data_9SQY # _entry.id 9SQY # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.416 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9SQY pdb_00009sqy 10.2210/pdb9sqy/pdb WWPDB D_1292150859 ? ? EMDB EMD-55122 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-08-05 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-08-05 ? 3 Image 1 0 2026-08-05 ? 4 'Primary map' 1 0 2026-08-05 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 Image repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9SQY _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-09-23 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Cryo-EM structure of the ARISC(E33A)-RAP80:K63-Ub7 complex (Consensus Map)' EMD-55090 'consensus EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of the ARISC(E33A)-RAP80:K63-Ub7 complex (Left Arm map)' EMD-55069 'focused EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of the ARISC(E33A)-RAP80:K63-Ub7 complex (Non-catalytic Ub, Left Arm map)' EMD-55070 'focused EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of the ARISC(E33A)-RAP80:K63-Ub7 complex (Non-catalytic Ub, Right Arm map)' EMD-55071 'focused EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of the ARISC(E33A)-RAP80:K63-Ub7 complex (Right Arm map)' EMD-55072 'focused EM volume' EMDB ;Cryo-EM structure of the ARISC(E33A)-RAP80:K63-Ub7 complex (Ub (P1') map) ; EMD-55073 'focused EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of the ARISC(E33A)-RAP80:K63-Ub7 complex (Ub (P2) and Ub (P3) map)' EMD-55074 'focused EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of the ARISC(E33A)-RAP80:K63-Ub7 complex (Composite map)' EMD-55122 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email e.zeqiraj@leeds.ac.uk _pdbx_contact_author.name_first Elton _pdbx_contact_author.name_last Zeqiraj _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-0239-5926 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Foglizzo, M.' 1 0000-0001-9132-4737 'Zeqiraj, E.' 2 0000-0003-0239-5926 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Mechanism of K63-linked polyubiquitin recognition and cleavage by the BRCA1-A complex' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Foglizzo, M.' 1 0000-0001-9132-4737 primary 'Datta, A.' 2 0000-0002-0617-9908 primary 'Degtjarik, O.' 3 0000-0002-1492-9481 primary 'Perera, H.' 4 0000-0002-7348-8380 primary 'Liburd, J.' 5 0009-0002-0271-4229 primary 'Sykora, U.M.' 6 ? primary 'Ganji, R.S.' 7 ? primary 'Wildsmith, G.' 8 ? primary 'Chandler, F.' 9 0000-0003-3465-7599 primary 'Campbell, L.J.' 10 ? primary 'Calabrese, A.N.' 11 0000-0003-2437-7761 primary 