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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.554 ? 28179 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.740 ? 2837 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 3207 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 3663 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9UKF _struct.title 'CryoEM structure of Brucella melitensis CobS(E142Q)-CobT complex with ATP (conformation 1)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9UKF _struct_keywords.text 'Cobalt chelatase, CobS(E142Q)-CobT complex, ATP, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 3 ? M N N 4 ? N N N 3 ? O N N 4 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 4 ? S N N 3 ? T N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0AB36PZV1_BRUML A0AB36PZV1 ? 1 ;MNKVERDIANLPDTTVSVREVFGIDSDMMVPAYAAGDSYVPELDPDYLFDRQTTLAILAGFAYNRRVMVSGYHGTGKSTH IEQVAARLNWPCVRVNLDSHVSRIDLVGKDAIVVKEGVQVTEFKDGILPWAYQHNVALVFDEYDAGRPDVMFVIQRVLES SGRLTLLDQSRVIRPHPAFRLFATANTVGLGDTTGLYHGTQQINQAQMDRWSIVTTLNYLPHDNEVNIVLVKAKHYQNAE GREIVNKMVRVADMTRQAFINGDLSTVMSPRTVITWAENAAIFNDVGFAFRLTFLNKCDELERATVAEFYQRAFGVELPE SAANIVLA ; 1 2 UNP A0AB36PXH5_BRUML A0AB36PXH5 ? 2 ;MSGQMSGIGDNSRDRKTGPVDSEPFKRAITACVRAISGDHEMEVAFSHDRPALSANRARLPDLPKRPTAHDIAVTRGLGD SMALRQARHNPRIHAALAPEGKQARAIFDAVEQARVEAIGARAMAGVADNLSTMLADKYSRANFSAVTTKEDAPLEEAVS LLLREKLTGRPAPAEAGQVLELWRDWIEQKASADIARLGENLEDQQAFARTVRDMLASMDMAEELSQEEPSDDEEQNDEQ TPDSDENEEGGDENQEGSDSAESEESDSSSDEGEQGEMDAADASADEMDDSEDIDAETPGDTRRPNQPFANFAEHVDYKV FTREFDEEVEATDLCDEAELDRLRGFLDKQLANLQGVVGRLANRLQRRLMAQQNRSWDFDLEEGYLDSARLVRIVIDPTQ PLSYKQERDTDFRDTVVTLVLDNSGSMRGRPITVAATCADILARTLERCGVKVEILGFTTKAWKGGQSREAWLGRGKPAN PGRLNDLRHIVYKSADAPWRRARRNLGLMMREGLLKENIDGEALIWAHQRLLGRPEQRKILMMISDGAPVDDSTLSVNPG NYLERHLRAVIEEIETRSPVELIAIGIGHDVTRYYQRAVTIVDAEELAGAMTEQLASLFEEQGAAASVRGRRRAGRR ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9UKF E 1 ? 328 ? A0AB36PZV1 1 ? 328 ? 1 328 2 1 9UKF F 1 ? 328 ? A0AB36PZV1 1 ? 328 ? 1 328 3 2 9UKF G 1 ? 637 ? A0AB36PXH5 1 ? 637 ? 1 637 4 2 9UKF a 1 ? 637 ? A0AB36PXH5 1 ? 637 ? 1 637 5 2 9UKF c 1 ? 637 ? A0AB36PXH5 1 ? 637 ? 1 637 6 1 9UKF A 1 ? 328 ? A0AB36PZV1 1 ? 328 ? 1 328 7 1 9UKF B 1 ? 328 ? A0AB36PZV1 1 ? 328 ? 1 328 8 1 9UKF C 1 ? 328 ? A0AB36PZV1 1 ? 328 ? 1 328 9 1 9UKF D 1 ? 328 ? A0AB36PZV1 1 ? 328 ? 1 328 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9UKF GLN E 142 ? UNP A0AB36PZV1 GLU 142 'engineered mutation' 142 1 2 9UKF GLN F 142 ? UNP A0AB36PZV1 GLU 142 'engineered mutation' 142 2 6 9UKF GLN A 142 ? UNP A0AB36PZV1 GLU 142 'engineered mutation' 142 3 7 9UKF GLN B 142 ? UNP A0AB36PZV1 GLU 142 'engineered mutation' 142 4 8 9UKF GLN C 142 ? UNP A0AB36PZV1 GLU 142 'engineered mutation' 142 5 9 9UKF GLN D 142 ? UNP A0AB36PZV1 GLU 142 'engineered mutation' 142 6 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 VAL A 18 ? PHE A 22 ? VAL E 18 PHE E 22 1 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 50 ? ASN A 64 ? ASP E 50 ASN E 64 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 LYS A 77 ? ASN A 89 ? LYS E 77 ASN E 89 1 ? 