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EMDB EMD-65577 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-04-01 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-04-01 ? 3 FSC 1 0 2026-04-01 ? 4 'Half map' 1 0 2026-04-01 1 5 'Half map' 1 0 2026-04-01 2 6 Image 1 0 2026-04-01 ? 7 Mask 1 0 2026-04-01 1 8 'Primary map' 1 0 2026-04-01 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 FSC repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 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_citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structures of respiratory supercomplexes and ATP synthase oligomers in mammalian mitochondrial inner membrane.' _citation.year 2026 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-026-70578-x _citation.pdbx_database_id_PubMed 41844608 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Nakano, A.' 1 ? primary 'Masuya, T.' 2 0000-0003-4950-0527 primary 'Akisada, S.' 3 ? primary 'Ishikawa-Fukuda, M.' 4 0000-0002-8620-1801 primary 'Mitsuoka, K.' 5 ? primary 'Miyoshi, H.' 6 0000-0002-1792-554X primary 'Murai, M.' 7 0000-0001-6601-2854 primary 'Yokoyama, K.' 8 0000-0002-6813-1096 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_entity_name_com.name 1 'A6L,F-ATPase subunit 8,ATP synthase subunit A6L' 2 'ATP synthase F1 subunit alpha' 3 'ATP synthase F1 subunit beta' 4 'ATP synthase F1 subunit gamma,F-ATPase gamma subunit' 5 'ATP synthase F1 subunit delta,F-ATPase delta subunit' 6 'ATPase subunit epsilon,ATP synthase F1 subunit epsilon' 7 'ATP synthase F1 subunit epsilon,Inhibitor of F(1)F(o)-ATPase,IF(1),IF1' 8 ;ATP synthase lipid-binding protein,ATP synthase membrane subunit c locus 1,ATP synthase proteolipid P1,ATPase protein 9,ATPase subunit c,Proton-conducting channel,ATP synthase F(0) complex subunit c ; 9 'ATP synthase subunit O,Oligomycin sensitivity conferral protein,OSCP' 10 'ATP synthase subunit a,F-ATPase protein 6,Proton-conducting channel,ATP synthase F(0) complex subunit a' 11 ;ATP synthase F(0) complex subunit B1,mitochondrial,ATP synthase peripheral stalk-membrane subunit b,ATP synthase subunit b,ATPase subunit b ; 12 'ATPase subunit d,ATP synthase peripheral stalk subunit d' 13 'ATPase 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AAFAQFGSDLDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMAIEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAFLSHVISQHQALL SKIRTDGKISEESDAKLKEIVTNFLAGFEA ; A,B,C ? 3 'polypeptide(L)' no no ;AAQASPSPKAGATTGRIVAVIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVL DSGAPIRIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAAIHAEAPEFVEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFG GAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTG LTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADD LTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDEL SEEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHLGKLVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEE HS ; ;AAQASPSPKAGATTGRIVAVIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVL DSGAPIRIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAAIHAEAPEFVEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFG GAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTG LTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADD LTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDEL SEEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHLGKLVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEE HS ; D,E,F ? 