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S ILE 351 . R ASP 80 R ILE 351 ? ? ens_1 d_19 1 R ASP 80 . R ILE 351 . S ASP 80 S ILE 351 ? ? ens_1 d_20 1 Q ASP 80 . Q ILE 351 . T ASP 80 T ILE 351 ? ? # _struct_ncs_ens.id ens_1 _struct_ncs_ens.details ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_1 d_3 d_1 2 ens_1 d_4 d_1 3 ens_1 d_5 d_1 4 ens_1 d_6 d_1 5 ens_1 d_7 d_1 6 ens_1 d_8 d_1 7 ens_1 d_9 d_1 8 ens_1 d_10 d_1 9 ens_1 d_11 d_1 10 ens_1 d_12 d_1 11 ens_1 d_13 d_1 12 ens_1 d_14 d_1 13 ens_1 d_15 d_1 14 ens_1 d_16 d_1 15 ens_1 d_17 d_1 16 ens_1 d_18 d_1 17 ens_1 d_19 d_1 18 ens_1 d_20 d_1 19 # _struct.entry_id 9RP8 _struct.title 'Crystal structure of the T=1 icosahedral capsid of Turnip Crinkle Virus P38' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9RP8 _struct_keywords.text 'plant viral suppressor, RNA silencing, VSR, RNAi, janus head, T=1 icosahedral symmetry, capsid, virus-like particle, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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T N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code E7E1K6_TCV _struct_ref.pdbx_db_accession E7E1K6 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MENDPRVRKFASDGAQWAIKWQKKGWSTLTSRQKQTARAAMGIKLSPVAQPVQKVTRLSAPVALAYREVTTQPRVSTARD GITRSGSELITTLKKNTDTEPKYTTAVLNPSEPGTFNQLIKEAAQYEKYRFTSLRFRYSPMSPSTTGGKVALAFDRDAAK PPPNDLASLYNIEGCVSSVPWTGFILTVPTDSTDRFVADGISDPKLVDFGKLIMATYGQGANDAAQLGEVRVEYTVQLKN RTGSTSDAQIGDFAGVKDGPRLVSWSKTKGTAGWEHDCHFLGTGNFSLTLFYEKAPVSGLENADASDFSVLGEAAAGSVQ WAGVKVAERGQGVKMVTTEEQPKGKWQALRI ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9RP8 A 1 ? 351 ? 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E7E1K6 1 ? 351 ? 1 351 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 60-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 60 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 1 2 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 1 3 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 2 'crystal symmetry operation' 2_555 -y,x-y,z -0.5000000000 -0.8660254038 0.0000000000 0.0000000000 0.8660254038 -0.5000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 3 'crystal symmetry operation' 3_555 -x+y,-x,z -0.5000000000 0.8660254038 0.0000000000 0.0000000000 -0.8660254038 -0.5000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLN A 118 ? ALA A 124 ? GLN A 118 ALA A 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 165 ? TYR A 170 ? ASP A 165 TYR A 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 203 ? ASP A 208 ? ASP A 203 ASP A 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 GLN B 118 ? ALA B 124 ? GLN B 118 ALA B 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 165 ? TYR B 170 ? ASP B 165 TYR B 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP B 203 ? ASP B 208 ? ASP B 203 ASP B 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 GLN C 118 ? ALA C 124 ? GLN C 118 ALA C 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP C 165 ? TYR C 170 ? ASP C 165 TYR C 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP C 203 ? ASP C 208 ? ASP C 203 ASP C 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 GLN D 118 ? ALA D 124 ? GLN D 118 ALA D 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP D 165 ? TYR D 170 ? ASP D 165 TYR D 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP D 203 ? ASP D 208 ? ASP D 203 ASP D 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 GLN E 118 ? ALA E 124 ? GLN E 118 ALA E 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP E 165 ? TYR E 170 ? ASP E 165 TYR E 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP E 203 ? ASP E 208 ? ASP E 203 ASP E 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 GLN F 118 ? ALA F 124 ? GLN F 118 ALA F 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP F 165 ? TYR F 170 ? ASP F 165 TYR F 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP F 203 ? ASP F 208 ? ASP F 203 ASP F 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 GLN G 118 ? ALA G 124 ? GLN G 118 ALA G 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP G 165 ? TYR G 170 ? ASP G 165 TYR G 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP G 203 ? ASP G 208 ? ASP G 203 ASP G 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 GLN H 118 ? ALA H 124 ? GLN H 118 ALA H 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP H 165 ? TYR H 170 ? ASP H 165 TYR H 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 ASP H 203 ? ASP H 208 ? ASP H 203 ASP H 