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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 10293 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.726 ? 13802 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.916 ? 1828 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.045 ? 1563 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1618 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9ZKN _struct.title 'The TMD structure of native mouse AMPAR with 4 TARPs' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9ZKN _struct_keywords.text 'iGluR, AMPA receptors, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 6 ? M N N 5 ? N N N 6 ? O N N 5 ? P N N 7 ? Q N N 6 ? R N N 5 ? S N N 5 ? T N N 5 ? U N N 6 ? V N N 7 ? W N N 6 ? X N N 5 ? Y N N 5 ? Z N N 5 ? AA N N 6 ? BA N N 7 ? CA N N 7 ? DA N N 6 ? EA N N 5 ? FA N N 5 ? GA N N 7 ? HA N N 7 ? 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P23818 408 ? 907 ? 390 889 2 2 9ZKN B 1 ? 467 ? C9K0Z0 417 ? 883 ? 396 862 3 1 9ZKN C 1 ? 500 ? P23818 408 ? 907 ? 390 889 4 2 9ZKN D 1 ? 467 ? C9K0Z0 417 ? 883 ? 396 862 5 3 9ZKN E 1 ? 323 ? O88602 1 ? 323 ? 1 323 6 3 9ZKN F 1 ? 323 ? O88602 1 ? 323 ? 1 323 7 4 9ZKN G 1 ? 423 ? Q8VHW2 1 ? 423 ? 1 423 8 4 9ZKN H 1 ? 423 ? Q8VHW2 1 ? 423 ? 1 423 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 9ZKN ARG B 348 ? UNP C9K0Z0 GLY 764 conflict 743 1 4 9ZKN ARG D 348 ? UNP C9K0Z0 GLY 764 conflict 743 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PHE A 122 ? ASP A 126 ? PHE A 511 ASP A 515 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 ALA A 129 ? PHE A 153 ? ALA A 518 PHE A 542 1 ? 25 HELX_P HELX_P3 AA3 GLY A 179 ? MET A 192 ? GLY A 568 MET A 581 1 ? 14 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 202 ? MET A 236 ? SER A 591 MET A 625 1 ? 35 HELX_P HELX_P5 AA5 VAL A 399 ? LYS A 424 ? VAL A 788 LYS A 813 1 ? 26 HELX_P HELX_P6 AA6 PHE B 120 ? ASP B 124 ? PHE B 515 ASP B 519 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 ALA B 127 ? ARG B 150 ? ALA B 522 ARG B 545 1 ? 24 HELX_P HELX_P8 AA8 GLY B 177 ? MET B 190 ? GLY B 572 MET B 585 1 ? 14 HELX_P HELX_P9 AA9 SER B 200 ? VAL B 231 ? SER B 595 VAL B 626 1 ? 32 HELX_P HELX_P10 AB1 SER B 393 ? LYS B 422 ? SER B 788 LYS B 817 1 ? 30 HELX_P HELX_P11 AB2 PHE C 122 ? ASP C 126 ? PHE C 511 ASP C 515 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 ALA C 129 ? ARG C 152 ? ALA C 518 ARG C 541 1 ? 24 HELX_P HELX_P13 AB4 GLY C 179 ? MET C 192 ? GLY C 568 MET C 581 1 ? 14 HELX_P HELX_P14 AB5 SER C 202 ? MET C 236 ? SER C 591 MET C 625 1 ? 35 HELX_P HELX_P15 AB6 VAL C 399 ? LYS C 424 ? 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ASN F 133 GLY F 162 1 ? 30 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY F 177 ? ALA F 210 ? GLY F 177 ALA F 210 1 ? 34 HELX_P HELX_P31 AD4 GLN G 20 ? SER G 40 ? GLN G 20 SER G 40 1 ? 21 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU G 118 ? SER G 128 ? GLU G 118 SER G 128 1 ? 11 HELX_P HELX_P33 AD6 SER G 128 ? ARG G 149 ? SER G 128 ARG G 149 1 ? 22 HELX_P HELX_P34 AD7 ARG G 155 ? ALA G 184 ? ARG G 155 ALA G 184 1 ? 30 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY G 202 ? ARG G 231 ? GLY G 202 ARG G 231 1 ? 30 HELX_P HELX_P36 AD9 GLN H 20 ? THR H 41 ? GLN H 20 THR H 41 1 ? 22 HELX_P HELX_P37 AE1 GLU H 118 ? SER H 128 ? GLU H 118 SER H 128 1 ? 11 HELX_P HELX_P38 AE2 SER H 128 ? SER H 148 ? SER H 128 SER H 148 1 ? 21 HELX_P HELX_P39 AE3 ILE H 157 ? ASN H 183 ? ILE H 157 ASN H 183 1 ? 27 HELX_P HELX_P40 AE4 GLY H 202 ? ARG H 231 ? GLY H 202 ARG H 231 1 ? 30 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? E CYS 40 SG ? ? ? 1_555 E CYS 68 SG ? ? E CYS 40 E CYS 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf2 disulf ? ? E CYS 67 SG ? ? ? 1_555 E CYS 77 SG ? ? E CYS 67 E CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? ? disulf3 disulf ? ? F CYS 40 SG ? ? ? 1_555 F CYS 68 SG ? ? F CYS 40 F CYS 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf4 disulf ? ? F CYS 67 SG ? ? ? 1_555 F CYS 77 SG ? ? F CYS 67 F CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? G CYS 52 SG ? ? ? 1_555 G CYS 91 SG ? ? G CYS 52 G CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf6 disulf ? ? G CYS 90 SG ? ? ? 1_555 G CYS 100 SG ? ? G CYS 90 G CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf7 disulf ? ? H CYS 52 SG ? ? ? 1_555 H CYS 91 SG ? ? H CYS 52 H CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf8 disulf ? ? H CYS 90 SG ? ? ? 1_555 H CYS 100 SG ? ? H CYS 90 H CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS E 40 ? CYS E 68 ? CYS E 40 ? 1_555 CYS E 68 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS E 67 ? CYS E 77 ? CYS E 67 ? 1_555 CYS E 77 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS F 40 ? CYS F 68 ? CYS F 40 ? 1_555 CYS F 68 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS F 67 ? CYS F 77 ? CYS F 67 ? 1_555 CYS F 77 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS G 52 ? CYS G 91 ? CYS G 52 ? 1_555 CYS G 91 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS G 90 ? CYS G 100 ? CYS G 90 ? 1_555 CYS G 100 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS H 52 ? CYS H 91 ? CYS H 52 ? 1_555 CYS H 91 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 8 CYS H 90 ? CYS H 100 ? CYS H 90 ? 1_555 CYS H 100 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 5 ? 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O SER H 200 # _pdbx_entry_details.entry_id 9ZKN _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CA E CYS 67 ? ? 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