data_9YD0 # _entry.id 9YD0 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.415 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9YD0 pdb_00009yd0 10.2210/pdb9yd0/pdb WWPDB D_1000300174 ? ? EMDB EMD-72793 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-07-01 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-07-01 ? 3 FSC 1 0 2026-07-01 ? 4 'Half map' 1 0 2026-07-01 1 5 'Half map' 1 0 2026-07-01 2 6 Image 1 0 2026-07-01 ? 7 'Primary map' 1 0 2026-07-01 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 FSC repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 Image repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # loop_ _database_PDB_caveat.id _database_PDB_caveat.text 1 ;Residues SER R 56 and PRO R 57 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 2.06 A. ; 2 'Physically unrealistic interatomic distance: ALA R 65 CB - ALA R 69 CB Dist = 0.87 A.' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9YD0 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-09-20 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Structure of the Adenovirus-7 VLP, Class 1.' EMD-72793 'associated EM volume' EMDB 'Class 2' EMD-72774 'other EM volume' EMDB 'Class 3' EMD-72773 'other EM volume' EMDB 'Class 4' EMD-72772 'other EM volume' EMDB VLP EMD-72794 'other EM volume' EMDB PB-Fiber EMD-72771 'other EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email rkhayat@ccny.cuny.edu _pdbx_contact_author.name_first Reza _pdbx_contact_author.name_last Khayat _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-6601-2184 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Khayat, R.' 1 0000-0001-6601-2184 'Madoo, K.' 2 0009-0000-6951-4526 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Proc.Natl.Acad.Sci.USA _citation.journal_id_ASTM PNASA6 _citation.journal_id_CSD 0040 _citation.journal_id_ISSN 1091-6490 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 123 _citation.language ? _citation.page_first e2526969123 _citation.page_last e2526969123 _citation.title 'Structure of Human adenovirus 7 virus-like particles, a platform for developing nanotherapeutics and studying capsid assembly.' _citation.year 2026 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1073/pnas.2526969123 _citation.pdbx_database_id_PubMed 42301791 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Madoo, K.' 1 ? primary 'Mazboudi, R.' 2 ? primary 