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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.724 ? 14206 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.510 ? 1636 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 1631 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 1927 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9YS3 _struct.title 'Pr-pr homodimer state of Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome 2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9YS3 _struct_keywords.text 'Signal Transduction, Photoactivation, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? 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A0A1H7ZJA8 9 ? 747 ? 9 747 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 3 ? ARG A 7 ? SER A 11 ARG A 15 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 39 ? GLY A 44 ? THR A 47 GLY A 52 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 54 ? LEU A 59 ? THR A 62 LEU A 67 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 60 ? ALA A 65 ? PRO A 68 ALA A 73 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 GLN A 66 ? GLY A 74 ? GLN A 74 GLY A 82 1 ? 9 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 108 ? SER A 122 ? ASP A 116 SER A 130 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY A 129 ? THR A 145 ? GLY A 137 THR A 153 1 ? 17 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO A 181 ? ILE A 185 ? PRO A 189 ILE A 193 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 PRO A 186 ? ASN A 196 ? PRO A 194 ASN A 204 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO A 235 ? GLY A 245 ? PRO A 243 GLY A 253 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 275 ? ALA A 321 ? SER A 283 ALA A 329 1 ? 47 HELX_P HELX_P12 AB3 THR A 324 ? ASP A 332 ? THR A 332 ASP A 340 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP A 332 ? LEU A 337 ? ASP A 340 LEU A 345 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 AB5 GLU A 338 ? THR A 340 ? GLU A 346 THR A 348 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 AB6 SER A 361 ? ALA A 373 ? SER A 369 ALA A 381 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 TYR A 390 ? ALA A 395 ? TYR A 398 ALA A 403 1 ? 6 HELX_P HELX_P17 AB8 ARG A 396 ? ALA A 401 ? ARG A 404 ALA A 409 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU A 440 ? ALA A 444 ? GLU A 448 ALA A 452 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 LYS A 467 ? LEU A 481 ? LYS A 475 LEU A 489 1 ? 15 HELX_P HELX_P20 AC2 LEU A 481 ? LEU A 517 ? LEU A 489 LEU A 525 1 ? 37 HELX_P HELX_P21 AC3 LYS A 518 ? GLY A 529 ? LYS A 526 GLY A 537 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 AC4 TYR A 535 ? LEU A 564 ? TYR A 543 LEU A 572 1 ? 30 HELX_P HELX_P23 AC5 ASN A 581 ? LEU A 593 ? ASN A 589 LEU A 601 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU A 593 ? GLU A 600 ? LEU A 601 GLU A 608 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 AC7 ASP A 616 ? TYR A 634 ? ASP A 624 TYR A 642 1 ? 19 HELX_P HELX_P26 AC8 ALA A 676 ? PHE A 684 ? ALA A 684 PHE A 692 1 ? 9 HELX_P HELX_P27 AC9 GLY A 701 ? HIS A 714 ? GLY A 709 HIS A 722 1 ? 14 HELX_P HELX_P28 AD1 SER B 3 ? GLU B 8 ? SER B 11 GLU B 16 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 PRO B 9 ? LEU B 13 ? PRO B 17 LEU B 21 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY B 27 ? ARG B 30 ? GLY B 35 ARG B 38 5 ? 4 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN B 38 ? GLY B 44 ? ASN B 46 GLY B 52 1 ? 7 HELX_P HELX_P32 AD5 PRO B 46 ? LEU B 51 ? PRO B 54 LEU B 59 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 PRO B 60 ? GLN B 66 ? PRO B 68 GLN B 74 1 ? 7 HELX_P HELX_P34 AD7 GLN B 66 ? GLY B 74 ? GLN B 74 GLY B 82 1 ? 9 HELX_P HELX_P35 AD8 GLN B 106 ? ASP B 108 ? GLN B 114 ASP B 116 5 ? 3 HELX_P HELX_P36 AD9 MET B 109 ? SER B 122 ? MET B 117 SER B 130 1 ? 14 HELX_P HELX_P37 AE1 GLY B 129 ? GLY B 146 ? GLY B 137 GLY B 154 1 ? 