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_refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R 0.191 _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? 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_refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_lipid ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_carb ? _refine_hist.pdbx_pseudo_atom_details ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 0.012 21593 ? r_bond_refined_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.000 0.016 20888 ? r_bond_other_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.349 1.641 29238 ? r_angle_refined_deg ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.421 1.572 48192 ? r_angle_other_deg ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.111 5.000 2541 ? r_dihedral_angle_1_deg ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 2.730 5.000 436 ? r_dihedral_angle_2_deg ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.953 10.000 4045 ? r_dihedral_angle_3_deg ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_dihedral_angle_4_deg ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.066 0.200 3360 ? r_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 0.020 24343 ? r_gen_planes_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.001 0.020 4742 ? r_gen_planes_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.124 8.887 10260 ? r_mcbond_it ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.123 8.887 10260 ? r_mcbond_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 11.791 15.913 12769 ? r_mcangle_it ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 11.791 15.914 12770 ? r_mcangle_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.234 10.236 11333 ? r_scbond_it ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.234 10.237 11334 ? r_scbond_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scangle_it ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.850 18.218 16470 ? r_scangle_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 25.528 107.59 80453 ? r_long_range_B_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 25.528 107.59 80454 ? r_long_range_B_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_rigid_bond_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_free ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_bonded ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.d_res_high 2.700 _refine_ls_shell.d_res_low 2.770 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 33592 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.751 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_R_complete ? _refine_ls_shell.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine_ls_shell.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine_ls_shell.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_work ? _refine_ls_shell.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_free ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.000 # _struct.entry_id 9T3B _struct.title 'yeast core m6A Methyltransferase Complex (ycMTC) bound to mRNA' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9T3B _struct_keywords.text 'Methyltransferase complex, m6A, mRNA processing, RNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'RNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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P25583 1 ? 335 ? 1 335 2 2 9T3B F 1 ? 366 ? P38236 1 ? 366 ? 1 366 3 3 9T3B J 1 ? 27 ? 9T3B 4 ? 27 ? 4 27 4 4 9T3B I 1 ? 298 ? P40167 1 ? 298 ? 1 298 5 5 9T3B A 1 ? 600 ? P41833 1 ? 600 ? 1 600 6 6 9T3B C 1 ? 909 ? P53185 1 ? 909 ? 1 909 7 6 9T3B D 1 ? 909 ? P53185 1 ? 909 ? 1 909 8 2 9T3B E 1 ? 366 ? P38236 1 ? 366 ? 1 366 9 2 9T3B G 1 ? 366 ? P38236 1 ? 366 ? 1 366 10 2 9T3B H 1 ? 366 ? P38236 1 ? 366 ? 1 366 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 48 ? 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A HIS 275 ? 1_555 107.6 ? # _pdbx_modification_feature.ordinal 1 _pdbx_modification_feature.label_comp_id SEP _pdbx_modification_feature.label_asym_id A _pdbx_modification_feature.label_seq_id 329 _pdbx_modification_feature.label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id . _pdbx_modification_feature.auth_comp_id SEP _pdbx_modification_feature.auth_asym_id B _pdbx_modification_feature.auth_seq_id 329 _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code . _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry . _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom . _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom . _pdbx_modification_feature.modified_residue_id SER _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id 1 _pdbx_modification_feature.ref_comp_id SEP _pdbx_modification_feature.type Phosphorylation _pdbx_modification_feature.category 'Named protein modification' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 8 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA1 7 8 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA5 6 7 ? anti-parallel AA5 7 8 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 PHE A 96 ? 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O ILE A 456 AA6 1 2 N ASN F 198 ? N ASN C 198 O GLU F 201 ? O GLU C 201 AA7 1 2 N ILE F 680 ? N ILE C 680 O LEU H 244 ? O LEU E 244 AA8 1 2 N ILE G 680 ? N ILE D 680 O LEU J 244 ? O LEU H 244 AA9 1 2 N TYR I 291 ? N TYR G 291 O TYR I 294 ? O TYR G 294 # _pdbx_entry_details.entry_id 9T3B _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 NE B ARG 268 ? ? 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