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;DPITVKPSDKRRVAYFYDADVGNYAYGAGHPMKPHRIRMAHSLIMNYGLYKKMEIYRAKPATKQEMCQFHTDEYIDFLSR VTPDNLEMFKRESVKFNVGDDCPVFDGLYEYCSISGGGSMEGAARLNRGKCDVAVNYAGGLHHAKKSEASGFCYLNDIVL GIIELLRYHPRVLYIDIDVHHGDGVEEAFYTTDRVMTCSFHKYGEFFPGTGELRDIGVGAGKNYAVNVPLRDGIDDATYR SVFEPVIKKIMEWYQPSAVVLQCGGDSLSGDRLGCFNLSMEGHANCVNYVKSFGIPMMVVGGGGYTMRNVARTWCFETGL LNNVVLDKDLPYNEYYEYYGPDYKLSVRPSNMFNVNTPEYLDKVMTNIFANLENTKYAPSVQLNH ; C,D ? 3 'polypeptide(L)' no no ;EQRMTALKEITDIEYKFAQLRQKLYDNQLVRLQTELQMCLEGSHPELQVYYSKIAAIRDYKLHRAYQRQKYELSCINTET IATRTFIHQDFHKKVTDLRARLLNRTTQTWYDINKERRD ; ;EQRMTALKEITDIEYKFAQLRQKLYDNQLVRLQTELQMCLEGSHPELQVYYSKIAAIRDYKLHRAYQRQKYELSCINTET IATRTFIHQDFHKKVTDLRARLLNRTTQTWYDINKERRD ; E ? 4 'polypeptide(L)' no no ;KDKRRFNIESKVNKIYQNFYSERDNQYKDRLTALQTDLTSLHQGDNGQYARQVRDLEEERDLELVRLRLFEEYRVSRSGI EFQEDIEKAKAEHEKLIKLCKERLYSSIEQKIKKLQEERLLMDVANVHSYAMNYSRPQYQKNTRSHTVSGWDSSSNEYGR DTANESATDTGAGNDRRTLRRRNASKDTRGNNNNQDESDFQTGNGSGSNGHGSRQGSQFPHFNNLTYKSGMNSDSDFLQG 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TYEDIQASFNNIESPRKRNNEIWGCDIYSDDSDPILVLRHCGFKIGAPSGGSFHKLRRTPVNVTNQDNVTGNLPLLEGTP FDLEVELLFLPTLQKYPSVKRFDITSREWGSEATVIHDGLSYGIYSIVIKQ ; H ? 7 'polypeptide(L)' no no ;LNDITDVLEEFPLATSRYLTLLHEIDAKCVHSMPNLNERIDKFLKKDFNKDHQTQVRLLNNINKIYEELMPSLEEKMHVS SIMLDNLDRLTSRLELAYEVAIKNT ; ;LNDITDVLEEFPLATSRYLTLLHEIDAKCVHSMPNLNERIDKFLKKDFNKDHQTQVRLLNNINKIYEELMPSLEEKMHVS SIMLDNLDRLTSRLELAYEVAIKNT ; I ? 8 'polypeptide(L)' no no ;SKLVNVKEILTPILSLGDIINHKTISRTFSSPILKNLALQIILMIEKEQMSVVRYSQFLEVFLGDHPEPIYESNLNLPSY NHNLTLPEDRGASDEDDINNKNNINEVNSNSLSTEAGHINNGMEEFGEEDPFFALPRLEQSNALLSLLPSSSGSASISTL TAAEQQQLNEEIESARQLSQIALQRNKEFIRNLQKIRKSVIKANRIRGRILNWSREYL ; ;SKLVNVKEILTPILSLGDIINHKTISRTFSSPILKNLALQIILMIEKEQMSVVRYSQFLEVFLGDHPEPIYESNLNLPSY NHNLTLPEDRGASDEDDINNKNNINEVNSNSLSTEAGHINNGMEEFGEEDPFFALPRLEQSNALLSLLPSSSGSASISTL TAAEQQQLNEEIESARQLSQIALQRNKEFIRNLQKIRKSVIKANRIRGRILNWSREYL ; J ? 9 'polypeptide(L)' no no ;TFMAREEKQYQRMLEKALKESRRTSHQEDPESYENDADIYQGDTDNHNGTTRLQTDVMLTEGKPDSVTNDDMKESLRPSK EQSMEKTNDVEKEASQEKESSTGSAQDTEKTDEPILPLTSISSSEDDSRKASSRGSKRVSKPARKGNRTRRSNTSSDTNQ NRRSADIGTDKPVKPRLPPQRTSLNEMRRRVSAILEFISRTQWELSEDQSDREEFVRFVENQHFVEKVDTIYNGYNESLS MMDDLTREL ; ;TFMAREEKQYQRMLEKALKESRRTSHQEDPESYENDADIYQGDTDNHNGTTRLQTDVMLTEGKPDSVTNDDMKESLRPSK EQSMEKTNDVEKEASQEKESSTGSAQDTEKTDEPILPLTSISSSEDDSRKASSRGSKRVSKPARKGNRTRRSNTSSDTNQ NRRSADIGTDKPVKPRLPPQRTSLNEMRRRVSAILEFISRTQWELSEDQSDREEFVRFVENQHFVEKVDTIYNGYNESLS MMDDLTREL ; K ? 10 'polypeptide(L)' no no ;RAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRND EELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLP ; ;RAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRND EELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLP ; O,S ? 