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P55917 1 ? 440 ? 1 440 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE,WE,XE,YE,ZE,AF,BF,CF,DF,EF,FF,GF,HF,IF,JF,KF,LF,MF,NF,OF,PF,QF,RF,SF,TF,UF,VF,WF,XF,YF,ZF,AG,BG,CG,DG,EG,FG,GG,HG,IG,JG,KG,LG,MG,NG,OG,PG,QG,RG,SG,TG,UG,VG,WG,XG,YG,ZG,AH,BH,CH,DH,EH,FH,GH,HH,IH,JH,KH,LH,MH,NH,OH,PH,QH,RH,SH,TH,UH,VH,WH,XH,YH,ZH,AI,BI,CI,DI,EI,FI,GI,HI,II,JI,KI,LI,MI,NI,OI,PI,QI,RI,SI,TI,UI,VI,WI,XI,YI,ZI,AJ,BJ,CJ,DJ,EJ,FJ,GJ,HJ,IJ,JJ,KJ,LJ,MJ,NJ,OJ,PJ ; # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 TRP A 4 ? 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GLY D 60 PHE D 70 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 SER D 73 ? VAL D 100 ? SER D 73 VAL D 100 1 ? 28 HELX_P HELX_P31 AD4 THR D 153 ? TYR D 180 ? THR D 153 TYR D 180 1 ? 28 HELX_P HELX_P32 AD5 ARG D 205 ? GLY D 235 ? ARG D 205 GLY D 235 1 ? 31 HELX_P HELX_P33 AD6 TRP E 4 ? VAL E 14 ? TRP E 4 VAL E 14 1 ? 11 HELX_P HELX_P34 AD7 THR E 19 ? PHE E 32 ? THR E 19 PHE E 32 1 ? 14 HELX_P HELX_P35 AD8 ARG E 33 ? ALA E 40 ? ARG E 33 ALA E 40 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 AD9 ALA E 40 ? TRP E 45 ? ALA E 40 TRP E 45 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 GLY E 60 ? PHE E 70 ? GLY E 60 PHE E 70 1 ? 11 HELX_P HELX_P38 AE2 SER E 73 ? VAL E 100 ? SER E 73 VAL E 100 1 ? 28 HELX_P HELX_P39 AE3 THR E 153 ? TYR E 180 ? THR E 153 TYR E 180 1 ? 28 HELX_P HELX_P40 AE4 ARG E 205 ? GLY E 235 ? ARG E 205 GLY E 235 1 ? 31 HELX_P HELX_P41 AE5 TRP F 4 ? VAL F 14 ? TRP F 4 VAL F 14 1 ? 11 HELX_P HELX_P42 AE6 THR F 19 ? PHE F 32 ? THR F 19 PHE F 32 1 ? 14 HELX_P HELX_P43 AE7 ARG F 33 ? ALA F 40 ? 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SER H 5 HIS H 17 1 ? 13 HELX_P HELX_P58 AG4 THR H 19 ? PHE H 32 ? THR H 19 PHE H 32 1 ? 14 HELX_P HELX_P59 AG5 ARG H 33 ? ALA H 40 ? ARG H 33 ALA H 40 1 ? 8 HELX_P HELX_P60 AG6 ALA H 40 ? TRP H 45 ? ALA H 40 TRP H 45 1 ? 6 HELX_P HELX_P61 AG7 GLY H 60 ? PHE H 70 ? GLY H 60 PHE H 70 1 ? 11 HELX_P HELX_P62 AG8 SER H 73 ? GLU H 104 ? SER H 73 GLU H 104 1 ? 32 HELX_P HELX_P63 AG9 THR H 153 ? TYR H 180 ? THR H 153 TYR H 180 1 ? 28 HELX_P HELX_P64 AH1 ARG H 205 ? LEU H 234 ? ARG H 205 LEU H 234 1 ? 30 HELX_P HELX_P65 AH2 SER I 5 ? HIS I 17 ? SER I 5 HIS I 17 1 ? 13 HELX_P HELX_P66 AH3 THR I 19 ? PHE I 32 ? THR I 19 PHE I 32 1 ? 14 HELX_P HELX_P67 AH4 ARG I 33 ? ALA I 40 ? ARG I 33 ALA I 40 1 ? 8 HELX_P HELX_P68 AH5 ALA I 40 ? TRP I 45 ? ALA I 40 TRP I 45 1 ? 6 HELX_P HELX_P69 AH6 GLY I 60 ? PHE I 70 ? GLY I 60 PHE I 70 1 ? 11 HELX_P HELX_P70 AH7 SER I 73 ? GLU I 104 ? SER I 73 GLU I 104 1 ? 32 HELX_P HELX_P71 AH8 THR I 153 ? TYR I 180 ? THR I 153 TYR I 180 1 ? 28 HELX_P HELX_P72 AH9 ARG I 205 ? LEU I 234 ? ARG I 205 LEU I 234 1 ? 30 HELX_P HELX_P73 AI1 SER J 5 ? HIS J 17 ? SER J 5 HIS J 17 1 ? 13 HELX_P HELX_P74 AI2 THR J 19 ? PHE J 32 ? THR J 19 PHE J 32 1 ? 14 HELX_P HELX_P75 AI3 ARG J 33 ? ALA J 40 ? ARG J 33 ALA J 40 1 ? 8 HELX_P HELX_P76 AI4 ALA J 40 ? TRP J 45 ? ALA J 40 TRP J 45 1 ? 6 HELX_P HELX_P77 AI5 GLY J 60 ? PHE J 70 ? GLY J 60 PHE J 70 1 ? 11 HELX_P HELX_P78 AI6 SER J 73 ? GLU J 104 ? SER J 73 GLU J 104 1 ? 32 HELX_P HELX_P79 AI7 THR J 153 ? TYR J 180 ? THR J 153 TYR J 180 1 ? 28 HELX_P HELX_P80 AI8 ARG J 205 ? LEU J 234 ? ARG J 205 LEU J 234 1 ? 