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_refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0078 ? 33585 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.7078 ? 45470 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0880 ? 4920 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0103 ? 10025 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.5922 ? 4515 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details 1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_1 2.93953588753e-13 ? ? ? 'NCS constraints' A A ? ? ? ? 2 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_1 3.85159991285e-13 ? ? ? 'NCS constraints' A A ? ? ? ? 3 'ELECTRON MICROSCOPY' d_4 ens_1 5.31009667405e-13 ? ? ? 'NCS constraints' A A ? ? ? ? 4 'ELECTRON MICROSCOPY' d_5 ens_1 6.29663650414e-13 ? ? ? 'NCS constraints' A A ? ? ? ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] _struct_ncs_oper.details 1 given 0.308869418577 0.95109980508 -0.00297372555933 -0.951104452435 0.308868083152 -0.000909817888489 5.31612969278e-05 0.00310933854202 0.999995164582 -23.8094331656 152.799788121 -0.317527471203 ? 2 given -0.811421395768 0.584461276857 -0.000578225814832 -0.584461046326 -0.811418966177 0.00213228894696 0.000777056927682 0.00206813533827 0.999997559496 114.303305789 222.593290507 -0.301252388636 ? 3 given -0.806893818147 -0.590693694004 0.0018237598136 0.590696411063 -0.806891619609 0.0019142000441 0.00034087061466 0.00262184455882 0.999996504863 222.874763152 112.86182575 -0.309849875778 ? 4 given 0.308792080809 -0.95112516544 0.00289318117704 0.951128716629 0.308794441108 0.00039691986739 -0.00127091873913 0.00262922198813 0.99999573597 152.448452185 -24.1003588861 -0.169078950424 ? # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details ens_1 d_1 ;chain "A" ; ens_1 d_2 ;chain "B" ; ens_1 d_3 ;chain "C" ; ens_1 d_4 ;chain "D" ; ens_1 d_5 ;chain "E" ; # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details ens_1 d_1 1 A GLN 30 . A HIS 847 . A GLN 43 A HIS 901 ? ? ens_1 d_1 2 F CA . . F CA . . A CA 1001 A CA 1001 ? ? ens_1 d_2 1 B GLN 30 . B HIS 847 . B GLN 43 B HIS 901 ? ? ens_1 d_2 2 H CA . . H CA . . B CA 1001 B CA 1001 ? ? ens_1 d_3 1 C GLN 30 . C HIS 847 . C GLN 43 C HIS 901 ? ? ens_1 d_3 2 J CA . . J CA . . C CA 1001 C CA 1001 ? ? ens_1 d_4 1 D GLN 30 . D HIS 847 . D GLN 43 D HIS 901 ? ? ens_1 d_4 2 L CA . . L CA . . D CA 1001 D CA 1001 ? ? ens_1 d_5 1 E GLN 30 . E HIS 847 . E GLN 43 E HIS 901 ? ? ens_1 d_5 2 N CA . . N CA . . E CA 1001 E CA 1001 ? ? # _struct_ncs_ens.id ens_1 _struct_ncs_ens.details ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_1 d_3 d_1 2 ens_1 d_4 d_1 3 ens_1 d_5 d_1 4 # _struct.entry_id 9SM8 _struct.title 'Zuzalysin zymogen pentamer E439A' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9SM8 _struct_keywords.text 'metallopeptidase, pentamer, zymogen, prophyromonas gingivalis, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 2 ? K N N 3 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 2 ? O N N 3 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code A0AAF0BD41_PORGN _struct_ref.pdbx_db_accession A0AAF0BD41 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;QSDYFFRSKKKKPATEAPAQKSKFDQTVAGAKKSEGPFTVYFTKKNEILFAMPDSAFRREYLLSSRVAATSNTREAVAGQ MSTSPFLIKFSRDSINVYLHTPQVGAMVREDDPIVPSFKKNFFDPVLKAFPIVDTKDGKVLIDVTKFFREDEKSITPLTI LPPTMQNANVIKGVLDPTASIVTEVKSFPRNVEIKSMLTYKTQPYSEPYTLIMQRSILLLPEKPMRMRLQDNRVGIFNSS RQYFSTDKDKVESFKLIHRWDLQPKDSAAYMRGELVEPVKPIIFYVDSVFPDKWRATIKQAIEDWRMAFEAAGFKNAIIA KDYPTKEENPDFDPDDIRFSCFKYATTTTANAMGPSFVDPRSGEIICADVIWYHNVLSLVHNWRFVQTGAVDPRVRKAVF DDEVMRESLRYVAAHEIGHTIGLMHNMGASYSFTIENLRDPQFTQKYGTTPSIMDYARNNFVAQPGDLERGVRLTPPIIG VYDIHAINWAYRLVPGAKTAEEEKPTLNAWIAEKKDDPMFTFGAQQFPYTIDPTDQTEDLSNDHFRAGDMSISNLKIIAK NMDKWLLEKEARYDDLRDMHGQLMSQYYRHVSHIMPYIGGVEHFEIRQGEENTLSRRFITKDKQRKAMNWLLNQARTYRQ WLAEPAFLNKVEQNSGMTDLLGKAMVAALFNPGSIGRIYEAEQSGQPGVYKLTDYANELIDAIFNVKGNLTDADRSIQNL AIDLMSAYSGLSTESKNTARRLSEELDALSYKLSEDNLPCALGCGGHHAAEDGADSFFRLTSFSKQAPNEVIAPLLLQQL KRVQTIYRNRKATGNAADRSFYDYQLLRLERLMKTN ; _struct_ref.pdbx_align_begin 24 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9SM8 A 11 ? 846 ? 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'expression tag' 18 5 1 9SM8 GLY A 6 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 19 6 1 9SM8 GLY A 7 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 20 7 1 9SM8 GLN A 8 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 21 8 1 9SM8 MET A 9 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 22 9 1 9SM8 GLY A 10 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 23 10 1 9SM8 MET A 184 ? UNP A0AAF0BD41 VAL 197 conflict 197 11 1 9SM8 PRO A 285 ? UNP A0AAF0BD41 LEU 298 conflict 298 12 1 9SM8 VAL A 293 ? UNP A0AAF0BD41 ILE 306 conflict 306 13 1 9SM8 ALA A 426 ? UNP A0AAF0BD41 GLU 439 conflict 439 14 1 9SM8 HIS A 738 ? UNP A0AAF0BD41 TYR 751 conflict 751 15 1 9SM8 HIS A 761 ? UNP A0AAF0BD41 TYR 774 conflict 774 16 1 9SM8 ALA A 792 ? UNP A0AAF0BD41 SER 805 conflict 805 17 1 9SM8 HIS A 847 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 901 18 1 9SM8 HIS A 848 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 902 19 1 9SM8 HIS A 849 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 903 20 1 9SM8 HIS A 850 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 904 21 1 9SM8 HIS A 851 ? 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UNP A0AAF0BD41 TYR 751 conflict 751 38 2 9SM8 HIS B 761 ? UNP A0AAF0BD41 TYR 774 conflict 774 39 2 9SM8 ALA B 792 ? UNP A0AAF0BD41 SER 805 conflict 805 40 2 9SM8 HIS B 847 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 901 41 2 9SM8 HIS B 848 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 902 42 2 9SM8 HIS B 849 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 903 43 2 9SM8 HIS B 850 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 904 44 2 9SM8 HIS B 851 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 905 45 2 9SM8 HIS B 852 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 906 46 3 9SM8 MET C 1 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'initiating methionine' 14 47 3 9SM8 ALA C 2 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 15 48 3 9SM8 SER C 3 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 16 49 3 9SM8 MET C 4 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 17 50 3 9SM8 THR C 5 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 18 51 3 9SM8 GLY C 6 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 19 52 3 9SM8 GLY C 7 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 'expression tag' 20 53 3 9SM8 GLN C 8 ? UNP A0AAF0BD41 ? ? 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PRO 227 C 1 12.47 6 PHE 537 C . ? PHE 550 C PRO 538 C ? PRO 551 C 1 -1.71 7 GLN 213 D . ? GLN 226 D PRO 214 D ? PRO 227 D 1 12.47 8 PHE 537 D . ? PHE 550 D PRO 538 D ? PRO 551 D 1 -1.71 9 GLN 213 E . ? GLN 226 E PRO 214 E ? PRO 227 E 1 12.47 10 PHE 537 E . ? PHE 550 E PRO 538 E ? PRO 551 E 1 -1.71 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 11 ? AA2 ? 11 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 11 ? AA8 ? 11 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 11 ? AB5 ? 11 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 11 ? AC2 ? 11 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 11 ? AC8 ? 11 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 2 ? 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