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C LEU 557 CD1 1470 1 Y 1 C LEU 616 ? CD2 ? C LEU 557 CD2 1471 1 Y 1 C ASP 617 ? CG ? C ASP 558 CG 1472 1 Y 1 C ASP 617 ? OD1 ? C ASP 558 OD1 1473 1 Y 1 C ASP 617 ? OD2 ? C ASP 558 OD2 1474 1 Y 1 C ILE 619 ? CG1 ? C ILE 560 CG1 1475 1 Y 1 C ILE 619 ? CG2 ? C ILE 560 CG2 1476 1 Y 1 C ILE 619 ? CD1 ? C ILE 560 CD1 1477 1 Y 1 C THR 621 ? OG1 ? C THR 562 OG1 1478 1 Y 1 C THR 621 ? CG2 ? C THR 562 CG2 1479 1 Y 1 C LEU 622 ? CG ? C LEU 563 CG 1480 1 Y 1 C LEU 622 ? CD1 ? C LEU 563 CD1 1481 1 Y 1 C LEU 622 ? CD2 ? C LEU 563 CD2 1482 1 Y 1 C GLN 623 ? CG ? C GLN 564 CG 1483 1 Y 1 C GLN 623 ? CD ? C GLN 564 CD 1484 1 Y 1 C GLN 623 ? OE1 ? C GLN 564 OE1 1485 1 Y 1 C GLN 623 ? NE2 ? C GLN 564 NE2 1486 1 Y 1 C THR 624 ? OG1 ? C THR 565 OG1 1487 1 Y 1 C THR 624 ? CG2 ? C THR 565 CG2 1488 1 Y 1 C PHE 625 ? CG ? C PHE 566 CG 1489 1 Y 1 C PHE 625 ? CD1 ? C PHE 566 CD1 1490 1 Y 1 C PHE 625 ? CD2 ? C PHE 566 CD2 1491 1 Y 1 C PHE 625 ? CE1 ? C PHE 566 CE1 1492 1 Y 1 C PHE 625 ? CE2 ? C PHE 566 CE2 1493 1 Y 1 C PHE 625 ? CZ ? C PHE 566 CZ 1494 1 Y 1 C ILE 626 ? CG1 ? C ILE 567 CG1 1495 1 Y 1 C ILE 626 ? CG2 ? C ILE 567 CG2 1496 1 Y 1 C ILE 626 ? CD1 ? C ILE 567 CD1 1497 1 Y 1 C SER 627 ? OG ? C SER 568 OG 1498 1 Y 1 C LEU 628 ? CG ? C LEU 569 CG 1499 1 Y 1 C LEU 628 ? CD1 ? C LEU 569 CD1 1500 1 Y 1 C LEU 628 ? CD2 ? C LEU 569 CD2 1501 1 Y 1 C THR 630 ? OG1 ? C THR 571 OG1 1502 1 Y 1 C THR 630 ? CG2 ? C THR 571 CG2 1503 1 Y 1 C SER 631 ? OG ? C SER 572 OG 1504 1 Y 1 C LEU 632 ? CG ? C LEU 573 CG 1505 1 Y 1 C LEU 632 ? CD1 ? C LEU 573 CD1 1506 1 Y 1 C LEU 632 ? CD2 ? C LEU 573 CD2 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9ZUC _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9ZUC _struct.title ;EBV gB trimer with "delta" mutations (intermediate-2 conformation) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9ZUC _struct_keywords.text ;gB, glycoprotein B, herpesvirus, stabilization, stabilizing mutations, viral entry, vaccine, antigen, EBV, Epstein-Barr virus, postfusion, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, VIRAL PROTEIN ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? 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ASN C 501 GLY C 511 1 ? 11 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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A ASN 570 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 629 A NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 570 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? B ASN 629 B NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.498 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 570 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? C ASN 629 C NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG D . ? 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CYS C 425 ? CYS C 68 ? 1_555 CYS C 484 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS C 492 ? CYS C 529 ? CYS C 551 ? 