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 GLN I 118 ? ALA I 124 ? GLN I 118 ALA I 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP I 165 ? TYR I 170 ? ASP I 165 TYR I 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP I 203 ? ASP I 208 ? ASP I 203 ASP I 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P28 AD1 GLN J 118 ? ALA J 124 ? GLN J 118 ALA J 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP J 165 ? TYR J 170 ? ASP J 165 TYR J 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP J 203 ? ASP J 208 ? ASP J 203 ASP J 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 GLN K 118 ? ALA K 124 ? GLN K 118 ALA K 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP K 165 ? TYR K 170 ? ASP K 165 TYR K 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 ASP K 203 ? ASP K 208 ? ASP K 203 ASP K 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 GLN L 118 ? ALA L 124 ? GLN N 118 ALA N 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP L 165 ? TYR L 170 ? ASP N 165 TYR N 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP L 203 ? ASP L 208 ? ASP N 203 ASP N 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 GLN M 118 ? ALA M 124 ? GLN M 118 ALA M 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP M 165 ? TYR M 170 ? ASP M 165 TYR M 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP M 203 ? ASP M 208 ? ASP M 203 ASP M 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 GLN N 118 ? ALA N 124 ? GLN L 118 ALA L 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP N 165 ? TYR N 170 ? ASP L 165 TYR L 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 ASP N 203 ? ASP N 208 ? ASP L 203 ASP L 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 GLN O 118 ? ALA O 124 ? GLN P 118 ALA P 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 AE8 ASP O 165 ? TYR O 170 ? ASP P 165 TYR P 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP O 203 ? ASP O 208 ? ASP P 203 ASP P 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P46 AF1 GLN P 118 ? ALA P 124 ? GLN O 118 ALA O 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P47 AF2 ASP P 165 ? TYR P 170 ? ASP O 165 TYR O 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 ASP P 203 ? ASP P 208 ? ASP O 203 ASP O 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P49 AF4 GLN Q 118 ? ALA Q 124 ? GLN T 118 ALA T 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P50 AF5 ASP Q 165 ? TYR Q 170 ? ASP T 165 TYR T 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P51 AF6 ASP Q 203 ? ASP Q 208 ? ASP T 203 ASP T 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P52 AF7 GLN R 118 ? ALA R 124 ? GLN S 118 ALA S 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P53 AF8 ASP R 165 ? TYR R 170 ? ASP S 165 TYR S 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P54 AF9 ASP R 203 ? ASP R 208 ? ASP S 203 ASP S 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P55 AG1 GLN S 118 ? ALA S 124 ? GLN R 118 ALA R 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P56 AG2 ASP S 165 ? TYR S 170 ? ASP R 165 TYR R 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P57 AG3 ASP S 203 ? ASP S 208 ? ASP R 203 ASP R 208 1 ? 6 HELX_P HELX_P58 AG4 GLN T 118 ? ALA T 124 ? GLN Q 118 ALA Q 124 1 ? 7 HELX_P HELX_P59 AG5 ASP T 165 ? TYR T 170 ? ASP Q 165 TYR Q 170 1 ? 6 HELX_P HELX_P60 AG6 ASP T 203 ? ASP T 208 ? ASP Q 203 ASP Q 208 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 6 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 6 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 6 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 6 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 4 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 6 ? AD8 ? 4 ? AD9 ? 4 ? AE1 ? 4 ? AE2 ? 4 ? AE3 ? 6 ? AE4 ? 4 ? AE5 ? 4 ? AE6 ? 4 ? AE7 ? 4 ? AE8 ? 6 ? AE9 ? 4 ? AF1 ? 4 ? AF2 ? 4 ? AF3 ? 4 ? AF4 ? 6 ? AF5 ? 4 ? AF6 ? 4 ? AF7 ? 4 ? AF8 ? 4 ? AF9 ? 6 ? AG1 ? 4 ? AG2 ? 4 ? AG3 ? 4 ? AG4 ? 4 ? AG5 ? 6 ? AG6 ? 4 ? AG7 ? 4 ? AG8 ? 4 ? AG9 ? 4 ? AH1 ? 6 ? AH2 ? 4 ? AH3 ? 4 ? AH4 ? 4 ? AH5 ? 4 ? AH6 ? 6 ? AH7 ? 5 ? AH8 ? 4 ? AH9 ? 4 ? AI1 ? 4 ? AI2 ? 4 ? AI3 ? 6 ? AI4 ? 5 ? AI5 ? 4 ? AI6 ? 4 ? AI7 ? 4 ? AI8 ? 4 ? AI9 ? 6 ? AJ1 ? 4 ? AJ2 ? 4 ? AJ3 ? 4 ? AJ4 ? 4 ? AJ5 ? 6 ? AJ6 ? 5 ? AJ7 ? 4 ? AJ8 ? 4 ? AJ9 ? 4 ? AK1 ? 4 ? AK2 ? 6 ? AK3 ? 4 ? AK4 ? 4 ? AK5 ? 4 ? AK6 ? 4 ? AK7 ? 6 ? AK8 ? 5 ? AK9 ? 4 ? AL1 ? 4 ? AL2 ? 4 ? AL3 ? 4 ? AL4 ? 5 ? AL5 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? 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