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;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 5 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 6 'polypeptide(L)' no no ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) ; ;ACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAG ; J ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MNLELLESFGQNYPEEADGTLDCISMALTCTFNRWGTLLAVGCNDGRIVIWDFLTRGIAKIISAHIHPVCSLCWSRDGHK LVSASTDNIVSQWDVLSGDCDQRFRFPSPILKVQYHPRDQNKVLVCPMKSAPVMLTLSDSKHVVLPVDDDSDLNVVASFD RRGEYIYTGNAKGKILVLKTDSQDLVASFRVTTGTSNTTAIKSIEFARKGSCFLINTADRIIRVYDGREILTCGRDGEPE 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 'Biological sequence' 1 538 human ? 'RBBP5, RBQ3' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 'Biological sequence' 1 628 human ? 'ASH2L, ASH2L1' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample 'Biological sequence' 1 99 human ? DPY30 ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 'Biological sequence' 1 334 human ? 'WDR5, BIG3' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 7 1 sample 1 147 'synthetic construct' ? 32630 ? 12 1 sample 1 147 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 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# _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9YL3 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 9YL3 _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.520 ? 38711 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 24.136 ? 6031 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.040 ? 4317 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 3931 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9YL3 _struct.title 'State 1 MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9YL3 _struct_keywords.text 'MLL4 complex, histone modification, nucleosome recognition, transcription coactivation, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION/DNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? 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AA N N 13 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A6P6IDI8_PUMCO A0A6P6IDI8 ? 1 ;DTMQNTVVLFSNTDKFVLMQDMCVVCGSFGRGAEGHLLACSQCSQCYHPYCVNSKITKVMLLKGWRCVECIVCEVCGQAS DPSRLLLCDDCDISYHTYCLDPPLLTVPKGGWKCKWCVSCMQCGAASPGFHCEWQNSYTHCGPCASLVTCPICHAPYVEE DLLIQCRHCERWMHAGCESLFTEDDVEQAADEGFDCVSCQPYVVKPAAPVAPPEL ; 1102 2 UNP KMT2D_HUMAN O14686 ? 1 ;SNKEDAAARKPLTPKPKRVQKASDRLVSSRKKLRKEDGVRASEALLKQLKQELSLLPLTEPAITANFSLFAPFGSGCPVN GQSQLRGAFGSGALPTGPDYYSQLLTKNNLSNPPTPPSSLPPTPPPSVQQKMVNGVTPSEELGEHPKDAASARDSERALR DTSEVKSLDLLAALPTPPHNQTEDVRMESDEDSDSPDSIVPASSPESILGEEAPRFPHLGSGRWEQEDRALSPVIPLIPR ASIPVFPDTKPYGALGLEVPGKLPVTTWEKGKGSEVSVMLTVSAAAAKNLNGVMVAVAELLSMKIPNSYEVLFPESPARA GTEPKKGEAEGPGGKEKGLEGKSPDTGPDWLKQFDAVLPGYTLKSQLDILSLLKQESPAPEPPTQHSYTYNVSNLDVRQL SAPPPEEPSPPPSPLAPSPASPPTEPLVELPTEPLAEPPVPSPLPLASSPESARPKPRARPPEEGEDSRPPRLKKWKGVR WKRLRLLLTIQKGSGRQEDEREVAEFMEQLGTALRPDKVPRDMRRCCFCHEEGDGATDGPARLLNLDLDLWVHLNCALWS TEVYETQGGALMNVEVALHRGLLTKCSLCQRTGATSSCNRMRCPNVYHFACAIRAKCMFFKDKTMLCPMHKIKGPCEQEL SSFAVFRRVYIERDEVKQIASIIQRGERLHMFRVGGLVFHAIGQLLPHQMADFHSATALYPVGYEATRIYWSLRTNNRRC CYRCSIGENNGRPEFVIKVIEQGLEDLVFTDASPQAVWNRIIEPVAAMRKEADMLRLFPEYLKGEELFGLTVHAVLRIAE SLPGVESCQNYLFRYGRHPLMELPLMINPTGCARSEPKILTHYKRPHTLNSTSMSKAYQSTFTGETNTPYSKQFVHSKSS QYRRLRTEWKNNVYLARSRIQGLGLYAAKDLEKHTMVIEYIGTIIRNEVANRREKIYEEQNRGIYMFRINNEHVIDATLT GGPARYINHSCAPNCVAEVVTFDKEDKIIIISSRRIPKGEELTYDYQFDFEDDQHKIPCHCGAWNCRKWMN ; 4507 3 UNP UBB_HUMAN P0CG47 ? 2 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 4 UNP H31_HUMAN P68431 ? 3 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 5 UNP H4_HUMAN P62805 ? 