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EMDB EMD-64049 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-04-08 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-04-08 ? 3 'Half map' 1 0 2026-04-08 1 4 'Half map' 1 0 2026-04-08 2 5 Image 1 0 2026-04-08 ? 6 Mask 1 0 2026-04-08 1 7 'Primary map' 1 0 2026-04-08 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 Image repository 'Initial release' ? ? 6 6 Mask repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9UCO _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-04-04 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of ADGRE1-beta arrestin1-scFv30 complex' _pdbx_database_related.db_id EMD-64049 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email zyn15298363992@163.com _pdbx_contact_author.name_first Ya-Ni _pdbx_contact_author.name_last Zhong _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-9079-7081 # _audit_author.name 'Zhong, Y.N.' _audit_author.pdbx_ordinal 1 _audit_author.identifier_ORCID ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Cryo-EM structure of ADGRE1-beta arrestin1-scFv30 complex' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # _citation_author.citation_id primary _citation_author.name 'Zhong, Y.N.' _citation_author.ordinal 1 _citation_author.identifier_ORCID 0000-0001-9079-7081 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man Beta-arrestin-1 42177.195 2 ? ? ? ;Sequence reference for Mus musculus is not available at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id P17870. ; 2 polymer man scFv30 26986.742 4 ? ? ? ? 3 polymer man 'Adhesion G protein-coupled receptor E1' 1563.835 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Adhesion G protein-coupled receptor E1' 32333.805 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Arrestin beta-1,Arrestin-2' 3 ;Cell surface glycoprotein F4/80,EGF-like module receptor 1,EGF-like module-containing mucin-like hormone receptor-like 1,EMR1 hormone receptor ; 4 ;Cell surface glycoprotein F4/80,EGF-like module receptor 1,EGF-like module-containing mucin-like hormone receptor-like 1,EMR1 hormone receptor ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MGDKGTRVFKKASPNGKLTVYLGKRDFVDHIDLVEPVDGVVLVDPEYLKERRVYVTLTAAFRYGREDLDVLGLTFRKDLF 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;SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQ PEDFATYYCQQYKYVPVTFGQGTKVEIKGTTAASGSSGGSSSGAEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVYSSSIHW VRQAPGKGLEWVASISSYYGYTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARSRQFWYSGLDYWGQGTLV TVSSAHHHHHH ; B,F,D,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ANLAIIMASGELTME ANLAIIMASGELTME L,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;FSLYIISHVGTVISLVCLALAIATFLLCRAVQNHNTYMHLHLCVCLFLAKILFLTGIDKTDNQTACAIIAGFLHYLFLAC FFWMLVEAVMLFLMVRNLKVVNYFSSRNIKMLHLCAFGYGLPVLVVIISASVQPRGYGMHNRCWLNTETGFIWSFLGPVC MIITINSVLLAWTLWVLRQKLCSVSSEVSKLKDTRLLTFKAIAQIFILGCSWVLGIFQIGPLASIMAWLFTIINSLQGAF IFLIHCLLNRQVRDEYKKLLTRKTDLSSHSQTSGILLSSMPSTSKMG ; ;FSLYIISHVGTVISLVCLALAIATFLLCRAVQNHNTYMHLHLCVCLFLAKILFLTGIDKTDNQTACAIIAGFLHYLFLAC FFWMLVEAVMLFLMVRNLKVVNYFSSRNIKMLHLCAFGYGLPVLVVIISASVQPRGYGMHNRCWLNTETGFIWSFLGPVC MIITINSVLLAWTLWVLRQKLCSVSSEVSKLKDTRLLTFKAIAQIFILGCSWVLGIFQIGPLASIMAWLFTIINSLQGAF IFLIHCLLNRQVRDEYKKLLTRKTDLSSHSQTSGILLSSMPSTSKMG ; R,H ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id 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J N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ARRB1_BOVIN P17870 ? 1 ;MGDKGTRVFKKASPNGKLTVYLGKRDFVDHIDLVEPVDGVVLVDPEYLKERRVYVTLTCAFRYGREDLDVLGLTFRKDLF VANVQSFPPAPEDKKPLTRLQERLIKKLGEHAYPFTFEIPPNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDYEVKAFCAENLEEKIHK RNSVRLVIRKVQYAPERPGPQPTAETTRQFLMSDKPLHLEASLDKEIYYHGEPISVNVHVTNNTNKTVKKIKISVRQYAD ICLFNTAQYKCPVAMEEADDTVAPSSTFCKVYTLTPFLANNREKRGLALDGKLKHEDTNLASSTLLREGANREILGIIVS YKVKVKLVVSRGGLLGDLASSDVAVELPFTLMHPKPKEEPPHREVPEHETPVDTNL ; 1 2 PDB 9UCO 9UCO ? 2 ? 1 3 UNP AGRE1_MOUSE Q61549 ? 3 ANLAIIMASGELTME 630 4 UNP AGRE1_MOUSE Q61549 ? 4 ;FSLYIISHVGTVISLVCLALAIATFLLCRAVQNHNTYMHLHLCVCLFLAKILFLTGIDKTDNQTACAIIAGFLHYLFLAC FFWMLVEAVMLFLMVRNLKVVNYFSSRNIKMLHLCAFGYGLPVLVVIISASVQPRGYGMHNRCWLNTETGFIWSFLGPVC MIITINSVLLAWTLWVLRQKLCSVSSEVSKLKDTRLLTFKAIAQIFILGCSWVLGIFQIGPLASIMAYLFTIINSLQGAF IFLIHCLLNRQVRDEYKKLLTRKTDLSSHSQTSGILLSSMPSTSKMG ; 645 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9UCO A 1 ? 