'Islam, Z.M.' 3 0009-0005-4377-2830 primary 'Luo, J.' 4 0000-0002-6527-8658 primary 'Kuschner, R.A.' 5 ? primary 'Gottlieb, P.' 6 0000-0002-1963-2732 primary 'Dennehy, J.J.' 7 0000-0002-9678-4529 primary 'Abzalimov, R.R.' 8 ? primary 'Galarza, J.M.' 9 0000-0002-4661-509X primary 'Khayat, R.' 10 0000-0001-6601-2184 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Pre-protein VI' 27178.840 8 ? ? ? ? 2 polymer man 'Hexon protein' 105807.125 12 ? ? ? ? 3 polymer man 'Pre-hexon-linking protein IIIa' 65798.375 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Hexon-interlacing protein IX' 13125.939 4 ? ? ? 'Due to the low quality of map in certain regions, the identites of some of the amino acids in the model were left as unknown (UNK).' 5 polymer man 'Pre-hexon-linking protein VIII' 24902.814 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 pVI 2 'CP-H,Protein II' 3 'Capsid vertex-specific component IIIa,CVSC,Protein IIIa,pIIIa' 4 'Protein IX' 5 'Pre-protein VIII,pVIII' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MEDINFSSLAPRHGTRPYMGTWSDIGTSQLNGGAFNWSSIWSGLKNFGSTVKTYGNKAWNSSTGQALRNKLKEQNFQQKV VDGIASGINGVVDLANQAVQKQINSRLDPPPATPGEMEVEEELPPLEKRGDKRPRPELEQTLVTRADEPPSYEEAVKLGM PTTRPVAHMATGVMKPSQSHRPATLDLPPPPASAALVPKPVATRKPTAVQPVAVARPRPGGTPRPKANWQSTLNSIVGLG VQSVKRRRCY ; ;MEDINFSSLAPRHGTRPYMGTWSDIGTSQLNGGAFNWSSIWSGLKNFGSTVKTYGNKAWNSSTGQALRNKLKEQNFQQKV VDGIASGINGVVDLANQAVQKQINSRLDPPPATPGEMEVEEELPPLEKRGDKRPRPELEQTLVTRADEPPSYEEAVKLGM PTTRPVAHMATGVMKPSQSHRPATLDLPPPPASAALVPKPVATRKPTAVQPVAVARPRPGGTPRPKANWQSTLNSIVGLG VQSVKRRRCY ; 0,1,2,3,4,W,Y,Z ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MATPSMMPQWAYMHIAGQDASEYLSPGLVQFARATDTYFSMGNKFRNPTVAPTHDVTTDRSQRLMLRFVPVDREDNTYSY KVRYTLAVGDNRVLDMASTFFDIRGVLDRGPSFKPYSGTAYNSLAPKGAPNTSQWIVTAGEERAVTTTTNTFGIASMKGD NITKEGLEIGKDITADNKPIYADKTYQPEPQVGEESWTDTDGTNEKFGGRALKPATKMKPCYGSFARPTNIKGGQAKNRK VKPTEGDVETEEPDIDMEFFDGREAADAFSPEIVLYTENVNLETPDSHVVYKPGTSDDNSHANLGQQAMPNRPNYIGFRD NFVGLMYYNSTGNMGVLAGQASQLNAVVDLQDRNTELSYQLLLDSLGDRTRYFSMWNQAVDSYDPDVRIIENHGIEDELP NYCFPLDGIGPAKTYQGIKSKDNGWEKDDNVSKSNEIAIGNNQAMEINIQANLWRSFLYSNVALYLPDVYKYTPTNITLP ANTNTYEYMNGRVVSPSLVDSYINIGARWSLDPMDNVNPFNHHRNAGLRYRSMLLGNGRYVPFHIQVPQKFFAVKNLLLL PGSYTYEWNFRKDVNMVLQSSLGNDLRTDGATISFTSINLYATFFPMAHNTASTLEAMLRNDTNDQSFNDYLSAANMLYP IPANATNIPISIPSRNWAAFRGWSFTRLKTKETPSLGSGFDPYFVYSGSIPYLDGTFYLNHTFKKVSIMFDSSVSWPGND 