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;(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG) ; ;TCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCG GTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCG ; J ? 8 'polypeptide(L)' no no MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC K,O ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id 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1 171 THR n 1 172 ASP n 1 173 PHE n 1 174 LYS n 1 175 GLU n 1 176 LYS n 1 177 THR n 1 178 ARG n 1 179 SER n 1 180 SER n 1 181 SER n 1 182 THR n 1 183 SER n 1 184 SER n 1 185 SER n 1 186 THR n 1 187 VAL n 1 188 THR n 1 189 SER n 1 190 SER n 1 191 ALA n 1 192 GLY n 1 193 SER n 1 194 GLU n 1 195 GLN n 1 196 GLN n 1 197 ASN n 1 198 GLN n 1 199 SER n 1 200 SER n 1 201 SER n 1 202 GLY n 1 203 SER n 1 204 GLU n 1 205 SER n 1 206 THR n 1 207 ASP n 1 208 LYS n 1 209 GLY n 1 210 SER n 1 211 SER n 1 212 ARG n 1 213 SER n 1 214 SER n 1 215 THR n 1 216 PRO n 1 217 LYS n 1 218 GLY n 1 219 ASP n 1 220 MET n 1 221 SER n 1 222 ALA n 1 223 VAL n 1 224 ASN n 1 225 ASP n 1 226 GLU n 1 227 SER n 1 228 PHE n 2 1 MET n 2 2 ALA n 2 3 ARG n 2 4 THR n 2 5 LYS n 2 6 GLN n 2 7 THR n 2 8 ALA n 2 9 ARG n 2 10 LYS n 2 11 SER n 2 12 THR n 2 13 GLY n 2 14 GLY n 2 15 LYS n 2 16 ALA n 2 17 PRO n 2 18 ARG n 2 19 LYS n 2 20 GLN n 2 21 LEU n 2 22 ALA n 2 23 THR n 2 24 LYS n 2 25 ALA n 2 26 ALA n 2 27 ARG n 2 28 LYS n 2 29 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_refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0026 ? 13799 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.4575 ? 19744 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0312 ? 2259 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0027 ? 1591 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 28.6987 ? 3699 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 9V9W _struct.title 'Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9V9W _struct_keywords.text 'nucleosome modification, transcriptional regulation, GENE REGULATION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 6 ? L N N 7 ? M N N 8 ? N N N 8 ? O N N 9 ? P N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RYBP_HUMAN Q8N488 ? 1 ;MTMGDKKSPTRPKRQAKPAADEGFWDCSVCTFRNSAEAFKCSICDVRKGTSTRKPRINSQLVAQQVAQQYATPPPPKKEK KEKVEKQDKEKPEKDKEISPSVTKKNTNKKTKPKSDILKDPPSEANSIQSANATTKTSETNHTSRPRLKNVDRSTAQQLA VTVGNVTVIITDFKEKTRSSSTSSSTVTSSAGSEQQNQSSSGSESTDKGSSRSSTPKGDMSAVNDESF ; 1 2 UNP A0A310TTQ1_XENLA A0A310TTQ1 ? 2 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 3 UNP H4_XENLA P62799 ? 3 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 4 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 4 ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 1 5 UNP A0A8J0TWI5_XENLA A0A8J0TWI5 ? 5 ;MPDPAKSAPAAKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 6 PDB 9V9W 9V9W ? 6 ? 1 7 PDB 9V9W 9V9W ? 7 ? 1 8 UNP UBB_HUMAN P0CG47 ? 8 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 153 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9V9W L 1 ? 228 ? Q8N488 1 ? 228 ? 1 228 2 1 9V9W N 1 ? 228 ? Q8N488 1 ? 228 ? 1 228 3 2 9V9W A 1 ? 136 ? A0A310TTQ1 1 ? 136 ? 0 135 4 3 9V9W B 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 5 4 9V9W C 1 ? 130 ? Q6AZJ8 1 ? 130 ? 0 129 6 5 9V9W D 1 ? 126 ? A0A8J0TWI5 1 ? 126 ? -3 122 7 2 9V9W E 1 ? 136 ? A0A310TTQ1 1 ? 136 ? 0 135 8 3 9V9W F 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 9 4 9V9W G 1 ? 130 ? Q6AZJ8 1 ? 130 ? 0 129 10 5 9V9W H 1 ? 126 ? A0A8J0TWI5 1 ? 126 ? -3 122 11 6 9V9W I 1 ? 131 ? 9V9W 3 ? 133 ? 3 133 12 7 9V9W J 1 ? 131 ? 9V9W 15 ? 145 ? 15 145 13 8 9V9W K 1 ? 76 ? P0CG47 153 ? 228 ? 1 76 14 8 9V9W O 1 ? 76 ? P0CG47 153 ? 228 ? 1 76 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 5 9V9W CYS C 120 ? UNP Q6AZJ8 LYS 120 'engineered mutation' 119 1 9 9V9W CYS G 120 ? UNP Q6AZJ8 LYS 120 'engineered mutation' 119 2 13 9V9W CYS K 76 ? UNP P0CG47 GLY 228 'engineered mutation' 76 3 14 9V9W CYS O 76 ? UNP P0CG47 GLY 228 'engineered mutation' 76 4 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY C 45 ? SER C 58 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG C 64 ? LYS C 80 ? ARG A 63 LYS A 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN C 86 ? ALA C 115 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET C 121 ? ARG C 132 ? MET A 120 ARG A 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP D 25 ? ILE D 30 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR D 31 ? GLY D 43 ? THR B 30 GLY B 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU D 50 ? ALA D 77 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR D 83 ? GLN D 94 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 THR E 17 ? GLY E 23 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO E 27 ? LYS E 37 ? PRO C 26 LYS C 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA E 46 ? ASN E 74 ? ALA C 45 ASN C 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE E 80 ? ASN E 90 ? ILE C 79 ASN C 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP E 91 ? LEU E 98 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR F 38 ? HIS F 50 ? TYR D 34 HIS D 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 SER F 56 ? ASN F 85 ? SER D 52 ASN D 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 THR F 91 ? LEU F 103 ? THR D 87 LEU D 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY F 105 ? SER F 124 ? GLY D 101 SER D 120 1 ? 