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GLY D 1055 LEU D 1079 1 ? 25 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASN 203 A . ? ASN 203 A PRO 204 A ? PRO 204 A 1 2.87 2 GLY 612 A . ? GLY 622 A PRO 613 A ? 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VAL A 373 ARG A 378 AA6 4 ILE A 402 ? PHE A 405 ? ILE A 402 PHE A 405 AA7 1 HIS A 527 ? TRP A 533 ? HIS A 537 TRP A 543 AA7 2 LYS A 536 ? PHE A 543 ? LYS A 546 PHE A 553 AA7 3 VAL A 516 ? VAL A 520 ? VAL A 526 VAL A 530 AA7 4 ALA A 489 ? TRP A 492 ? ALA A 499 TRP A 502 AA7 5 VAL A 558 ? ASN A 561 ? VAL A 568 ASN A 571 AA7 6 THR A 583 ? ILE A 586 ? THR A 593 ILE A 596 AA7 7 THR A 609 ? ILE A 611 ? THR A 619 ILE A 621 AA8 1 PHE A 624 ? LYS A 625 ? PHE A 634 LYS A 635 AA8 2 GLY A 618 ? LYS A 620 ? GLY A 628 LYS A 630 AA8 3 VAL A 671 ? ALA A 676 ? VAL A 681 ALA A 686 AA8 4 VAL A 647 ? SER A 651 ? VAL A 657 SER A 661 AA8 5 MET A 702 ? GLU A 708 ? MET A 712 GLU A 718 AA8 6 ILE A 730 ? ILE A 735 ? ILE A 740 ILE A 745 AA9 1 PHE A 830 ? THR A 832 ? PHE A 840 THR A 842 AA9 2 ILE C 1081 ? TYR C 1083 ? ILE C 1091 TYR C 1093 AB1 1 CYS A 835 ? ASP A 836 ? CYS A 845 ASP A 846 AB1 2 ILE A 843 ? TYR A 844 ? ILE A 853 TYR A 854 AB1 3 MET A 847 ? PRO A 848 ? MET A 857 PRO A 858 AB2 1 ILE A 1081 ? 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MET D 857 PRO D 858 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ILE A 6 ? N ILE A 6 O ALA A 219 ? O ALA A 219 AA1 2 3 O ALA A 218 ? O ALA A 218 N GLU A 201 ? N GLU A 201 AA1 3 4 O LEU A 205 ? O LEU A 205 N PHE A 119 ? N PHE A 119 AA1 4 5 N TYR A 120 ? N TYR A 120 O HIS A 135 ? O HIS A 135 AA1 5 6 N VAL A 132 ? N VAL A 132 O LEU A 152 ? O LEU A 152 AA2 1 2 N ILE A 6 ? N ILE A 6 O ALA A 219 ? O ALA A 219 AA2 2 3 O ALA A 218 ? O ALA A 218 N GLU A 201 ? N GLU A 201 AA2 3 4 N THR A 208 ? N THR A 208 O GLY A 211 ? O GLY A 211 AA3 1 2 N ALA A 32 ? N ALA A 32 O ILE A 107 ? O ILE A 107 AA3 2 3 O LEU A 106 ? O LEU A 106 N LYS A 58 ? N LYS A 58 AA3 3 4 N LEU A 55 ? N LEU A 55 O LEU A 76 ? O LEU A 76 AA4 1 2 N ALA A 93 ? N ALA A 93 O GLY A 100 ? O GLY A 100 AA5 1 2 N THR A 267 ? N THR A 267 O TYR A 304 ? O TYR A 304 AA6 1 2 N TRP A 276 ? N TRP A 276 O ILE A 337 ? O ILE A 337 AA6 2 3 N ILE A 340 ? N ILE A 340 O ARG A 378 ? O ARG A 378 AA6 3 4 N VAL A 377 ? N VAL A 377 O HIS A 403 ? O HIS A 403 AA7 1 2 N HIS A 527 ? N HIS A 537 O VAL A 542 ? 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N SER B 1092 O PHE D 830 ? O PHE D 840 AB5 1 2 N ASP C 836 ? N ASP C 846 O ILE C 843 ? O ILE C 853 AB5 2 3 N TYR C 844 ? N TYR C 854 O MET C 847 ? O MET C 857 AB6 1 2 N TYR D 844 ? N TYR D 854 O MET D 847 ? O MET D 857 # _pdbx_entry_details.entry_id 9R90 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # _pdbx_validate_close_contact.id 1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 OG _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 B _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 SER _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 979 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 OD1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 B _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 ASN _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 981 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_close_contact.dist 2.18 # _pdbx_validate_rmsd_angle.id 1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 