data_9Y4P # _entry.id 9Y4P # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.410 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9Y4P pdb_00009y4p 10.2210/pdb9y4p/pdb WWPDB D_1000297441 ? ? EMDB EMD-72487 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-02-18 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-02-18 ? 3 Image 1 0 2026-02-18 ? 4 'Primary map' 1 0 2026-02-18 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 Image repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _database_PDB_caveat.id 1 _database_PDB_caveat.text ;The distance between Residue Z PRO 720 and Residue Z ARG 743 is 23.60 Angstrom. But there are only 3 residues (not enough sequence) to cover the gap region. ; # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9Y4P _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-09-03 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Consensus map for Cryo-EM structure of DNMT32/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight-base-pair linker' EMD-71604 'consensus EM volume' EMDB ;Focus map of DNMT3A2/3B3 tetramer1 for Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker ; EMD-71605 'focused EM volume' EMDB ;Focus map of DNMT3A2/3B3 tetramer2 for Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker ; EMD-71606 'focused EM volume' EMDB 'Focus map of nucleosome1 for Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker' EMD-71607 'focused EM volume' EMDB 'Focus map of nucleosome2 for Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker' EMD-71608 'focused EM volume' EMDB ;Focus map of nucleosome1_PWWP1 for Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker ; EMD-71609 'focused EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker' EMD-72487 'associated EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 2 xiaoyan.xie@vai.org Peter Jones A. 'principal investigator/group leader' 0000-0001-8309-4767 3 evan.worden@vai.org Evan Worden ? 'principal investigator/group leader' 0000-0003-0644-166X # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Xie, X.' 1 ? 'Zhou, X.E.' 2 ? 'Worden, E.J.' 3 ? 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'Zhou, X.E.' 3 ? primary 'Worden, E.J.' 4 ? primary 'Jones, P.A.' 5 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3' 15330.975 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 4 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1' 13978.241 4 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13655.948 4 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H3.2' 15303.930 3 ? ? ? ? 6 polymer man 'DNA (321-MER)' 99578.164 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'DNA (321-MER)' 98701.617 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'Isoform 7 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B' 65568.391 4 2.1.1.37 ? ? ? 9 polymer man 'DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A' 77914.711 4 2.1.1.37 ? ? ? 10 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 18 ? ? ? ? 11 non-polymer syn S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 384.411 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 4 H2B1.1 5 'Histone H3' 8 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;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G,Y,S ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H,P,T ? 5 'polypeptide(L)' no no ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; E,W,Q ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DT) ; ;TCGGCCGCCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGA CAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGCAGC TGCAACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCG CGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGGCGGCCGA T ; I ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA) ; ;ATCGGCCGCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTAC GCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTTGC AGCTGCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCT GTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGGCGGCCG A ; J ? 