1_555 CYS C 588 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 49 ? 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ALA B 515 LEU B 519 AA7 1 CYS B 492 ? TYR B 493 ? CYS B 551 TYR B 552 AA7 2 THR B 526 ? GLU B 527 ? THR B 585 GLU B 586 AA8 1 GLN B 534 ? SER B 539 ? GLN B 593 SER B 598 AA8 2 GLU B 542 ? ASN B 547 ? GLU B 601 ASN B 606 AA8 3 HIS B 550 ? GLU B 556 ? HIS B 609 GLU B 615 AA9 1 ARG C 49 ? VAL C 50 ? ARG C 49 VAL C 50 AA9 2 GLU C 518 ? PHE C 520 ? GLU C 577 PHE C 579 AA9 3 TYR C 509 ? LEU C 513 ? TYR C 568 LEU C 572 AA9 4 LEU C 497 ? PHE C 500 ? LEU C 556 PHE C 559 AA9 5 VAL C 477 ? LEU C 479 ? VAL C 536 LEU C 538 AB1 1 ASP C 58 ? ARG C 61 ? ASP C 58 ARG C 61 AB1 2 VAL C 463 ? SER C 467 ? VAL C 522 SER C 526 AB1 3 ALA C 456 ? LEU C 460 ? ALA C 515 LEU C 519 AB2 1 CYS C 492 ? TYR C 493 ? CYS C 551 TYR C 552 AB2 2 THR C 526 ? GLU C 527 ? THR C 585 GLU C 586 AB3 1 GLN C 534 ? SER C 539 ? GLN C 593 SER C 598 AB3 2 GLU C 542 ? ASN C 547 ? GLU C 601 ASN C 606 AB3 3 HIS C 550 ? GLU C 556 ? HIS C 609 GLU C 615 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 49 ? N ARG A 49 O ILE A 519 ? O ILE A 578 AA1 2 3 O PHE A 520 ? O PHE A 579 N GLN A 512 ? N GLN A 571 AA1 3 4 O TYR A 509 ? O TYR A 568 N PHE A 500 ? N PHE A 559 AA1 4 5 O SER A 499 ? O SER A 558 N THR A 478 ? N THR A 537 AA2 1 2 N PHE A 60 ? N PHE A 60 O ILE A 464 ? O ILE A 523 AA2 2 3 O VAL A 463 ? O VAL A 522 N LEU A 460 ? N LEU A 519 AA3 1 2 N CYS A 492 ? N CYS A 551 O GLU A 527 ? O GLU A 586 AA4 1 2 N TYR A 535 ? N TYR A 594 O TYR A 546 ? O TYR A 605 AA4 2 3 N VAL A 545 ? N VAL A 604 O PHE A 552 ? O PHE A 611 AA5 1 2 N ARG B 49 ? N ARG B 49 O ILE B 519 ? O ILE B 578 AA5 2 3 O PHE B 520 ? O PHE B 579 N GLN B 512 ? N GLN B 571 AA5 3 4 O TYR B 509 ? O TYR B 568 N PHE B 500 ? N PHE B 559 AA5 4 5 O SER B 499 ? O SER B 558 N THR B 478 ? N THR B 537 AA6 1 2 N PHE B 60 ? N PHE B 60 O ILE B 464 ? O ILE B 523 AA6 2 3 O VAL B 463 ? O VAL B 522 N LEU B 460 ? N LEU B 519 AA7 1 2 N CYS B 492 ? N CYS B 551 O GLU B 527 ? O GLU B 586 AA8 1 2 N TYR B 535 ? N TYR B 594 O TYR B 546 ? O TYR B 605 AA8 2 3 N VAL B 545 ? N VAL B 604 O PHE B 552 ? O PHE B 611 AA9 1 2 N ARG C 49 ? N ARG C 49 O ILE C 519 ? O ILE C 578 AA9 2 3 O PHE C 520 ? O PHE C 579 N GLN C 512 ? N GLN C 571 AA9 3 4 O TYR C 509 ? O TYR C 568 N PHE C 500 ? N PHE C 559 AA9 4 5 O SER C 499 ? O SER C 558 N THR C 478 ? N THR C 537 AB1 1 2 N PHE C 60 ? N PHE C 60 O ILE C 464 ? O ILE C 523 AB1 2 3 O VAL C 463 ? O VAL C 522 N LEU C 460 ? N LEU C 519 AB2 1 2 N CYS C 492 ? N CYS C 551 O GLU C 527 ? O GLU C 586 AB3 1 2 N TYR C 535 ? N TYR C 594 O TYR C 546 ? O TYR C 605 AB3 2 3 N VAL C 545 ? N VAL C 604 O PHE C 552 ? 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RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? cryoSPARC ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number ? _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _atom_sites.entry_id 9ZUC _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ #