELEDAEKNLGESEIRDAMMAKAEYLCRIGDKEGALTAFRKTYDKTVALGHRLDIVFYLLRIGLFYMDNDLITRN TEKAKSLIEEGGDWDRRNRLKVYQGLYCVAIRDFKQAAELFLDTVSTFTSYELMDYKTFVTYTVYVSMIALERPDLREKV IKGAEILEVLHSLPAVRQYLFSLYECRYSVFFQSLAVVEQEMKKDWLFAPHYRYYVREMRIHAYSQLLESYRSLTLGYMA EAFGVGVEFIDQELSRFIAAGRLHCKIDKVNEIVETNRPDSKNWQYQETIKKGDLLLNRVQKLSRVINM ; 1 10 UNP PSMD7_HUMAN P51665 ? 10 ;MPELAVQKVVVHPLVLLSVVDHFNRIGKVGNQKRVVGVLLGSWQKKVLDVSNSFAVPFDEDDKDDSVWFLDHDYLENMYG MFKKVNARERIVGWYHTGPKLHKNDIAINELMKRYCPNSVLVIIDVKPKDLGLPTEAYISVEEVHDDGTPTSKTFEHVTS EIGAEEAEEVGVEHLLRDIKDTTVGTLSQRITNQVHGLKGLNSKLLDIRSYLEKVATGKLPINHQIIYQLQDVFNLLPDV SLQEFVKAFYLKTNDQMVVVYLASLIRSVVALHNLINNKIANRDAEKKEGQEKEESKKDRKEDKEKDKDKEKSDVKKEEK KEKK ; 1 11 UNP PSD13_HUMAN Q9UNM6 ? 11 ;MKDVPGFLQQSQNSGPGQPAVWHRLEELYTKKLWHQLTLQVLDFVQDPCFAQGDGLIKLYENFISEFEHRVNPLSLVEII LHVVRQMTDPNVALTFLEKTREKVKSSDEAVILCKTAIGALKLNIGDLQVTKETIEDVEEMLNNLPGVTSVHSRFYDLSS KYYQTIGNHASYYKDALRFLGCVDIKDLPVSEQQERAFTLGLAGLLGEGVFNFGELLMHPVLESLRNTDRQWLIDTLYAF NSGNVERFQTLKTAWGQQPDLAANEAQLLRKIQLLCLMEMTFTRPANHRQLTFEEIAKSAKITVNEVELLVMKALSVGLV KGSIDEVDKRVHMTWVQPRVLDLQQIKGMKDRLEFWCTDVKSMEMLVEHQAHDILT ; 1 12 UNP PSMD4_HUMAN P55036 ? 12 ;MVLESTMVCVDNSEYMRNGDFLPTRLQAQQDAVNIVCHSKTRSNPENNVGLITLANDCEVLTTLTPDTGRILSKLHTVQP KGKITFCTGIRVAHLALKHRQGKNHKMRIIAFVGSPVEDNEKDLVKLAKRLKKEKVNVDIINFGEEEVNTEKLTAFVNTL NGKDGTGSHLVTVPPGPSLADALISSPILAGEGGAMLGLGASDFEFGVDPSADPELALALRVSMEEQRQRQEEEARRAAA ASAAEAGIATTGTEDSDDALLKMTISQQEFGRTGLPDLSSMTEEEQIAYAMQMSLQGAEFGQAESADIDASSAMDTSEPA KEEDDYDVMQDPEFLQSVLENLPGVDPNNEAIRNAMGSLASQATKDGKKDKKEEDKK ; 1 13 UNP PSDE_HUMAN O00487 ? 13 ;MDRLLRLGGGMPGLGQGPPTDAPAVDTAEQVYISSLALLKMLKHGRAGVPMEVMGLMLGEFVDDYTVRVIDVFAMPQSGT GVSVEAVDPVFQAKMLDMLKQTGRPEMVVGWYHSHPGFGCWLSGVDINTQQSFEALSERAVAVVVDPIQSVKGKVVIDAF RLINANMMVLGHEPRQTTSNLGHLNKPSIQALIHGLNRHYYSITINYRKNELEQKMLLNLHKKSWMEGLTLQDYSEHCKH NESVVKEMLELAKNYNKAVEEEDKMTPEQLAIKNVGKQDPKRHLEEHVDVLMTSNIVQCLAAMLDTVVFK ; 1 14 UNP PSMD8_HUMAN P48556 ? 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406 ? 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ZN ? ? ? 1_555 P HIS 289 NE2 ? ? c ZN 401 g HIS 289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.871 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 O2G ? 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'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 21 1 1 1 ? ? ? # _em_specimen.concentration 0.75 _em_specimen.details 'Quantifoil copper R 1.2/1.3 holey carbon 300 mesh grids (#Q3100CR1.3; Electron Microscopy Sciences).' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number '1 ZIABC011490' _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code _pdbx_initial_refinement_model.details 1 ? 'experimental model' PDB 7WSI ? 2 ? 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