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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.4625 ? 37523 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0382 ? 4308 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0037 ? 4776 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.4239 ? 3625 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 9QWP _struct.title 'Structure of the human RalGAP2 complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9QWP _struct_keywords.text 'Complex, GTPase activating protein, RAL, Asn thumb GAP, RalGAP, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? 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SER C 20 SER C 24 5 ? 5 HELX_P HELX_P124 AN7 PRO C 60 ? GLY C 80 ? PRO C 26 GLY C 46 1 ? 21 HELX_P HELX_P125 AN8 THR C 93 ? LEU C 110 ? THR C 59 LEU C 76 1 ? 18 HELX_P HELX_P126 AN9 GLU C 115 ? MET C 129 ? GLU C 81 MET C 95 1 ? 15 HELX_P HELX_P127 AO1 ALA C 130 ? VAL C 132 ? ALA C 96 VAL C 98 5 ? 3 HELX_P HELX_P128 AO2 PRO C 139 ? GLU C 145 ? PRO C 105 GLU C 111 1 ? 7 HELX_P HELX_P129 AO3 PRO C 146 ? LEU C 157 ? PRO C 112 LEU C 123 1 ? 12 HELX_P HELX_P130 AO4 GLN C 158 ? LEU C 160 ? GLN C 124 LEU C 126 5 ? 3 HELX_P HELX_P131 AO5 GLN C 167 ? SER C 189 ? GLN C 133 SER C 155 1 ? 23 HELX_P HELX_P132 AO6 ALA C 193 ? ALA C 213 ? ALA C 159 ALA C 179 1 ? 21 HELX_P HELX_P133 AO7 GLY C 220 ? CYS C 244 ? GLY C 186 CYS C 210 1 ? 25 HELX_P HELX_P134 AO8 THR C 247 ? ALA C 259 ? THR C 213 ALA C 225 1 ? 13 HELX_P HELX_P135 AO9 ASN C 260 ? ARG C 262 ? ASN C 226 ARG C 228 5 ? 3 HELX_P HELX_P136 AP1 HIS C 264 ? TYR C 287 ? HIS C 230 TYR C 253 1 ? 24 HELX_P HELX_P137 AP2 PRO C 297 ? LEU C 303 ? 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C CYS 517 C CYS 521 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS B 551 ? 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AA7 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA1 7 8 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? parallel AA2 5 6 ? parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? parallel AA6 4 5 ? parallel AA6 5 6 ? parallel AA6 6 7 ? anti-parallel AA6 7 8 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? parallel AA7 3 4 ? parallel AA7 4 5 ? parallel AA7 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 1874 ? 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N PHE B 948 AA4 2 3 N VAL B 983 ? N VAL B 949 O ILE B 1170 ? O ILE B 1136 AA5 1 2 N VAL B 1012 ? N VAL B 978 O LEU B 1019 ? O LEU B 985 AA6 1 2 N TRP B 1235 ? N TRP B 1201 O TYR B 1287 ? O TYR B 1253 AA6 2 3 N TYR B 1288 ? N TYR B 1254 O ILE B 1295 ? O ILE B 1261 AA6 3 4 O VAL B 1298 ? O VAL B 1264 N VAL B 1197 ? N VAL B 1163 AA6 4 5 N PHE B 1198 ? N PHE B 1164 O VAL B 1379 ? O VAL B 1345 AA6 5 6 N VAL B 1380 ? N VAL B 1346 O ILE B 1426 ? O ILE B 1392 AA6 6 7 N HIS B 1429 ? N HIS B 1395 O ARG B 1437 ? O ARG B 1403 AA6 7 8 N ILE B 1438 ? N ILE B 1404 O MET B 1457 ? O MET B 1423 AA7 1 2 N LEU C 1286 ? N LEU C 1252 O PHE C 1297 ? O PHE C 1263 AA7 2 3 O ALA C 1296 ? O ALA C 1262 N VAL C 1197 ? N VAL C 1163 AA7 3 4 N PHE C 1198 ? N PHE C 1164 O VAL C 1379 ? O VAL C 1345 AA7 4 5 N VAL C 1380 ? N VAL C 1346 O ILE C 1428 ? O ILE C 1394 AA7 5 6 N HIS C 1429 ? N HIS C 1395 O ARG C 1437 ? O ARG C 1403 # _pdbx_entry_details.entry_id 9QWP _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O A GLN 1116 ? ? 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In an iterative process, the model was optimized using real space refinement in Phenix Refine against the full density map, and manual model building with Coot using the full density map as well as the resampled multi body refinement maps. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 129.72 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9QWP _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.8 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 420975 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 RECOMBINANT COMPLEX 'Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimers' 'Co-expression of RalGAP subunit alpha2 and beta' ? ? 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Micrographs were collected at 0, 10 and 30 degree tilt, in 5 subsets of data. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON IV (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 4 _em_image_recording.num_real_images 64606 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 10 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'TFS Selectris X' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 5519589 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version _em_software.reference_DOI 'PARTICLE SELECTION' 'Cryolo was used to automatically pick particles using multiple rounds of optimization of the training model.' 1 1 ? ? crYOLO 1.8.3 ? 'IMAGE ACQUISITION' 'EPU was used to automatically collect raw movies in EER format' 2 ? ? 1 EPU 3.2.0.4776 ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? RELION 5 ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' 1.7.dev2023 ? OTHER ? 8 ? ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 9 1 ? ? RELION 5 ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? RELION 5 ? CLASSIFICATION ? 11 1 ? ? RELION 5 ? RECONSTRUCTION ? 12 1 ? ? RELION 5 ? 'MODEL REFINEMENT' ? 13 ? 1 ? PHENIX 1.21.1_5286 ? 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 1 ? Coot 0.9.8.95 ? 'MODEL REFINEMENT' ? 15 ? 1 ? ISOLDE 1.7 ? # _em_specimen.concentration 0.7 _em_specimen.details ;Co-expression of RalGAP alpha2 and beta Monodisperse sample from size exclusion chromatography ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'German Research Foundation (DFG)' Germany KU2531/2 1 'German Research Foundation (DFG)' Germany KU2531/6 2 'German Research Foundation (DFG)' Germany 496113311 3 'German Research Foundation (DFG)' Germany 'CRC 1348 A15' 4 'German Research Foundation (DFG)' Germany 'CRC1430 A04' 5 'German Research Foundation (DFG)' Germany 'INST 211/667-1' 6 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'in silico model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name AlphaFold _pdbx_initial_refinement_model.accession_code ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _atom_sites.entry_id 9QWP _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ #