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EMDB EMD-53532 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-07-02 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-07-02 ? 3 Image 1 0 2025-07-02 ? 4 'Primary map' 1 0 2025-07-02 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 Image repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9R2M _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-04-30 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'p53 bound to nucleosome at position SHL+5.9 (non-crosslinked sample, composite map)' EMD-53532 'associated EM volume' EMDB 'p53 bound to nucleosome at position SHL+5.9 (non-crosslinked sample, full map)' EMD-53534 'consensus EM volume' EMDB 'p53 bound to nucleosome at position SHL+5.9 (non-crosslinked sample, focus refined map of p53)' EMD-53535 'focused EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email nicolas.thoma@epfl.ch _pdbx_contact_author.name_first Nicolas _pdbx_contact_author.name_last Thoma _pdbx_contact_author.name_mi H. _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-2685-906X # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Chakraborty, D.' 1 0009-0001-8188-8325 'Kater, L.' 2 ? 'Kempf, G.' 3 0000-0002-0228-6730 'Cavadini, S.' 4 0000-0003-2777-7584 'Thoma, N.H.' 5 0000-0003-2685-906X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'p53 bound to nucleosome at position SHL+5.9 (non-crosslinked sample, composite map)' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # _citation_author.citation_id primary _citation_author.name 'Chakraborty, D.' _citation_author.ordinal 1 _citation_author.identifier_ORCID ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1' 15719.445 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11676.703 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 14447.825 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-J' 14088.336 2 ? ? ? ? 5 polymer syn DNA-for 46960.898 1 ? ? ? ? 6 polymer syn DNA-rev 47499.238 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Cellular tumor antigen p53' 46495.152 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/a,Histone H3/b,Histone H3/c,Histone H3/d,Histone H3/f,Histone H3/h,Histone H3/i,Histone H3/j,Histone H3/k,Histone H3/l' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'Histone H2B.1,Histone H2B.r,H2B/r' 7 'Antigen NY-CO-13,Phosphoprotein p53,Tumor suppressor 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;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSA ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSA ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT) (DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCCTGGAGAATCCCGGTCTGCAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGT CCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCAAACATGCCCGGGCATGTCCCTGTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG) (DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACAGGGACATGCCCGGGCATGTTTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGC GTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTGCAGACCGGGATTCTCCAGGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MDWSHPQFEKSAVDENLYFQGGGRMEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTE DPGPDEAPRMPEAAPPVAPAPAAPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQ LAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSV VVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPH HELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPLDGEYFTLQIRGRERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQS TSRHKKLMFKTEGPDSD ; ;MDWSHPQFEKSAVDENLYFQGGGRMEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTE DPGPDEAPRMPEAAPPVAPAPAAPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQ LAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSV VVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPH 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I DG 138 O6 ? ? ? 1_555 J DC 16 N4 ? ? I DG 134 J DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog358 hydrog ? ? I DG 139 N1 ? ? ? 1_555 J DC 15 N3 ? ? I DG 135 J DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog359 hydrog ? ? I DG 139 N2 ? ? ? 1_555 J DC 15 O2 ? ? I DG 135 J DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog360 hydrog ? ? I DG 139 O6 ? ? ? 1_555 J DC 15 N4 ? ? I DG 135 J DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog361 hydrog ? ? I DC 140 N3 ? ? ? 1_555 J DG 14 N1 ? ? I DC 136 J DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog362 hydrog ? ? I DC 140 N4 ? ? ? 1_555 J DG 14 O6 ? ? I DC 136 J DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog363 hydrog ? ? I DC 140 O2 ? ? ? 1_555 J DG 14 N2 ? ? I DC 136 J DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog364 hydrog ? ? I DA 141 N1 ? ? ? 1_555 J DT 13 N3 ? ? I DA 137 J DT 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog365 hydrog ? ? I DA 141 N6 ? ? ? 1_555 J DT 13 O4 ? ? I DA 137 J DT 11 1_555 ? ? ? ? ? ? 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I DC 141 J DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog375 hydrog ? ? I DC 145 O2 ? ? ? 1_555 J DG 9 N2 ? ? I DC 141 J DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 7 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 7 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 7 ? AB8 ? 4 ? 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RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? ? ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9R2M 'double helix' 9R2M 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DC 3 1_555 J DG 151 1_555 0.214 -0.092 0.454 1.486 -9.676 3.413 1 I_DC-1:DG149_J I -1 ? 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