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'Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix' ? ? 10.1107/S2059798319011471 31588918 ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Mueller, M.' 1 0000-0002-5037-8154 primary 'Kolesnikova, O.' 2 0000-0002-8765-5207 primary 'Doudin, M.' 3 0000-0003-3614-8114 primary 'Thomae, A.W.' 4 0000-0003-3156-9075 primary 'Campos-Sparr, A.' 5 ? primary 'Kraus, S.' 6 ? primary 'Hoffmann, T.' 7 0000-0002-2980-8324 primary 'Becker, P.' 8 0000-0001-7186-0372 primary 'Eustermann, S.' 9 0000-0002-4439-7770 1 'Liebschner, D.' 10 0000-0003-3921-3209 1 'Afonine, P.V.' 11 0000-0002-5052-991X 1 'Baker, M.L.' 12 ? 1 'Bunkoczi, G.' 13 ? 1 'Chen, V.B.' 14 0000-0003-2492-979X 1 'Croll, T.I.' 15 ? 1 'Hintze, B.' 16 0000-0002-4871-2096 1 'Hung, L.W.' 17 0000-0001-6690-8458 1 'Jain, S.' 18 ? 1 'McCoy, A.J.' 19 ? 1 'Moriarty, N.W.' 20 0000-0001-8857-9464 1 'Oeffner, R.D.' 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lethal-3' 59756.578 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/a,Histone H3/b,Histone H3/c,Histone H3/d,Histone H3/f,Histone H3/h,Histone H3/i,Histone H3/j,Histone H3/k,Histone H3/l' 3 'H2A-clustered histone 6,Histone H2A/l' 4 'Histone H2B.1 A,Histone H2B.a,H2B/a,Histone H2B.g,H2B/g,Histone H2B.h,H2B/h,Histone H2B.k,H2B/k,Histone H2B.l,H2B/l' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no yes ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGV(M3L)KPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no yes ;SGRGKGGKGLGKGGA(ALY)RHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DC) ; ;GGACCCTATACGCGGCCGCCAAGAACACGGTTTAGAAAGAGATAGTATTACACCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCT CAATTGGTCGTAGCAAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTAC TCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTGAACAGCGACCTTGCC ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DT)(DC)(DC) ; ;GGCAAGGTCGCTGTTCAATACATGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCG GTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTTGCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACC GGGATTCTCCAGGTGTAATACTATCTCTTTCTAAACCGTGTTCTTGGCGGCCGCGTATAGGGTCC ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MHHHHHHTELRDETPLFHKGEIVLCYEPDKSKARVLYTSKVLNVFERRNEHGLRFYEYKIHFQGWRPSYDRCVRATVLLK DTEENRQLQRELAEAAKLQIRGDYSYKGTPDKPSAKKKRGGKAAHVEEPIVVPMDTGHLEAEHEMAPTPRAAGNRTRDNS GGKRKEKPPSGDGRLKGNRGRQTETFYNNTINDVSVYNHVPQEDRIMMRVSERLRELIEYDRNMIKVLGKQHALPARVPI VTIMENFVKQQAVELAISIKQDSSRARNTQSRNARMEREYDRVMSTVCMLKEVVDGLRIYFEFHVDDHLLYTEEKEYVHN