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_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 NAG 1 1301 601 NAG NAG A . 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A CYS 333 SG ? ? ? 1_555 A CYS 358 SG ? ? A CYS 333 A CYS 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 376 SG ? ? ? 1_555 A CYS 429 SG ? ? A CYS 376 A CYS 429 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 388 SG ? ? ? 1_555 A CYS 521 SG ? ? A CYS 388 A CYS 521 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 477 SG ? ? ? 1_555 A CYS 484 SG ? ? A CYS 477 A CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 22 SG ? ? ? 1_555 B CYS 98 SG ? ? H CYS 22 H CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 87 SG ? ? L CYS 22 L CYS 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? covale1 covale one ? A ASN 340 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 340 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 351 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 351 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG D . ? ASN A 340 ? NAG A 1301 ? 1_555 ASN A 340 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 2 NAG E . ? ASN A 351 ? NAG A 1302 ? 1_555 ASN A 351 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 3 CYS A 333 ? CYS A 358 ? CYS A 333 ? 1_555 CYS A 358 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS A 376 ? CYS A 429 ? CYS A 376 ? 1_555 CYS A 429 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS A 388 ? CYS A 521 ? CYS A 388 ? 1_555 CYS A 521 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS A 477 ? CYS A 484 ? CYS A 477 ? 1_555 CYS A 484 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS B 22 ? CYS B 98 ? CYS H 22 ? 1_555 CYS H 98 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 8 CYS C 22 ? CYS C 87 ? CYS L 22 ? 1_555 CYS L 87 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASN A 351 ? ILE A 355 ? ASN A 351 ILE A 355 AA1 2 VAL A 392 ? LYS A 400 ? VAL A 392 LYS A 400 AA1 3 PRO A 503 ? SER A 510 ? PRO A 503 SER A 510 AA1 4 GLY A 428 ? ASN A 434 ? GLY A 428 ASN A 434 AA1 5 ALA A 373 ? TYR A 377 ? ALA A 373 TYR A 377 AA2 1 CYS A 358 ? VAL A 359 ? CYS A 358 VAL A 359 AA2 2 VAL A 520 ? CYS A 521 ? VAL A 520 CYS A 521 AA2 3 CYS A 388 ? PHE A 389 ? CYS A 388 PHE A 389 AA3 1 TRP A 449 ? ARG A 451 ? TRP A 449 ARG A 451 AA3 2 LEU A 488 ? SER A 490 ? LEU A 488 SER A 490 AA4 1 TYR A 470 ? GLN A 471 ? TYR A 470 GLN A 471 AA4 2 CYS A 484 ? TYR A 485 ? CYS A 484 TYR A 485 AA5 1 GLN B 3 ? SER B 7 ? GLN H 3 SER H 7 AA5 2 SER B 17 ? SER B 25 ? SER H 17 SER H 25 AA5 3 ILE B 80 ? ASN B 86 ? ILE H 80 ASN H 86 AA5 4 PHE B 70 ? ASP B 75 ? PHE H 70 ASP H 75 AA6 1 LEU B 11 ? VAL B 12 ? LEU H 11 VAL H 12 AA6 2 THR B 118 ? VAL B 122 ? THR H 118 VAL H 122 AA6 3 ALA B 94 ? TYR B 101 ? ALA H 94 TYR H 101 AA6 4 ALA B 33 ? GLN B 39 ? ALA H 33 GLN H 39 AA6 5 LEU B 45 ? ILE B 51 ? LEU H 45 ILE H 51 AA6 6 THR B 60 ? TYR B 62 ? THR H 60 TYR H 62 AA7 1 LEU B 11 ? VAL B 12 ? LEU H 11 VAL H 12 AA7 2 THR B 118 ? VAL B 122 ? THR H 118 VAL H 122 AA7 3 ALA B 94 ? TYR B 101 ? ALA H 94 TYR H 101 AA7 4 PHE B 111 ? TRP B 114 ? PHE H 111 TRP H 114 AA8 1 SER C 9 ? VAL C 12 ? SER L 9 VAL L 12 AA8 2 THR C 101 ? VAL C 105 ? THR L 101 VAL L 105 AA8 3 ASP C 84 ? ASP C 91 ? ASP L 84 ASP L 91 AA8 4 ALA C 32 ? GLN C 37 ? ALA L 32 GLN L 37 AA8 5 VAL C 44 ? ILE C 47 ? VAL L 44 ILE L 47 AA9 1 SER C 9 ? VAL C 12 ? SER L 9 VAL L 12 AA9 2 THR C 101 ? VAL C 105 ? THR L 101 VAL L 105 AA9 3 ASP C 84 ? ASP C 91 ? ASP L 84 ASP L 91 AA9 4 THR C 94 ? PHE C 97 ? THR L 94 PHE L 97 AB1 1 ALA C 18 ? SER C 23 ? ALA L 18 SER L 23 AB1 2 THR C 69 ? ILE C 74 ? THR L 69 ILE L 74 AB1 3 PHE C 61 ? SER C 66 ? PHE L 61 SER L 66 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ILE