'Greenberg, R.A.' 12 0000-0003-1326-8981 primary 'Zeqiraj, E.' 13 0000-0003-0239-5926 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'BRCA1-A complex subunit Abraxas 1' 50623.969 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'BRISC and BRCA1-A complex member 2' 43721.602 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'BRISC and BRCA1-A complex member 1' 36594.930 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'BRCA1-A complex subunit RAP80' 80243.945 2 ? ? ? ? 5 polymer man Ubiquitin 8576.831 6 ? ? ? ? 6 polymer man 'Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36' 36061.883 2 3.4.19.- ? ? ? 7 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Coiled-coil domain-containing protein 98,Protein FAM175A' 2 'BRCA1-A complex subunit BRE,BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 45,Brain and reproductive organ-expressed protein' 3 'Mediator of RAP80 interactions and targeting subunit of 40 kDa,New component of the BRCA1-A complex' 4 'Receptor-associated protein 80,Retinoid X receptor-interacting protein 110,Ubiquitin interaction motif-containing protein 1' 5 Polyubiquitin-C 6 ;BRCA1-A complex subunit BRCC36,BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3,BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 36,BRISC complex subunit BRCC36 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKLEVLFQGTMEGESTSAVLSGFVLGALAFQHLNTDSDTEGFLLGEVKGEAKN SITDSQMDDVEVVYTIDIQKYIPCYQLFSFYNSSGEVNEQALKKILSNVKKNVVGWYKFRRHSDQIMTFRERLLHKNLQE HFSNQDLVFLLLTPSIITESCSTHRLEHSLYKPQKGLFHRVPLVVANLGMSEQLGYKTVSGSCMSTGFSRAVQTHSSKFF EEDGSLKEVHKINEMYASLQEELKSICKKVEDSEQAVDKLVKDVNRLKREIEKRRGAQIQAAREKNIQKDPQENIFLCQA LRTFFPNSEFLHSCVMSLKNRHVSKSSCNYNHHLDVVDNLTLMVEHTDIPEASPASTPQIIKHKALDLDDRWQFKRSRLL DTQDKRSKADTGSSNQDKASKMSSPETDEEIEKMKGFGEYSRSPTF ; ;MWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKLEVLFQGTMEGESTSAVLSGFVLGALAFQHLNTDSDTEGFLLGEVKGEAKN SITDSQMDDVEVVYTIDIQKYIPCYQLFSFYNSSGEVNEQALKKILSNVKKNVVGWYKFRRHSDQIMTFRERLLHKNLQE HFSNQDLVFLLLTPSIITESCSTHRLEHSLYKPQKGLFHRVPLVVANLGMSEQLGYKTVSGSCMSTGFSRAVQTHSSKFF EEDGSLKEVHKINEMYASLQEELKSICKKVEDSEQAVDKLVKDVNRLKREIEKRRGAQIQAAREKNIQKDPQENIFLCQA LRTFFPNSEFLHSCVMSLKNRHVSKSSCNYNHHLDVVDNLTLMVEHTDIPEASPASTPQIIKHKALDLDDRWQFKRSRLL DTQDKRSKADTGSSNQDKASKMSSPETDEEIEKMKGFGEYSRSPTF ; D,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GAMSPEVALNRISPMLSPFISSVVRNGKVGLDATNCLRITDLKSGCTSLTPGPNCDRFKLHIPYAGETLKWDIIFNAQYP ELPPDFIFGEDAEFLPDPSALQNLASWNPSNPECLLLVVKELVQQYHQFQCSRLRESSRLMFEYQTLLEEPQYGENMEIY AGKKNNWTGEFSARFLLKLPVDFSNIPTYLLKDVNEDPGEDVALLSVSFEDTEATQVYPKLYLSPRIEHALGGSSALHIP AFPGGGCLIDYVPQVCHLLTNKVQYVIQGYHKRREYIAAFLSHFGTGVVEYDAEGFTKLTLLLMWKDFCFLVHIDLPLFF