CA _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 A _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 PRO _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 401 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 N _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 A _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 PRO _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 401 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 CD _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 A _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 PRO _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 401 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value 102.40 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value 111.70 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation -9.30 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation 1.40 _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLN A 61 ? ? -142.08 31.81 2 1 ASN A 75 ? ? 36.33 52.00 3 1 ASP A 141 ? ? -109.76 41.44 4 1 LEU A 170 ? ? -96.60 34.76 5 1 LEU A 419 ? ? -94.71 50.70 6 1 HIS A 421 ? ? 48.36 -117.10 7 1 HIS A 537 ? ? -161.32 -167.20 8 1 PRO A 623 ? ? -79.39 -167.10 9 1 THR A 678 ? ? -122.76 -169.07 10 1 SER A 843 ? ? -140.64 11.82 11 1 SER B 843 ? ? -141.41 30.87 12 1 MET C 841 ? ? -161.06 118.06 13 1 GLU C 866 ? ? 38.41 55.44 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9R90 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;Following 3D classification, local refinement resulted in a cryo-EM volume with a golden standard FSC0.143-resolution of 3.25 Angstrom in which the atomic models for the CSS and CSH modules (extracted from pdb 6xhx) were fitted using Chimera and real-space refined in Phenix using reference restraints to the starting model. Cryo-EM map regions representing ligands in the ATP-grasp fold domain of the CCS module and in the CoA-binding domain were of the CSH module modelled as Mg.ADP and the adenosine 3'-phosphate 5'-diphosphate moiety of bound EVT0185-CoA, respectively. Restraints for EVT0185-CoA were generated via de Grade Web Server (https://grade.globalphasing.org). ; _em_3d_fitting.overall_b_value 138.8 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 6HXH _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 6HXH _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9R90 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;Following 3D classification, local refinement resulted in a cryo-EM volume with a golden standard FSC0.143-resolution of 3.25 Angstrom in which the atomic models for the CSS and CSH modules (extracted from pdb 6xhx) were fitted using Chimera and real-space refined in Phenix using reference restraints to the starting model. ; _em_3d_reconstruction.resolution 3.25 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 280072 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 3 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details 'HBS buffer supplemented with 0.5 % CHAPSO, 1 mM Mg2ATP and 4 mM EVT0185-CoA' _em_buffer.pH 7.4 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Human ATP citrate lyase (homotetramer)' _em_entity_assembly.details ;Human ACLY was purified by IMAC and size-exclusion chromatography (SEC) using HiLoad 16/600 Superdex 200 and Superose 6 (Increase) columns with 20 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl as a running buffer. Top fractions from the final SEC elution peak were pooled and concentrated to 10 mg/mL, aliquoted, flash frozen and stored at -80 C freezer till further use. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 9R90 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'JEOL CRYO ARM 300' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'JEOL CRYOSPECPORTER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_defocus_max 1800 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type C-flat-1.2/1.3 _em_sample_support.details 'Grids were glow discharged with a Pelco EasiGlOW instrument using a current of 15 mA for 10s at a pressure of 0.4 mBar.' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9R90 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 99 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 295 _em_vitrification.instrument 'LEICA EM GP' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details 'Leica EM GP2' # _em_experiment.entry_id 9R90 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9R90 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A PRO 435 ? A PRO 425 3 1 Y 1 A ASN 436 ? A ASN 426 4 1 Y 1 A GLN 437 ? A GLN 427 5 1 Y 1 A PRO 438 ? A PRO 428 6 1 Y 1 A PRO 439 ? A PRO 429 7 1 Y 1 A THR 440 ? A THR 430 8 1 Y 1 A ALA 441 ? A ALA 431 9 1 Y 1 A ALA 442 ? A ALA 432 10 1 Y 1 A HIS 443 ? A HIS 433 11 1 Y 1 A THR 444 ? A THR 434 12 1 Y 1 A ALA 445 ? A ALA 435 13 1 Y 1 A ASN 446 ? A ASN 436 14 1 Y 1 A PHE 447 ? A PHE 437 15 1 Y 1 A LEU 448 ? A LEU 438 16 1 Y 1 A LEU 449 ? A LEU 439 17 1 Y 1 A ASN 450 ? A ASN 440 18 1 Y 1 A ALA 451 ? A ALA 441 19 1 Y 1 A SER 452 ? A SER 442 20 1 Y 1 A GLY 453 ? A GLY 443 21 1 Y 1 A SER 454 ? A SER 444 22 1 Y 1 A THR 455 ? A THR 445 23 1 Y 1 A SER 456 ? A SER 446 24 1 Y 1 A THR 457 ? A THR 447 25 1 Y 1 A PRO 458 ? A PRO 448 26 1 Y 1 A ALA 459 ? A ALA 449 27 1 Y 1 A PRO 460 ? A PRO 450 28 1 Y 1 A SER 461 ? A SER 451 29 1 Y 1 A ARG 462 ? A ARG 452 30 1 Y 1 A THR 463 ? A THR 453 31 1 Y 1 A ALA 464 ? A ALA 454 32 1 Y 1 A SER 465 ? A SER 455 33 1 Y 1 A PHE 466 ? A PHE 456 34 1 Y 1 A SER 467 ? A SER 457 35 1 Y 1 A GLU 468 ? A GLU 458 36 1 Y 1 A SER 469 ? A SER 459 37 1 Y 1 A ARG 470 ? A ARG 460 38 1 Y 1 A ALA 471 ? A ALA 461 39 1 Y 1 A ASP 472 ? A ASP 462 40 1 Y 1 A GLU 473 ? A GLU 463 41 1 Y 1 A VAL 474 ? A VAL 464 42 1 Y 1 A ALA 475 ? A ALA 465 43 1 Y 1 A PRO 476 ? A PRO 466 44 1 Y 1 A ALA 477 ? A ALA 467 45 1 Y 1 A LYS 478 ? A LYS 468 46 1 Y 1 A LYS 479 ? A LYS 469 47 1 Y 1 A ALA 480 ? A ALA 470 48 1 Y 1 A LYS 481 ? A LYS 471 49 1 Y 1 A PRO 482 ? A PRO 472 50 1 Y 1 A ALA 483 ? A ALA 473 51 1 Y 1 A MET 484 ? A MET 474 52 1 Y 1 A PRO 485 ? A PRO 475 53 1 Y 1 A GLN 486 ? A GLN 476 54 1 Y 1 A GLY 487 ? A GLY 477 55 1 Y 1 A SER 753 ? A SER 743 56 1 Y 1 A SER 754 ? A SER 744 57 1 Y 1 A GLU 755 ? A GLU 745 58 1 Y 1 A VAL 756 ? A VAL 746 59 1 Y 1 A GLN 757 ? A GLN 747 60 1 Y 1 A PHE 758 ? A PHE 748 61 1 Y 1 A GLY 759 ? A GLY 749 62 1 Y 1 A HIS 760 ? A HIS 750 63 1 Y 1 A ALA 761 ? A ALA 751 64 1 Y 1 A GLY 762 ? A GLY 752 65 1 Y 1 A ALA 763 ? A ALA 753 66 1 Y 1 A CYS 764 ? A CYS 754 67 1 Y 1 A ALA 765 ? A ALA 755 68 1 Y 1 A ASN 766 ? A ASN 756 69 1 Y 1 A GLN 767 ? A GLN 757 70 1 Y 1 A ALA 768 ? A ALA 758 71 1 Y 1 A SER 769 ? A SER 759 72 1 Y 1 A GLU 770 ? A GLU 760 73 1 Y 1 A THR 771 ? A THR 761 74 1 Y 1 A HIS 1098 ? A HIS 1088 75 1 Y 1 A MET 