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_citation.title 'Structure of a contractile injection system in Salmonella enterica subsp. salamae' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ejaz, R.N.' 1 0000-0003-1429-3484 primary 'Funke, K.' 2 ? primary 'Kielkopf, C.S.' 3 ? primary 'Martin, F.J.O.' 4 ? primary 'Siborova, M.' 5 0000-0002-6879-5247 primary 'Hendriks, I.A.' 6 ? primary 'Sofos, N.H.' 7 0000-0002-7224-3330 primary 'Tillman, H.P.' 8 0000-0002-0612-3568 primary 'Steiner-Rebrova, E.M.' 9 ? primary 'Nielsen, M.L.' 10 ? primary 'Erhardt, M.' 11 ? primary 'Taylor, N.M.I.' 12 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment 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'Salmonella enterica subsp. salamae' 59202 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 597 ? ? 'vgrG, GND90_001405' ? ? ? ? ? ? 'Salmonella enterica subsp. salamae' 59202 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 'Biological sequence' 1 99 ? ? NCTC10718_02958 ? ? ? ? ? ? 'Salmonella enterica subsp. salamae' 59202 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 'Biological sequence' 1 1323 ? ? GND90_001402 ? ? ? ? ? ? 'Salmonella enterica subsp. salamae' 59202 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 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'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 1 1 MET MET H . n A 1 2 GLU 2 2 2 GLU GLU H . n A 1 3 LYS 3 3 3 LYS LYS H . n A 1 4 ILE 4 4 4 ILE ILE H . n A 1 5 THR 5 5 5 THR THR H . n A 1 6 ILE 6 6 6 ILE ILE H . n A 1 7 LYS 7 7 7 LYS LYS H . n A 1 8 SER 8 8 8 SER SER H . n A 1 9 ILE 9 9 9 ILE ILE H . n A 1 10 THR 10 10 ? ? ? H . n A 1 11 SER 11 11 ? ? ? H . n A 1 12 LYS 12 12 ? ? ? H . n A 1 13 GLY 13 13 ? ? ? H . n A 1 14 THR 14 14 ? ? ? H . n A 1 15 VAL 15 15 ? ? ? 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_refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0029 ? 51525 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5540 ? 69943 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0435 ? 7835 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0043 ? 9013 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.3616 ? 18814 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 9RCE _struct.title ;Cryo-EM structure of a contractile injection system in Salmonella enterica subspecies Salamae, the baseplate portion in extended state. ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9RCE _struct_keywords.text 'contractile injection system Salmonella, CONTRACTILE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'CONTRACTILE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 1 ? H N N 7 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 8 ? N N N 9 ? O N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A730ZGQ3_SALHO A0A730ZGQ3 ? 1 ;MEKITIKSITSKGTVAQTFSATLNPNSIKHNFGISYTDKGPQQQGDISPTTVFKGYESEKLDFELLFDGTGVTGSTSTNT VQKQLATLKKVTYAYNGEQHEPNPVVIAWGSSVNFQGRLTAISINYSLFDSSGNPLRATVSLSFAKYLTQQEKSALKKQS SPDLTHIIEFKAGDTLPMLCHKIYNDSSYYIDVARANNLVSARQITPGTKIYFPPLI ; 1 2 UNP A0A379QYS5_SALER A0A379QYS5 ? 2 ;MVTAKGSGAAQGDGDWPLPAFYFSVSISGCADDTAFQEVSGLEFQIETEEYREGGNNLVYHLPKTIKSSNLTLKRAVTDK ASRLLSWCLDILNDELSKPIQTKSVSINLLNEKGTTCKSWTASNAYPVKLKMAPFNSTQNDIAIEEIEICFHHLKRNL ; 1 3 PDB 9RCE 9RCE ? 