11 'polypeptide(L)' no no ;KTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHA VSEGTKAVTKYTS ; ;KTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHA VSEGTKAVTKYTS ; P,T ? 12 'polypeptide(L)' no no ;KPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKR VTIMPKDIQLARRIRGER ; ;KPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKR VTIMPKDIQLARRIRGER ; Q,U ? 13 'polypeptide(L)' no no LRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGF LRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGF R,V ? 14 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG) ; ;TCTAGAACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAG CGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGG ; X ? 15 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) ; ;CCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTC CCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTTCTAGA ; Y ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 16 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 LEU n 1 2 ASN n 1 3 GLU n 1 4 GLU n 1 5 VAL n 1 6 THR n 1 7 PHE n 1 8 PHE n 1 9 GLU n 1 10 LYS n 1 11 ALA n 1 12 LYS n 1 13 ARG n 1 14 TYR n 1 15 ILE n 1 16 GLY n 1 17 ASN n 1 18 LYS n 1 19 HIS n 1 20 LEU n 1 21 TYR n 1 22 THR n 1 23 GLU n 1 24 PHE n 1 25 LEU n 1 26 LYS n 1 27 ILE n 1 28 LEU n 1 29 ASN n 1 30 LEU n 1 31 TYR n 1 32 SER n 1 33 GLN n 1 34 ASP n 1 35 ILE n 1 36 LEU n 1 37 ASP n 1 38 LEU n 1 39 ASP n 1 40 ASP n 1 41 LEU n 1 42 VAL n 1 43 GLU n 1 44 LYS n 1 45 VAL n 1 46 ASP n 1 47 PHE n 1 48 TYR n 1 49 LEU n 1 50 GLY n 1 51 SER n 1 52 ASN n 1 53 LYS n 1 54 GLU n 1 55 LEU n 1 56 PHE n 1 57 THR n 1 58 TRP 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_struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9V2V _struct_keywords.text ;Histone deacetylase complex, Histone modification, Rpd3L, Cryo-EM, mono-nucleosome, GENE REGULATION/DNA, GENE REGULATION-DNA complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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V N N 16 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SIN3_YEAST P22579 ? 1 ;LNEEVTFFEKAKRYIGNKHLYTEFLKILNLYSQDILDLDDLVEKVDFYLGSNKELFTWFKNFVGYQEKTKCIENIVHEKH RLDLDLCEAFGPSYKRLPKSDTFMPCSGRDDMCWEVLNDEWVGHPVWASEDSGFIAHRKNQYEETLFKIEEERHEYDFYI ESNLRTIQCLETIVNKIENMTENEKANFKLPPGLGHTSMTIYKKVIRKVYDKERGFEIIDALHEHPAVTAPVVLKRLKQK DEEWRRAQREWNKVWRELEQKVFFKSLDHLGLTFKQADKKLLTTKQLISEISSIKVDQTNKKIHWLTPKPKSQLDFDFPD KNIFYDILCLADTFITHTTAYSNPDKERLKDLLKYFISLFFSISFEKIEESLYSHKQNVSESSGSDDGSSIASRKRPYQQ EMSLLDILHRSRYQKLKRSNDEDGKVPQLSEPPEEEPNTIEEEELIDEEAKNPWLTGNLVEEANSQGIIQNRSIFNLFAN TNIYIFFRHWTTIYERLLEIKQMNERVTKEINTRSTVTFAKDLDLLSSQLSEMGLDFVGEDAYKQVLRLSRRLINGDLEH QWFEESLRQAYNNKAFKLYTIDKVTQSLVKHAHTLMTDAKTAEIMALFVKDRNASTTSAKDQIIYRLQVRSHMSNTENMF RIEFDKRTLHVSIQYIALDDLTLKEPKADEDKWKYYVTSYALP ; 662 2 UNP RPD3_YEAST P32561 ? 