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EMDB EMD-63884 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-01-14 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-01-14 ? 3 'Additional map' 1 0 2026-01-14 1 4 'Additional map' 1 0 2026-01-14 2 5 'Additional map' 1 0 2026-01-14 3 6 FSC 1 0 2026-01-14 ? 7 'Half map' 1 0 2026-01-14 1 8 'Half map' 1 0 2026-01-14 2 9 Image 1 0 2026-01-14 ? 10 'Primary map' 1 0 2026-01-14 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 FSC repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 8 8 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 9 9 Image repository 'Initial release' ? ? 10 10 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9U5U _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-03-21 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'The 1:1 cryo-EM structure of BAP1/ASXL1-K351Ub in complex with H2AK119Ub nucleosome' _pdbx_database_related.db_id EMD-63884 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email lliu@mail.tsinghua.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first Lei _pdbx_contact_author.name_last Liu _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-6290-8602 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ai, H.S.' 1 ? 'Liu, L.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Biorxiv _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2692-8205 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Unique Gluing Effect of ASXL1 K351 Monoubiquitination Stimulates PR-DUB-Mediated Nucleosomal H2AK119Ub Deubiquitination' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1101/2025.04.25.650627 _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhang, T.' 1 ? primary 'Zheng, J.' 2 ? primary 'Tong, Z.' 3 ? primary 'Deng, Z.' 4 ? primary 'He, Z.' 5 ? primary 'Wu, X.' 6 ? primary 'Wang, M.' 7 ? primary 'Du, Y.' 8 ? primary 'Xu, Z.' 9 ? primary 'Tao, S.' 10 ? primary 'Tian, X.' 11 ? primary 'Deng, H.' 12 ? primary 'Pan, M.' 13 ? primary 'Ai, H.' 14 ? primary 'Liu, L.' 15 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15273.838 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 14034.355 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-K' 13790.018 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA (147-MER)' 45604.047 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'DNA (147-MER)' 45145.754 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1' 78205.906 1 3.4.19.12 ? ? ? 8 polymer man 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'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) 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(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) ; ;CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;WLELESDPGLFTLLVEDFGVKGVQVEEIYDLQSKCQGPVYGFIFLFKWIEERRSRRKVSTLVDDTSVIDDDIVNNMFFAH QLIPNSCATHALLSVLLNCSSVDLGPTLSRMKDFTKGFSPESKGYAIGNAPELAKAHNSHARPEPRHLPEKQNGLSAVRT MEAFHFVSYVPITGRLFELDGLKVYPIDHGPWGEDEEWTDKARRVIMERIGLATAGEPYHDIRFNLMAVVPDRRIKYEAR LHVLKVNRQTVLEALQQLIRVTQPELIQTHKSQESQLPEESKSASNKSPLVLEANRAPAASEGNHTDGAEEAAGSCAQAP SHSPPNKPKLVVKPPGSSLNGVHPNPTPIVQRLPAFLDNHNYAKSPMQEEEDLAAGVGRSRVPVRPPQQYSDDEDDYEDD 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NYEACLKEEVEKRKKFKIDDQRRTHNYDEFICTFISMLAQEGMLANLVEQNISVRRRQGVSIGRLHKQRKP ; L ? 8 'polypeptide(L)' no no MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG M,O ? 9 'polypeptide(L)' no no ;ATGQMKRNRGEEIDFETPGSILVNTNLRALINSRTFHALPSHFQQQLLFLLPEVDRQVGTDGLLRLSSSALNNEFFTHAA QSWRERLADGEFTHEMQVRIRQEMEKEKKVEQWKEKFFEDYYGQKLGLTKEESLQQNVGQEEAEIKSGLCVPGHHHHHH ; ;ATGQMKRNRGEEIDFETPGSILVNTNLRALINSRTFHALPSHFQQQLLFLLPEVDRQVGTDGLLRLSSSALNNEFFTHAA QSWRERLADGEFTHEMQVRIRQEMEKEKKVEQWKEKFFEDYYGQKLGLTKEESLQQNVGQEEAEIKSGLCVPGHHHHHH ; N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 ALA n 1 76 GLN n 1 77 ASP n 1 78 PHE n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 ASP n 1 82 LEU n 1 83 ARG n 1 84 PHE n 1 85 GLN n 1 86 SER n 1 87 SER n 1 88 ALA n 1 89 VAL n 1 90 MET n 1 91 ALA n 1 92 LEU n 1 93 GLN n 1 94 GLU n 1 95 ALA n 1 96 SER n 1 97 GLU n 1 98 ALA n 1 99 TYR n 1 100 LEU n 1 101 VAL n 1 102 GLY n 1 103 LEU n 1 104 PHE n 1 105 GLU n 1 106 ASP n 1 107 THR n 1 108 ASN n 1 109 LEU n 1 110 SER n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 HIS n 1 114 ALA n 1 115 LYS n 1 116 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'expression tag' 396 8 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 44 ? 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'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9U5U 'double helix' 9U5U 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 147 1_555 0.128 -0.575 -1.493 -2.588 -3.560 5.408 1 I_DA-73:DT73_J I -73 ? 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J 2 ? 1 I DC 72 1_555 J DG 76 1_555 I DA 73 1_555 J DT 75 1_555 0.170 -0.071 3.119 -3.718 6.374 32.588 -1.126 -0.880 3.015 11.181 6.521 33.391 72 II_DC-2DA-1:DT1DG2_JJ I -2 ? J 2 ? I -1 ? J 1 ? 1 I DA 73 1_555 J DT 75 1_555 I DG 74 1_555 J DC 74 1_555 -0.085 -0.625 3.248 -2.874 3.623 32.398 -1.725 -0.338 3.157 6.452 5.119 32.717 73 II_DA-1DG0:DC0DT1_JJ I -1 ? J 1 ? I 0 ? J 0 ? 1 I DG 74 1_555 J DC 74 1_555 I DC 75 1_555 J DG 73 1_555 0.213 -0.890 3.343 0.598 3.808 33.623 -2.148 -0.269 3.229 6.557 -1.029 33.837 74 II_DG0DC1:DG-1DC0_JJ I 0 ? J 0 ? I 1 ? J -1 ? 1 I DC 75 1_555 J DG 73 1_555 I DG 76 1_555 J DC 72 1_555 0.206 -0.222 3.184 1.130 1.916 32.632 -0.716 -0.176 3.171 3.405 -2.008 32.706 75 II_DC1DG2:DC-2DG-1_JJ I 1 ? J -1 ? I 2 ? J -2 ? 1 I DG 76 1_555 J DC 72 1_555 I DC 77 1_555 J DG 71 1_555 -0.361 -0.327 3.447 1.078 2.757 35.081 -0.971 0.765 3.400 4.564 -1.784 35.201 76 II_DG2DC3:DG-3DC-2_JJ I 2 ? J -2 ? I 3 ? 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