A 355 ? N ILE A 355 O VAL A 392 ? O VAL A 392 AA1 2 3 N PHE A 397 ? N PHE A 397 O VAL A 506 ? O VAL A 506 AA1 3 4 O VAL A 507 ? O VAL A 507 N ILE A 431 ? N ILE A 431 AA1 4 5 O GLY A 428 ? O GLY A 428 N TYR A 377 ? N TYR A 377 AA2 1 2 N CYS A 358 ? N CYS A 358 O CYS A 521 ? O CYS A 521 AA2 2 3 O VAL A 520 ? O VAL A 520 N PHE A 389 ? N PHE A 389 AA3 1 2 N TYR A 450 ? N TYR A 450 O GLU A 489 ? O GLU A 489 AA4 1 2 N TYR A 470 ? N TYR A 470 O TYR A 485 ? O TYR A 485 AA5 1 2 N VAL B 5 ? N VAL H 5 O THR B 23 ? O THR H 23 AA5 2 3 N LEU B 18 ? N LEU H 18 O MET B 85 ? O MET H 85 AA5 3 4 O TYR B 82 ? O TYR H 82 N SER B 73 ? N SER H 73 AA6 1 2 N VAL B 12 ? N VAL H 12 O THR B 121 ? O THR H 121 AA6 2 3 O VAL B 120 ? O VAL H 120 N ALA B 94 ? N ALA H 94 AA6 3 4 O TYR B 97 ? O TYR H 97 N VAL B 37 ? N VAL H 37 AA6 4 5 N ARG B 38 ? N ARG H 38 O GLU B 46 ? O GLU H 46 AA6 5 6 N PHE B 50 ? N PHE H 50 O GLU B 61 ? O GLU H 61 AA7 1 2 N VAL B 12 ? N VAL H 12 O THR B 121 ? O THR H 121 AA7 2 3 O VAL B 120 ? O VAL H 120 N ALA B 94 ? N ALA H 94 AA7 3 4 N ARG B 100 ? N ARG H 100 O ILE B 113 ? O ILE H 113 AA8 1 2 N VAL C 10 ? N VAL L 10 O LYS C 102 ? O LYS L 102 AA8 2 3 O THR C 101 ? O THR L 101 N TYR C 85 ? N TYR L 85 AA8 3 4 O GLN C 88 ? O GLN L 88 N SER C 33 ? N SER L 33 AA8 4 5 N GLN C 36 ? N GLN L 36 O VAL C 44 ? O VAL L 44 AA9 1 2 N VAL C 10 ? N VAL L 10 O LYS C 102 ? O LYS L 102 AA9 2 3 O THR C 101 ? O THR L 101 N TYR C 85 ? N TYR L 85 AA9 3 4 N ASP C 91 ? N ASP L 91 O THR C 94 ? O THR L 94 AB1 1 2 N ALA C 18 ? N ALA L 18 O ILE C 74 ? O ILE L 74 AB1 2 3 O THR C 73 ? O THR L 73 N SER C 62 ? N SER L 62 # _pdbx_entry_details.entry_id 9SF5 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 TYR A 366 ? ? -81.31 48.27 2 1 THR A 390 ? ? -93.92 -60.39 3 1 ALA A 408 ? ? -170.65 148.30 4 1 LYS A 478 ? ? 56.31 -96.02 5 1 LYS A 480 ? ? 54.10 -142.63 6 1 ASN A 483 ? ? 58.31 16.21 7 1 LEU A 513 ? ? -92.38 51.51 8 1 ASP L 50 ? ? 72.75 -5.10 9 1 THR L 51 ? ? -135.68 -35.66 10 1 SER L 92 ? ? 53.43 -107.09 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9SF5 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;Initial local fitting performed in ChimeraX then used two rounds of Phenix real space refinement (checking in coot in between), 3 iterations each with rigid body fitting and minimisation global, b-factor refinement during final round. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 68 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 8CIM ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 8CIM 1 2 1 . . . ? ? ? AlphaFold 'in silico model' ? ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9SF5 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.7 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 130659 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '1 x PBS at pH 7.5' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Trimeric complex of JN.1-9 fab with SARS-CoV2 KP.3 Spike glycoprotein subunit.' _em_entity_assembly.details 'Fab fragment from papain cleavage.' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3' # _em_imaging.entry_id 9SF5 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode OTHER _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2600 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 165000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50.0 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type C-flat-2/1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9SF5 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 279 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9SF5 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9SF5 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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