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'Kobayashi, Y.' 5 0000-0001-6590-288X 'Ogasawara, M.' 6 0000-0003-3248-2270 'Takizawa, Y.' 7 0000-0002-6265-4830 'Kurumizaka, H.' 8 0000-0001-7412-3722 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structural basis for site-specific histone H3 acetylation-dependent regulation of RNAPII transcription through nucleosomes' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Oishi, T.' 1 0009-0005-1724-0670 primary 'Hatazawa, S.' 2 0000-0002-5678-4049 primary 'Kujirai, T.' 3 0000-0001-5547-9598 primary 'Suzuki, S.' 4 ? primary 'Nakatsu, K.' 5 0009-0008-1388-282X primary 'Hayashi, G.' 6 0000-0001-6853-2706 primary 'Kato, J.' 7 ? primary 'Kobayashi, Y.' 8 0000-0001-6590-288X primary 'Ogasawara, M.' 9 0000-0003-3248-2270 primary 'Ehara, H.' 10 0000-0002-7420-145X primary 'Sekine, S.' 11 0000-0001-8174-8704 primary 'Takizawa, Y.' 12 0000-0002-6265-4830 primary 'Kurumizaka, H.' 13 0000-0001-7412-3722 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15257.838 2 ? 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;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;GCTTACGTCAGTCTGGCCATCTTTGTGTTTGGTGTGTTTGGGTGGTGGCCGTTTTCGTTGTTTTTTTCTGTCTCGTGCCT GGTGTCTTGGGTGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTC TACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA) (DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) ; ;ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACACCCAAGACACCAGGCACGAGACAGAAAAAAACAACGAAAACGGCCACCACCCA AACACACCAAACACAAGAGCTAATTGACTGACGTAAGC ; J ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 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H ALA 128 CB # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9XDM _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9XDM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9XDM _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9XDM _struct.title 'Cryo-EM structure of the 198 bp human nucleosome containing H3.2 C110A mutant' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9XDM _struct_keywords.text 'nuclear protein, chromatin, GENE REGULATION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_HUMAN Q71DI3 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 9XDM 9XDM ? 5 ? 1 6 PDB 9XDM 9XDM ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9XDM A 1 ? 135 ? 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'expression tag' -3 2 2 9XDM SER B 2 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -2 3 2 9XDM HIS B 3 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -1 4 3 9XDM GLY C 1 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -3 5 3 9XDM SER C 2 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -2 6 3 9XDM HIS C 3 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -1 7 4 9XDM GLY D 1 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -3 8 4 9XDM SER D 2 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -2 9 4 9XDM HIS D 3 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -1 10 5 9XDM ALA E 110 ? UNP Q71DI3 CYS 111 'engineered mutation' 110 11 6 9XDM GLY F 1 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -3 12 6 9XDM SER F 2 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -2 13 6 9XDM HIS F 3 