YLTDDNMRNCSLILNKSYEYINPSGDTELIGLDGTPVGEGSGDTNGQIGVINIGGPEYEKQLQKCLLYIVTASGKNTAQA YERTSPYTAAYKLPVEMRGFLNETFKWRLLSAESPPEKSMVFGAPHLVRLMIKMPMFLNASPISNKKLEDLLPHLDAFIN YLENHREWFDRENFVNSTALPQEDLQRELLDSLDGIAA ; ;MHHHHHHTELRDETPLFHKGEIVLCYEPDKSKARVLYTSKVLNVFERRNEHGLRFYEYKIHFQGWRPSYDRCVRATVLLK DTEENRQLQRELAEAAKLQIRGDYSYKGTPDKPSAKKKRGGKAAHVEEPIVVPMDTGHLEAEHEMAPTPRAAGNRTRDNS GGKRKEKPPSGDGRLKGNRGRQTETFYNNTINDVSVYNHVPQEDRIMMRVSERLRELIEYDRNMIKVLGKQHALPARVPI VTIMENFVKQQAVELAISIKQDSSRARNTQSRNARMEREYDRVMSTVCMLKEVVDGLRIYFEFHVDDHLLYTEEKEYVHN YLTDDNMRNCSLILNKSYEYINPSGDTELIGLDGTPVGEGSGDTNGQIGVINIGGPEYEKQLQKCLLYIVTASGKNTAQA YERTSPYTAAYKLPVEMRGFLNETFKWRLLSAESPPEKSMVFGAPHLVRLMIKMPMFLNASPISNKKLEDLLPHLDAFIN YLENHREWFDRENFVNSTALPQEDLQRELLDSLDGIAA ; N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 M3L n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 ALA n 1 76 GLN n 1 77 ASP n 1 78 PHE n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 ASP n 1 82 LEU n 1 83 ARG n 1 84 PHE n 1 85 GLN n 1 86 SER n 1 87 SER n 1 88 ALA n 1 89 VAL n 1 90 MET n 1 91 ALA n 1 92 LEU n 1 93 GLN n 1 94 GLU n 1 95 ALA n 1 96 CYS n 1 97 GLU n 1 98 ALA n 1 99 TYR n 1 100 LEU n 1 101 VAL n 1 102 GLY n 1 103 LEU n 1 104 PHE n 1 105 GLU n 1 106 ASP n 1 107 THR n 1 108 ASN n 1 109 LEU n 1 110 CYS n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 HIS n 1 114 ALA n 1 115 LYS n 1 116 ARG n 1 117 VAL n 1 118 THR n 1 119 ILE n 1 120 MET n 1 121 PRO n 1 122 LYS n 1 123 ASP n 1 124 ILE n 1 125 GLN n 1 126 LEU n 1 127 ALA n 1 128 ARG n 1 129 ARG n 1 130 ILE n 1 131 ARG n 1 132 GLY n 1 133 GLU n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 2 1 SER n 2 2 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K N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP H2A1C_HUMAN Q93077 ? 3 ;SGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 2 4 UNP H2B1C_HUMAN P62807 ? 4 ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; 2 5 PDB 9R2W 9R2W ? 5 ? 1 6 PDB 9R2W 9R2W ? 6 ? 1 7 UNP MSL3_DROME P50536 ? 7 ;TELRDETPLFHKGEIVLCYEPDKSKARVLYTSKVLNVFERRNEHGLRFYEYKIHFQGWRPSYDRCVRATVLLKDTEENRQ LQRELAEAAKLQIRGDYSYKGTPDKPSAKKKRGGKAAHVEEPIVVPMDTGHLEAEHEMAPTPRAAGNRTRDNSGGKRKEK PPSGDGRLKGNRGRQTETFYNNAINDVSVYNHVPQEDRIMMRVSERLRELIEYDRNMIKVLGKQHALPARVPIVTIMENF VKQQAVELAISIKQDSSRARNTQSRNARMEREYDRVMSTVCMLKEVVDGLRIYFEFHVDDHLLYTEEKEYVHNYLTDDNM RNCSLILNKSYEYINPSGDTELIGLDGTPVVEGSGDTNGQIGVINIGGPEYEKQLQKCLLYIVTASGKNTAQAYERTSPY TAAYKLPVEMRGFLNETFKWRLLSAESPPEKSMVFGAPHLVRLMIKMPMFLNASPISNKKLEDLLPHLDAFINYLENHRE WFDRENFVNSTALPQEDLQRELLDSLDGIAA ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9R2W A 1 ? 135 ? 