PRDQPTLTFQSVYHFTNSGQLYSQAQKNYPYSPRWDGNEMAKRAKAYFKTFVPQFQEAAFANGKL ; ;GAMSPEVALNRISPMLSPFISSVVRNGKVGLDATNCLRITDLKSGCTSLTPGPNCDRFKLHIPYAGETLKWDIIFNAQYP ELPPDFIFGEDAEFLPDPSALQNLASWNPSNPECLLLVVKELVQQYHQFQCSRLRESSRLMFEYQTLLEEPQYGENMEIY AGKKNNWTGEFSARFLLKLPVDFSNIPTYLLKDVNEDPGEDVALLSVSFEDTEATQVYPKLYLSPRIEHALGGSSALHIP AFPGGGCLIDYVPQVCHLLTNKVQYVIQGYHKRREYIAAFLSHFGTGVVEYDAEGFTKLTLLLMWKDFCFLVHIDLPLFF PRDQPTLTFQSVYHFTNSGQLYSQAQKNYPYSPRWDGNEMAKRAKAYFKTFVPQFQEAAFANGKL ; E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MEVAEPSSPTEEEEEEEEHSAEPRPRTRSNPEGAEDRAVGAQASVGSRSEGEGEAASADDGSLNTSGAGPKSWQVPPPAP EVQIRTPRVNCPEKVIICLDLSEEMSLPKLESFNGSKTNALNVSQKMIEMFVRTKHKIDKSHEFALVVVNDDTAWLSGLT SDPRELCSCLYDLETASCSTFNLEGLFSLIQQKTELPVTENVQTIPPPYVVRTILVYSRPPCQPQFSLTEPMKKMFQCPY FFFDVVYIHNGTEEKEEEMSWKDMFAFMGSLDTKGTSYKYEVALAGPALELHNCMAKLLAHPLQRPCQSHASYSLLEEED EAIEVEATV ; ;MEVAEPSSPTEEEEEEEEHSAEPRPRTRSNPEGAEDRAVGAQASVGSRSEGEGEAASADDGSLNTSGAGPKSWQVPPPAP EVQIRTPRVNCPEKVIICLDLSEEMSLPKLESFNGSKTNALNVSQKMIEMFVRTKHKIDKSHEFALVVVNDDTAWLSGLT SDPRELCSCLYDLETASCSTFNLEGLFSLIQQKTELPVTENVQTIPPPYVVRTILVYSRPPCQPQFSLTEPMKKMFQCPY FFFDVVYIHNGTEEKEEEMSWKDMFAFMGSLDTKGTSYKYEVALAGPALELHNCMAKLLAHPLQRPCQSHASYSLLEEED EAIEVEATV ; G,H ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GAMGSMPRRKKKVKEVSESRNLEKKDVETTSSVSVKRKRRLEDAFIVISDSDGEEPKEENGLQKTKTKQSNRAKCLAKRK IAQMTEEEQFALALKMSEQEAREVNSQEEEEEELLRKAIAESLNSCRPSDASATRSRPLATGPSSQSHQEKTTDSGLTEG IWQLVPPSLFKGSHISQGNEAEEREEPWDHTEKTEEEPVSGSSGSWDQSSQPVFENVNVKSFDRCTGHSAEHTQCGKPQE STGRGSAFLKAVQGSGDTSRHCLPTLADAKGLQDTGGTVNYFWGIPFCPDGVDPNQYTKVILCQLEVYQKSLKMAQRQLL NKKGFGEPVLPRPPSLIQNECGQGEQASEKNECISEDMGDEDKEERQESRASDWHSKTKDFQESSIKSLKEKLLLEEEPT 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TSDADIKSSETGAFRVPSPGMEEAGCSREMQSSFTRRDLNESPVKSFVSISEATDCLVDFKKQVTVQPGSRTRTKAGRGR RRKF ; I,J ? 5 'polypeptide(L)' no no MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG K,L,M,N,O,P ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MAVQVVQAVQAVHLESDAFLVCLNHALSTEKEAVMGLCIGELNDDTRSDSKFAYTGTEMRTVAEKVDAVRIVHIHSVIIL RRSDKRKDRVEISPEQLSAASTEAERLAELTGRPMRVVGWYHSHPHITVWPSHVDVRTQAMYQMMDQGFVGLIFSCFIED KNTKTGRVLYTCFQSIQAQKSSESLHGPRDFWSSSQHISIEGQKEEERYERIEIPIHIVPHVTIGKVCLESAVELPKILC QEEQDAYRRIHSLTHLDSVTKIHNGSVFTKNLCSQMSAVSGPLLQWLEDRLEQNQQHLQELQQEKEELMQELSSLE ; ;MAVQVVQAVQAVHLESDAFLVCLNHALSTEKEAVMGLCIGELNDDTRSDSKFAYTGTEMRTVAEKVDAVRIVHIHSVIIL RRSDKRKDRVEISPEQLSAASTEAERLAELTGRPMRVVGWYHSHPHITVWPSHVDVRTQAMYQMMDQGFVGLIFSCFIED KNTKTGRVLYTCFQSIQAQKSSESLHGPRDFWSSSQHISIEGQKEEERYERIEIPIHIVPHVTIGKVCLESAVELPKILC QEEQDAYRRIHSLTHLDSVTKIHNGSVFTKNLCSQMSAVSGPLLQWLEDRLEQNQQHLQELQQEKEELMQELSSLE ; A,B ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 7 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 TRP n 1 3 SER n 1 4 HIS n 1 5 PRO n 1 6 GLN n 1 7 PHE n 1 8 GLU n 1 9 LYS n 1 10 GLY n 1 11 GLY n 1 12 GLY n 1 13 SER n 1 14 GLY n 1 15 GLY n 1 16 GLY n 1 17 SER n 1 18 GLY n 1 19 GLY n 1 20 SER n 1 21 ALA n 1 22 TRP n 1 23 SER n 1 24 HIS n 1 25 PRO n 1 26 GLN n 1 27 PHE n 1 28 GLU n 1 29 LYS n 1 30 LEU n 1 31 GLU n 1 32 VAL n 1 33 LEU n 1 34 PHE n 1 35 GLN n 1 36 GLY n 1 37 THR n 1 38 MET n 1 39 GLU n 1 40 GLY n 1 41 GLU n 1 42 SER n 1 43 THR n 1 44 SER n 1 45 ALA n 1 46 VAL n 1 47 LEU n 1 48 SER n 1 49 GLY n 1 50 PHE n 1 51 VAL n 1 52 LEU n 1 53 GLY n 1 54 ALA n 1 55 LEU n 1 56 ALA n 1 57 PHE n 1 58 GLN n 1 59 HIS n 1 60 LEU n 1 61 ASN n 1 62 THR n 1 63 ASP n 1 64 SER n 1 65 ASP n 1 66 THR n 1 67 GLU n 1 68 GLY n 1 69 PHE n 1 70 LEU n 1 71 LEU n 1 72 GLY n 1 73 GLU n 1 74 VAL n 1 75 LYS n 1 76 GLY n 1 77 GLU n 1 78 ALA n 1 79 LYS n 1 80 ASN n 1 81 SER n 1 82 ILE n 1 83 THR n 1 84 ASP n 1 85 SER n 1 86 GLN n 1 87 MET n 1 88 ASP n 1 89 ASP n 1 90 VAL n 1 91 GLU n 1 92 VAL n 1 93 VAL n 1 94 TYR n 1 95 THR n 1 96 ILE n 1 97 ASP n 1 98 ILE n 1 99 GLN n 1 100 LYS n 1 101 TYR n 1 102 ILE n 1 103 PRO n 1 104 CYS n 1 105 TYR n 1 106 GLN n 1 107 LEU n 1 108 PHE n 1 109 SER n 1 110 PHE n 1 111 TYR n 1 112 ASN n 1 113 SER n 1 114 SER n 1 115 GLY n 1 116 GLU n 1 117 VAL n 1 118 ASN n 1 119 GLU n 1 120 GLN n 1 121 ALA n 1 122 LEU n 1 123 LYS n 1 124 LYS n 1 125 ILE n 1 126 LEU n 1 127 SER n 1 128 ASN n 1 129 VAL n 1 130 LYS n 1 131 LYS n 1 132 ASN n 1 133 VAL n 1 134 VAL n 1 135 GLY n 1 136 TRP n 1 137 TYR n 1 138 LYS n 1 139 PHE n 1 140 ARG n 1 141 ARG n 1 142 HIS n 1 143 SER n 1 144 ASP n 1 145 GLN n 1 146 ILE n 1 147 MET n 1 148 THR n 1 149 PHE n 1 150 ARG n 1 151 GLU n 1 152 ARG n 1 153 LEU n 1 154 LEU n 1 155 HIS n 1 156 LYS n 1 157 ASN n 1 158 LEU n 1 159 GLN n 1 160 GLU n 1 161 HIS n 1 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VAL B 279 LEU B 315 1 ? 37 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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The cross-linking reaction was then quenched by the addition of 100 mM Tris-HCl pH 7.5 prior to cryo-EM grids preparation. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)' 'United Kingdom' BB/Z51522X/1 1 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 222531/Z/21/Z 2 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MR/T029471/1 3 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 221524/Z/20/Z 4 # _atom_sites.entry_id 9SQY _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S ZN # loop_ #