8 'polypeptide(L)' no no ;DSQQGGMESPQVEADSGDGDSSEYQDGKEFGIGDLVWGKIKGFSWWPAMVVSWKATSKRQAMSGMRWVQWFGDGKFSEVS ADKLVALGLFSQHFNLATFNKLVSYRKAMYHALEKARVRAGKTFPSSPGDSLEDQLKPMLEWAHGGFKPTGIEGLKPNNT QPENKTRRRTADDSATSDYCPAPKRLKTNCYNNGKDRGDEKDYDQSREQMASDVANNKSSLEDGCLSCGRKNPVSFHPLF EGGLCQTCRDRFLELFYMYDDDGYQSYCTVCCEGRELLLCSNTSCCRCFCVECLEVLVGTGTAAEAKLQEPWSCYMCLPQ RCHGVLRRRKDWNVRLQAFFTSDTGLEYEAPKLYPAIPAARRRPIRVLSLFDGIATGYLVLKELGIKVGKYVASEVCEES IAVGTVKHEGNIKYVNDVRNITKKNIEEWGPFDLVIGGSPCNDLSNVNPARKGLYEGTGRLFFEFYHLLNYSRPKEGDDR PFFWMFENVVAMKVGDKRDISRFLECNPVMIDAIKVSAAHRARYFWGNLPGMNRIFGFPVHYTDVSNMGRGARQKLLGRS WSVPVIRHLFAPLKDYFACE ; ;DSQQGGMESPQVEADSGDGDSSEYQDGKEFGIGDLVWGKIKGFSWWPAMVVSWKATSKRQAMSGMRWVQWFGDGKFSEVS ADKLVALGLFSQHFNLATFNKLVSYRKAMYHALEKARVRAGKTFPSSPGDSLEDQLKPMLEWAHGGFKPTGIEGLKPNNT QPENKTRRRTADDSATSDYCPAPKRLKTNCYNNGKDRGDEKDYDQSREQMASDVANNKSSLEDGCLSCGRKNPVSFHPLF EGGLCQTCRDRFLELFYMYDDDGYQSYCTVCCEGRELLLCSNTSCCRCFCVECLEVLVGTGTAAEAKLQEPWSCYMCLPQ RCHGVLRRRKDWNVRLQAFFTSDTGLEYEAPKLYPAIPAARRRPIRVLSLFDGIATGYLVLKELGIKVGKYVASEVCEES IAVGTVKHEGNIKYVNDVRNITKKNIEEWGPFDLVIGGSPCNDLSNVNPARKGLYEGTGRLFFEFYHLLNYSRPKEGDDR PFFWMFENVVAMKVGDKRDISRFLECNPVMIDAIKVSAAHRARYFWGNLPGMNRIFGFPVHYTDVSNMGRGARQKLLGRS WSVPVIRHLFAPLKDYFACE ; b,Z,e,g ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MNAVEENQGPGESQKVEEASPPAVQQPTDPASPTVATTPEPVGSDAGDKNATKAGDDEPEYEDGRGFGIGELVWGKLRGF SWWPGRIVSWWMTGRSRAAEGTRWVMWFGDGKFSVVCVEKLMPLSSFCSAFHQATYNKQPMYRKAIYEVLQVASSRAGKL FPVCHDSDESDTAKAVEVQNKPMIEWALGGFQPSGPKGLEPPEEEKNPYKEVYTDMWVEPEAAAYAPPPPAKKPRKSTAE KPKVKEIIDERTRERLVYEVRQKCRNIEDICISCGSLNVTLEHPLFVGGMCQNCKNCFLECAYQYDDDGYQSYCTICCGG 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S CYS 285 SG ? ? ? 1_555 CA ZN . ZN ? ? b CYS 475 b ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? ? metalc10 metalc ? ? S CYS 290 SG ? ? ? 1_555 BA ZN . ZN ? ? b CYS 480 b ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? ? metalc11 metalc ? ? S CYS 293 SG ? ? ? 1_555 BA ZN . ZN ? ? b CYS 483 b ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? ? metalc12 metalc ? ? S CYS 314 SG ? ? ? 1_555 CA ZN . ZN ? ? b CYS 504 b ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? ? metalc13 metalc ? ? S CYS 317 SG ? ? ? 1_555 CA ZN . ZN ? ? b CYS 507 b ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? ? metalc14 metalc ? ? U CYS 271 SG ? ? ? 1_555 DA ZN . ZN ? ? a CYS 494 a ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? ? metalc15 metalc ? ? U CYS 274 SG ? ? ? 1_555 DA ZN . ZN ? ? a CYS 497 a ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? ? metalc16 metalc ? ? U CYS 291 SG ? ? ? 1_555 DA ZN . ZN ? ? a CYS 514 a ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? ? metalc17 metalc ? ? U CYS 294 SG ? ? ? 1_555 DA ZN . ZN ? ? a CYS 517 a ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? ? metalc18 metalc ? ? U CYS 314 SG ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? a CYS 537 a ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? ? metalc19 metalc ? ? U CYS 317 SG ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? a CYS 540 a ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? ? metalc20 metalc ? ? U CYS 326 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? a CYS 549 a ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? ? metalc21 metalc ? ? U CYS 331 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? a CYS 554 a ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? ? metalc22 metalc ? ? U CYS 336 SG ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? a CYS 559 a ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.350 ? ? metalc23 metalc ? ? U CYS 339 SG ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? a CYS 562 a ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? ? metalc24 metalc ? ? U CYS 360 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? a CYS 583 a ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? ? metalc25 metalc ? ? U CYS 363 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? a CYS 586 a ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? ? metalc26 metalc ? ? V CYS 271 SG ? ? ? 1_555 HA ZN . ZN ? ? c CYS 494 c ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? ? metalc27 metalc ? ? V CYS 274 SG ? ? ? 