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'initiating methionine' -5 1 11 9R2W HIS N 2 ? UNP P50536 ? ? 'expression tag' -4 2 11 9R2W HIS N 3 ? UNP P50536 ? ? 'expression tag' -3 3 11 9R2W HIS N 4 ? UNP P50536 ? ? 'expression tag' -2 4 11 9R2W HIS N 5 ? UNP P50536 ? ? 'expression tag' -1 5 11 9R2W HIS N 6 ? UNP P50536 ? ? 'expression tag' 0 6 11 9R2W HIS N 7 ? UNP P50536 ? ? 'expression tag' 1 7 11 9R2W THR N 190 ? UNP P50536 ALA 184 variant 184 8 11 9R2W GLY N 358 ? 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ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 TYR H 37 ? HIS H 49 ? TYR H 37 HIS H 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 SER H 55 ? ASN H 84 ? SER H 55 ASN H 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P32 AD5 THR H 90 ? LEU H 102 ? THR H 90 LEU H 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 AD6 PRO H 103 ? LYS H 125 ? PRO H 103 LYS H 125 1 ? 23 HELX_P HELX_P34 AD7 ARG K 66 ? ASP K 70 ? ARG N 60 ASP N 64 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 THR K 82 ? ILE K 100 ? THR N 76 ILE N 94 1 ? 19 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? cryoSPARC ? ? # _em_specimen.concentration 0.47 _em_specimen.details ;For CryoEM vitrication, the MSL-HAT core complex and H3K36me3 modified mononucleosomes were incubated in a 1:1 ratio with 0.5 mM Acetyl-CoA for 5-10 min on ice ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9R2W 'double helix' 9R2W 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DC 54 1_555 J DG 172 1_555 0.204 -0.329 -0.935 -2.694 3.120 -1.006 1 I_DC-73:DG73_J I -73 ? 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J 32 ? 1 I DA 95 1_555 J DT 131 1_555 I DA 96 1_555 J DT 130 1_555 -0.150 -0.155 3.319 -0.410 7.809 35.459 -1.354 0.182 3.215 12.633 0.663 36.284 42 II_DA-32DA-31:DT31DT32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? J 31 ? 1 I DA 96 1_555 J DT 130 1_555 I DG 97 1_555 J DC 129 1_555 0.325 -0.577 3.317 -0.806 3.370 29.145 -1.867 -0.816 3.222 6.668 1.594 29.346 43 II_DA-31DG-30:DC30DT31_JJ I -31 ? J 31 ? I -30 ? J 30 ? 1 I DG 97 1_555 J DC 129 1_555 I DC 98 1_555 J DG 128 1_555 -0.102 -0.232 3.172 0.184 1.766 37.214 -0.590 0.184 3.157 2.765 -0.288 37.255 44 II_DG-30DC-29:DG29DC30_JJ I -30 ? J 30 ? I -29 ? J 29 ? 1 I DC 98 1_555 J DG 128 1_555 I DT 99 1_555 J DA 127 1_555 -0.364 -0.355 3.228 1.895 5.505 30.507 -1.693 1.036 3.091 10.343 -3.561 31.044 45 II_DC-29DT-28:DA28DG29_JJ I -29 ? J 29 ? I -28 ? J 28 ? 1 I DT 99 1_555 J DA 127 1_555 I DC 100 1_555 J DG 126 1_555 1.204 0.977 3.485 6.792 -1.755 38.260 1.700 -0.908 3.592 -2.650 -10.257 38.874 46 II_DT-28DC-27:DG27DA28_JJ I -28 ? J 28 ? I -27 ? J 27 ? 