13 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 102 ? VAL A 107 ? SER E 102 VAL E 107 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 126 ? GLN A 133 ? GLY E 126 GLN E 133 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 AA6 ILE A 154 ? GLU A 159 ? ILE E 154 GLU E 159 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 ASN A 204 ? ASP A 209 ? ASN E 204 ASP E 209 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO A 221 ? ALA A 233 ? PRO E 221 ALA E 233 1 ? 13 HELX_P HELX_P9 AA9 LYS A 234 ? GLN A 237 ? LYS E 234 GLN E 237 5 ? 4 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN A 238 ? GLY A 262 ? ASN E 238 GLY E 262 1 ? 25 HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 269 ? PHE A 283 ? SER E 269 PHE E 283 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP A 285 ? PHE A 294 ? ASP E 285 PHE E 294 1 ? 10 HELX_P HELX_P13 AB4 LEU A 295 ? CYS A 298 ? LEU E 295 CYS E 298 5 ? 4 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP A 299 ? LEU A 301 ? ASP E 299 LEU E 301 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 AB6 GLU A 302 ? GLY A 315 ? GLU E 302 GLY E 315 1 ? 14 HELX_P HELX_P16 AB7 VAL B 18 ? PHE B 22 ? VAL F 18 PHE F 22 1 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP B 50 ? ASN B 64 ? ASP F 50 ASN F 64 1 ? 15 HELX_P HELX_P18 AB9 LYS B 77 ? LEU B 88 ? LYS F 77 LEU F 88 1 ? 12 HELX_P HELX_P19 AC1 SER B 102 ? VAL B 107 ? SER F 102 VAL F 107 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 AC2 ILE B 127 ? HIS B 134 ? ILE F 127 HIS F 134 1 ? 8 HELX_P HELX_P21 AC3 TYR B 143 ? GLY B 146 ? TYR F 143 GLY F 146 5 ? 4 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG B 147 ? SER B 160 ? ARG F 147 SER F 160 1 ? 14 HELX_P HELX_P23 AC5 ALA B 206 ? ARG B 210 ? ALA F 206 ARG F 210 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 PRO B 221 ? ALA B 233 ? PRO F 221 ALA F 233 1 ? 13 HELX_P HELX_P25 AC7 ASN B 238 ? GLY B 262 ? ASN F 238 GLY F 262 1 ? 25 HELX_P HELX_P26 AC8 SER B 269 ? PHE B 283 ? SER F 269 PHE F 283 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP B 285 ? PHE B 294 ? ASP F 285 PHE F 294 1 ? 10 HELX_P HELX_P28 AD1 LEU B 295 ? CYS B 298 ? LEU F 295 CYS F 298 5 ? 4 HELX_P HELX_P29 AD2 GLU B 302 ? GLY B 315 ? GLU F 302 GLY F 315 1 ? 14 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP C 336 ? LEU C 354 ? ASP G 336 LEU G 354 1 ? 19 HELX_P HELX_P31 AD4 GLY C 356 ? ARG C 368 ? GLY G 356 ARG G 368 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 SER C 388 ? ARG C 390 ? SER G 388 ARG G 390 5 ? 3 HELX_P HELX_P33 AD6 LEU C 391 ? ASP C 397 ? LEU G 391 ASP G 397 1 ? 