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EMDB EMD-52962 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2025-10-01 _pdbx_audit_revision_history.part_number ? # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9Q9K _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-02-26 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50 (MR) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542)' _pdbx_database_related.db_id EMD-52962 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email hopfner@genzentrum.lmu.de _pdbx_contact_author.name_first Karl-Peter _pdbx_contact_author.name_last Hopfner _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-4528-8357 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Cui, H.J.' 1 ? 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'Following residue R708 is a short GS linker, a PreScission cleavage site, and two FLAG tags.' 6 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 2 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' 66.007 2 ? ? ? ? 9 non-polymer syn 'MANGANESE (II) ION' 54.938 4 ? ? ? ? 10 water nat water 18.015 6 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'TTAGGG repeat-binding factor 2,Telomeric DNA-binding protein' 5 'Meiotic recombination 11 homolog 1,MRE11 homolog 1,Meiotic recombination 11 homolog A,MRE11 homolog A' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GPGGSSGGSSGQPLPGEKNPKVPKGKWNSSNGVEEKETWVEEDELFQVQAAPDEDSTTNITKKQKWTVEESEWVKAGVQK YGEGNWAAISKNYPFVNRTAVMIKDRWRTMKRLGMN ; ;GPGGSSGGSSGQPLPGEKNPKVPKGKWNSSNGVEEKETWVEEDELFQVQAAPDEDSTTNITKKQKWTVEESEWVKAGVQK YGEGNWAAISKNYPFVNRTAVMIKDRWRTMKRLGMN ; J,K ? 2 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT) ; TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT P ? 3 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA) ; AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA T ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSRIEKMSILGVRSFGIEDKDKQIITFFSPLTILVGPNGAGKTTIIECLKYICTGDFPPGTKGNTFVHDPKVAQETDVRA 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TQRFLKERHIDALEDKIDEEVRRFRETRQKNTNEEDDEVREAMTRARALRSQSEESASAFSADDLMSIDLAEQMANDSDD SISAATNKGRGRGRGRRGGRGQNSASRGGSQRGRADTGLETSTRSRNSKTAVSASRNMSIIDAFKSTRQQPSRNVTTKNY SEVIEVDESDVEEDIFPTTSKTDQRWSSTSSSKIMSQSQVSKGVDFESSEDDDDDPFMNTSSLRRNRRSGGSLEVLFQGP DYKDDDDKGTDYKDDDDK ; D,E ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 7 'MAGNESIUM ION' MG 8 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' BEF 9 'MANGANESE (II) ION' MN 10 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 PRO n 1 3 GLY n 1 4 GLY n 1 5 SER n 1 6 SER n 1 7 GLY n 1 8 GLY n 1 9 SER n 1 10 SER n 1 11 GLY n 1 12 GLN n 1 13 PRO n 1 14 LEU n 1 15 PRO n 1 16 GLY n 1 17 GLU n 1 18 LYS n 1 19 ASN n 1 20 PRO n 1 21 LYS n 1 22 VAL n 1 23 PRO n 1 24 LYS n 1 25 GLY n 1 26 LYS n 1 27 TRP n 1 28 ASN n 1 29 SER n 1 30 SER n 1 31 ASN n 1 32 GLY n 1 33 VAL n 1 34 GLU n 1 35 GLU n 1 36 LYS n 1 37 GLU n 1 38 THR n 1 39 TRP n 1 40 VAL n 1 41 GLU n 1 42 GLU n 1 43 ASP n 1 44 GLU n 1 45 LEU n 1 46 PHE n 1 47 GLN n 1 48 VAL n 1 49 GLN n 1 50 ALA n 1 51 ALA n 1 52 PRO n 1 53 ASP n 1 54 GLU n 1 55 ASP n 1 56 SER n 1 57 THR n 1 