30 HELX_P HELX_P81 AI9 SER K 5 ? HIS K 17 ? SER K 5 HIS K 17 1 ? 13 HELX_P HELX_P82 AJ1 THR K 19 ? PHE K 32 ? THR K 19 PHE K 32 1 ? 14 HELX_P HELX_P83 AJ2 ARG K 33 ? ALA K 40 ? ARG K 33 ALA K 40 1 ? 8 HELX_P HELX_P84 AJ3 ALA K 40 ? TRP K 45 ? ALA K 40 TRP K 45 1 ? 6 HELX_P HELX_P85 AJ4 GLY K 60 ? PHE K 70 ? 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LEU L 187 CYS L 190 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N VAL A 53 ? 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O PHE I 202 AA9 2 3 O VAL I 199 ? O VAL I 199 N CYS I 190 ? N CYS I 190 AB1 1 2 N VAL J 53 ? N VAL J 53 O PHE J 202 ? O PHE J 202 AB1 2 3 O VAL J 199 ? O VAL J 199 N CYS J 190 ? N CYS J 190 AB2 1 2 N VAL K 53 ? N VAL K 53 O PHE K 202 ? O PHE K 202 AB2 2 3 O VAL K 199 ? O VAL K 199 N CYS K 190 ? N CYS K 190 AB3 1 2 N VAL L 53 ? N VAL L 53 O PHE L 202 ? O PHE L 202 AB3 2 3 O VAL L 199 ? O VAL L 199 N CYS L 190 ? N CYS L 190 # _pdbx_entry_details.entry_id 9ZA4 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 TRP A 4 ? ? -142.37 43.19 2 1 ASP A 47 ? ? -99.69 35.60 3 1 ASN A 197 ? ? 55.50 -139.37 4 1 TRP B 4 ? ? -143.37 42.51 5 1 ASP B 47 ? ? -99.67 35.63 6 1 ASN B 197 ? ? 55.52 -139.38 7 1 TRP C 4 ? ? -143.39 42.90 8 1 ASP C 47 ? ? -99.71 35.63 9 1 ASN C 197 ? ? 55.49 -139.38 10 1 TRP D 4 ? ? -142.04 42.79 11 1 ASP D 47 ? ? -99.69 35.57 12 1 ASN D 197 ? ? 55.52 -139.36 13 1 TRP E 4 ? ? -143.22 42.74 14 1 ASP E 47 ? ? -99.66 35.66 15 1 ASN E 197 ? ? 55.55 -139.37 16 1 TRP F 4 ? ? -143.16 43.23 17 1 ASP F 47 ? ? -99.69 35.51 18 1 ASN F 197 ? ? 55.45 -139.36 19 1 ASP G 47 ? ? -98.97 33.70 20 1 ASN G 197 ? ? 55.29 -127.87 21 1 ASP H 47 ? ? -98.96 33.70 22 1 ASN H 197 ? ? 55.27 -127.87 23 1 ASP I 47 ? ? -98.94 33.70 24 1 ASN I 197 ? ? 55.27 -127.86 25 1 ASP J 47 ? ? -98.96 33.77 26 1 ASN J 197 ? ? 55.32 -127.89 27 1 ASP K 47 ? ? -98.96 33.71 28 1 ASN K 197 ? ? 55.31 -127.91 29 1 ASP L 47 ? ? -98.91 33.71 30 1 ASN L 197 ? ? 55.27 -127.90 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9ZA4 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 7jjp _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 7jjp _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9ZA4 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.4 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 162334 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 5.80 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Asymmetrically gated state dodecameric connexin-50 gap junction in DMPC nanodiscs at low pH' _em_entity_assembly.details ;Connexin-46 and connexin-50 coassemble in the gap junction complex and arrangement cannot be disentangled. Thus both isoforms are individually modeled into the same gap junction density. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 9ZA4 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_defocus_max 1800 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type Quantifoil _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9ZA4 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9ZA4 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9ZA4 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C6 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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