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ALA C 944 VAL C 1033 1 ? 90 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 757 SG ? ? ? 1_555 A CYS 779 SG ? ? A CYS 738 A CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 762 SG ? ? ? 1_555 A CYS 768 SG ? ? A CYS 743 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 1051 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1062 SG ? ? A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 757 SG ? ? ? 1_555 B CYS 779 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 762 SG ? ? ? 1_555 B CYS 768 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 1051 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1062 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf7 disulf ? ? C CYS 757 SG ? ? ? 1_555 C CYS 779 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf8 disulf ? ? C CYS 762 SG ? ? ? 1_555 C CYS 768 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf9 disulf ? ? C CYS 1051 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1062 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? covale1 covale one ? A ASN 728 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 736 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 717 A NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 820 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 801 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 1093 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 1117 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 1098 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? B ASN 728 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 736 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 717 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 820 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? B ASN 801 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? B ASN 1093 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 1074 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? B ASN 1117 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 1098 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? C ASN 728 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? C ASN 709 C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? C ASN 736 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? C ASN 717 C NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? C ASN 820 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? C ASN 801 C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? C ASN 1093 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? C ASN 1074 C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? C ASN 1117 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 1098 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG D . ? 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ALA C 713 PHE C 718 AA9 2 PRO C 1088 ? ASN C 1093 ? PRO C 1069 ASN C 1074 AB1 1 SER C 740 ? PRO C 747 ? SER C 721 PRO C 728 AB1 2 GLY C 1078 ? TYR C 1086 ? GLY C 1059 TYR C 1067 AB1 3 TYR C 1066 ? ALA C 1075 ? TYR C 1047 ALA C 1056 AB2 1 ALA C 1106 ? PRO C 1109 ? ALA C 1087 PRO C 1090 AB2 2 THR C 1139 ? SER C 1142 ? THR C 1120 SER C 1123 AB3 1 VAL C 1113 ? SER C 1116 ? VAL C 1094 SER C 1097 AB3 2 TRP C 1121 ? THR C 1124 ? 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O PHE C 1103 # _pdbx_entry_details.entry_id 9YYV _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 THR A 719 ? ? -127.28 -169.16 2 1 SER A 758 ? ? -92.57 54.02 3 1 PRO A 1079 ? ? -82.94 44.64 4 1 THR B 719 ? ? -127.29 -169.17 5 1 SER B 758 ? ? -92.59 54.03 6 1 PRO B 1079 ? ? -82.98 44.67 7 1 THR C 719 ? ? -127.26 -169.17 8 1 SER C 758 ? ? -92.62 54.05 9 1 PRO C 1079 ? ? -82.93 44.67 # _pdbx_SG_project.id 1 _pdbx_SG_project.project_name 'NIAID, National Institute of Allergy and Infectious Diseases' _pdbx_SG_project.full_name_of_center 'Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease' _pdbx_SG_project.initial_of_center SSGCID # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9YYV _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9YYV _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.3 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 389200 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'VN01H1 Fab-bound SARS-CoV-2 E-FIC' ? ? ? 1 2 1 RECOMBINANT COMPLEX 'SARS-CoV-2 spike in the early fusion intermediate conformation' ? ? ? 1 3 1 RECOMBINANT COMPLEX 'VN01H1 Fab' ? ? ? ? # _em_imaging.entry_id 9YYV _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 200 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_vitrification.entry_id 9YYV _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9YYV _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -18 ? 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