1_555 HA ZN . ZN ? ? c CYS 497 c ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? ? metalc28 metalc ? ? V CYS 291 SG ? ? ? 1_555 HA ZN . ZN ? ? c CYS 514 c ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.320 ? ? metalc29 metalc ? ? V CYS 294 SG ? ? ? 1_555 HA ZN . ZN ? ? c CYS 517 c ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc30 metalc ? ? V CYS 314 SG ? ? ? 1_555 IA ZN . ZN ? ? c CYS 537 c ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? ? metalc31 metalc ? ? V CYS 317 SG ? ? ? 1_555 IA ZN . ZN ? ? c CYS 540 c ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.270 ? ? metalc32 metalc ? ? V CYS 326 SG ? ? ? 1_555 JA ZN . ZN ? ? c CYS 549 c ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? ? metalc33 metalc ? ? V CYS 331 SG ? ? ? 1_555 JA ZN . ZN ? ? c CYS 554 c ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? ? metalc34 metalc ? ? V CYS 336 SG ? ? ? 1_555 IA ZN . ZN ? ? c CYS 559 c ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? ? metalc35 metalc ? ? V CYS 339 SG ? ? ? 1_555 IA ZN . ZN ? ? c CYS 562 c ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? ? metalc36 metalc ? ? V CYS 360 SG ? ? ? 1_555 JA ZN . ZN ? ? c CYS 583 c ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc37 metalc ? ? V CYS 363 SG ? ? ? 1_555 JA ZN . ZN ? ? c CYS 586 c ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? ? metalc38 metalc ? ? W CYS 225 SG ? ? ? 1_555 LA ZN . ZN ? ? e CYS 415 e ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? ? metalc39 metalc ? ? W CYS 228 SG ? ? ? 1_555 LA ZN . ZN ? ? e CYS 418 e ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? ? metalc40 metalc ? ? W CYS 245 SG ? ? ? 1_555 LA ZN . ZN ? ? e CYS 435 e ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? ? metalc41 metalc ? ? W CYS 248 SG ? ? ? 1_555 LA ZN . ZN ? ? e CYS 438 e ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? ? metalc42 metalc ? ? W CYS 268 SG ? ? ? 1_555 MA ZN . ZN ? ? e CYS 458 e ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? ? metalc43 metalc ? ? W CYS 271 N ? ? ? 1_555 MA ZN . ZN ? ? e CYS 461 e ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? ? metalc44 metalc ? ? W CYS 271 SG ? ? ? 1_555 MA ZN . ZN ? ? e CYS 461 e ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? ? metalc45 metalc ? ? W CYS 280 SG ? ? ? 1_555 NA ZN . ZN ? ? e CYS 470 e ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? ? metalc46 metalc ? ? W CYS 285 SG ? ? ? 1_555 NA ZN . ZN ? ? e CYS 475 e ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? ? metalc47 metalc ? ? W CYS 290 SG ? ? ? 1_555 MA ZN . ZN ? ? e CYS 480 e ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? ? metalc48 metalc ? ? W CYS 293 SG ? ? ? 1_555 MA ZN . ZN ? ? e CYS 483 e ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? ? metalc49 metalc ? ? W CYS 314 SG ? ? ? 1_555 NA ZN . ZN ? ? e CYS 504 e ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? ? metalc50 metalc ? ? W CYS 317 SG ? ? ? 1_555 NA ZN . ZN ? ? e CYS 507 e ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc51 metalc ? ? Y CYS 271 SG ? ? ? 1_555 OA ZN . ZN ? ? f CYS 494 f ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? ? metalc52 metalc ? ? Y CYS 274 SG ? ? ? 1_555 OA ZN . ZN ? ? f CYS 497 f ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? ? metalc53 metalc ? ? Y CYS 291 SG ? ? ? 1_555 OA ZN . ZN ? ? f CYS 514 f ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc54 metalc ? ? Y CYS 294 SG ? ? ? 1_555 OA ZN . ZN ? ? f CYS 517 f ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.220 ? ? metalc55 metalc ? ? Y CYS 314 SG ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? f CYS 537 f ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? ? metalc56 metalc ? ? Y CYS 317 SG ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? f CYS 540 f ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? ? metalc57 metalc ? ? Y CYS 326 SG ? ? ? 1_555 QA ZN . ZN ? ? f CYS 549 f ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? ? metalc58 metalc ? ? Y CYS 331 SG ? ? ? 