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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.4415 ? 50939 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0300 ? 5806 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0030 ? 3779 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 25.0402 ? 14473 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 9W6Q _struct.title 'Cryo-EM structure of a stacked human nucleosome core particle trimer assembled with DNA truncated at SHL-5.5' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9W6Q _struct_keywords.text 'Nucleosome, chromatin, cryo-EM, Nucleosome stacking, GENE REGULATION/DNA, GENE REGULATION-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? 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THR 1 85 ILE 1 86 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 83 ? 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J 55 ? I -54 ? J 54 ? 1 I DT 2 1_555 J DA 128 1_555 I DC 3 1_555 J DG 127 1_555 -0.600 0.060 3.446 -0.333 1.084 36.991 -0.060 0.898 3.451 1.708 0.524 37.008 2 II_DT-54DC-53:DG53DA54_JJ I -54 ? J 54 ? I -53 ? J 53 ? 1 I DC 3 1_555 J DG 127 1_555 I DC 4 1_555 J DG 126 1_555 0.315 -0.725 3.309 -0.524 -0.192 36.805 -1.122 -0.571 3.308 -0.304 0.830 36.809 3 II_DC-53DC-52:DG52DG53_JJ I -53 ? J 53 ? I -52 ? J 52 ? 1 I DC 4 1_555 J DG 126 1_555 I DG 5 1_555 J DC 125 1_555 0.416 -0.756 3.126 -0.880 0.526 37.751 -1.233 -0.751 3.105 0.812 1.359 37.765 4 II_DC-52DG-51:DC51DG52_JJ I -52 ? J 52 ? I -51 ? J 51 ? 1 I DG 5 1_555 J DC 125 1_555 I DT 6 1_555 J DA 124 1_555 0.150 -1.065 3.219 -0.900 1.731 36.290 -1.942 -0.363 3.162 2.777 1.443 36.341 5 II_DG-51DT-50:DA50DC51_JJ I -51 ? J 51 ? I -50 ? J 50 ? 1 I DT 6 1_555 J DA 124 1_555 I DG 7 1_555 J DC 123 1_555 0.451 -0.283 2.925 0.185 3.260 36.622 -0.845 -0.693 2.893 5.175 -0.294 36.762 6 II_DT-50DG-49:DC49DA50_JJ I -50 ? J 50 ? I -49 ? J 49 ? 1 I DG 7 1_555 J DC 123 1_555 I DC 8 1_555 J DG 122 1_555 1.144 -0.455 3.232 2.105 0.389 36.818 -0.772 -1.524 3.285 0.616 -3.329 36.878 7 II_DG-49DC-48:DG48DC49_JJ I -49 ? J 49 ? I -48 ? J 48 ? 1 I DC 8 1_555 J DG 122 1_555 I DC 9 1_555 J DG 121 1_555 -1.198 -0.380 3.147 0.605 -0.569 35.581 -0.542 2.045 3.132 -0.930 -0.990 35.590 8 II_DC-48DC-47:DG47DG48_JJ I -48 ? J 48 ? I -47 ? J 47 ? 1 I DC 9 1_555 J DG 121 1_555 I DT 10 1_555 J DA 120 1_555 0.655 1.232 3.989 2.308 -0.464 40.141 1.856 -0.632 4.005 -0.675 -3.359 40.207 9 II_DC-47DT-46:DA46DG47_JJ I -47 ? J 47 ? I -46 ? J 46 ? 1 I DT 10 1_555 J DA 120 1_555 I DG 11 1_555 J DC 119 1_555 -0.418 1.864 3.766 -0.214 -0.511 38.322 2.912 0.606 3.744 -0.779 0.325 38.326 10 II_DT-46DG-45:DC45DA46_JJ I -46 ? J 46 ? I -45 ? J 45 ? 