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RLLSPNEFEIKRTVDGEGYNVAQCNMTKDWFLVQMLANYNIGYQGFYIPEGYKDRMYSFFRNFQPMSRQVVDEVNYTDYK AVTLPYQHNNSGFVGYLAPTMRQGEPYPANYPYPLIGTTAVKSVTQKKFLCDRTMWRIPFSSNFMSMGALTDLGQNMLYA NSAHALDMTFEVDPMDEPTLLYLLFEVFDVVRVHQPHRGVIEAVYLRTPFSAGNATT ; A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MEQQQAPDPAMRAALQSQPSGINSSDDWTQAMQRIMALTTRNPEAFRQQPQANRLSAILEAVVPSRSNPTHEKVLAIVNA LVENKAIRPDEAGLVYNALLERVARYNSSNVQTNLDRMVTDVREAVSQRERFQRDANLGSLVALNAFLSTQPANVPRGQQ DYTNFLSALRLMVAEVPQSEVYQSGPDYFFQTSRQGLQTVNLTQAFKNLKGLWGVHAPVGDRATVSSLLTPNSRLLLLLV SPFTDSGSIDRNSYLGYLLNLYREAIGQSQVDEQTYQEITQVSRALGQEDTGSLEATLNFLLTNRSQKIPPQYALTAEEE RILRYVQQSVGLFLMQEGATPTAALDMTARNMEPSMYASNRPFINKLLDYLHRAAAMNSDYFTNAILNPHWLPPPGFYTG EYDMPDPNDGFLWDDVDSSIFSPPPGYTVWKKEGGDTRHSSVSLSRTAGAAATVPEAASPFPSLPFSLNSVRSSELGRIT RPRLMGEDEYLNDSLLRPEREKNFPNNGIESLVDKMSRWKTYAQDHRDEPKILGATSRPTRRRQRHDRQMGLVWDDEDSA DDSSVLDLGGRGGGNPFAHLRPRFGRML ; ;MEQQQAPDPAMRAALQSQPSGINSSDDWTQAMQRIMALTTRNPEAFRQQPQANRLSAILEAVVPSRSNPTHEKVLAIVNA LVENKAIRPDEAGLVYNALLERVARYNSSNVQTNLDRMVTDVREAVSQRERFQRDANLGSLVALNAFLSTQPANVPRGQQ DYTNFLSALRLMVAEVPQSEVYQSGPDYFFQTSRQGLQTVNLTQAFKNLKGLWGVHAPVGDRATVSSLLTPNSRLLLLLV SPFTDSGSIDRNSYLGYLLNLYREAIGQSQVDEQTYQEITQVSRALGQEDTGSLEATLNFLLTNRSQKIPPQYALTAEEE RILRYVQQSVGLFLMQEGATPTAALDMTARNMEPSMYASNRPFINKLLDYLHRAAAMNSDYFTNAILNPHWLPPPGFYTG EYDMPDPNDGFLWDDVDSSIFSPPPGYTVWKKEGGDTRHSSVSLSRTAGAAATVPEAASPFPSLPFSLNSVRSSELGRIT RPRLMGEDEYLNDSLLRPEREKNFPNNGIESLVDKMSRWKTYAQDHRDEPKILGATSRPTRRRQRHDRQMGLVWDDEDSA DDSSVLDLGGRGGGNPFAHLRPRFGRML ; M ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSGSASFEGGVFSPYLTGRLPPWAGVRQNVMGSTVDGRPVQPANSSTLTYATLSSSPLDAAAAAAATAAANTILGMGYYG SIVANSSSSNN(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)AKSK ; ;MSGSASFEGGVFSPYLTGRLPPWAGVRQNVMGSTVDGRPVQPANSSTLTYATLSSSPLDAAAAAAATAAANTILGMGYYG SIVANSSSSNNXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXAKSK ; P,Q,R,S ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSKEIPTPYMWSYQPQMGLAAGASQDYSTRMNWLSAGPSMISRVNDIRAYRNQLLLEQSALTTTPRQHLNPRNWPAALVY QETPAPTTVLLPRDAQAEVHMTNAGVQLAGGSALCRHRPQQSIKRLVIRGRGIQLNDESVSSSLGLRPDGVFQIAGCGRS SFTPRQAVLTLESSSSQPRSGGIGTLQFVEEFTPSVYFNPFSGSPGQYPDEFIPNFDAISESVDGYD ; ;MSKEIPTPYMWSYQPQMGLAAGASQDYSTRMNWLSAGPSMISRVNDIRAYRNQLLLEQSALTTTPRQHLNPRNWPAALVY QETPAPTTVLLPRDAQAEVHMTNAGVQLAGGSALCRHRPQQSIKRLVIRGRGIQLNDESVSSSLGLRPDGVFQIAGCGRS SFTPRQAVLTLESSSSQPRSGGIGTLQFVEEFTPSVYFNPFSGSPGQYPDEFIPNFDAISESVDGYD ; U,V ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLU n 1 3 ASP n 1 4 ILE n 1 5 ASN n 1 6 PHE n 1 7 SER n 1 8 SER n 1 9 LEU n 1 10 ALA n 1 11 PRO n 1 12 ARG n 1 13 HIS n 1 14 GLY n 1 15 THR n 1 16 ARG n 1 17 PRO n 1 18 TYR n 1 19 MET n 1 20 GLY n 1 21 THR n 1 22 TRP n 1 23 SER n 1 24 ASP n 1 25 ILE n 1 26 GLY n 1 27 THR n 1 28 SER n 1 29 GLN n 1 30 LEU n 1 31 ASN n 1 32 GLY n 1 33 GLY n 1 34 ALA n 1 35 PHE n 1 36 ASN n 1 37 TRP n 1 38 SER n 1 39 SER n 1 40 ILE n 1 41 TRP n 1 42 SER n 1 43 GLY n 1 44 LEU n 1 45 LYS n 1 46 ASN n 1 47 PHE n 1 48 GLY n 1 49 SER n 1 50 THR n 1 51 VAL n 1 52 LYS n 1 53 THR n 1 54 TYR n 1 55 GLY n 1 56 ASN n 1 57 LYS n 1 58 ALA n 1 59 TRP n 1 60 ASN n 1 61 SER n 1 62 SER n 1 63 THR n 1 64 GLY n 1 65 GLN n 1 66 ALA n 1 67 LEU n 1 68 ARG n 1 69 ASN n 1 70 LYS n 1 71 LEU n 1 72 LYS n 1 73 GLU n 1 74 GLN n 1 75 ASN n 1 76 PHE n 1 77 GLN n 1 78 GLN n 1 79 LYS n 1 80 VAL n 1 81 VAL n 1 82 ASP n 1 83 GLY n 1 84 ILE n 1 85 ALA n 1 86 SER n 1 87 GLY n 1 88 ILE n 1 89 ASN n 1 90 GLY n 1 91 VAL n 1 92 VAL n 1 93 ASP n 1 94 LEU n 1 95 ALA n 1 96 ASN n 1 97 GLN n 1 98 ALA n 1 99 VAL n 1 100 GLN n 1 101 LYS n 1 102 GLN n 1 103 ILE n 1 104 ASN n 1 105 SER n 1 106 ARG n 1 107 LEU n 1 108 ASP n 1 109 PRO n 1 110 PRO n 1 111 PRO n 1 112 ALA n 1 113 THR n 1 114 PRO n 1 115 GLY n 1 116 GLU n 1 117 MET n 1 118 GLU n 1 119 VAL n 1 120 GLU n 1 121 GLU n 1 122 GLU n 1 123 LEU n 1 124 PRO n 1 125 PRO n 1 126 LEU n 1 127 GLU n 1 128 LYS n 1 129 ARG n 1 130 GLY n 1 131 ASP n 1 132 LYS n 1 133 ARG n 1 134 PRO n 1 135 ARG n 1 136 PRO n 1 137 GLU n 1 138 LEU n 1 139 GLU n 1 140 GLN n 1 141 THR n 1 142 LEU n 1 143 VAL n 1 144 THR n 1 145 ARG n 1 146 ALA n 1 147 ASP n 1 148 GLU n 1 149 PRO n 1 150 PRO n 1 151 SER n 1 152 TYR n 1 153 GLU n 1 154 GLU n 1 155 ALA n 1 156 VAL n 1 157 LYS n 1 158 LEU n 1 159 GLY n 1 160 MET n 1 161 PRO n 1 162 THR n 1 163 THR n 1 164 ARG n 1 165 PRO n 1 166 VAL n 1 167 ALA n 1 168 HIS n 1 169 MET n 1 170 ALA n 1 171 THR n 1 172 GLY n 1 173 VAL n 1 174 MET n 1 175 LYS n 1 176 PRO n 1 177 SER n 1 178 GLN n 1 179 SER n 1 180 HIS n 1 181 ARG n 1 182 PRO n 1 183 ALA n 1 184 THR n 1 185 LEU n 1 186 ASP n 1 187 LEU n 1 188 PRO n 1 189 PRO n 1 190 PRO n 1 191 PRO n 1 192 ALA n 1 193 SER n 1 194 ALA n 1 195 ALA n 1 196 LEU n 1 197 VAL n 1 198 PRO n 1 199 LYS n 1 200 PRO n 1 201 VAL n 1 202 ALA n 1 203 THR 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