58 THR n 1 59 ASN n 1 60 ILE n 1 61 THR n 1 62 LYS n 1 63 LYS n 1 64 GLN n 1 65 LYS n 1 66 TRP n 1 67 THR n 1 68 VAL n 1 69 GLU n 1 70 GLU n 1 71 SER n 1 72 GLU n 1 73 TRP n 1 74 VAL n 1 75 LYS n 1 76 ALA n 1 77 GLY n 1 78 VAL n 1 79 GLN n 1 80 LYS n 1 81 TYR n 1 82 GLY n 1 83 GLU n 1 84 GLY n 1 85 ASN n 1 86 TRP n 1 87 ALA n 1 88 ALA n 1 89 ILE n 1 90 SER n 1 91 LYS n 1 92 ASN n 1 93 TYR n 1 94 PRO n 1 95 PHE n 1 96 VAL n 1 97 ASN n 1 98 ARG n 1 99 THR n 1 100 ALA n 1 101 VAL n 1 102 MET n 1 103 ILE n 1 104 LYS n 1 105 ASP n 1 106 ARG n 1 107 TRP n 1 108 ARG n 1 109 THR n 1 110 MET n 1 111 LYS n 1 112 ARG n 1 113 LEU n 1 114 GLY n 1 115 MET n 1 116 ASN n 2 1 DT n 2 2 DT n 2 3 DT n 2 4 DT n 2 5 DT n 2 6 DT n 2 7 DT n 2 8 DT n 2 9 DT n 2 10 DT n 2 11 DT n 2 12 DT n 2 13 DT 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'expression tag' 738 82 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU B 41 ? 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MN ? ? D HIS 245 D MN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? ? metalc20 metalc ? ? G HIS 247 NE2 ? ? ? 1_555 O MN . MN ? ? D HIS 247 D MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? ? metalc21 metalc ? ? H ASP 20 OD1 ? ? ? 1_555 R MN . MN ? ? E ASP 20 E MN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? metalc22 metalc ? ? H HIS 22 NE2 ? ? ? 1_555 R MN . MN ? ? E HIS 22 E MN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? ? metalc23 metalc ? ? H ASP 60 OD2 ? ? ? 1_555 Q MN . MN ? ? E ASP 60 E MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.420 ? ? metalc24 metalc ? ? H ASP 60 OD2 ? ? ? 1_555 R MN . MN ? ? E ASP 60 E MN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? ? metalc25 metalc ? ? H ASN 128 OD1 ? ? ? 1_555 Q MN . MN ? ? E ASN 128 E MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? metalc26 metalc ? ? H HIS 217 NE2 ? ? ? 1_555 Q MN . MN ? ? E HIS 217 E MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? ? metalc27 metalc ? ? H HIS 245 ND1 ? ? ? 1_555 Q MN . MN ? ? E HIS 245 E MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? ? metalc28 metalc ? ? H HIS 247 NE2 ? ? ? 1_555 R MN . MN ? ? E HIS 247 E MN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? ? hydrog1 hydrog ? ? C DT 2 N3 ? ? ? 1_555 D DA 26 N1 ? ? P DT 6 T DA 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? C DT 2 O4 ? ? ? 1_555 D DA 26 N6 ? ? P DT 6 T DA 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? C DT 3 N3 ? ? ? 1_555 D DA 25 N1 ? ? P DT 7 T DA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? C DT 3 O4 ? ? ? 1_555 D DA 25 N6 ? ? P DT 7 T DA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? C DT 4 N3 ? ? ? 1_555 D DA 24 N1 ? ? P DT 8 T DA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? C DT 4 O4 ? ? ? 1_555 D DA 24 N6 ? ? P DT 8 T DA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? C DT 5 N3 ? ? ? 1_555 D DA 23 N1 ? ? P DT 9 T DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? C DT 5 O4 ? ? ? 1_555 D DA 23 N6 ? ? P DT 9 T DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? C DT 6 N3 ? ? ? 1_555 D DA 22 N1 ? ? 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