18 HELX_P HELX_P38 AE2 PRO B 186 ? ASN B 196 ? PRO B 194 ASN B 204 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP B 224 ? SER B 228 ? ASP B 232 SER B 236 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 SER B 234 ? ILE B 236 ? SER B 242 ILE B 244 5 ? 3 HELX_P HELX_P41 AE5 HIS B 237 ? GLY B 245 ? HIS B 245 GLY B 253 1 ? 9 HELX_P HELX_P42 AE6 SER B 275 ? LEU B 319 ? SER B 283 LEU B 327 1 ? 45 HELX_P HELX_P43 AE7 THR B 324 ? THR B 340 ? THR B 332 THR B 348 1 ? 17 HELX_P HELX_P44 AE8 SER B 361 ? ALA B 373 ? SER B 369 ALA B 381 1 ? 13 HELX_P HELX_P45 AE9 TYR B 390 ? ARG B 396 ? TYR B 398 ARG B 404 1 ? 7 HELX_P HELX_P46 AF1 LYS B 467 ? LEU B 481 ? LYS B 475 LEU B 489 1 ? 15 HELX_P HELX_P47 AF2 GLY B 483 ? ASP B 516 ? GLY B 491 ASP B 524 1 ? 34 HELX_P HELX_P48 AF3 LYS B 518 ? TYR B 535 ? LYS B 526 TYR B 543 1 ? 18 HELX_P HELX_P49 AF4 HIS B 536 ? LEU B 539 ? HIS B 544 LEU B 547 5 ? 4 HELX_P HELX_P50 AF5 GLY B 540 ? ARG B 569 ? GLY B 548 ARG B 577 1 ? 30 HELX_P HELX_P51 AF6 MET B 582 ? LEU B 593 ? MET B 590 LEU B 601 1 ? 12 HELX_P HELX_P52 AF7 LEU B 593 ? GLU B 600 ? LEU B 601 GLU B 608 1 ? 8 HELX_P HELX_P53 AF8 ASP B 616 ? TYR B 634 ? ASP B 624 TYR B 642 1 ? 19 HELX_P HELX_P54 AF9 PRO B 654 ? TYR B 660 ? PRO B 662 TYR B 668 1 ? 7 HELX_P HELX_P55 AG1 ALA B 676 ? GLU B 685 ? ALA B 684 GLU B 693 1 ? 10 HELX_P HELX_P56 AG2 GLY B 701 ? GLY B 715 ? GLY B 709 GLY B 723 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _struct_conn.id covale1 _struct_conn.conn_type_id covale _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag none _struct_conn.pdbx_PDB_id ? _struct_conn.ptnr1_label_asym_id B _struct_conn.ptnr1_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_label_seq_id 5 _struct_conn.ptnr1_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id ? _struct_conn.ptnr1_symmetry 1_555 _struct_conn.ptnr2_label_asym_id D _struct_conn.ptnr2_label_comp_id BLA _struct_conn.ptnr2_label_seq_id . _struct_conn.ptnr2_label_atom_id CBC _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code ? _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id B _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id 13 _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id B _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id BLA _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id 801 _struct_conn.ptnr2_symmetry 1_555 _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code ? _struct_conn.details ? _struct_conn.pdbx_dist_value 1.766 _struct_conn.pdbx_value_order ? _struct_conn.pdbx_role ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _pdbx_modification_feature.ordinal 1 _pdbx_modification_feature.label_comp_id BLA _pdbx_modification_feature.label_asym_id D _pdbx_modification_feature.label_seq_id . _pdbx_modification_feature.label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id B _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id 5 _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.auth_comp_id BLA _pdbx_modification_feature.auth_asym_id B _pdbx_modification_feature.auth_seq_id 801 _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id B _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id 13 _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom CBC _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom SG _pdbx_modification_feature.modified_residue_id CYS _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id 2 _pdbx_modification_feature.ref_comp_id BLA _pdbx_modification_feature.type None _pdbx_modification_feature.category 'Covalent chemical modification' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 VAL 212 A . ? 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AB4 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA8 5 6 ? anti-parallel AA8 6 7 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 23 ? 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