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_refine.ls_d_res_high 3.81 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_work ? _refine.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_free ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 7843 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.565 ? 10697 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.116 ? 1076 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.044 ? 1184 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 1370 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9VZ8 _struct.title 'Local refinement region of HPV45 in complex with antibody 10G2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9VZ8 _struct_keywords.text 'Human papillomavirus, Cryo-EM, structural protein, VIRUS LIKE PARTICLE' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRUS LIKE PARTICLE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP VL1_HPV45 P36741 ? 1 ;MALWRPSDSTVYLPPPSVARVVSTDDYVSRTSIFYHAGSSRLLTVGNPYFRVVPNGAGNKQAVPKVSAYQYRVFRVALPD PNKFGLPDSTIYNPETQRLVWACVGMEIGRGQPLGIGLSGHPFYNKLDDTESAHAATAVITQDVRDNVSVDYKQTQLCIL GCVPAIGEHWAKGTLCKPAQLQPGDCPPLELKNTIIEDGDMVDTGYGAMDFSTLQDTKCEVPLDICQSICKYPDYLQMSA DPYGDSMFFCLRREQLFARHFWNRAGVMGDTVPTDLYIKGTSANMRETPGSCVYSPSPSGSIITSDSQLFNKPYWLHKAQ GHNNGICWHNQLFVTVVDTTRSTNLTLCASTQNPVPSTYDPTKFKQYSRHVEEYDLQFIFQLCTITLTAEVMSYIHSMNS SILENWNFGVPPPPTTSLVDTYRFVQSVAVTCQKDTTPPEKQDPYDKLKFWTVDLKEKFSSDLDQYPLGRKFLVQAGLRR RPTIGPRKRPAASTSTASTASRPAKRVRIRSKK ; 27 2 PDB 9VZ8 9VZ8 ? 2 ? 1 3 PDB 9VZ8 9VZ8 ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9VZ8 C 1 ? 513 ? P36741 27 ? 539 ? 1 513 2 1 9VZ8 D 1 ? 513 ? P36741 27 ? 539 ? 1 513 3 1 9VZ8 E 1 ? 513 ? P36741 27 ? 539 ? 1 513 4 2 9VZ8 L 1 ? 111 ? 9VZ8 1 ? 111 ? 1 111 5 3 9VZ8 H 1 ? 120 ? 9VZ8 1 ? 120 ? 1 120 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 TYR A 235 ? ASP A 241 ? TYR C 235 ASP C 241 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 304 ? GLN A 308 ? THR C 304 GLN C 308 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP B 234 ? ALA B 240 ? ASP D 234 ALA D 240 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO B 273 ? TYR B 277 ? PRO D 273 TYR D 277 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 306 ? GLN B 308 ? ASP D 306 GLN D 308 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 AA6 CYS B 327 ? HIS B 329 ? CYS D 327 HIS D 329 5 ? 3 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP B 360 ? THR B 362 ? ASP D 360 THR D 362 5 ? 3 HELX_P HELX_P8 AA8 SER B 400 ? TRP B 406 ? SER D 400 TRP D 406 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP B 462 ? TYR B 466 ? ASP D 462 TYR D 466 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 ASP C 210 ? GLN C 215 ? ASP E 210 GLN E 215 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 PRO C 222 ? GLN C 227 ? PRO E 222 GLN E 227 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP C 234 ? ALA C 240 ? ASP E 234 ALA E 240 1 ? 7 HELX_P HELX_P13 AB4 CYS C 327 ? HIS C 329 ? CYS E 327 HIS E 329 5 ? 3 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP C 360 ? THR C 362 ? ASP E 360 THR E 362 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP C 462 ? GLN C 465 ? ASP E 462 GLN E 465 5 ? 4 HELX_P HELX_P16 AB7 TYR C 466 ? PHE C 472 ? TYR E 466 PHE E 472 1 ? 