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EMDB EMD-72077 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-12-17 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-12-17 ? 3 'Additional map' 1 0 2025-12-17 1 4 FSC 1 0 2025-12-17 ? 5 'Half map' 1 0 2025-12-17 1 6 'Half map' 1 0 2025-12-17 2 7 Image 1 0 2025-12-17 ? 8 'Primary map' 1 0 2025-12-17 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 FSC repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 7 7 Image repository 'Initial release' ? ? 8 8 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # loop_ _database_PDB_caveat.id _database_PDB_caveat.text 1 ;Residues UNK E 49 and UNK E 54 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 7.84. ; 2 ;Residues UNK E 71 and UNK E 78 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 5.52. ; 3 ;Residues UNK E 118 and UNK E 131 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 4.51. ; 4 ;Residues UNK F 45 and UNK F 60 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 12.05. ; 5 ;Residues UNK F 74 and UNK F 80 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 5.52. ; 6 ;Residues UNK F 92 and UNK F 96 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 6.08. ; 7 ;Residues UNK F 115 and UNK F 126 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 5.59. ; 8 ;Residues UNK G 47 and UNK G 53 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 9.72. ; 9 ;Residues UNK G 72 and UNK G 78 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 6.58. ; 10 ;Residues UNK G 118 and UNK G 131 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 4.51. ; 11 ;Residues UNK G 152 and UNK G 160 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 15.28. ; 12 ;Residues UNK H 45 and UNK H 60 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 12.05. ; 13 ;Residues UNK H 74 and UNK H 80 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 5.51. ; 14 ;Residues UNK H 92 and UNK H 95 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 6.30. ; 15 ;Residues UNK H 115 and UNK H 126 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 5.59. ; 16 ;Residues UNK H 147 and UNK H 157 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 11.38. ; # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9PZR _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-08-11 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'GluN1/GluN2A in complex with polyclonal autoantibody Fab fragments (class 2), glycine- and glutamate-bound state' _pdbx_database_related.db_id EMD-72077 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email gouauxe@ohsu.edu _pdbx_contact_author.name_first Eric _pdbx_contact_author.name_last Gouaux _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-8549-2360 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Kim, J.' 1 ? 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;MSTMHLLTFALLFSCSFARAACDPKIVNIGAVLSTRKHEQMFREAVNQANKRHGSWKIQLNATSVTHKPNAIQMALSVCE DLISSQVYAILVSHPPTPNDHFTPTPVSYTAGFYRIPVLGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQSSVWFEMMRVYNW NHIILLVSDDHEGRAAQKRLETLLEERESKAEKVLQFDPGTKNVTALLMEARELEARVIILSASEDDAATVYRAAAMLNM TGSGYVWLVGEREISGNALRYAPDGIIGLQLINGKNESAHISDAVGVVAQAVHELLEKENITDPPRGCVGNTNIWKTGPL FKRVLMSSKYADGVTGRVEFNEDGDRKFANYSIMNLQNRKLVQVGIYNGTHVIPNDRKIIWPGGETEKPRGYQMSTRLKI VTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVA DGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKEIPRSTLDSFMQPFQS TLWLLVGLSVHVVAVMLYLLDRFSPFGRFKVNSEEEEEDALTLSSAMWFSWGVLLNSGIGEGAPRSFSARILGMVWAGFA MIIVASYTANLAAFLVLDRPEERITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQA VRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS RSNAPATLTFENMAGVFMLVAGGIVAGIFLIFIEIAYKRHKDARRKQ ; A,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MGRLGYWTLLVLPALLVWRDPAQNAAAEKGPPALNIAVLLGHSHDVTERELRNLWGPEQATGLPLDVNVVALLMNRTDPK 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;XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXX ; E,F,G,H ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 THR n 1 4 MET n 1 5 HIS n 1 6 LEU n 1 7 LEU n 1 8 THR n 1 9 PHE n 1 10 ALA n 1 11 LEU n 1 12 LEU n 1 13 PHE n 1 14 SER n 1 15 CYS n 1 16 SER n 1 17 PHE n 1 18 ALA n 1 19 ARG n 1 20 ALA n 1 21 ALA n 1 22 CYS n 1 23 ASP n 1 24 PRO n 1 25 LYS n 1 26 ILE n 1 27 VAL n 1 28 ASN n 1 29 ILE n 1 30 GLY n 1 31 ALA n 1 32 VAL n 1 33 LEU n 1 34 SER n 1 35 THR n 1 36 ARG n 1 37 LYS n 1 38 HIS n 1 39 GLU n 1 40 GLN n 1 41 MET n 1 42 PHE n 1 43 ARG n 1 44 GLU n 1 45 ALA n 1 46 VAL n 1 47 ASN n 1 48 GLN n 1 49 ALA n 1 50 ASN n 1 51 LYS n 1 52 ARG n 1 53 HIS n 1 54 GLY n 1 55 SER n 1 56 TRP n 1 57 LYS n 1 58 ILE n 1 59 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UNP Q00959 SER 758 conflict 758 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 35 ? 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None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 UNK 133 E . ? UNK 175 E UNK 134 E ? UNK 176 E 1 15.07 2 UNK 135 E . ? UNK 177 E UNK 136 E ? UNK 178 E 1 -8.36 3 UNK 175 E . ? UNK 217 E UNK 176 E ? UNK 218 E 1 8.88 4 UNK 5 F . ? UNK 27 F UNK 6 F ? UNK 28 F 1 -10.89 5 UNK 114 F . ? UNK 168 F UNK 115 F ? UNK 169 F 1 0.76 6 UNK 125 G . ? 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AE8 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA4 6 7 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA8 4 5 ? parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? parallel AA9 3 4 ? parallel AA9 4 5 ? parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AA9 6 7 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? parallel AB5 3 4 ? parallel AB5 4 5 ? parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB8 6 7 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? parallel AC3 4 5 ? parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? parallel AC4 3 4 ? parallel AC4 4 5 ? parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC4 6 7 ? anti-parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD1 5 6 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AE1 1 2 ? parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE1 5 6 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? anti-parallel AE6 1 2 ? parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLN A 59 ? 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