4 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 6 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 5 ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 2 7 UNP H2B2E_HUMAN Q16778 ? 6 ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; 2 8 PDB 9YL3 9YL3 ? 7 ? 1 9 UNP RBBP5_HUMAN Q15291 ? 8 ;MNLELLESFGQNYPEEADGTLDCISMALTCTFNRWGTLLAVGCNDGRIVIWDFLTRGIAKIISAHIHPVCSLCWSRDGHK LVSASTDNIVSQWDVLSGDCDQRFRFPSPILKVQYHPRDQNKVLVCPMKSAPVMLTLSDSKHVVLPVDDDSDLNVVASFD RRGEYIYTGNAKGKILVLKTDSQDLVASFRVTTGTSNTTAIKSIEFARKGSCFLINTADRIIRVYDGREILTCGRDGEPE PMQKLQDLVNRTPWKKCCFSGDGEYIVAGSARQHALYIWEKSIGNLVKILHGTRGELLLDVAWHPVRPIIASISSGVVSI WAQNQVENWSAFAPDFKELDENVEYEERESEFDIEDEDKSEPEQTGADAAEDEEVDVTSVDPIAAFCSSDEELEDSKALL YLPIAPEVEDPEENPYGPPPDAVQTSLMDEGASSEKKRQSSADGSQPPKKKPKTTNIELQGVPNDEVHPLLGVKGDGKSK KKQAGRPKGSKGKEKDSPFKPKLYKGDRGLPLEGSAKGKVQAELSQPLTAGGAISELL ; 1 10 UNP ASH2L_HUMAN Q9UBL3 ? 9 ;MAAAGAGPGQEAGAGPGPGAVANATGAEEGEMKPVAAGAAAPPGEGISAAPTVEPSSGEAEGGEANLVDVSGGLETESSN GKDTLEGAGDTSEVMDTQAGSVDEENGRQLGEVELQCGICTKWFTADTFGIDTSSCLPFMTNYSFHCNVCHHSGNTYFLR KQANLKEMCLSALANLTWQSRTQDEHPKTMFSKDKDIIPFIDKYWECMTTRQRPGKMTWPNNIVKTMSKERDVFLVKEHP DPGSKDPEEDYPKFGLLDQDLSNIGPAYDNQKQSSAVSTSGNLNGGIAAGSSGKGRGAKRKQQDGGTTGTTKKARSDPLF SAQRLPPHGYPLEHPFNKDGYRYILAEPDPHAPDPEKLELDCWAGKPIPGDLYRACLYERVLLALHDRAPQLKISDDRLT VVGEKGYSMVRASHGVRKGAWYFEITVDEMPPDTAARLGWSQPLGNLQAPLGYDKFSYSWRSKKGTKFHQSIGKHYSSGY GQGDVLGFYINLPEDTETAKSLPDTYKDKALIKFKSYLYFEEKDFVDKAEKSLKQTPHSEIIFYKNGVNQGVAYKDIFEG VYFPAISLYKSCTVSINFGPCFKYPPKDLTYRPMSDMGWGAVVEHTLADVLYHVETEVDGRRSPPWEP ; 1 11 UNP DPY30_HUMAN Q9C005 ? 10 ;MEPEQMLEGQTQVAENPHSEYGLTDNVERIVENEKINAEKSSKQKVDLQSLPTRAYLDQTVVPILLQGLAVLAKERPPNP IEFLASYLLKNKAQFEDRN ; 1 12 UNP WDR5_HUMAN P61964 ? 11 ;MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFE KTISGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKT GKCLKTLPAHSDPVSAVHFNRDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKL WDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAA LENDKTIKLWKSDC ; 1 13 PDB 9YL3 9YL3 ? 12 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9YL3 K 11 ? 225 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog366 hydrog ? ? K DC 142 N3 ? ? ? 1_555 Q DG 6 N1 ? ? J DC 142 I DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog367 hydrog ? ? K DC 142 N4 ? ? ? 1_555 Q DG 6 O6 ? ? J DC 142 I DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog368 hydrog ? ? K DC 142 O2 ? ? ? 1_555 Q DG 6 N2 ? ? J DC 142 I DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog369 hydrog ? ? K DT 143 N3 ? ? ? 1_555 Q DA 5 N1 ? ? J DT 143 I DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog370 hydrog ? ? K DT 143 O4 ? ? ? 1_555 Q DA 5 N6 ? ? J DT 143 I DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog371 hydrog ? ? K DC 144 N3 ? ? ? 1_555 Q DG 4 N1 ? ? J DC 144 I DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog372 hydrog ? ? K DC 144 N4 ? ? ? 1_555 Q DG 4 O6 ? ? J DC 144 I DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog373 hydrog ? ? K DC 144 O2 ? ? ? 1_555 Q DG 4 N2 ? ? J DC 144 I DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog374 hydrog ? ? K DC 145 N3 ? ? ? 1_555 Q DG 3 N1 ? ? J DC 145 I DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog375 hydrog ? ? K DC 145 N4 ? ? ? 1_555 Q DG 3 O6 ? ? J DC 145 I DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog376 hydrog ? ? K DC 145 O2 ? ? ? 1_555 Q DG 3 N2 ? ? J DC 145 I DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog377 hydrog ? ? K DA 146 N1 ? ? ? 1_555 Q DT 2 N3 ? ? J DA 146 I DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog378 hydrog ? ? K DA 146 N6 ? ? ? 1_555 Q DT 2 O4 ? ? J DA 146 I DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 111 A . ? ASP 1458 K PRO 112 A ? PRO 1459 K 1 -2.77 2 GLY 579 M . ? GLY 579 T PRO 580 M ? 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