3 ? 1 4 PDB 9RCE 9RCE ? 4 ? 1 5 PDB 9RCE 9RCE ? 5 ? 1 6 PDB 9RCE 9RCE ? 6 ? 1 7 PDB 9RCE 9RCE ? 7 ? 1 8 UNP A0A379R0X0_SALER A0A379R0X0 ? 8 ;MPFAARITDLQMCPMSTPGLPPIPHVGGPIIGPGVPTVLIGSLPAAVVGDSCVCVGPPSTIVKGSATVLIGGKPAARMGD TTSHGGSITIGCPTVIIGG ; 1 9 PDB 9RCE 9RCE ? 9 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9RCE H 1 ? 217 ? A0A730ZGQ3 1 ? 217 ? 1 217 2 2 9RCE I 1 ? 158 ? A0A379QYS5 1 ? 158 ? 1 158 3 3 9RCE B 1 ? 804 ? 9RCE 1 ? 804 ? 1 804 4 4 9RCE C 1 ? 149 ? 9RCE 1 ? 149 ? 1 149 5 5 9RCE D 1 ? 519 ? 9RCE 1 ? 519 ? 1 519 6 6 9RCE E 1 ? 56 ? 9RCE 1 ? 56 ? 1 56 7 1 9RCE M 1 ? 217 ? A0A730ZGQ3 1 ? 217 ? 1 217 8 7 9RCE F 1 ? 597 ? 9RCE 1 ? 597 ? 1 597 9 2 9RCE N 1 ? 158 ? A0A379QYS5 1 ? 158 ? 1 158 10 3 9RCE J 1 ? 804 ? 9RCE 1 ? 804 ? 1 804 11 4 9RCE K 1 ? 149 ? 9RCE 1 ? 149 ? 1 149 12 5 9RCE L 1 ? 519 ? 9RCE 1 ? 519 ? 1 519 13 8 9RCE c 1 ? 99 ? A0A379R0X0 1 ? 99 ? 1 99 14 9 9RCE A 1 ? 1323 ? 9RCE 1 ? 1323 ? 1 1323 15 9 9RCE G 1 ? 1323 ? 9RCE 1 ? 1323 ? 1 1323 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 43-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 43 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1,2,3 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,N,O 1 1 M # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'The proteins part of the SalCIS cage, present in C3 symmetry' # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 2 'point symmetry operation' ? ? -0.5 -0.866025 0.0 540.341 0.866025 -0.5 0.0 144.784 0.0 0.0 1.0 0.0 3 'point symmetry operation' ? ? -0.5 0.866025 0.0 144.784 -0.866025 -0.5 0.0 540.341 0.0 0.0 1.0 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 79 ? TYR A 93 ? ASN H 79 TYR H 93 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 149 ? LYS A 158 ? THR H 149 LYS H 158 1 ? 10 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 175 ? TYR A 184 ? THR H 175 TYR H 184 1 ? 10 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 186 ? SER A 188 ? ASP H 186 SER H 188 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 TYR A 189 ? ASN A 198 ? TYR H 189 ASN H 198 1 ? 10 HELX_P HELX_P6 AA6 SER B 82 ? GLU B 95 ? SER I 82 GLU I 95 1 ? 14 HELX_P HELX_P7 AA7 SER C 18 ? ASN C 25 ? SER B 18 ASN B 25 1 ? 8 HELX_P HELX_P8 AA8 SER C 28 ? GLY C 45 ? SER B 28 GLY B 45 1 ? 18 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP C 55 ? GLU C 76 ? ASP B 55 GLU B 76 1 ? 22 HELX_P HELX_P10 AB1 GLU C 78 ? SER C 84 ? GLU B 78 SER B 84 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP C 91 ? GLY C 96 ? ASP B 91 GLY B 96 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 LEU C 99 ? ILE C 104 ? LEU B 99 ILE B 104 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 GLN C 110 ? LEU C 122 ? GLN B 110 LEU B 122 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR C 171 ? ARG C 185 ? TYR B 171 ARG B 185 1 ? 15 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP C 216 ? ASN C 235 ? ASP B 216 ASN B 235 1 ? 20 HELX_P HELX_P16 AB7 VAL C 241 ? LEU C 249 ? VAL B 241 LEU B 249 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP C 309 ? ALA C 327 ? ASP B 309 ALA B 327 1 ? 