4 'polypeptide(L)' no no ;ATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARVYGVGSLALYEKADIKTPEDKKKHLIIGVSSDRGLCGA IHSSVAKQMKSEAANLAAAGKEVKIIGVGDKIRSILHRTHSDQFLVTFKEVGRRPPTFGDASVIALELLNSGYEFDEGSI IFNRFRSVISYKTEEKPIFSLDTISSAESMSIYDDIDADVLRNYQEYSLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNAS EMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAALD ; ;ATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARVYGVGSLALYEKADIKTPEDKKKHLIIGVSSDRGLCGA IHSSVAKQMKSEAANLAAAGKEVKIIGVGDKIRSILHRTHSDQFLVTFKEVGRRPPTFGDASVIALELLNSGYEFDEGSI IFNRFRSVISYKTEEKPIFSLDTISSAESMSIYDDIDADVLRNYQEYSLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNAS EMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAALD ; G ? 5 'polypeptide(L)' no no ;AEAAAAQAPAAGPGQMSFTFASPTQVFFNSANVRQVDVPTQTGAFGILAAHVPTLQVLRPGLVVVHAEDGTTSKYFVSSG SVTVNADSSVQLLAEEAVTLDMLDLGAAKANLEKAQSELLGAADEATRAEIQIRIEANEALVKALE ; ;AEAAAAQAPAAGPGQMSFTFASPTQVFFNSANVRQVDVPTQTGAFGILAAHVPTLQVLRPGLVVVHAEDGTTSKYFVSSG SVTVNADSSVQLLAEEAVTLDMLDLGAAKANLEKAQSELLGAADEATRAEIQIRIEANEALVKALE ; H ? 6 'polypeptide(L)' no no VAYWRQAGLSYIRYSQICAKAVRDALKTEFKANAMKTSGSTIKIVKVKKE VAYWRQAGLSYIRYSQICAKAVRDALKTEFKANAMKTSGSTIKIVKVKKE I ? 7 'polypeptide(L)' no no GSESGDNVRSSAGAVRDAGGAFGKREQAEEERYFRARAKEQLAALKKHHENEISHHAKEI GSESGDNVRSSAGAVRDAGGAFGKREQAEEERYFRARAKEQLAALKKHHENEISHHAKEI J ? 8 'polypeptide(L)' no yes 'DIDTAAKFIGAGAATVGVAGSGAGIGTVFGSLIIGYARNPSL(M3L)QQLFSYAILGFALSEAMGLFCLMVAFLILFAM' DIDTAAKFIGAGAATVGVAGSGAGIGTVFGSLIIGYARNPSLKQQLFSYAILGFALSEAMGLFCLMVAFLILFAM K,L,M,N,O,P,Q,R ? 9 'polypeptide(L)' no no ;FAKLVRPPVQIYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVGQILKEPKMAASLLNPYVKRSVKVKSLSDMTAKEKFSP LTSNLINLLAENGRLTNTPAVISAFSTMMSVHRGEVPCTVTTASALDEATLTELKTVLKSFLSKGQVLKLEVKIDPSIMG GMIVRIGEKYVDMSAKTKIQKLSRAMREIL ; ;FAKLVRPPVQIYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVGQILKEPKMAASLLNPYVKRSVKVKSLSDMTAKEKFSP LTSNLINLLAENGRLTNTPAVISAFSTMMSVHRGEVPCTVTTASALDEATLTELKTVLKSFLSKGQVLKLEVKIDPSIMG GMIVRIGEKYVDMSAKTKIQKLSRAMREIL ; S ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MNENLFTSFITPVILGLPLVTLIVLFPSLLFPTSNRLVSNRFVTLQQWMLQLVSKQMMSIHNSKGQTWTLMLMSLILFIG STNLLGLLPHSFTPTTQLSMNLGMAIPLWAGAVITGFRNKTKASLAHFLPQGTPTPLIPMLVIIETISLFIQPMALAVRL TANITAGHLLIHLIGGATLALMSISTTTALITFTILILLTILEFAVAMIQAYVFTLLVSLYLHDNT ; ;MNENLFTSFITPVILGLPLVTLIVLFPSLLFPTSNRLVSNRFVTLQQWMLQLVSKQMMSIHNSKGQTWTLMLMSLILFIG STNLLGLLPHSFTPTTQLSMNLGMAIPLWAGAVITGFRNKTKASLAHFLPQGTPTPLIPMLVIIETISLFIQPMALAVRL TANITAGHLLIHLIGGATLALMSISTTTALITFTILILLTILEFAVAMIQAYVFTLLVSLYLHDNT ; a ? 11 'polypeptide(L)' no no ;PVPPLPEHGGKVRFGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLGTGLILYLLSKEIYVITPETFSAISTIGFLVYIVKKYGASVGE FADKLNEQKIAQLEEVKQASIKQIQDAIDMEKSQQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLHRVYREVKNRLDYHIS VQNMMRQKEQEHMINWVEKRVVQSISAQQEKETIAKCIADLKLLSKKAQAQPVM ; ;PVPPLPEHGGKVRFGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLGTGLILYLLSKEIYVITPETFSAISTIGFLVYIVKKYGASVGE FADKLNEQKIAQLEEVKQASIKQIQDAIDMEKSQQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLHRVYREVKNRLDYHIS VQNMMRQKEQEHMINWVEKRVVQSISAQQEKETIAKCIADLKLLSKKAQAQPVM ; b ? 12 'polypeptide(L)' no no ;AGRKLALKTIDWVAFGEIIPRNQKAVANSLKSWNETLTSRLATLPEKPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPI PEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEFLTQSKTRIQEYEKELEKMRNIIPFDQMTIEDLNEVFPETKLDKKKYPYWPHRPIETL ; ;AGRKLALKTIDWVAFGEIIPRNQKAVANSLKSWNETLTSRLATLPEKPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPI PEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEFLTQSKTRIQEYEKELEKMRNIIPFDQMTIEDLNEVFPETKLDKKKYPYWPHRPIETL ; d ? 