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_pdbx_contact_author.email christoph.gerle@riken.jp _pdbx_contact_author.name_first Christoph _pdbx_contact_author.name_last Gerle _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-7265-2804 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Nakano, A.' 1 0000-0003-2466-5341 'Jiko, C.' 2 0009-0009-9880-9804 'Yamashita, E.' 3 0000-0002-4278-0039 'Yokoyama, K.' 4 0000-0002-6813-1096 'Gerle, C.' 5 0000-0002-7265-2804 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Biorxiv _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2692-8205 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'A planar dimer of bovine ATP synthase' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1101/2025.07.21.665874 _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Jiko, C.' 1 ? primary 'Nakano, A.' 2 ? primary 'Teshirogi, Y.' 3 ? primary 'Yamashita, E.' 4 ? primary 'Kurisu, G.' 5 ? primary 'Standley, D.' 6 ? primary 'Terada, T.' 7 ? primary 'Mitsuoka, K.' 8 ? primary 'Yokoyama, K.' 9 ? primary 'Gerle, C.' 10 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'ATP synthase F(1) 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10 'ATP synthase subunit F6,ATPase subunit F6,ATP synthase peripheral stalk subunit F6' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MLSVRVAAAVARALPRRAGLVSKNALGSSFIAARNLHASNSRLQKTGTAEVSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDG IARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDKLIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNAIDG KGPIGSKARRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGTDEKK KLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDADAMKYTIVVSATASDAAPLQYLAPYSGCSMGEYFRDNGKHALIIYDDLSKQAVA YRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMNDAFGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELF YKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREVAAFAQFGSDLDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMA IEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAFLSHVISQHQALLSKIRTDGKISEESDAKLKEIVTNFLAGFEA ; ;MLSVRVAAAVARALPRRAGLVSKNALGSSFIAARNLHASNSRLQKTGTAEVSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDG IARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDKLIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNAIDG KGPIGSKARRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGTDEKK KLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDADAMKYTIVVSATASDAAPLQYLAPYSGCSMGEYFRDNGKHALIIYDDLSKQAVA YRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMNDAFGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELF YKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREVAAFAQFGSDLDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMA IEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAFLSHVISQHQALLSKIRTDGKISEESDAKLKEIVTNFLAGFEA ; A,B,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MLGLVGRVVAASASGALRGLSPSAPLPQAQLLLRAAPAALQPARDYAAQASPSPKAGATTGRIVAVIGAVVDVQFDEGLP PILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLDSGAPIRIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKT KQFAAIHAEAPEFVEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERT REGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSA 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;MAATALAARTRQAVWSVWAMQGRGFGSESGDNVRSSAGAVRDAGGAFGKREQAEEERYFRARAKEQLAALKKHHENEISH HAKEIERLQKEIERHKQSIKKLKQSEDDD ; ;MAATALAARTRQAVWSVWAMQGRGFGSESGDNVRSSAGAVRDAGGAFGKREQAEEERYFRARAKEQLAALKKHHENEISH HAKEIERLQKEIERHKQSIKKLKQSEDDD ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MAALAVSGLSQQVRCFSTSVVRPFAKLVRPPVQIYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVGQILKEPKMAASLLN PYVKRSVKVKSLSDMTAKEKFSPLTSNLINLLAENGRLTNTPAVISAFSTMMSVHRGEVPCTVTTASALDEATLTELKTV LKSFLSKGQVLKLEVKIDPSIMGGMIVRIGEKYVDMSAKTKIQKLSRAMREIL ; ;MAALAVSGLSQQVRCFSTSVVRPFAKLVRPPVQIYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVGQILKEPKMAASLLN PYVKRSVKVKSLSDMTAKEKFSPLTSNLINLLAENGRLTNTPAVISAFSTMMSVHRGEVPCTVTTASALDEATLTELKTV LKSFLSKGQVLKLEVKIDPSIMGGMIVRIGEKYVDMSAKTKIQKLSRAMREIL ; S ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MLSRVVLSAAAAAAPSLKNAALLGPGVLQATRIFHTGQPSLAPVPPLPEHGGKVRFGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLG TGLILYLLSKEIYVITPETFSAISTIGFLVYIVKKYGASVGEFADKLNEQKIAQLEEVKQASIKQIQDAIDMEKSQQALV QKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLHRVYREVKNRLDYHISVQNMMRQKEQEHMINWVEKRVVQSISAQQEKETIAKCI ADLKLLSKKAQAQPVM ; ;MLSRVVLSAAAAAAPSLKNAALLGPGVLQATRIFHTGQPSLAPVPPLPEHGGKVRFGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLG TGLILYLLSKEIYVITPETFSAISTIGFLVYIVKKYGASVGEFADKLNEQKIAQLEEVKQASIKQIQDAIDMEKSQQALV QKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLHRVYREVKNRLDYHISVQNMMRQKEQEHMINWVEKRVVQSISAQQEKETIAKCI ADLKLLSKKAQAQPVM ; b ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MAGRKLALKTIDWVAFGEIIPRNQKAVANSLKSWNETLTSRLATLPEKPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVP IPEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEFLTQSKTRIQEYEKELEKMRNIIPFDQMTIEDLNEVFPETKLDKKKYPYWPHRPIET L ; ;MAGRKLALKTIDWVAFGEIIPRNQKAVANSLKSWNETLTSRLATLPEKPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVP IPEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEFLTQSKTRIQEYEKELEKMRNIIPFDQMTIEDLNEVFPETKLDKKKYPYWPHRPIET L ; d ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MILQRLFRLSSAVQSAISVSWRRNIGITAVAFNKELDPVQKLFVDKIREYRTKRQTSGGPVDAGPEYQQDLDRELFKLKQ MYGKADMNTFPNFTFEDPKFEVVEKPQS ; ;MILQRLFRLSSAVQSAISVSWRRNIGITAVAFNKELDPVQKLFVDKIREYRTKRQTSGGPVDAGPEYQQDLDRELFKLKQ MYGKADMNTFPNFTFEDPKFEVVEKPQS ; h ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 11 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 12 'MAGNESIUM ION' MG 13 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 14 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 LEU n 1 3 SER n 1 4 VAL n 1 5 ARG n 1 6 VAL n 1 7 ALA n 1 8 ALA n 1 9 ALA n 1 10 VAL n 1 11 ALA n 1 12 ARG n 1 13 ALA n 1 14 LEU n 1 15 PRO n 1 16 ARG n 1 17 ARG n 1 18 ALA n 1 19 GLY n 1 20 LEU n 1 21 VAL n 1 22 SER n 1 23 LYS n 1 24 ASN n 1 25 ALA n 1 26 LEU n 1 27 GLY n 1 28 SER n 1 29 SER n 1 30 PHE n 1 31 ILE n 1 32 ALA n 1 33 ALA n 1 34 ARG n 1 35 ASN n 1 36 LEU n 1 37 HIS n 1 38 ALA n 1 39 SER n 1 40 ASN n 1 41 SER n 1 42 ARG n 1 43 LEU n 1 44 GLN n 1 45 LYS n 1 46 THR n 1 47 GLY n 1 48 THR n 1 49 ALA n 1 50 GLU n 1 51 VAL n 1 52 SER n 1 53 SER n 1 54 ILE n 1 55 LEU n 1 56 GLU n 1 57 GLU n 1 58 ARG n 1 59 ILE n 1 60 LEU n 1 61 GLY n 1 62 ALA n 1 63 ASP n 1 64 THR n 1 65 SER n 1 66 VAL n 1 67 ASP n 1 68 LEU n 1 69 GLU n 1 70 GLU n 1 71 THR n 1 72 GLY n 1 73 ARG n 1 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DA N N 14 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ATPA_BOVIN P19483 ? 