1 I DC 100 1_555 J DG 126 1_555 I DT 101 1_555 J DA 125 1_555 -1.254 0.694 3.374 -1.510 -1.565 36.424 1.333 1.786 3.389 -2.501 2.413 36.487 47 II_DC-27DT-26:DA26DG27_JJ I -27 ? J 27 ? I -26 ? J 26 ? 1 I DT 101 1_555 J DA 125 1_555 I DA 102 1_555 J DT 124 1_555 1.067 1.491 3.714 3.729 -4.138 40.647 2.636 -1.064 3.631 -5.923 -5.338 41.011 48 II_DT-26DA-25:DT25DA26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DA 102 1_555 J DT 124 1_555 I DG 103 1_555 J DC 123 1_555 -0.567 1.012 3.454 -2.018 1.327 35.783 1.441 0.613 3.514 2.157 3.279 35.861 49 II_DA-25DG-24:DC24DT25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DG 103 1_555 J DC 123 1_555 I DC 104 1_555 J DG 122 1_555 -0.248 -0.079 3.209 -5.292 4.767 33.853 -0.859 -0.388 3.171 8.075 8.964 34.573 50 II_DG-24DC-23:DG23DC24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DC 104 1_555 J DG 122 1_555 I DA 105 1_555 J DT 121 1_555 -0.095 -0.530 3.185 -5.376 9.999 29.221 -2.782 -0.792 2.828 18.941 10.184 31.304 51 II_DC-23DA-22:DT22DG23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DA 105 1_555 J DT 121 1_555 I DC 106 1_555 J DG 120 1_555 0.279 -0.998 3.376 -2.540 3.061 32.355 -2.319 -0.946 3.240 5.468 4.537 32.592 52 II_DA-22DC-21:DG21DT22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DC 106 1_555 J DG 120 1_555 I DC 107 1_555 J DG 119 1_555 -0.277 -0.600 3.218 1.002 7.126 30.447 -2.413 0.697 2.993 13.336 -1.876 31.266 53 II_DC-21DC-20:DG20DG21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 107 1_555 J DG 119 1_555 I DG 108 1_555 J DC 118 1_555 -0.191 -0.379 3.363 4.269 11.834 26.604 -3.298 1.296 2.874 24.080 -8.687 29.380 54 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DG 108 1_555 J DC 118 1_555 I DC 109 1_555 J DG 117 1_555 0.145 -0.046 3.283 -0.139 2.661 35.919 -0.454 -0.254 3.270 4.308 0.226 36.015 55 II_DG-19DC-18:DG18DC19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? J 18 ? 1 I DC 109 1_555 J DG 117 1_555 I DT 110 1_555 J DA 116 1_555 -0.103 -0.180 3.182 1.701 3.795 33.586 -0.903 0.443 3.135 6.536 -2.930 33.835 56 II_DC-18DT-17:DA17DG18_JJ I -18 ? J 18 ? I -17 ? J 17 ? 1 I DT 110 1_555 J DA 116 1_555 I DT 111 1_555 J DA 115 1_555 1.216 0.727 3.384 5.264 -3.958 36.599 1.694 -1.172 3.426 -6.240 -8.300 37.166 57 II_DT-17DT-16:DA16DA17_JJ I -17 ? J 17 ? I -16 ? J 16 ? 1 I DT 111 1_555 J DA 115 1_555 I DA 112 1_555 J DT 114 1_555 -0.780 1.141 3.566 -0.037 -2.434 37.077 2.141 1.219 3.488 -3.822 0.058 37.154 58 II_DT-16DA-15:DT15DA16_JJ I -16 ? J 16 ? I -15 ? J 15 ? 