1_555 QA ZN . ZN ? ? f CYS 554 f ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? ? metalc59 metalc ? ? Y CYS 336 SG ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? f CYS 559 f ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? ? metalc60 metalc ? ? Y CYS 339 SG ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? f CYS 562 f ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc61 metalc ? ? Y CYS 360 SG ? ? ? 1_555 QA ZN . ZN ? ? f CYS 583 f ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? ? metalc62 metalc ? ? Y CYS 363 SG ? ? ? 1_555 QA ZN . ZN ? ? f CYS 586 f ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? ? metalc63 metalc ? ? Z CYS 271 SG ? ? ? 1_555 SA ZN . ZN ? ? d CYS 494 d ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? ? metalc64 metalc ? ? Z CYS 274 SG ? ? ? 1_555 SA ZN . ZN ? ? d CYS 497 d ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.310 ? ? metalc65 metalc ? ? Z CYS 291 SG ? ? ? 1_555 SA ZN . ZN ? ? d CYS 514 d ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? ? metalc66 metalc ? ? Z CYS 294 SG ? ? ? 1_555 SA ZN . ZN ? ? d CYS 517 d ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc67 metalc ? ? Z CYS 314 SG ? ? ? 1_555 TA ZN . ZN ? ? d CYS 537 d ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? ? metalc68 metalc ? ? Z CYS 317 SG ? ? ? 1_555 TA ZN . ZN ? ? d CYS 540 d ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? ? metalc69 metalc ? ? Z CYS 326 SG ? ? ? 1_555 UA ZN . ZN ? ? d CYS 549 d ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? ? metalc70 metalc ? ? Z CYS 331 SG ? ? ? 1_555 UA ZN . ZN ? ? d CYS 554 d ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? ? metalc71 metalc ? ? Z CYS 336 SG ? ? ? 1_555 TA ZN . ZN ? ? d CYS 559 d ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.560 ? ? metalc72 metalc ? ? 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Z CYS 363 ? d CYS 586 ? 1_555 87.8 ? # _pdbx_modification_feature.ordinal 1 _pdbx_modification_feature.label_comp_id MLY _pdbx_modification_feature.label_asym_id A _pdbx_modification_feature.label_seq_id 36 _pdbx_modification_feature.label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id . _pdbx_modification_feature.auth_comp_id MLY _pdbx_modification_feature.auth_asym_id A _pdbx_modification_feature.auth_seq_id 36 _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id . _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code . _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry . _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom . _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom . _pdbx_modification_feature.modified_residue_id LYS _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id 1 _pdbx_modification_feature.ref_comp_id MLY _pdbx_modification_feature.type Methylation _pdbx_modification_feature.category 'Named protein modification' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 310 S . ? 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AF1 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA7 1 2 ? parallel AA8 1 2 ? parallel AA9 1 2 ? parallel AB1 1 2 ? parallel AB2 1 2 ? parallel AB3 1 2 ? parallel AB4 1 2 ? parallel AB5 1 2 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? parallel AB7 5 6 ? anti-parallel AB7 6 7 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? parallel AB8 4 5 ? parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB8 6 7 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? parallel AC4 3 4 ? parallel AC4 4 5 ? parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC4 6 7 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? parallel AD1 3 4 ? parallel AD1 4 5 ? parallel AD1 5 6 ? anti-parallel AD1 6 7 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? parallel AD6 3 4 ? parallel AD6 4 5 ? parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 3 ? parallel AD8 3 4 ? parallel AD8 4 5 ? parallel AD8 5 6 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? parallel AE3 2 3 ? parallel AE3 3 4 ? parallel AE3 4 5 ? parallel AE3 5 6 ? anti-parallel AE3 6 7 ? anti-parallel AE4 1 2 ? parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? parallel AE9 2 3 ? parallel AE9 3 4 ? parallel AE9 4 5 ? anti-parallel AE9 5 6 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 83 ? 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