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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.581 ? 105480 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.146 ? 10404 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 12168 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 13464 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9USY _struct.title 'Cryo-EM structure of eGFP-tagged D13 assembled into scaffold-like particles from vaccinia virus' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9USY _struct_keywords.text 'Vaccinia virus, Immature virion, D13 scaffold protein assembly, Cryo-EM, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 1 ? 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ALA L 65 LEU L 75 AM9 4 SER L 177 ? ILE L 183 ? SER L 152 ILE L 158 AN1 1 TYR L 57 ? SER L 65 ? TYR L 32 SER L 40 AN1 2 GLU L 236 ? VAL L 244 ? GLU L 211 VAL L 219 AN1 3 ALA L 90 ? LEU L 100 ? ALA L 65 LEU L 75 AN1 4 LEU L 196 ? LYS L 197 ? LEU L 171 LYS L 172 AN2 1 VAL L 67 ? THR L 69 ? VAL L 42 THR L 44 AN2 2 ILE L 78 ? ILE L 83 ? ILE L 53 ILE L 58 AN2 3 ILE L 203 ? PHE L 209 ? ILE L 178 PHE L 184 AN2 4 ILE L 120 ? SER L 126 ? ILE L 95 SER L 101 AN2 5 VAL L 131 ? GLU L 136 ? VAL L 106 GLU L 111 AN3 1 VAL L 103 ? LYS L 104 ? VAL L 78 LYS L 79 AN3 2 THR L 172 ? LYS L 174 ? THR L 147 LYS L 149 AN4 1 SER L 164 ? GLY L 166 ? SER L 139 GLY L 141 AN4 2 GLY L 107 ? TYR L 111 ? GLY L 82 TYR L 86 AN4 3 VAL L 216 ? ARG L 218 ? VAL L 191 ARG L 193 AN5 1 SER L 252 ? ILE L 261 ? SER L 227 ILE L 236 AN5 2 GLN L 547 ? SER L 561 ? GLN L 522 SER L 536 AN5 3 ALA L 277 ? TYR L 287 ? ALA L 252 TYR L 262 AN5 4 ARG L 500 ? THR L 503 ? ARG L 475 THR L 478 AN6 1 SER L 252 ? ILE L 261 ? 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O ILE R 380 # _pdbx_entry_details.entry_id 9USY _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLN A 324 ? ? 56.62 -128.81 2 1 ASN A 355 ? ? -140.14 32.58 3 1 ALA A 382 ? ? -94.09 -60.63 4 1 THR A 401 ? ? -96.33 56.64 5 1 PRO A 458 ? ? -81.74 46.46 6 1 ILE A 485 ? ? 73.33 -61.53 7 1 GLN A 539 ? ? 40.00 54.31 8 1 HIS B 68 ? ? 58.11 70.41 9 1 TRP B 108 ? ? -160.49 118.39 10 1 ASP B 166 ? ? 61.74 -117.75 11 1 PRO B 242 ? ? -68.44 6.86 12 1 GLN B 324 ? ? 57.17 -120.73 13 1 ALA B 382 ? ? -92.78 -60.50 14 1 SER B 387 ? ? -143.62 21.39 15 1 LYS B 419 ? ? -91.45 31.42 16 1 PRO B 458 ? ? -89.35 45.04 17 1 ILE B 485 ? ? 74.79 -64.04 18 1 GLN B 539 ? ? 45.93 29.49 19 1 SER C 102 ? ? -129.42 -169.78 20 1 GLN C 324 ? ? 54.72 -125.49 21 1 SER C 387 ? ? -142.31 18.04 22 1 THR C 401 ? ? -103.23 74.28 23 1 LYS C 419 ? ? -92.78 31.71 24 1 PRO C 458 ? ? -90.22 46.26 25 1 ILE C 485 ? ? 73.17 -59.71 26 1 SER D 102 ? ? -124.63 -168.94 27 1 GLN D 324 ? ? 54.61 -121.49 28 1 SER D 387 ? ? -140.86 22.27 29 1 THR D 401 ? ? -103.90 74.95 30 1 PRO D 458 ? ? -83.72 47.58 31 1 ILE D 485 ? ? 73.10 -58.40 32 1 ASP D 501 ? ? -144.01 22.08 33 1 THR E 44 ? ? -124.11 -164.44 34 1 ASP E 60 ? ? -172.96 143.62 35 1 PRO E 161 ? ? -59.08 -8.24 36 1 ASP E 166 ? ? 62.81 -119.79 37 1 PRO E 242 ? ? -69.99 3.56 38 1 TYR E 263 ? ? -99.07 36.30 39 1 GLN E 324 ? ? 