20 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY G 45 ? GLN G 56 ? GLY E 44 GLN E 55 1 ? 12 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG G 64 ? ASP G 78 ? ARG E 63 ASP E 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN G 86 ? ALA G 115 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P21 AC3 MET G 121 ? GLY G 133 ? MET E 120 GLY E 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN H 26 ? ILE H 30 ? ASN F 25 ILE F 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 THR H 31 ? GLY H 42 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU H 50 ? ALA H 77 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P25 AC7 THR H 83 ? GLN H 94 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 THR I 17 ? ALA I 22 ? THR G 16 ALA G 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO I 27 ? LYS I 37 ? PRO G 26 LYS G 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 AD1 ALA I 46 ? ASN I 74 ? ALA G 45 ASN G 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE I 80 ? ASN I 90 ? ILE G 79 ASN G 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP I 91 ? LEU I 98 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 AD4 TYR J 38 ? HIS J 50 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 SER J 56 ? ASN J 85 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P33 AD6 THR J 91 ? LEU J 103 ? THR H 87 LEU H 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO J 104 ? SER J 124 ? PRO H 100 SER H 120 1 ? 21 HELX_P HELX_P35 AD8 THR M 22 ? GLU M 34 ? THR K 22 GLU K 34 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 THR M 55 ? TYR M 59 ? THR K 55 TYR K 59 5 ? 5 HELX_P HELX_P37 AE1 THR N 22 ? GLU N 34 ? THR O 22 GLU O 34 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 THR N 55 ? TYR N 59 ? THR O 55 TYR O 59 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? A CYS 27 SG ? ? ? 1_555 O ZN . ZN ? ? L CYS 27 L ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc2 metalc ? ? A CYS 30 SG ? ? ? 1_555 O ZN . ZN ? ? L CYS 30 L ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc3 metalc ? ? A CYS 41 SG ? ? ? 1_555 O ZN . ZN ? ? L CYS 41 L ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc4 metalc ? ? A CYS 44 SG ? ? ? 1_555 O ZN . ZN ? ? L CYS 44 L ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc5 metalc ? ? B CYS 27 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? N CYS 27 N ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? ? metalc6 metalc ? ? B CYS 30 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? N CYS 30 N ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc7 metalc ? ? B CYS 41 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? N CYS 41 N ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc8 metalc ? ? B CYS 44 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? N CYS 44 N ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? hydrog1 hydrog ? ? K DG 2 N1 ? ? ? 1_555 L DC 130 N3 ? ? I DG 4 J DC 144 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? K DG 2 N2 ? ? ? 1_555 L DC 130 O2 ? ? 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I DA 8 J DT 140 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? K DA 6 N6 ? ? ? 1_555 L DT 126 O4 ? ? I DA 8 J DT 140 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? K DT 7 N3 ? ? ? 1_555 L DA 125 N1 ? ? I DT 9 J DA 139 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? K DT 7 O4 ? ? ? 1_555 L DA 125 N6 ? ? I DT 9 J DA 139 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? K DC 8 N3 ? ? ? 1_555 L DG 124 N1 ? ? I DC 10 J DG 138 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? K DC 8 N4 ? ? ? 1_555 L DG 124 O6 ? ? I DC 10 J DG 138 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? K DC 8 O2 ? ? ? 1_555 L DG 124 N2 ? ? I DC 10 J DG 138 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? K DC 9 N3 ? ? ? 1_555 L DG 123 N1 ? ? I DC 11 J DG 137 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? K DC 9 N4 ? ? ? 1_555 L DG 123 O6 ? ? I DC 11 J DG 137 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? 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RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? ? ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9V9W 'double helix' 9V9W 'a-form double helix' 9V9W 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 K DG 2 1_555 L DC 130 1_555 -0.188 -0.214 -0.712 -0.617 -0.758 0.970 1 I_DG4:DC144_J I 4 ? 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