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_refine.ls_d_res_high 2.99 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? 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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1988 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.538 ? 2697 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.210 ? 394 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 313 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 333 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9Z3Y _struct.title 'Local refinement of BA.3.2.1 spike (3-RBD-down) NTD-B' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9Z3Y _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 9Z3Y _struct_ref.pdbx_db_accession 9Z3Y _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # _struct_ref_seq.align_id 1 _struct_ref_seq.ref_id 1 _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code 9Z3Y _struct_ref_seq.pdbx_strand_id B _struct_ref_seq.seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.seq_align_end 1271 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_db_accession 9Z3Y _struct_ref_seq.db_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.db_align_end 1275 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1275 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 129 SG ? ? ? 1_555 A CYS 152 SG ? ? B CYS 131 B CYS 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? covale1 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 97 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? B ASN 99 B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 120 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? B ASN 122 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 151 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? B ASN 153 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 219 ND2 ? ? ? 1_555 B NAG . C1 ? ? B ASN 221 A NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 C NAG . C1 ? ? B ASN 269 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale7 covale both ? B NAG . O4 ? ? ? 1_555 B NAG . C1 ? ? A NAG 1 A NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG B . ? 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AA3 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA3 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ALA A 27 ? ASN A 30 ? ALA B 27 ASN B 30 AA1 2 ASN A 61 ? ILE A 68 ? ASN B 61 ILE B 68 AA1 3 ALA A 245 ? GLY A 251 ? ALA B 249 GLY B 255 AA1 4 VAL A 88 ? GLU A 94 ? VAL B 90 GLU B 96 AA1 5 ASN A 174 ? ILE A 183 ? ASN B 176 ILE B 185 AA1 6 TYR A 186 ? PRO A 195 ? TYR B 188 PRO B 197 AA1 7 GLU A 209 ? LEU A 214 ? GLU B 211 LEU B 216 AA2 1 VAL A 47 ? PHE A 55 ? VAL B 47 PHE B 55 AA2 2 GLN A 254 ? TYR A 262 ? GLN B 258 TYR B 266 AA3 1 VAL A 81 ? PRO A 83 ? VAL B 83 PRO B 85 AA3 2 ARG A 222 ? LEU A 227 ? ARG B 224 LEU B 229 AA3 3 THR A 99 ? GLY A 105 ? THR B 101 GLY B 107 AA3 4 SER A 114 ? ASN A 120 ? SER B 116 ASN B 122 AA3 5 ASN A 123 ? PHE A 133 ? ASN B 125 PHE B 135 AA3 6 TYR A 146 ? PHE A 158 ? 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N ALA B 27 O TRP A 64 ? O TRP B 64 AA1 2 3 N THR A 63 ? N THR B 63 O VAL A 250 ? O VAL B 254 AA1 3 4 O TYR A 249 ? O TYR B 253 N ALA A 91 ? N ALA B 93 AA1 4 5 N SER A 92 ? N SER B 94 O ARG A 176 ? O ARG B 178 AA1 5 6 N LYS A 181 ? N LYS B 183 O LYS A 188 ? O LYS B 190 AA1 6 7 N ILE A 189 ? N ILE B 191 O LEU A 211 ? O LEU B 213 AA2 1 2 N THR A 51 ? N THR B 51 O PHE A 258 ? O PHE B 262 AA3 1 2 N LEU A 82 ? N LEU B 84 O PHE A 223 ? O PHE B 225 AA3 2 3 O LEU A 226 ? O LEU B 228 N GLY A 101 ? N GLY B 103 AA3 3 4 N TRP A 102 ? N TRP B 104 O ILE A 117 ? O ILE B 119 AA3 4 5 N VAL A 118 ? N VAL B 120 O VAL A 125 ? O VAL B 127 AA3 5 6 N ILE A 126 ? N ILE B 128 O TYR A 156 ? 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