56.74 -120.82 40 1 LYS E 419 ? ? -95.42 32.37 41 1 ILE E 485 ? ? 74.18 -64.38 42 1 ASN F 221 ? ? 60.38 62.51 43 1 GLN F 324 ? ? 52.41 -123.78 44 1 SER F 387 ? ? -141.51 18.38 45 1 LYS F 419 ? ? -90.98 31.10 46 1 ASN F 435 ? ? 58.86 17.25 47 1 PRO F 458 ? ? -82.83 47.87 48 1 ILE F 485 ? ? 73.25 -61.54 49 1 ASP F 501 ? ? -140.94 17.15 50 1 GLN F 539 ? ? 39.54 57.82 51 1 HIS G 68 ? ? 58.26 70.90 52 1 TRP G 108 ? ? -160.56 118.74 53 1 ASP G 166 ? ? 61.78 -117.59 54 1 PRO G 242 ? ? -69.43 8.16 55 1 GLN G 324 ? ? 56.97 -120.75 56 1 ALA G 382 ? ? -93.06 -60.64 57 1 SER G 387 ? ? -143.00 20.76 58 1 LYS G 419 ? ? -91.56 30.70 59 1 PRO G 458 ? ? -90.45 44.63 60 1 PHE G 481 ? ? -140.85 -0.45 61 1 ILE G 485 ? ? 74.74 -64.25 62 1 LYS G 500 ? ? -100.31 69.60 63 1 GLN G 539 ? ? 46.02 29.51 64 1 GLN H 324 ? ? 56.74 -128.74 65 1 ASN H 355 ? ? -140.17 32.34 66 1 ALA H 382 ? ? -93.87 -60.62 67 1 SER H 387 ? ? -140.48 20.65 68 1 THR H 401 ? ? -95.95 57.48 69 1 PRO H 458 ? ? -81.84 45.79 70 1 ILE H 485 ? ? 73.41 -61.76 71 1 SER I 102 ? ? -129.49 -168.45 72 1 TYR I 131 ? ? 57.92 -120.88 73 1 SER I 132 ? ? 68.55 -5.61 74 1 GLN I 324 ? ? 54.72 -125.80 75 1 SER I 387 ? ? -142.73 19.34 76 1 THR I 401 ? 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? 74.26 -63.68 108 1 HIS M 68 ? ? 58.14 70.76 109 1 TRP M 108 ? ? -160.83 119.21 110 1 PRO M 161 ? ? -64.47 0.13 111 1 ASP M 166 ? ? 61.98 -117.35 112 1 TYR M 263 ? ? -99.93 36.01 113 1 GLN M 324 ? ? 57.06 -120.57 114 1 ALA M 382 ? ? -92.81 -60.17 115 1 SER M 387 ? ? -142.54 21.22 116 1 LYS M 419 ? ? -91.35 30.30 117 1 PRO M 458 ? ? -90.25 44.20 118 1 PHE M 481 ? ? -140.65 -0.53 119 1 ILE M 485 ? ? 74.67 -64.29 120 1 LYS M 500 ? ? -100.39 69.90 121 1 TYR M 520 ? ? -94.64 30.91 122 1 GLN M 539 ? ? 45.86 29.48 123 1 GLN N 324 ? ? 56.64 -129.05 124 1 ASN N 355 ? ? -140.39 32.70 125 1 ALA N 382 ? ? -93.70 -60.07 126 1 SER N 387 ? ? -140.46 20.20 127 1 PRO N 458 ? ? -81.95 45.99 128 1 ILE N 485 ? ? 73.70 -60.95 129 1 GLN N 539 ? ? 39.79 54.23 130 1 SER O 102 ? ? -127.10 -169.47 131 1 GLN O 324 ? ? 54.73 -125.46 132 1 SER O 387 ? ? -142.22 17.72 133 1 THR O 401 ? ? -103.39 74.48 134 1 LYS O 419 ? ? -93.04 31.23 135 1 PRO O 458 ? ? -90.43 46.04 136 1 ILE O 485 ? ? 73.16 -59.94 137 1 ASN P 221 ? ? 60.92 61.26 138 1 ASN P 268 ? ? 60.42 60.01 139 1 GLN P 324 ? ? 52.13 -123.58 140 1 SER P 387 ? ? -141.07 18.35 141 1 LYS P 419 ? ? -93.18 32.33 142 1 ASN P 435 ? ? 58.92 17.06 143 1 PRO P 458 ? ? -82.53 48.04 144 1 ILE P 485 ? ? 73.35 -61.01 145 1 ASP P 501 ? ? -141.48 17.92 146 1 GLN P 539 ? ? 39.47 57.11 147 1 THR Q 44 ? ? -123.89 -165.36 148 1 ASP Q 60 ? ? -172.19 139.81 149 1 PRO Q 161 ? ? -58.99 -7.86 150 1 ASP Q 166 ? ? 62.60 -119.82 151 1 TYR Q 263 ? ? -99.27 36.31 152 1 GLN Q 324 ? ? 56.58 -121.01 153 1 LYS Q 419 ? ? -95.40 31.99 154 1 ILE Q 485 ? ? 74.20 -64.40 155 1 HIS R 68 ? ? 51.57 70.44 156 1 SER R 102 ? ? -124.79 -169.06 157 1 HIS R 128 ? ? -75.99 -166.45 158 1 GLN R 324 ? ? 54.83 -121.65 159 1 SER R 387 ? ? -140.64 21.36 160 1 THR R 401 ? ? -103.34 73.71 161 1 PRO R 458 ? ? -83.40 47.64 162 1 ILE R 485 ? ? 