1099 ? A MET 1089 76 1 Y 1 A SER 1100 ? A SER 1090 77 1 Y 1 A MET 1101 ? A MET 1091 78 1 Y 1 A LYS 1102 ? A LYS 1092 79 1 Y 1 A GLY 1103 ? A GLY 1093 80 1 Y 1 A GLU 1104 ? A GLU 1094 81 1 Y 1 A PHE 1105 ? A PHE 1095 82 1 Y 1 A GLU 1106 ? A GLU 1096 83 1 Y 1 A ALA 1107 ? A ALA 1097 84 1 Y 1 A TYR 1108 ? A TYR 1098 85 1 Y 1 A VAL 1109 ? A VAL 1099 86 1 Y 1 A GLU 1110 ? A GLU 1100 87 1 Y 1 A GLN 1111 ? A GLN 1101 88 1 Y 1 A LYS 1112 ? A LYS 1102 89 1 Y 1 A LEU 1113 ? A LEU 1103 90 1 Y 1 A ILE 1114 ? A ILE 1104 91 1 Y 1 A SER 1115 ? A SER 1105 92 1 Y 1 A GLU 1116 ? A GLU 1106 93 1 Y 1 A GLU 1117 ? A GLU 1107 94 1 Y 1 A ASP 1118 ? A ASP 1108 95 1 Y 1 A LEU 1119 ? A LEU 1109 96 1 Y 1 A ASN 1120 ? A ASN 1110 97 1 Y 1 A SER 1121 ? A SER 1111 98 1 Y 1 A ALA 1122 ? A ALA 1112 99 1 Y 1 A VAL 1123 ? A VAL 1113 100 1 Y 1 A ASP 1124 ? A ASP 1114 101 1 Y 1 A HIS 1125 ? A HIS 1115 102 1 Y 1 A HIS 1126 ? A HIS 1116 103 1 Y 1 A HIS 1127 ? A HIS 1117 104 1 Y 1 A HIS 1128 ? A HIS 1118 105 1 Y 1 A HIS 1129 ? A HIS 1119 106 1 Y 1 A HIS 1130 ? A HIS 1120 107 1 Y 1 B MET 11 ? B MET 1 108 1 Y 1 B SER 12 ? B SER 2 109 1 Y 1 B ALA 13 ? B ALA 3 110 1 Y 1 B LYS 14 ? B LYS 4 111 1 Y 1 B ALA 15 ? B ALA 5 112 1 Y 1 B ILE 16 ? B ILE 6 113 1 Y 1 B SER 17 ? B SER 7 114 1 Y 1 B GLU 18 ? B GLU 8 115 1 Y 1 B GLN 19 ? B GLN 9 116 1 Y 1 B THR 20 ? B THR 10 117 1 Y 1 B GLY 21 ? B GLY 11 118 1 Y 1 B LYS 22 ? B LYS 12 119 1 Y 1 B GLU 23 ? B GLU 13 120 1 Y 1 B LEU 24 ? B LEU 14 121 1 Y 1 B LEU 25 ? B LEU 15 122 1 Y 1 B TYR 26 ? B TYR 16 123 1 Y 1 B LYS 27 ? B LYS 17 124 1 Y 1 B PHE 28 ? B PHE 18 125 1 Y 1 B ILE 29 ? B ILE 19 126 1 Y 1 B CYS 30 ? B CYS 20 127 1 Y 1 B THR 31 ? 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C38 C39 sing N N 499 W1K C39 C40 sing N N 500 W1K C40 C41 sing N N 501 W1K C40 C42 sing N N 502 W1K C40 C43 sing N N 503 W1K C41 O18 doub N N 504 W1K C1 H12 sing N N 505 W1K C1 H17 sing N N 506 W1K C14 H18 sing N N 507 W1K C14 H19 sing N N 508 W1K C14 H20 sing N N 509 W1K C15 H21 sing N N 510 W1K C15 H22 sing N N 511 W1K C15 H23 sing N N 512 W1K O13 H24 sing N N 513 W1K N5 H25 sing N N 514 W1K C16 H26 sing N N 515 W1K C16 H27 sing N N 516 W1K C17 H28 sing N N 517 W1K C17 H29 sing N N 518 W1K N6 H30 sing N N 519 W1K C19 H31 sing N N 520 W1K C19 H32 sing N N 521 W1K C20 H33 sing N N 522 W1K C20 H34 sing N N 523 W1K C24 H37 sing N N 524 W1K C24 H38 sing N N 525 W1K C24 H39 sing N N 526 W1K C25 H40 sing N N 527 W1K C25 H41 sing N N 528 W1K C25 H42 sing N N 529 W1K C26 H43 sing N N 530 W1K C26 H44 sing N N 531 W1K C27 H45 sing N N 532 W1K C27 H46 sing N N 533 W1K C28 H47 sing N N 534 W1K C28 H48 sing N N 535 W1K C29 H49 sing N N 536 W1K C29 H50 sing N N 537 W1K C31 H51 sing N N 538 W1K C32 H52 sing N N 539 W1K C34 H53 sing N N 540 W1K C35 H54 sing N N 541 W1K C36 H55 sing N N 542 W1K C36 H56 sing N N 543 W1K C37 H57 sing N N 544 W1K C37 H58 sing N N 545 W1K C38 H59 sing N N 546 W1K C38 H60 sing N N 547 W1K C39 H61 sing N N 548 W1K C39 H62 sing N N 549 W1K C42 H63 sing N N 550 W1K C42 H64 sing N N 551 W1K C42 H65 sing N N 552 W1K C43 H66 sing N N 553 W1K C43 H67 sing N N 554 W1K C43 H68 sing N N 555 W1K C13 C45 sing N N 556 W1K N5 C45 sing N N 557 W1K C13 H70 sing N N 558 W1K C41 O19 sing N N 559 W1K O19 H69 sing N N 560 W1K C45 O17 doub N N 561 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2025-05-18 _em_admin.deposition_site PDBE _em_admin.entry_id 