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -1 14 7 9XDM GLY G 1 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -3 15 7 9XDM SER G 2 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -2 16 7 9XDM HIS G 3 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -1 17 8 9XDM GLY H 1 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -3 18 8 9XDM SER H 2 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -2 19 8 9XDM HIS H 3 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -1 20 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 44 ? 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SER D 55 ASN D 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 THR D 94 ? LEU D 106 ? THR D 90 LEU D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY D 108 ? SER D 127 ? GLY D 104 SER D 123 1 ? 20 HELX_P HELX_P18 AB9 ARG E 63 ? ASP E 77 ? ARG E 63 ASP E 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P19 AC1 GLN E 85 ? ALA E 114 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P20 AC2 MET E 120 ? GLY E 132 ? MET E 120 GLY E 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 AC3 ASN F 29 ? ILE F 33 ? ASN F 25 ILE F 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 THR F 34 ? GLY F 45 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 LEU F 53 ? ALA F 80 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P24 AC6 THR F 86 ? GLN F 97 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 THR G 20 ? GLY G 26 ? THR G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 AC8 PRO G 30 ? LYS G 40 ? PRO G 26 LYS G 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P27 AC9 ALA G 49 ? ASN G 77 ? ALA G 45 ASN G 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P28 AD1 ILE G 83 ? ASN G 93 ? ILE G 79 ASN G 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP G 94 ? LEU G 101 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 GLN G 116 ? LEU G 120 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 TYR H 41 ? HIS H 53 ? TYR H 37 HIS H 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 SER H 59 ? ASN H 88 ? SER H 55 ASN H 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P33 AD6 THR H 94 ? LEU H 106 ? THR H 90 LEU H 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY H 108 ? SER H 127 ? GLY H 104 SER H 123 1 ? 20 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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J -72 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DT 65 1_555 J DA 134 1_555 I DT 66 1_555 J DA 133 1_555 0.215 -0.252 3.291 0.957 3.867 30.983 -1.204 -0.217 3.241 7.202 -1.782 31.231 1 II_DT-61DT-60:DA60DA61_JJ I -61 ? J 61 ? I -60 ? J 60 ? 1 I DT 66 1_555 J DA 133 1_555 I DT 67 1_555 J DA 132 1_555 0.874 -0.699 3.376 5.297 6.493 36.641 -1.962 -0.643 3.299 10.166 -8.293 37.555 2 II_DT-60DT-59:DA59DA60_JJ I -60 ? J 60 ? I -59 ? J 59 ? 1 I DT 67 1_555 J DA 132 1_555 I DC 68 1_555 J DG 131 1_555 0.194 0.247 3.320 3.932 -2.965 40.889 0.677 0.155 3.299 -4.226 -5.604 41.172 3 II_DT-59DC-58:DG58DA59_JJ I -59 ? J 59 ? I -58 ? J 58 ? 1 I DC 68 1_555 J DG 131 1_555 I DT 69 1_555 J DA 130 1_555 -0.616 -0.543 3.440 0.458 -1.503 30.540 -0.715 1.264 3.452 -2.851 -0.869 30.580 4 II_DC-58DT-57:DA57DG58_JJ I -58 ? J 58 ? I -57 ? J 57 ? 1 I DT 69 1_555 J DA 130 1_555 I DG 70 1_555 J DC 129 1_555 0.855 1.486 3.712 2.846 1.790 38.039 2.011 -0.893 3.827 2.740 -4.357 38.182 5 II_DT-57DG-56:DC56DA57_JJ I -57 ? J 57 ? I -56 ? J 56 ? 1 I DG 70 1_555 J DC 129 1_555 I DT 71 1_555 J DA 128 1_555 -0.359 1.762 3.697 2.468 -9.228 42.017 3.379 0.751 3.232 -12.674 -3.389 43.041 6 II_DG-56DT-55:DA55DC56_JJ I -56 ? J 56 ? I -55 ? J 55 ? 1 I DT 71 1_555 J DA 128 1_555 I DC 72 1_555 J DG 127 1_555 -0.623 0.962 3.509 -7.564 1.065 38.232 1.302 -0.070 3.588 1.606 11.409 38.959 7 II_DT-55DC-54:DG54DA55_JJ I -55 ? J 55 ? I -54 ? J 54 ? 1 I DC 72 1_555 J DG 127 1_555 I DT 73 1_555 J DA 126 1_555 -0.118 0.761 3.405 -0.924 1.272 34.556 1.074 0.049 3.432 2.140 1.554 34.591 8 II_DC-54DT-53:DA53DG54_JJ I -54 ? J 54 ? I -53 ? J 53 ? 1 I DT 73 1_555 J DA 126 1_555 I DC 74 1_555 J DG 125 1_555 0.220 0.023 3.284 -4.130 4.213 34.835 -0.585 -0.973 3.218 6.976 6.838 35.315 9 II_DT-53DC-52:DG52DA53_JJ I -53 ? J 53 ? I -52 ? J 52 ? 1 I DC 74 1_555 J DG 125 1_555 I DG 75 1_555 J DC 124 1_555 -0.392 -0.223 3.141 -3.764 5.035 34.318 -1.108 0.105 3.102 8.446 6.313 34.872 10 II_DC-52DG-51:DC51DG52_JJ I -52 ? J 52 ? I -51 ? J 51 ? 1 I DG 75 1_555 J DC 124 1_555 I DT 76 1_555 J DA 123 1_555 0.506 -0.272 3.419 0.218 2.277 34.022 -0.842 -0.827 3.397 3.886 -0.372 34.097 11 II_DG-51DT-50:DA50DC51_JJ I -51 ? J 51 ? I -50 ? J 50 ? 1 I DT 76 1_555 J DA 123 1_555 I DG 77 1_555 J DC 122 1_555 -0.466 0.214 3.015 0.747 5.612 36.419 -0.367 0.831 3.004 8.912 -1.187 36.842 12 II_DT-50DG-49:DC49DA50_JJ I -50 ? J 50 ? I -49 ? J 49 ? 1 I DG 77 1_555 J DC 122 1_555 I DC 78 1_555 J DG 121 1_555 1.000 0.314 3.378 7.316 0.126 39.565 0.441 -0.574 3.501 0.185 -10.697 40.209 13 II_DG-49DC-48:DG48DC49_JJ I -49 ? J 49 ? I -48 ? J 48 ? 1 I DC 78 1_555 J DG 121 1_555 I DC 79 1_555 J DG 120 1_555 -0.639 0.769 3.510 3.290 1.008 31.075 1.223 1.850 3.449 1.874 -6.118 31.261 14 II_DC-48DC-47:DG47DG48_JJ I -48 ? J 48 ? I -47 ? J 47 ? 1 I DC 79 1_555 J DG 120 1_555 I DT 80 1_555 J DA 119 1_555 0.815 1.987 3.715 4.157 -7.041 44.162 3.306 -0.653 3.434 -9.270 -5.474 44.876 15 II_DC-47DT-46:DA46DG47_JJ I -47 ? J 47 ? I -46 ? J 46 ? 1 I DT 80 1_555 J DA 119 1_555 I DG 81 1_555 J DC 118 1_555 0.296 1.816 3.693 -5.795 -15.504 40.310 4.002 -0.978 2.779 -21.438 8.012 43.445 16 II_DT-46DG-45:DC45DA46_JJ I -46 ? J 46 ? I -45 ? 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J 40 ? 1 I DC 86 1_555 J DG 113 1_555 I DT 87 1_555 J DA 112 1_555 0.298 -0.776 3.278 4.132 3.180 32.379 -1.921 0.179 3.202 5.657 -7.350 32.785 22 II_DC-40DT-39:DA39DG40_JJ I -40 ? J 40 ? I -39 ? J 39 ? 1 I DT 87 1_555 J DA 112 1_555 I DT 88 1_555 J DA 111 1_555 0.215 -0.406 3.451 4.871 0.713 37.946 -0.714 0.320 3.443 1.090 -7.452 38.253 23 II_DT-39DT-38:DA38DA39_JJ I -39 ? J 39 ? I -38 ? J 38 ? 1 I DT 88 1_555 J DA 111 1_555 I DG 89 1_555 J DC 110 1_555 0.618 0.388 3.527 0.979 0.070 33.054 0.669 -0.907 3.544 0.124 -1.720 33.068 24 II_DT-38DG-37:DC37DA38_JJ I -38 ? J 38 ? I -37 ? J 37 ? 1 I DG 89 1_555 J DC 110 1_555 I DG 90 1_555 J DC 109 1_555 -0.565 0.503 3.389 -1.003 0.181 35.661 0.794 0.771 3.405 0.296 1.637 35.675 25 II_DG-37DG-36:DC36DC37_JJ I -37 ? J 37 ? I -36 ? J 36 ? 1 I DG 90 1_555 J DC 109 1_555 I DG 91 1_555 J DC 108 1_555 -0.848 1.679 3.783 -0.695 -8.469 46.399 2.874 0.997 3.455 -10.645 0.873 47.128 26 II_DG-36DG-35:DC35DC36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? 