73.18 -58.00 163 1 ASP R 501 ? ? -144.35 20.57 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9USY _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Map-to-model correlation' _em_3d_fitting.details ;Model building was proceeded by manually fitting the cryo-EM structure of D13 (PDB ID 7VFD) into our cryo-EM map using UCSF Chimera. The model was subsequently inspected and adjusted in Coot. Coordinate refinements were performed using the real-space refinement routine in the Phenix software suite. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 167.04 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # _em_3d_reconstruction.entry_id 9USY _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.7 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 285080 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 6 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ;The protein was initially purified in a buffer containing 500mM NaCl, 150mM Tris-HCl (pH 7.5), 25mM L-arginine, 25mM L-glutamic acid, and 2mM BME. For scaffold-like particle assembly and vitrification, the buffer was exchanged to 10mM Tris-HCl (pH 8.0), 150mM NaCl, and 2mM BME. ; _em_buffer.pH 8 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name ;Assembled scaffold-like particle of Vaccinia virus D13 ; _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 9USY _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1600 _em_imaging.nominal_defocus_max 2600 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 42000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details '15mA 60sec' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9USY _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;Wait time: 10sec Blot force: 0 Blot time: 5sec ; # _em_experiment.entry_id 9USY _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9USY _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C3 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -24 ? A MET 1 2 1 Y 1 A SER -23 ? A SER 2 3 1 Y 1 A TYR -22 ? A TYR 3 4 1 Y 1 A TYR -21 ? A TYR 4 5 1 Y 1 A HIS -20 ? A HIS 5 6 1 Y 1 A HIS -19 ? A HIS 6 7 1 Y 1 A HIS -18 ? A HIS 7 8 1 Y 1 A HIS -17 ? A HIS 8 9 1 Y 1 A HIS -16 ? A HIS 9 10 1 Y 1 A HIS -15 ? A HIS 10 11 1 Y 1 A ASP -14 ? A ASP 11 12 1 Y 1 A TYR -13 ? A TYR 12 13 1 Y 1 A ASP -12 ? A ASP 13 14 1 Y 1 A ILE -11 ? A ILE 14 15 1 Y 1 A PRO -10 ? A PRO 15 16 1 Y 1 A THR -9 ? A THR 16 17 1 Y 1 A THR -8 ? A THR 17 18 1 Y 1 A GLU -7 ? A GLU 18 19 1 Y 1 A ASN -6 ? A ASN 19 20 1 Y 1 A LEU -5 ? A LEU 20 21 1 Y 1 A TYR -4 ? A TYR 21 22 1 Y 1 A PHE -3 ? A PHE 22 23 1 Y 1 A GLN -2 ? A GLN 23 24 1 Y 1 A GLY -1 ? A GLY 24 25 1 Y 1 A ALA 0 ? A ALA 25 26 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 26 27 1 Y 1 A ASN 2 ? A ASN 27 28 1 Y 1 A ASN 3 ? A ASN 28 29 1 Y 1 A THR 4 ? A THR 29 30 1 Y 1 A ILE 5 ? A ILE 30 31 1 Y 1 A ILE 6 ? A ILE 31 32 1 Y 1 A ASN 7 ? A ASN 32 33 1 Y 1 A SER 8 ? A SER 33 34 1 Y 1 A LEU 9 ? A LEU 34 35 1 Y 1 A ILE 10 ? 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