7 HELX_P HELX_P17 AB8 GLU D 83 ? THR D 87 ? GLU L 83 THR L 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 SER E 28 ? TYR E 32 ? SER H 28 TYR H 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 THR E 87 ? SER E 91 ? THR H 87 SER H 91 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? D CYS 23 SG ? ? ? 1_555 D CYS 92 SG ? ? L CYS 23 L CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf2 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS D 23 ? CYS D 92 ? CYS L 23 ? 1_555 CYS L 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS E 22 ? CYS E 96 ? CYS H 22 ? 1_555 CYS H 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 D . ? SER 7 L PRO 8 D ? PRO 8 L 1 -14.66 2 ILE 98 D . ? ILE 98 L PRO 99 D ? PRO 99 L 1 -1.57 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 5 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLN A 154 ? GLN A 156 ? GLN C 154 GLN C 156 AA1 2 ARG A 253 ? LEU A 256 ? ARG C 253 LEU C 256 AA1 3 ILE B 303 ? THR B 304 ? ILE D 303 THR D 304 AA2 1 VAL A 267 ? MET A 268 ? VAL C 267 MET C 268 AA2 2 PHE B 364 ? TYR B 374 ? PHE D 364 TYR D 374 AA2 3 LEU B 42 ? GLY B 46 ? LEU D 42 GLY D 46 AA3 1 VAL A 267 ? MET A 268 ? VAL C 267 MET C 268 AA3 2 PHE B 364 ? TYR B 374 ? PHE D 364 TYR D 374 AA3 3 LEU B 345 ? SER B 350 ? LEU D 345 SER D 350 AA4 1 TYR B 35 ? GLY B 38 ? TYR D 35 GLY D 38 AA4 2 LEU B 376 ? LEU B 382 ? LEU D 376 LEU D 382 AA4 3 TRP B 101 ? ILE B 108 ? TRP D 101 ILE D 108 AA4 4 TYR B 314 ? TRP B 315 ? TYR D 314 TRP D 315 AA5 1 CYS B 250 ? GLN B 255 ? CYS D 250 GLN D 255 AA5 2 GLN B 154 ? ILE B 159 ? GLN D 154 ILE D 159 AA5 3 GLN B 331 ? VAL B 337 ? GLN D 331 VAL D 337 AA5 4 ARG B 72 ? ALA B 77 ? ARG D 72 ALA D 77 AA5 5 VAL B 453 ? ASP B 454 ? VAL D 453 ASP D 454 AA6 1 SER B 119 ? TYR B 124 ? SER D 119 TYR D 124 AA6 2 ASP B 146 ? VAL B 150 ? ASP D 146 VAL D 150 AA7 1 ILE B 166 ? LYS B 172 ? 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SER E 119 HIS E 121 AB5 2 VAL C 148 ? VAL C 150 ? VAL E 148 VAL E 150 AB6 1 LYS C 192 ? ILE C 195 ? LYS E 192 ILE E 195 AB6 2 ILE C 166 ? HIS C 169 ? ILE E 166 HIS E 169 AB6 3 CYS C 230 ? PRO C 233 ? CYS E 230 PRO E 233 AB6 4 MET C 201 ? VAL C 202 ? MET E 201 VAL E 202 AB7 1 ALA C 258 ? ASN C 263 ? ALA E 258 ASN E 263 AB7 2 TYR C 294 ? PRO C 298 ? TYR E 294 PRO E 298 AB8 1 LEU D 4 ? SER D 7 ? LEU L 4 SER L 7 AB8 2 ALA D 19 ? ALA D 25 ? ALA L 19 ALA L 25 AB8 3 ASP D 74 ? ILE D 79 ? ASP L 74 ILE L 79 AB8 4 PHE D 66 ? GLY D 68 ? PHE L 66 GLY L 68 AB9 1 LEU D 11 ? VAL D 13 ? LEU L 11 VAL L 13 AB9 2 THR D 106 ? ILE D 110 ? THR L 106 ILE L 110 AB9 3 LYS D 89 ? HIS D 94 ? LYS L 89 HIS L 94 AB9 4 MET D 37 ? GLN D 42 ? MET L 37 GLN L 42 AB9 5 LYS D 49 ? ILE D 52 ? LYS L 49 ILE L 52 AC1 1 LEU E 4 ? GLN E 5 ? LEU H 4 GLN H 5 AC1 2 VAL E 18 ? ALA E 24 ? VAL H 18 ALA H 24 AC1 3 THR E 78 ? LEU E 83 ? THR H 78 LEU H 83 AC1 4 ALA E 68 ? ASP E 73 ? ALA H 68 ASP H 73 AC2 1 THR E 58 ? TYR E 60 ? 