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EMDB EMD-52960 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2025-10-01 _pdbx_audit_revision_history.part_number ? # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9Q9I _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-02-26 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to DNA' _pdbx_database_related.db_id EMD-52960 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email hopfner@genzentrum.lmu.de _pdbx_contact_author.name_first Karl-Peter _pdbx_contact_author.name_last Hopfner _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-4528-8357 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Cui, H.J.' 1 ? 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Following residue R708 is a short GS linker, a PreScission cleavage site, and two FLAG tags. ; 6 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? 7 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 2 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' 66.007 2 ? ? ? ? 9 non-polymer syn 'MANGANESE (II) ION' 54.938 2 ? ? ? ? 10 water nat water 18.015 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 3 'Cell cycle regulatory protein p95,Nijmegen breakage syndrome protein 1' 5 ;Double-strand break repair protein MRE11A,Meiotic recombination 11 homolog 1,MRE11 homolog 1,Meiotic recombination 11 homolog A,MRE11 homolog A ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) ; TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT P ? 2 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) ; AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA T ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MWKLLPAAGPAGGEPYRLLTGVEYVVGRKNCAILIENDQSISRNHAVLTANFSVTNLSQTDEIPVLTLKDNSKYGTFVNE EKMQNGFSRTLKSGDGITFGVFGSKFRIEYEPLVACSSCLDVSGKTALNQAILQLGGFTVNNWTEECTHLVMVSVKVTIK TICALICGRPIVKPEYFTEFLKAVESKKQPPQIESFYPPLDEPSIGSKNVDLSGRQERKQIFKGKTFIFLNAKQHKKLSS AVVFGGGEARLITEENEEEHNFFLAPGTCVVDTGITNSQTLIPDCQKKWIQSIMDMLQRQGLRPIPEAEIGLAVIFMTTK NYCDPQGHPSTGLKTTTPGPSLSQGVSVDEKLMPSAPVNTTTYVADTESEQADTWDLSERPKEIKVSKMEQKFRMLSQDA 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1 10 DT n 1 11 DT n 1 12 DT n 1 13 DT n 1 14 DT n 1 15 DT n 1 16 DT n 1 17 DT n 1 18 DT n 1 19 DT n 1 20 DT n 1 21 DT n 1 22 DT n 1 23 DT n 1 24 DT n 1 25 DT n 1 26 DT n 1 27 DT n 1 28 DT n 1 29 DT n 1 30 DT n 1 31 DT n 1 32 DT n 1 33 DT n 1 34 DT n 1 35 DT n 1 36 DT n 1 37 DT n 1 38 DT n 1 39 DT n 1 40 DT n 1 41 DT n 1 42 DT n 1 43 DT n 1 44 DT n 1 45 DT n 1 46 DT n 1 47 DT n 1 48 DT n 1 49 DT n 1 50 DT n 2 1 DA n 2 2 DA n 2 3 DA n 2 4 DA n 2 5 DA n 2 6 DA n 2 7 DA n 2 8 DA n 2 9 DA n 2 10 DA n 2 11 DA n 2 12 DA n 2 13 DA n 2 14 DA n 2 15 DA n 2 16 DA n 2 17 DA n 2 18 DA n 2 19 DA n 2 20 DA n 2 21 DA n 2 22 DA n 2 23 DA n 2 24 DA n 2 25 DA n 2 26 DA n 2 27 DA n 2 28 DA n 2 29 DA n 2 30 DA n 2 31 DA n 2 32 DA n 2 33 DA n 2 34 DA n 2 35 DA n 2 36 DA n 2 37 DA n 2 38 DA n 2 39 DA n 2 40 DA n 2 41 DA n 2 42 DA n 2 43 DA n 2 44 DA n 2 45 DA n 2 46 DA n 2 47 DA n 2 48 DA n 2 49 DA n 2 50 DA n 3 1 MET n 3 2 TRP n 3 3 LYS n 3 4 LEU n 3 5 LEU n 3 6 PRO n 3 7 ALA n 3 8 ALA n 3 9 GLY n 3 10 PRO 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'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 6 MG 1 1401 1 MG MG A . I 7 ADP 1 1402 1 ADP ADP A . J 8 BEF 1 1403 1 BEF BEF A . K 8 BEF 1 1404 2 BEF BEF A . L 6 MG 1 1401 2 MG MG B . M 7 ADP 1 1402 2 ADP ADP B . N 9 MN 1 801 4 MN MN D . O 9 MN 1 801 2 MN MN E . P 10 HOH 1 1501 6 HOH HOH A . P 10 HOH 2 1502 5 HOH HOH A . Q 10 HOH 1 1501 3 HOH HOH B . 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O60934 1 ? 754 ? 1 754 4 4 9Q9I A 1 ? 1312 ? Q92878 1 ? 1312 ? 1 1312 5 4 9Q9I B 1 ? 1312 ? Q92878 1 ? 1312 ? 1 1312 6 5 9Q9I D 1 ? 708 ? P49959 1 ? 708 ? 1 708 7 5 9Q9I E 1 ? 708 ? P49959 1 ? 708 ? 1 708 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 6 9Q9I ASN D 129 ? UNP P49959 HIS 129 'engineered mutation' 129 1 6 9Q9I SER D 709 ? UNP P49959 ? ? 'expression tag' 709 2 6 9Q9I GLY D 710 ? UNP P49959 ? ? 'expression tag' 710 3 6 9Q9I GLY D 711 ? UNP P49959 ? ? 'expression tag' 711 4 6 9Q9I SER D 712 ? UNP P49959 ? ? 'expression tag' 712 5 6 9Q9I LEU D 713 ? UNP P49959 ? ? 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'expression tag' 738 62 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN C 716 ? 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SER E 377 SER E 382 1 ? 6 HELX_P HELX_P58 AG4 GLN G 383 ? VAL G 386 ? GLN E 383 VAL E 386 5 ? 4 HELX_P HELX_P59 AG5 ARG G 428 ? LYS G 442 ? ARG E 428 LYS E 442 1 ? 15 HELX_P HELX_P60 AG6 GLY G 453 ? GLU G 465 ? GLY E 453 GLU E 465 1 ? 13 HELX_P HELX_P61 AG7 ASP G 468 ? ARG G 488 ? ASP E 468 ARG E 488 1 ? 21 HELX_P HELX_P62 AG8 LEU G 493 ? THR G 507 ? 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