1 I DA 112 1_555 J DT 114 1_555 I DA 113 1_555 J DT 113 1_555 -0.230 0.707 3.523 -0.260 -0.685 38.637 1.159 0.313 3.512 -1.035 0.393 38.644 59 II_DA-15DA-14:DT14DT15_JJ I -15 ? J 15 ? I -14 ? J 14 ? 1 I DA 113 1_555 J DT 113 1_555 I DA 114 1_555 J DT 112 1_555 -0.538 0.313 3.354 -4.961 2.090 36.102 0.200 0.147 3.407 3.350 7.950 36.488 60 II_DA-14DA-13:DT13DT14_JJ I -14 ? J 14 ? I -13 ? J 13 ? 1 I DA 114 1_555 J DT 112 1_555 I DC 115 1_555 J DG 111 1_555 -0.205 -0.108 3.150 -7.364 -0.915 35.784 -0.049 -0.660 3.131 -1.470 11.828 36.521 61 II_DA-13DC-12:DG12DT13_JJ I -13 ? J 13 ? I -12 ? J 12 ? 1 I DC 115 1_555 J DG 111 1_555 I DG 116 1_555 J DC 110 1_555 0.101 0.786 3.333 -2.079 5.212 34.458 0.493 -0.495 3.400 8.727 3.481 34.898 62 II_DC-12DG-11:DC11DG12_JJ I -12 ? J 12 ? I -11 ? J 11 ? 1 I DG 116 1_555 J DC 110 1_555 I DC 117 1_555 J DG 109 1_555 0.230 -0.191 3.172 -2.236 5.443 31.065 -1.322 -0.821 3.071 10.050 4.129 31.604 63 II_DG-11DC-10:DG10DC11_JJ I -11 ? J 11 ? I -10 ? J 10 ? 1 I DC 117 1_555 J DG 109 1_555 I DA 118 1_555 J DT 108 1_555 -0.167 -0.097 3.334 1.546 14.719 35.339 -2.034 0.453 3.048 23.039 -2.420 38.221 64 II_DC-10DA-9:DT9DG10_JJ I -10 ? J 10 ? I -9 ? J 9 ? 1 I DA 118 1_555 J DT 108 1_555 I DC 119 1_555 J DG 107 1_555 0.455 -0.342 3.381 0.926 1.837 31.992 -0.962 -0.651 3.369 3.328 -1.679 32.057 65 II_DA-9DC-8:DG8DT9_JJ I -9 ? J 9 ? I -8 ? J 8 ? 1 I DC 119 1_555 J DG 107 1_555 I DG 120 1_555 J DC 106 1_555 0.305 0.681 3.305 1.446 5.985 35.362 0.222 -0.282 3.381 9.762 -2.359 35.877 66 II_DC-8DG-7:DC7DG8_JJ I -8 ? J 8 ? I -7 ? 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J -3 ? 1 I DT 130 1_555 J DA 96 1_555 I DC 131 1_555 J DG 95 1_555 0.725 0.742 3.279 3.958 2.509 39.491 0.794 -0.597 3.372 3.698 -5.832 39.757 77 II_DT3DC4:DG-4DA-3_JJ I 3 ? J -3 ? I 4 ? J -4 ? 1 I DC 131 1_555 J DG 95 1_555 I DC 132 1_555 J DG 94 1_555 0.050 1.264 3.547 2.101 -2.049 38.759 2.168 0.199 3.476 -3.081 -3.160 38.865 78 II_DC4DC5:DG-5DG-4_JJ I 4 ? J -4 ? I 5 ? J -5 ? 1 I DC 132 1_555 J DG 94 1_555 I DC 133 1_555 J DG 93 1_555 -0.288 1.421 3.421 -1.414 -1.606 35.225 2.591 0.258 3.363 -2.650 2.334 35.288 79 II_DC5DC6:DG-6DG-5_JJ I 5 ? J -5 ? I 6 ? J -6 ? 1 I DC 133 1_555 J DG 93 1_555 I DC 134 1_555 J DG 92 1_555 0.157 1.989 3.513 -1.716 -3.759 44.270 2.993 -0.373 3.334 -4.975 2.271 44.453 80 II_DC6DC7:DG-7DG-6_JJ I 6 ? J -6 ? I 7 ? J -7 ? 1 I DC 134 1_555 J DG 92 1_555 I DC 135 1_555 J DG 91 1_555 -0.656 0.677 3.108 -2.279 4.352 34.200 0.487 0.763 3.203 7.353 3.851 34.540 81 II_DC7DC8:DG-8DG-7_JJ I 7 ? J -7 ? I 8 ? 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