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VAL H 93 CYS H 96 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N GLN A 154 ? N GLN C 154 O GLN A 255 ? O GLN C 255 AA1 2 3 N LEU A 256 ? N LEU C 256 O ILE B 303 ? O ILE D 303 AA2 1 2 N VAL A 267 ? N VAL C 267 O PHE B 364 ? O PHE D 364 AA2 2 3 O HIS B 370 ? O HIS D 370 N GLY B 46 ? N GLY D 46 AA3 1 2 N VAL A 267 ? N VAL C 267 O PHE B 364 ? O PHE D 364 AA3 2 3 O TYR B 367 ? O TYR D 367 N LEU B 347 ? N LEU D 347 AA4 1 2 N ALA B 37 ? N ALA D 37 O PHE B 378 ? O PHE D 378 AA4 2 3 O GLN B 377 ? O GLN D 377 N GLU B 107 ? N GLU D 107 AA4 3 4 N MET B 106 ? N MET D 106 O TYR B 314 ? O TYR D 314 AA5 1 2 O ARG B 253 ? O ARG D 253 N GLN B 156 ? N GLN D 156 AA5 2 3 N ILE B 159 ? N ILE D 159 O THR B 335 ? O THR D 335 AA5 3 4 O VAL B 334 ? O VAL D 334 N PHE B 74 ? N PHE D 74 AA5 4 5 N ARG B 75 ? N ARG D 75 O VAL B 453 ? O VAL D 453 AA6 1 2 N SER B 119 ? N SER D 119 O VAL B 150 ? O VAL D 150 AA7 1 2 N ALA B 171 ? N ALA D 171 O GLU B 190 ? O GLU D 190 AA8 1 2 N MET B 201 ? N MET D 201 O LYS B 231 ? O LYS D 231 AA9 1 2 N TRP B 262 ? N TRP D 262 O SER B 295 ? 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N CYS L 23 O PHE D 75 ? O PHE L 75 AB8 3 4 O ASN D 78 ? O ASN L 78 N SER D 67 ? N SER L 67 AB9 1 2 N VAL D 13 ? N VAL L 13 O GLU D 109 ? O GLU L 109 AB9 2 3 O THR D 106 ? O THR L 106 N TYR D 90 ? N TYR L 90 AB9 3 4 O TYR D 91 ? O TYR L 91 N TYR D 40 ? N TYR L 40 AB9 4 5 N TRP D 39 ? N TRP L 39 O LEU D 51 ? O LEU L 51 AC1 1 2 N GLN E 5 ? N GLN H 5 O LYS E 23 ? O LYS H 23 AC1 2 3 N LEU E 20 ? N LEU H 20 O MET E 81 ? O MET H 81 AC1 3 4 O TYR E 80 ? O TYR H 80 N THR E 71 ? N THR H 71 AC2 1 2 O ASN E 59 ? O ASN H 59 N GLU E 50 ? N GLU H 50 AC2 2 3 O ILE E 48 ? O ILE H 48 N TRP E 36 ? N TRP H 36 AC2 3 4 N GLN E 39 ? N GLN H 39 O VAL E 93 ? O VAL H 93 # _pdbx_entry_details.entry_id 9VZ8 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LYS C 172 ? ? -162.28 115.55 2 1 THR C 217 ? ? 63.11 -160.22 3 1 GLU C 220 ? ? 53.58 -143.96 4 1 VAL C 221 ? ? 38.46 71.66 5 1 ASP C 245 ? ? 51.14 -130.49 6 1 SER D 40 ? ? -78.05 -169.42 7 1 GLU D 131 ? ? 72.79 -6.87 8 1 GLU D 197 ? ? -79.35 -169.45 9 1 THR D 288 ? ? 39.20 66.46 10 1 SER D 291 ? ? 61.29 -156.96 11 1 SER D 301 ? ? 63.09 -130.59 12 1 LYS D 318 ? ? -160.23 115.85 13 1 HIS D 329 ? ? 58.39 13.69 14 1 SER D 397 ? ? 42.43 -133.78 15 1 GLU E 107 ? ? -161.86 116.24 16 1 GLN E 142 ? ? 72.12 -6.11 17 1 ASP E 143 ? ? 51.69 -116.18 18 1 ASP E 146 ? ? -69.18 -175.37 19 1 ALA E 319 ? ? -79.37 -168.90 20 1 ASN E 324 ? ? -92.43 55.00 21 1 HIS E 329 ? ? 55.90 15.07 22 1 SER L 32 ? ? 68.58 -4.67 23 1 ALA L 55 ? ? 64.32 -11.41 24 1 SER L 56 ? ? -127.22 -52.16 25 1 SER L 69 ? ? -160.09 119.93 26 1 LYS H 67 ? ? 59.93 19.91 27 1 ASP H 108 ? ? 51.47 -117.68 # _pdbx_validate_planes.id 1 _pdbx_validate_planes.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_planes.auth_comp_id ARG _pdbx_validate_planes.auth_asym_id E _pdbx_validate_planes.auth_seq_id 341 _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code ? _pdbx_validate_planes.label_alt_id ? _pdbx_validate_planes.rmsd 0.140 _pdbx_validate_planes.type 'SIDE CHAIN' # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9VZ8 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9VZ8 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.81 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 993420 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'Local refinement region of HPV45 in complex with antibody 10G2' ? ? ? 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