19 HELX_P HELX_P18 AB9 SER C 350 ? PHE C 355 ? SER B 350 PHE B 355 5 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 PRO C 356 ? HIS C 360 ? PRO B 356 HIS B 360 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 HIS C 370 ? PHE C 405 ? HIS B 370 PHE B 405 1 ? 36 HELX_P HELX_P21 AC3 ASN C 427 ? TYR C 432 ? ASN B 427 TYR B 432 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP C 435 ? ASP C 448 ? ASP B 435 ASP B 448 1 ? 14 HELX_P HELX_P23 AC5 ASN C 449 ? TYR C 465 ? ASN B 449 TYR B 465 1 ? 17 HELX_P HELX_P24 AC6 PRO C 470 ? PHE C 477 ? PRO B 470 PHE B 477 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 AC7 SER C 482 ? ASN C 500 ? SER B 482 ASN B 500 1 ? 19 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN C 500 ? GLY C 507 ? ASN B 500 GLY B 507 1 ? 8 HELX_P HELX_P27 AC9 GLY C 521 ? GLY C 532 ? GLY B 521 GLY B 532 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 PHE C 547 ? SER C 551 ? PHE B 547 SER B 551 1 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 SER C 556 ? SER C 563 ? SER B 556 SER B 563 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 SER C 563 ? LEU C 570 ? SER B 563 LEU B 570 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 AD4 SER C 596 ? THR C 604 ? SER B 596 THR B 604 1 ? 9 HELX_P HELX_P32 AD5 LEU C 617 ? GLY C 621 ? LEU B 617 GLY B 621 1 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 ALA C 663 ? GLU C 683 ? ALA B 663 GLU B 683 1 ? 21 HELX_P HELX_P34 AD7 GLU C 696 ? ALA C 700 ? GLU B 696 ALA B 700 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 SER C 701 ? ALA C 706 ? SER B 701 ALA B 706 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN C 722 ? SER C 737 ? ASN B 722 SER B 737 1 ? 16 HELX_P HELX_P37 AE1 ASP C 749 ? HIS C 773 ? ASP B 749 HIS B 773 1 ? 25 HELX_P HELX_P38 AE2 ARG C 776 ? ALA C 798 ? ARG B 776 ALA B 798 1 ? 23 HELX_P HELX_P39 AE3 MET D 31 ? THR D 44 ? MET C 31 THR C 44 1 ? 14 HELX_P HELX_P40 AE4 ILE D 59 ? VAL D 63 ? ILE C 59 VAL C 63 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 THR D 68 ? GLU D 87 ? THR C 68 GLU C 87 1 ? 20 HELX_P HELX_P42 AE6 VAL D 124 ? LEU D 129 ? VAL C 124 LEU C 129 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 SER D 136 ? LEU D 140 ? SER C 136 LEU C 140 5 ? 5 HELX_P HELX_P44 AE8 SER E 54 ? GLY E 63 ? SER D 54 GLY D 63 1 ? 10 HELX_P HELX_P45 AE9 HIS E 104 ? ASN E 115 ? HIS D 104 ASN D 115 1 ? 12 HELX_P HELX_P46 AF1 ASP E 133 ? GLY E 140 ? ASP D 133 GLY D 140 1 ? 8 HELX_P HELX_P47 AF2 GLY E 140 ? ILE E 145 ? GLY D 140 ILE D 145 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 ILE E 155 ? LEU E 161 ? ILE D 155 LEU D 161 5 ? 7 HELX_P HELX_P49 AF4 ALA E 162 ? GLY E 179 ? ALA D 162 GLY D 179 1 ? 18 HELX_P HELX_P50 AF5 ASP E 203 ? GLY E 213 ? ASP D 203 GLY D 213 1 ? 11 HELX_P HELX_P51 AF6 TYR E 216 ? ASP E 218 ? TYR D 216 ASP D 218 5 ? 3 HELX_P HELX_P52 AF7 GLN E 233 ? VAL E 237 ? GLN D 233 VAL D 237 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 AF8 SER E 238 ? ILE E 242 ? SER D 238 ILE D 242 5 ? 5 HELX_P HELX_P54 AF9 ASN E 244 ? PHE E 260 ? ASN D 244 PHE D 260 1 ? 17 HELX_P HELX_P55 AG1 SER E 261 ? GLU E 264 ? SER D 261 GLU D 264 5 ? 4 HELX_P HELX_P56 AG2 SER E 267 ? SER E 272 ? SER D 267 SER D 272 1 ? 6 HELX_P HELX_P57 AG3 THR E 273 ? LYS E 292 ? 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