376 ? P17870 1 ? 376 ? 1 376 2 2 9UCO B 1 ? 251 ? 9UCO -120 ? 130 ? -120 130 3 2 9UCO F 1 ? 251 ? 9UCO 1 ? 251 ? 1 251 4 1 9UCO C 1 ? 376 ? P17870 1 ? 376 ? 1 376 5 2 9UCO D 1 ? 251 ? 9UCO -120 ? 130 ? -120 130 6 2 9UCO E 1 ? 251 ? 9UCO 1 ? 251 ? 1 251 7 3 9UCO L 1 ? 15 ? Q61549 630 ? 644 ? 630 644 8 4 9UCO R 1 ? 287 ? Q61549 645 ? 931 ? 645 931 9 3 9UCO G 1 ? 15 ? Q61549 630 ? 644 ? 630 644 10 4 9UCO H 1 ? 287 ? Q61549 645 ? 931 ? 645 931 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9UCO ALA A 59 ? UNP P17870 CYS 59 conflict 59 1 1 9UCO SER A 125 ? UNP P17870 CYS 125 conflict 125 2 1 9UCO ILE A 140 ? UNP P17870 CYS 140 conflict 140 3 1 9UCO VAL A 150 ? UNP P17870 CYS 150 conflict 150 4 1 9UCO GLU A 169 ? UNP P17870 ARG 169 conflict 169 5 1 9UCO VAL A 242 ? UNP P17870 CYS 242 conflict 242 6 1 9UCO VAL A 251 ? UNP P17870 CYS 251 conflict 251 7 1 9UCO SER A 269 ? UNP P17870 CYS 269 conflict 269 8 1 9UCO SER A 342 ? UNP P17870 ASP 342 conflict 342 9 4 9UCO ALA C 59 ? UNP P17870 CYS 59 conflict 59 10 4 9UCO SER C 125 ? UNP P17870 CYS 125 conflict 125 11 4 9UCO ILE C 140 ? UNP P17870 CYS 140 conflict 140 12 4 9UCO VAL C 150 ? UNP P17870 CYS 150 conflict 150 13 4 9UCO GLU C 169 ? UNP P17870 ARG 169 conflict 169 14 4 9UCO VAL C 242 ? UNP P17870 CYS 242 conflict 242 15 4 9UCO VAL C 251 ? UNP P17870 CYS 251 conflict 251 16 4 9UCO SER C 269 ? UNP P17870 CYS 269 conflict 269 17 4 9UCO SER C 342 ? UNP P17870 ASP 342 conflict 342 18 8 9UCO TRP R 228 ? UNP Q61549 TYR 872 conflict 872 19 10 9UCO TRP H 228 ? UNP Q61549 TYR 872 conflict 872 20 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 98 ? LEU A 108 ? THR A 98 LEU A 108 1 ? 11 HELX_P HELX_P2 AA2 THR D 98 ? GLY D 109 ? THR C 98 GLY C 109 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 AA3 SER H 2 ? CYS H 28 ? SER R 646 CYS R 672 1 ? 27 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN H 33 ? GLY H 56 ? ASN R 677 GLY R 700 1 ? 24 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN H 62 ? ASN H 97 ? ASN R 706 ASN R 741 1 ? 36 HELX_P HELX_P6 AA6 LYS H 110 ? GLN H 133 ? LYS R 754 GLN R 777 1 ? 24 HELX_P HELX_P7 AA7 ILE H 152 ? LEU H 177 ? ILE R 796 LEU R 821 1 ? 26 HELX_P HELX_P8 AA8 ARG H 195 ? LEU H 208 ? ARG R 839 LEU R 852 1 ? 14 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY H 209 ? ILE H 216 ? GLY R 853 ILE R 860 5 ? 8 HELX_P HELX_P10 AB1 ALA H 223 ? SER H 235 ? ALA R 867 SER R 879 1 ? 13 HELX_P HELX_P11 AB2 LEU H 236 ? HIS H 245 ? LEU R 880 HIS R 889 1 ? 10 HELX_P HELX_P12 AB3 ASN H 249 ? LEU H 260 ? ASN R 893 LEU R 904 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 SER J 2 ? CYS J 28 ? SER H 646 CYS H 672 1 ? 27 HELX_P HELX_P14 AB5 THR J 36 ? GLY J 56 ? THR H 680 GLY H 700 1 ? 21 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN J 62 ? ASN J 97 ? 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ASN H 893 LEU H 904 1 ? 12 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? B CYS 146 SG ? ? ? 1_555 B CYS 220 SG ? ? B CYS 25 B CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf2 disulf ? ? C CYS 24 SG ? ? ? 1_555 C CYS 89 SG ? ? F CYS 24 F CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf3 disulf ? ? E CYS 146 SG ? ? ? 1_555 E CYS 220 SG ? ? D CYS 25 D CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf4 disulf ? ? F CYS 24 SG ? ? ? 1_555 F CYS 89 SG ? ? E CYS 24 E CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? H CYS 66 SG ? ? ? 1_555 H CYS 143 SG ? ? R CYS 710 R CYS 787 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf6 disulf ? ? J CYS 66 SG ? ? ? 1_555 J CYS 143 SG ? ? H CYS 710 H CYS 787 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS B 146 ? CYS B 220 ? CYS B 25 ? 1_555 CYS B 99 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS C 24 ? CYS C 89 ? CYS F 24 ? 1_555 CYS F 89 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS E 146 ? CYS E 220 ? CYS D 25 ? 1_555 CYS D 99 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS F 24 ? CYS F 89 ? CYS E 24 ? 1_555 CYS E 89 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS H 66 ? CYS H 143 ? CYS R 710 ? 1_555 CYS R 787 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS J 66 ? CYS J 143 ? CYS H 710 ? 1_555 CYS H 787 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 6 ? 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