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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.550 ? 37886 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 14.495 ? 5854 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 5075 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 5198 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9Q91 _struct.title ;CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 6 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9Q91 _struct_keywords.text 'sigma factor, transcription, complex, AAA+, DNA-binding protein' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 6 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 7 ? M N N 2 ? N N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP PSPF_ECOLI P37344 ? 1 ;MAEYKDNLLGEANSFLEVLEQVSHLAPLDKPVLIIGERGTGKELIASRLHYLSSRWQGPFISLNCAALNENLLDSELFGH EAGAFTGAQKRHPGRFERADGGTLFLDELATAPMMVQEKLLRVIEYGELERVGGSQPLQVNVRLVCATNADLPAMVNEGT FRADLLDRLAFDVVQLPPLRERESDIMLMAEYFAIQMCREIKLPLFPGFTERARETLLNYRWPGNIRELKNVVERSVYRH GTSDYPLDDIIIDPFKRRP ; 1 2 UNP RPOA_ECOLI P0A7Z4 ? 2 ;MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILE ILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIH SEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQP EVKEEKPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLEN WPPASIADE ; 1 3 UNP RPOB_ECOLI P0A8V2 ? 3 ;MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVF DVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSD KGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQME LVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLD LLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAV GRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLS LGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCP IETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKG ESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKR GGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNM RVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGG DILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDL SEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGD DLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMA AKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLK LGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEA YGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELED ; 1 4 UNP RPOZ_ECOLI P0A800 ? 4 ;MARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAEL QAVTAIAEGRR ; 1 5 PDB 9Q91 9Q91 ? 5 ? 1 6 PDB 9Q91 9Q91 ? 6 ? 1 7 UNP A0A377VEN9_KLEPN A0A377VEN9 ? 7 ;LQLSTLELQQELQQALESNPLLEQTDLHDEVEAKEVEDRESLDTVDALEQKEMPDELPLDASWDEIYTAGTPSGNGVDYQ DDELPVYQGETTQTLQDYLMWQVELTPFTDTDRAIATSIVDAVDDTGYLTIQIEDIVDSIGDDEIGLEEVEAVLKRIQRF DPVGVAAKDLRDCLLIQLSQFAKETPWLEEARLIISDHLDLLANHDFRTLMRVTRLKEEVLKEAVNLIQSLDPRPGQSIQ TSEPEYVIPDVLVRKVSGRWTVELNADSIPRLKINQQYAAMGNSARNDADGQFIRSNLQEARWLIKSLESRNDTLLRVSR CIVEQQQAFFEQGEEYMKPMVLADIAQAVEMHESTISRVTTQKYLHSPRGIFELKYFFSSHVNTEGGGEASSTAIRALVK KLIAAENPAKPLSDSKLTSMLSEQGIMVARRTVAKYRESLSIPPSNQRKQLV ; 2 8 UNP RPOC_ECOLI P0A8T7 ? 8 ;MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKH RGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQIL TEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILT VLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSN KRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKM VEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEA RALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDAN GELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVG IDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFN SIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRL VDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAV KVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKL SNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDM IDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDT LARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFE GERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQV EYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAG TGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDNE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9Q91 1 1 ? 259 ? P37344 1 ? 259 ? 1 259 2 1 9Q91 2 1 ? 259 ? P37344 1 ? 259 ? 1 259 3 1 9Q91 3 1 ? 259 ? P37344 1 ? 259 ? 1 259 4 1 9Q91 4 1 ? 259 ? P37344 1 ? 259 ? 1 259 5 2 9Q91 A 1 ? 329 ? P0A7Z4 1 ? 329 ? 1 329 6 3 9Q91 C 1 ? 1341 ? P0A8V2 1 ? 1341 ? 1 1341 7 4 9Q91 E 1 ? 91 ? P0A800 1 ? 91 ? 1 91 8 5 9Q91 N 1 ? 34 ? 9Q91 -34 ? -1 ? -34 -1 9 6 9Q91 T 1 ? 34 ? 9Q91 1 ? 34 ? 1 34 10 1 9Q91 5 1 ? 259 ? P37344 1 ? 259 ? 1 259 11 1 9Q91 6 1 ? 259 ? P37344 1 ? 259 ? 1 259 12 7 9Q91 M 24 ? 475 ? A0A377VEN9 2 ? 453 ? 24 475 13 2 9Q91 B 1 ? 329 ? P0A7Z4 1 ? 329 ? 1 329 14 8 9Q91 D 1 ? 1407 ? P0A8T7 1 ? 1407 ? 1 1407 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 12 9Q91 MET M 1 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'initiating methionine' 1 1 12 9Q91 LYS M 2 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 2 2 12 9Q91 GLN M 3 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 3 3 12 9Q91 GLY M 4 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 4 4 12 9Q91 LEU M 5 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 5 5 12 9Q91 GLN M 6 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 6 6 12 9Q91 LEU M 7 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 7 7 12 9Q91 ARG M 8 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 8 8 12 9Q91 LEU M 9 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 9 9 12 9Q91 SER M 10 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 10 10 12 9Q91 LEU M 11 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 11 11 12 9Q91 ALA M 12 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 12 12 12 9Q91 MET M 13 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 13 13 12 9Q91 THR M 14 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 14 14 12 9Q91 PRO M 15 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 15 15 12 9Q91 GLN M 16 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 16 16 12 9Q91 LEU M 17 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 17 17 12 9Q91 GLN M 18 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 18 18 12 9Q91 GLN M 19 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 19 19 12 9Q91 ALA M 20 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 20 20 12 9Q91 ILE M 21 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 21 21 12 9Q91 ARG M 22 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 22 22 12 9Q91 LEU M 23 ? UNP A0A377VEN9 ? ? 'expression tag' 23 23 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 14-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 12 ? ALA A 26 ? ALA 1 12 ALA 1 26 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 42 ? SER A 53 ? LYS 1 42 SER 1 53 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 AA3 LEU A 73 ? PHE A 78 ? LEU 1 73 PHE 1 78 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 94 ? ALA A 99 ? GLY 1 94 ALA 1 99 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO A 113 ? TYR A 126 ? PRO 1 113 TYR 1 126 1 ? 14 HELX_P HELX_P6 AA6 LEU A 152 ? GLU A 158 ? LEU 1 152 GLU 1 158 1 ? 7 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG A 162 ? ALA A 170 ? ARG 1 162 ALA 1 170 1 ? 9 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 184 ? GLU A 200 ? SER 1 184 GLU 1 200 1 ? 17 HELX_P HELX_P9 AA9 THR A 210 ? TYR A 220 ? THR 1 210 TYR 1 220 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 AB1 GLY A 224 ? GLY A 241 ? GLY 1 224 GLY 1 241 1 ? 18 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA B 12 ? ALA B 26 ? ALA 2 12 ALA 2 26 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 AB3 GLY B 41 ? SER B 53 ? GLY 2 41 SER 2 53 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 GLY B 94 ? ALA B 99 ? GLY 2 94 ALA 2 99 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 AB5 PRO B 113 ? GLY B 127 ? PRO 2 113 GLY 2 127 1 ? 15 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP B 151 ? GLU B 158 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id ASP _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 184 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id L _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id ASP _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 184 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id M _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 185 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 L _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 185 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 M _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -1.25 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? 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'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9Q91 'double helix' 9Q91 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 H DA 1 1_555 I DT 34 1_555 0.073 -1.642 -2.296 0.569 -14.200 26.078 1 N_DA-34:DT34_T N -34 ? 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