1 ;MLSVRVAAAVARALPRRAGLVSKNALGSSFIAARNLHASNSRLQKTGTAEVSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDG IARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDKLIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNAIDG KGPIGSKARRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGTDEKK KLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDADAMKYTIVVSATASDAAPLQYLAPYSGCSMGEYFRDNGKHALIIYDDLSKQAVA YRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMNDAFGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELF YKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREVAAFAQFGSDLDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMA IEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAFLSHVISQHQALLSKIRTDGKISEESDAKLKEIVTNFLAGFEA ; 1 2 UNP ATPB_BOVIN P00829 ? 2 ;MLGLVGRVVAASASGALRGLSPSAPLPQAQLLLRAAPAALQPARDYAAQASPSPKAGATTGRIVAVIGAVVDVQFDEGLP PILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLDSGAPIRIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKT KQFAAIHAEAPEFVEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERT REGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSA LLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDP LDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHLGK LVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEEHS ; 1 3 UNP ATPG_BOVIN P05631 ? 3 ;MFSRAGVAGLSAWTVQPQWIQVRNMATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARVYGVGSLALYEKA DIKTPEDKKKHLIIGVSSDRGLCGAIHSSVAKQMKSEAANLAAAGKEVKIIGVGDKIRSILHRTHSDQFLVTFKEVGRRP PTFGDASVIALELLNSGYEFDEGSIIFNRFRSVISYKTEEKPIFSLDTISSAESMSIYDDIDADVLRNYQEYSLANIIYY SLKESTTSEQSARMTAMDNASKNASEMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAALD ; 1 4 UNP ATPD_BOVIN P05630 ? 4 ;MLPSALLRRPGLGRLVRQVRLYAEAAAAQAPAAGPGQMSFTFASPTQVFFNSANVRQVDVPTQTGAFGILAAHVPTLQVL RPGLVVVHAEDGTTSKYFVSSGSVTVNADSSVQLLAEEAVTLDMLDLGAAKANLEKAQSELLGAADEATRAEIQIRIEAN EALVKALE ; 1 5 UNP ATP5E_BOVIN P05632 ? 5 MVAYWRQAGLSYIRYSQICAKAVRDALKTEFKANAMKTSGSTIKIVKVKKE 1 6 UNP ATIF1_BOVIN P01096 ? 6 ;MAATALAARTRQAVWSVWAMQGRGFGSESGDNVRSSAGAVRDAGGAFGKREQAEEERYFRARAKEQLAALKKHHENEISH HAKEIERLQKEIERHKQSIKKLKQSEDDD ; 1 7 UNP ATPO_BOVIN P13621 ? 7 ;MAALAVSGLSQQVRCFSTSVVRPFAKLVRPPVQIYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVGQILKEPKMAASLLN PYVKRSVKVKSLSDMTAKEKFSPLTSNLINLLAENGRLTNTPAVISAFSTMMSVHRGEVPCTVTTASALDEATLTELKTV LKSFLSKGQVLKLEVKIDPSIMGGMIVRIGEKYVDMSAKTKIQKLSRAMREIL ; 1 8 UNP AT5F1_BOVIN P13619 ? 8 ;MLSRVVLSAAAAAAPSLKNAALLGPGVLQATRIFHTGQPSLAPVPPLPEHGGKVRFGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLG TGLILYLLSKEIYVITPETFSAISTIGFLVYIVKKYGASVGEFADKLNEQKIAQLEEVKQASIKQIQDAIDMEKSQQALV QKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLHRVYREVKNRLDYHISVQNMMRQKEQEHMINWVEKRVVQSISAQQEKETIAKCI ADLKLLSKKAQAQPVM ; 1 9 UNP ATP5H_BOVIN P13620 ? 9 ;MAGRKLALKTIDWVAFGEIIPRNQKAVANSLKSWNETLTSRLATLPEKPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVP IPEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEFLTQSKTRIQEYEKELEKMRNIIPFDQMTIEDLNEVFPETKLDKKKYPYWPHRPIET L ; 1 10 UNP ATP5J_BOVIN P02721 ? 10 ;MILQRLFRLSSAVQSAISVSWRRNIGITAVAFNKELDPVQKLFVDKIREYRTKRQTSGGPVDAGPEYQQDLDRELFKLKQ MYGKADMNTFPNFTFEDPKFEVVEKPQS ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9VPD A 1 ? 553 ? 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