1 I DG 11 1_555 J DC 119 1_555 I DG 12 1_555 J DC 118 1_555 -0.792 2.773 3.463 -1.439 0.062 39.229 4.120 0.997 3.493 0.093 2.143 39.254 11 II_DG-45DG-44:DC44DC45_JJ I -45 ? J 45 ? I -44 ? 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J 27 ? 1 I DC 29 1_555 J DG 101 1_555 I DC 30 1_555 J DG 100 1_555 -0.692 -0.853 3.257 4.609 -2.194 36.433 -1.055 1.718 3.193 -3.489 -7.327 36.777 27 II_DC-27DC-26:DG26DG27_JJ I -27 ? J 27 ? I -26 ? J 26 ? 1 I DC 30 1_555 J DG 100 1_555 I DC 31 1_555 J DG 99 1_555 -0.351 2.497 3.565 -0.640 -2.886 39.484 4.047 0.438 3.387 -4.265 0.946 39.591 28 II_DC-26DC-25:DG25DG26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DC 31 1_555 J DG 99 1_555 I DT 32 1_555 J DA 98 1_555 -1.036 3.366 3.452 -1.593 -0.169 42.396 4.669 1.260 3.474 -0.234 2.201 42.425 29 II_DC-25DT-24:DA24DG25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DT 32 1_555 J DA 98 1_555 I DT 33 1_555 J DA 97 1_555 -0.772 1.189 3.443 -7.889 6.264 24.654 0.718 -0.672 3.695 13.950 17.567 26.603 30 II_DT-24DT-23:DA23DA24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DT 33 1_555 J DA 97 1_555 I DG 34 1_555 J DC 96 1_555 1.114 0.177 2.947 -2.258 7.885 35.557 -0.698 -2.061 2.847 12.704 3.638 36.461 31 II_DT-23DG-22:DC22DA23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DG 34 1_555 J DC 96 1_555 I DG 35 1_555 J DC 95 1_555 1.127 -0.401 3.128 -0.943 7.106 31.274 -1.925 -2.199 2.933 12.969 1.721 32.065 32 II_DG-22DG-21:DC21DC22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DG 35 1_555 J DC 95 1_555 I DC 36 1_555 J DG 94 1_555 0.175 -1.106 3.358 2.600 4.566 29.993 -3.023 0.189 3.163 8.738 -4.975 30.439 33 II_DG-21DC-20:DG20DC21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 36 1_555 J DG 94 1_555 I DG 37 1_555 J DC 93 1_555 0.528 -1.428 2.837 0.154 9.059 31.052 -3.862 -0.927 2.341 16.486 -0.281 32.316 34 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DG 37 1_555 J DC 93 1_555 I DG 38 1_555 J DC 92 1_555 1.537 -0.656 3.542 4.809 6.873 31.463 -2.489 -1.822 3.515 12.402 -8.677 32.535 35 II_DG-19DG-18:DC18DC19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? J 18 ? 1 I DG 38 1_555 J DC 92 1_555 I DT 39 1_555 J DA 91 1_555 -0.159 -1.281 3.445 6.015 1.461 33.019 -2.467 1.301 3.308 2.544 -10.468 33.578 36 II_DG-18DT-17:DA17DC18_JJ I -18 ? J 18 ? I -17 ? J 17 ? 1 I DT 39 1_555 J DA 91 1_555 I DT 40 1_555 J DA 90 1_555 0.513 -1.155 3.250 6.291 -1.853 33.287 -1.678 0.149 3.346 -3.196 -10.850 33.909 37 II_DT-17DT-16:DA16DA17_JJ I -17 ? J 17 ? I -16 ? J 16 ? 1 I DT 40 1_555 J DA 90 1_555 I DA 41 1_555 J DT 89 1_555 -1.344 1.033 3.778 0.412 -4.078 36.293 2.288 2.209 3.629 -6.521 -0.659 36.516 38 II_DT-16DA-15:DT15DA16_JJ I -16 ? J 16 ? I -15 ? J 15 ? 