7 HELX_P HELX_P34 AD7 SER C 424 ? ARG C 428 ? SER G 424 ARG G 428 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY C 429 ? GLU C 447 ? GLY G 429 GLU G 447 1 ? 19 HELX_P HELX_P36 AD9 ARG C 448 ? GLY C 450 ? ARG G 448 GLY G 450 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA C 462 ? GLY C 465 ? ALA G 462 GLY G 465 5 ? 4 HELX_P HELX_P38 AE2 GLY C 466 ? ARG C 475 ? GLY G 466 ARG G 475 1 ? 10 HELX_P HELX_P39 AE3 GLY C 521 ? GLY C 533 ? GLY G 521 GLY G 533 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP C 551 ? VAL C 557 ? ASP G 551 VAL G 557 1 ? 7 HELX_P HELX_P41 AE5 GLY C 560 ? ARG C 577 ? GLY G 560 ARG G 577 1 ? 18 HELX_P HELX_P42 AE6 GLU C 606 ? MET C 611 ? GLU G 606 MET G 611 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 MET C 611 ? LEU C 618 ? 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ASP B 285 PHE B 294 1 ? 10 HELX_P HELX_P86 AJ5 LEU G 295 ? CYS G 298 ? LEU B 295 CYS B 298 5 ? 4 HELX_P HELX_P87 AJ6 ASP G 299 ? PHE G 314 ? ASP B 299 PHE B 314 1 ? 16 HELX_P HELX_P88 AJ7 VAL H 18 ? GLY H 23 ? VAL C 18 GLY C 23 1 ? 6 HELX_P HELX_P89 AJ8 ALA H 56 ? ASN H 64 ? ALA C 56 ASN C 64 1 ? 9 HELX_P HELX_P90 AJ9 GLY H 76 ? ASN H 89 ? GLY C 76 ASN C 89 1 ? 14 HELX_P HELX_P91 AK1 SER H 102 ? VAL H 107 ? SER C 102 VAL C 107 1 ? 6 HELX_P HELX_P92 AK2 ILE H 127 ? GLN H 133 ? ILE C 127 GLN C 133 1 ? 7 HELX_P HELX_P93 AK3 MET H 151 ? GLU H 159 ? MET C 151 GLU C 159 1 ? 9 HELX_P HELX_P94 AK4 ASN H 204 ? ASP H 209 ? ASN C 204 ASP C 209 1 ? 6 HELX_P HELX_P95 AK5 PRO H 221 ? LYS H 232 ? PRO C 221 LYS C 232 1 ? 12 HELX_P HELX_P96 AK6 ASN H 238 ? ASN H 261 ? ASN C 238 ASN C 261 1 ? 24 HELX_P HELX_P97 AK7 MET H 268 ? ASN H 284 ? MET C 268 ASN C 284 1 ? 17 HELX_P HELX_P98 AK8 ASP H 285 ? PHE H 294 ? ASP C 285 PHE C 294 1 ? 10 HELX_P HELX_P99 AK9 LEU H 295 ? CYS H 298 ? 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ASP D 299 GLY D 315 1 ? 17 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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C ATP 401 C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.960 ? ? metalc11 metalc ? ? I SER 78 OG ? ? ? 1_555 T MG . MG ? ? D SER 78 D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.950 ? ? metalc12 metalc ? ? I ASP 141 OD2 ? ? ? 1_555 T MG . MG ? ? D ASP 141 D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? ? metalc13 metalc ? ? S ATP . O3G ? ? ? 1_555 T MG . MG ? ? D ATP 401 D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OG ? 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D SER 78 ? 1_555 MG ? T MG . ? D MG 402 ? 1_555 O3G ? S ATP . ? D ATP 401 ? 1_555 110.4 ? 11 OD2 ? I ASP 141 ? D ASP 141 ? 1_555 MG ? T MG . ? D MG 402 ? 1_555 O3G ? S ATP . ? D ATP 401 ? 1_555 108.7 ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 7 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 2 ? 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