13 'polypeptide(L)' no no VPPVQVSPLIKLGRYSALFLGMAYGAKRYNYLKPRAEEERRLAAEEKKKRDEQKRIERELAEAQEDTILK VPPVQVSPLIKLGRYSALFLGMAYGAKRYNYLKPRAEEERRLAAEEKKKRDEQKRIERELAEAQEDTILK e ? 14 'polypeptide(L)' no no ;ASVVPLKEKKLLEVKLGELPSWILMRDFTPSGIAGAFQRGYYRYYNKYVNVKKGSIAGLSMVLAAYVFLNYCRSYKELKH ERLRKYH ; ;ASVVPLKEKKLLEVKLGELPSWILMRDFTPSGIAGAFQRGYYRYYNKYVNVKKGSIAGLSMVLAAYVFLNYCRSYKELKH ERLRKYH ; f ? 15 'polypeptide(L)' no no ;AEFVRNLAEKAPALVNAAVTYSKPRLATFWYYAKVELVPPTPAEIPTAIQSLKKIINSAKTGSFKQLTVKEALLNGLVAT EVWMWFYVGEIIGKRGIIGYDV ; ;AEFVRNLAEKAPALVNAAVTYSKPRLATFWYYAKVELVPPTPAEIPTAIQSLKKIINSAKTGSFKQLTVKEALLNGLVAT EVWMWFYVGEIIGKRGIIGYDV ; g ? 16 'polypeptide(L)' no no NKELDPVQKLFVDKIREYRTKRQTSGGPVDAGPEYQQDLDRELFKLKQMYGKADMNTFPNFTFEDPKFEVVEKPQS NKELDPVQKLFVDKIREYRTKRQTSGGPVDAGPEYQQDLDRELFKLKQMYGKADMNTFPNFTFEDPKFEVVEKPQS h ? 17 'polypeptide(L)' no no MLQSLIKKVWIPMKPYYTQAYQEIWVGTGLMAYIVYKIRSADKRSKALKASSAAPAHGHH MLQSLIKKVWIPMKPYYTQAYQEIWVGTGLMAYIVYKIRSADKRSKALKASSAAPAHGHH j ? 18 'polypeptide(L)' no no AGPEADAQFHFTGIKKYFNSYTLTGRMNCVLATYGSIALIVLYFKLRSKKTPAVKAT AGPEADAQFHFTGIKKYFNSYTLTGRMNCVLATYGSIALIVLYFKLRSKKTPAVKAT k ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 19 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 20 'MAGNESIUM ION' MG 21 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 PRO n 1 3 GLN n 1 4 LEU n 1 5 ASP n 1 6 THR n 1 7 SER n 1 8 THR n 1 9 TRP n 1 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BA TYR 33 CD2 359 1 Y 1 j TYR 33 ? CE1 ? BA TYR 33 CE1 360 1 Y 1 j TYR 33 ? CE2 ? BA TYR 33 CE2 361 1 Y 1 j TYR 33 ? CZ ? BA TYR 33 CZ 362 1 Y 1 j TYR 33 ? OH ? BA TYR 33 OH 363 1 Y 1 k TYR 34 ? CG ? CA TYR 34 CG 364 1 Y 1 k TYR 34 ? CD1 ? CA TYR 34 CD1 365 1 Y 1 k TYR 34 ? CD2 ? CA TYR 34 CD2 366 1 Y 1 k TYR 34 ? CE1 ? CA TYR 34 CE1 367 1 Y 1 k TYR 34 ? CE2 ? CA TYR 34 CE2 368 1 Y 1 k TYR 34 ? CZ ? CA TYR 34 CZ 369 1 Y 1 k TYR 34 ? OH ? CA TYR 34 OH 370 1 Y 1 k SER 36 ? OG ? CA SER 36 OG 371 1 Y 1 k ILE 37 ? CG1 ? CA ILE 37 CG1 372 1 Y 1 k ILE 37 ? CG2 ? CA ILE 37 CG2 373 1 Y 1 k ILE 37 ? CD1 ? CA ILE 37 CD1 374 1 Y 1 k LEU 39 ? CG ? CA LEU 39 CG 375 1 Y 1 k LEU 39 ? CD1 ? CA LEU 39 CD1 376 1 Y 1 k LEU 39 ? CD2 ? CA LEU 39 CD2 377 1 Y 1 k ILE 40 ? CG1 ? CA ILE 40 CG1 378 1 Y 1 k ILE 40 ? CG2 ? CA ILE 40 CG2 379 1 Y 1 k ILE 40 ? CD1 ? CA ILE 40 CD1 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9W2R _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9W2R _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.713 ? 53701 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.514 ? 14690 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.044 ? 6274 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 6853 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9W2R _struct.title 'Cryo-EM structure of FoF1-ATPase monomer state 1 on the bovine heart submitochondrial particles (FoF1-1)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9W2R _struct_keywords.text 'ATP synthase, FoF1-ATPase, submitochondrial particles, MOTOR PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MOTOR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 8 ? M N N 8 ? N N N 8 ? O N N 8 ? 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