1 I DA 43 1_555 J DT 87 1_555 I DA 44 1_555 J DT 86 1_555 -0.535 1.964 3.541 -5.955 3.233 39.104 2.472 0.012 3.724 4.787 8.817 39.664 39 II_DA-13DA-12:DT12DT13_JJ I -13 ? J 13 ? I -12 ? J 12 ? 1 I DA 44 1_555 J DT 86 1_555 I DC 45 1_555 J DG 85 1_555 0.475 -0.538 3.141 -8.258 7.458 27.824 -2.464 -2.495 2.665 14.782 16.367 29.926 40 II_DA-12DC-11:DG11DT12_JJ I -12 ? J 12 ? I -11 ? J 11 ? 1 I DC 45 1_555 J DG 85 1_555 I DG 46 1_555 J DC 84 1_555 1.123 -0.426 3.102 -2.439 7.581 32.627 -1.886 -2.313 2.845 13.250 4.262 33.559 41 II_DC-11DG-10:DC10DG11_JJ I -11 ? J 11 ? I -10 ? J 10 ? 1 I DG 46 1_555 J DC 84 1_555 I DC 47 1_555 J DG 83 1_555 0.152 -0.662 3.197 1.015 5.586 33.985 -1.955 -0.105 3.056 9.475 -1.722 34.442 42 II_DG-10DC-9:DG9DC10_JJ I -10 ? J 10 ? I -9 ? J 9 ? 1 I DC 47 1_555 J DG 83 1_555 I DG 48 1_555 J DC 82 1_555 0.825 -0.323 3.082 2.054 4.872 34.740 -1.222 -1.078 3.052 8.101 -3.415 35.127 43 II_DC-9DG-8:DC8DG9_JJ I -9 ? J 9 ? I -8 ? J 8 ? 1 I DG 48 1_555 J DC 82 1_555 I DG 49 1_555 J DC 81 1_555 0.872 -0.508 3.378 3.640 0.151 32.961 -0.917 -0.887 3.449 0.266 -6.390 33.156 44 II_DG-8DG-7:DC7DC8_JJ I -8 ? J 8 ? I -7 ? J 7 ? 1 I DG 49 1_555 J DC 81 1_555 I DG 50 1_555 J DC 80 1_555 -0.491 -0.453 3.234 1.587 -0.745 37.210 -0.611 0.977 3.220 -1.166 -2.485 37.250 45 II_DG-7DG-6:DC6DC7_JJ I -7 ? J 7 ? I -6 ? J 6 ? 1 I DG 50 1_555 J DC 80 1_555 I DG 51 1_555 J DC 79 1_555 -0.214 1.138 3.723 1.499 -1.736 37.844 2.002 0.545 3.658 -2.674 -2.309 37.911 46 II_DG-6DG-5:DC5DC6_JJ I -6 ? J 6 ? I -5 ? 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J 0 ? 1 I DG 56 1_555 J DC 74 1_555 I DC 57 1_555 J DG 73 1_555 0.955 -0.628 3.254 1.612 4.258 36.972 -1.543 -1.284 3.202 6.683 -2.530 37.241 52 II_DG0DC1:DG-1DC0_JJ I 0 ? J 0 ? I 1 ? J -1 ? 1 I DC 57 1_555 J DG 73 1_555 I DG 58 1_555 J DC 72 1_555 0.504 -0.847 3.020 1.632 2.916 30.401 -2.135 -0.660 2.951 5.539 -3.100 30.580 53 II_DC1DG2:DC-2DG-1_JJ I 1 ? J -1 ? I 2 ? J -2 ? 1 I DG 58 1_555 J DC 72 1_555 I DC 59 1_555 J DG 71 1_555 -0.151 -0.683 3.431 3.205 0.643 35.176 -1.225 0.743 3.392 1.061 -5.289 35.323 54 II_DG2DC3:DG-3DC-2_JJ I 2 ? J -2 ? I 3 ? J -3 ? 1 I DC 59 1_555 J DG 71 1_555 I DG 60 1_555 J DC 70 1_555 -0.120 0.368 3.167 1.764 -0.661 40.039 0.611 0.370 3.153 -0.965 -2.574 40.082 55 II_DC3DG4:DC-4DG-3_JJ I 3 ? J -3 ? I 4 ? J -4 ? 1 I DG 60 1_555 J DC 70 1_555 I DT 61 1_555 J DA 69 1_555 0.332 -0.411 3.372 2.202 -0.721 33.737 -0.586 -0.202 3.394 -1.240 -3.789 33.814 56 II_DG4DT5:DA-5DC-4_JJ I 4 ? J -4 ? I 5 ? 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