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J 30 ? 1 I DA 96 1_555 J DT 103 1_555 I DT 97 1_555 J DA 102 1_555 0.666 -1.047 3.308 -1.870 2.190 30.970 -2.369 -1.598 3.183 4.089 3.492 31.101 32 II_DA-30DT-29:DA29DT30_JJ I -30 ? J 30 ? I -29 ? J 29 ? 1 I DT 97 1_555 J DA 102 1_555 I DC 98 1_555 J DG 101 1_555 -0.497 -0.502 3.092 3.181 2.419 38.544 -1.034 1.114 3.007 3.653 -4.803 38.743 33 II_DT-29DC-28:DG28DA29_JJ I -29 ? J 29 ? I -28 ? J 28 ? 1 I DC 98 1_555 J DG 101 1_555 I DC 99 1_555 J DG 100 1_555 1.303 0.495 3.459 7.040 0.905 35.097 0.662 -1.008 3.655 1.483 -11.528 35.786 34 II_DC-28DC-27:DG27DG28_JJ I -28 ? J 28 ? I -27 ? J 27 ? 1 I DC 99 1_555 J DG 100 1_555 I DC 100 1_555 J DG 99 1_555 -1.477 0.810 3.413 -1.614 -7.567 39.454 2.066 1.961 3.265 -11.079 2.364 40.176 35 II_DC-27DC-26:DG26DG27_JJ I -27 ? J 27 ? I -26 ? J 26 ? 1 I DC 100 1_555 J DG 99 1_555 I DC 101 1_555 J DG 98 1_555 1.210 0.884 3.502 4.909 -6.426 41.054 1.961 -1.144 3.448 -9.057 -6.919 41.809 36 II_DC-26DC-25:DG25DG26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DC 101 1_555 J DG 98 1_555 I DT 102 1_555 J DA 97 1_555 -0.211 0.934 3.562 0.347 -1.920 34.134 1.916 0.418 3.504 -3.267 -0.591 34.188 37 II_DC-25DT-24:DA24DG25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DT 102 1_555 J DA 97 1_555 I DT 103 1_555 J DA 96 1_555 -0.118 0.103 3.521 -4.355 5.001 29.873 -0.876 -0.709 3.474 9.552 8.318 30.584 38 II_DT-24DT-23:DA23DA24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DT 103 1_555 J DA 96 1_555 I DG 104 1_555 J DC 95 1_555 0.966 -0.752 3.162 2.595 7.932 31.229 -2.690 -1.299 2.956 14.415 -4.715 32.298 39 II_DT-23DG-22:DC22DA23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DG 104 1_555 J DC 95 1_555 I DG 105 1_555 J DC 94 1_555 -0.582 -0.446 3.350 -3.212 6.238 30.381 -2.044 0.459 3.239 11.708 6.029 31.163 40 II_DG-22DG-21:DC21DC22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DG 105 1_555 J DC 94 1_555 I DC 106 1_555 J DG 93 1_555 0.425 -0.797 3.368 -1.133 6.780 30.264 -2.797 -1.013 3.103 12.780 2.135 31.017 41 II_DG-21DC-20:DG20DC21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 106 1_555 J DG 93 1_555 I DG 107 1_555 J DC 92 1_555 0.264 -0.307 3.074 1.601 8.952 33.699 -1.778 -0.214 2.909 15.102 -2.701 34.870 42 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DG 107 1_555 J DC 92 1_555 I DG 108 1_555 J DC 91 1_555 -0.619 -0.674 3.239 1.515 3.731 33.723 -1.737 1.297 3.119 6.404 -2.601 33.956 43 II_DG-19DG-18:DC18DC19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? J 18 ? 1 I DG 108 1_555 J DC 91 1_555 I DT 109 1_555 J DA 90 1_555 -0.180 -0.635 3.265 2.591 -0.421 32.437 -1.060 0.772 3.249 -0.752 -4.628 32.540 44 II_DG-18DT-17:DA17DC18_JJ I -18 ? J 18 ? I -17 ? J 17 ? 1 I DT 109 1_555 J DA 90 1_555 I DT 110 1_555 J DA 89 1_555 2.023 0.273 3.721 12.185 -10.748 36.726 1.910 -1.241 3.947 -16.124 -18.281 40.046 45 II_DT-17DT-16:DA16DA17_JJ I -17 ? J 17 ? I -16 ? J 16 ? 1 I DT 110 1_555 J DA 89 1_555 I DA 111 1_555 J DT 88 1_555 -1.159 1.038 3.448 -2.490 -1.572 35.096 1.963 1.524 3.471 -2.601 4.121 35.216 46 II_DT-16DA-15:DT15DA16_JJ I -16 ? J 16 ? I -15 ? 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