2 ;DPITVKPSDKRRVAYFYDADVGNYAYGAGHPMKPHRIRMAHSLIMNYGLYKKMEIYRAKPATKQEMCQFHTDEYIDFLSR VTPDNLEMFKRESVKFNVGDDCPVFDGLYEYCSISGGGSMEGAARLNRGKCDVAVNYAGGLHHAKKSEASGFCYLNDIVL GIIELLRYHPRVLYIDIDVHHGDGVEEAFYTTDRVMTCSFHKYGEFFPGTGELRDIGVGAGKNYAVNVPLRDGIDDATYR SVFEPVIKKIMEWYQPSAVVLQCGGDSLSGDRLGCFNLSMEGHANCVNYVKSFGIPMMVVGGGGYTMRNVARTWCFETGL LNNVVLDKDLPYNEYYEYYGPDYKLSVRPSNMFNVNTPEYLDKVMTNIFANLENTKYAPSVQLNH ; 9 3 UNP DEP1_YEAST P31385 ? 3 ;EQRMTALKEITDIEYKFAQLRQKLYDNQLVRLQTELQMCLEGSHPELQVYYSKIAAIRDYKLHRAYQRQKYELSCINTET IATRTFIHQDFHKKVTDLRARLLNRTTQTWYDINKERRD ; 177 4 UNP SDS3_YEAST P40505 ? 4 ;KDKRRFNIESKVNKIYQNFYSERDNQYKDRLTALQTDLTSLHQGDNGQYARQVRDLEEERDLELVRLRLFEEYRVSRSGI EFQEDIEKAKAEHEKLIKLCKERLYSSIEQKIKKLQEERLLMDVANVHSYAMNYSRPQYQKNTRSHTVSGWDSSSNEYGR DTANESATDTGAGNDRRTLRRRNASKDTRGNNNNQDESDFQTGNGSGSNGHGSRQGSQFPHFNNLTYKSGMNSDSDFLQG INEGTDLYAFLFGEKNPKDNANGNEKKKNRGAQRYSTKTAPPLQSLKPDEVTEDISLIRELTGQPPAPFRL ; 14 5 UNP SAP30_YEAST P38429 ? 5 ;RLTAAQQQYIKNLIETHITDNHPDLRPKSHPMDFEEYTDAFLRRYKDHFQLDVPDNLTLQGYLLGSKLGAKTYSYKRNTQ GQHDKRIHKRDLANVVRRHFDEHSIKETDCIPQFIYKVKNQ ; 71 6 UNP RXT3_YEAST Q07458 ? 6 ;LPNVSSQSVLAFTEKHYPNKLKNLGTLYYNRFKEGSFDEDSTSYSDRHSFPYNLYDNTLPPPFLPAIGIQNINNIATLKI TYEDIQASFNNIESPRKRNNEIWGCDIYSDDSDPILVLRHCGFKIGAPSGGSFHKLRRTPVNVTNQDNVTGNLPLLEGTP FDLEVELLFLPTLQKYPSVKRFDITSREWGSEATVIHDGLSYGIYSIVIKQ ; 64 7 UNP PHO23_YEAST P50947 ? 7 ;LNDITDVLEEFPLATSRYLTLLHEIDAKCVHSMPNLNERIDKFLKKDFNKDHQTQVRLLNNINKIYEELMPSLEEKMHVS SIMLDNLDRLTSRLELAYEVAIKNT ; 11 8 UNP RXT2_YEAST P38255 ? 8 ;SKLVNVKEILTPILSLGDIINHKTISRTFSSPILKNLALQIILMIEKEQMSVVRYSQFLEVFLGDHPEPIYESNLNLPSY NHNLTLPEDRGASDEDDINNKNNINEVNSNSLSTEAGHINNGMEEFGEEDPFFALPRLEQSNALLSLLPSSSGSASISTL TAAEQQQLNEEIESARQLSQIALQRNKEFIRNLQKIRKSVIKANRIRGRILNWSREYL ; 157 9 UNP CTI6_YEAST Q08923 ? 9 ;TFMAREEKQYQRMLEKALKESRRTSHQEDPESYENDADIYQGDTDNHNGTTRLQTDVMLTEGKPDSVTNDDMKESLRPSK EQSMEKTNDVEKEASQEKESSTGSAQDTEKTDEPILPLTSISSSEDDSRKASSRGSKRVSKPARKGNRTRRSNTSSDTNQ NRRSADIGTDKPVKPRLPPQRTSLNEMRRRVSAILEFISRTQWELSEDQSDREEFVRFVENQHFVEKVDTIYNGYNESLS MMDDLTREL ; 243 10 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 10 ;RAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRND EELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLP ; 12 11 UNP A0A8J1LZU9_XENLA A0A8J1LZU9 ? 11 ;KTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHA VSEGTKAVTKYTS ; 32 12 UNP A0A310TTQ1_XENLA A0A310TTQ1 ? 12 ;KPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKR VTIMPKDIQLARRIRGER ; 38 13 UNP H4_XENLA P62799 ? 13 LRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGF 23 14 PDB 9V2V 9V2V ? 14 ? 1 15 PDB 9V2V 9V2V ? 15 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9V2V A 1 ? 683 ? 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