9R90 _em_admin.last_update 2026-03-04 _em_admin.map_release_date 2026-03-04 _em_admin.title 'Cryo-EM structure of human ATP citrate lyase in complex with inhibitor EVT0185-CoA' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 20 mM C8H18N2O4S 1 HEPES 1 150 mM NaCl 2 'sodium chloride' 1 0.5 '% (w/v)' C32H58N2O8S 3 CHAPSO 1 1 mM C10H16N5O13P3 4 ATP 1 2 mM Mg 5 Mg2+ 1 4 mM C43H68N7O19P3S 6 EVT0185-CoA # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.486 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location Cytoplasm _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid pTrcHis2-hACLY _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details 'Movies were processed via patch-based motion correction and CTF estimation as implemented in cryoSPARC v3.1.0.' _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 61.8 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 7263 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'In-column Omega Filter' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ;Initial high-resolution 2D classes were obtained via the Blob Picker job in cryoSPARC, followed by template-based picking and neural network-based particle picking via TOPAZ as implemented in cryoSPARC. Ensuing 2D classification, 2D class selection and removal of potential duplicate particles within a distance of 150 Angstrom resulted in a particle set of 210,900 particles. Particles were extracted with a box size of 480 pixels with 2x binning. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 210900 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version _em_software.reference_DOI 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? cryoSPARC v3.1.0 ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 SerialEM ? ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'patch CTF' 4 1 ? ? cryoSPARC v3.1.0 ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? 'UCSF Chimera' 1.17 ? OTHER ? 8 ? ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 9 ? 1 ? PHENIX 1.20.1 ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'Ab initio' 10 1 ? ? cryoSPARC v3.1.0 ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' 'Local refinement' 11 1 ? ? cryoSPARC v3.1.0 ? CLASSIFICATION '3D Classification' 12 1 ? ? cryoSPARC v3.1.0 ? RECONSTRUCTION '3D Classification' 13 1 ? ? cryoSPARC v3.1.0 ? 'VOLUME SELECTION' ? 14 1 1 1 ? ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 15 1 1 1 ? ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 16 1 1 1 ? ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 17 1 1 1 ? ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 18 1 1 1 ? ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? ? # _em_specimen.concentration 10 _em_specimen.details ;The sample was monodisperse. For cryo-EM grid preparation, purified ACLY (10 mg/mL in HBS buffer) was supplemented with 0.5 % CHAPSO, 1 mM Mg2ATP and 4 mM EVT0185-CoA. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Research Foundation - Flanders (FWO)' _pdbx_audit_support.country Belgium _pdbx_audit_support.grant_number 1524918N _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list ? _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 6HXH _pdbx_initial_refinement_model.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _atom_sites.entry_id 9R90 _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O P S # loop_ #