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C ASN 356 OD1 588 1 Y 1 B ASN 334 ? ND2 ? C ASN 356 ND2 589 1 Y 1 B GLN 338 ? CG ? C GLN 360 CG 590 1 Y 1 B GLN 338 ? CD ? C GLN 360 CD 591 1 Y 1 B GLN 338 ? OE1 ? C GLN 360 OE1 592 1 Y 1 B GLN 338 ? NE2 ? C GLN 360 NE2 593 1 Y 1 B GLU 339 ? CG ? C GLU 361 CG 594 1 Y 1 B GLU 339 ? CD ? C GLU 361 CD 595 1 Y 1 B GLU 339 ? OE1 ? C GLU 361 OE1 596 1 Y 1 B GLU 339 ? OE2 ? C GLU 361 OE2 597 1 Y 1 B THR 341 ? OG1 ? C THR 363 OG1 598 1 Y 1 B THR 341 ? CG2 ? C THR 363 CG2 599 1 Y 1 B HIS 342 ? CG ? C HIS 364 CG 600 1 Y 1 B HIS 342 ? ND1 ? C HIS 364 ND1 601 1 Y 1 B HIS 342 ? CD2 ? C HIS 364 CD2 602 1 Y 1 B HIS 342 ? CE1 ? C HIS 364 CE1 603 1 Y 1 B HIS 342 ? NE2 ? C HIS 364 NE2 604 1 Y 1 B VAL 343 ? CG1 ? C VAL 365 CG1 605 1 Y 1 B VAL 343 ? CG2 ? C VAL 365 CG2 606 1 Y 1 B THR 344 ? OG1 ? C THR 366 OG1 607 1 Y 1 B THR 344 ? CG2 ? C THR 366 CG2 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9ZUP _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9ZUP _struct.title ;EBV gB trimer with "deliDoP" mutations and I5350A2h (prefusion conformation) - I5350A2h local refinement ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9ZUP _struct_keywords.text ;gB, glycoprotein B, herpesvirus, stabilization, stabilizing mutations, viral entry, vaccine, antigen, EBV, Epstein-Barr virus, prefusion, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, VIRAL PROTEIN ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 9ZUP _struct_ref.pdbx_db_accession 9ZUP _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9ZUP C 1 ? 910 ? 9ZUP -21 ? 888 ? -21 888 2 1 9ZUP A 1 ? 910 ? 9ZUP -21 ? 888 ? -21 888 3 1 9ZUP B 1 ? 910 ? 9ZUP -21 ? 888 ? -21 888 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 115 ? LYS A 139 ? ASP C 93 LYS C 117 1 ? 25 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 148 ? GLY A 162 ? SER C 126 GLY C 140 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 175 ? LEU A 183 ? ASP C 153 LEU C 161 1 ? 9 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 184 ? GLY A 190 ? SER C 162 GLY C 168 5 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 200 ? SER A 210 ? SER C 178 SER C 188 1 ? 11 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 221 ? GLY A 232 ? ASP C 199 GLY C 210 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 THR A 241 ? LEU A 251 ? THR C 219 LEU C 229 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO A 260 ? GLY A 265 ? PRO C 238 GLY C 243 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 265 ? GLY A 274 ? GLY C 243 GLY C 252 1 ? 10 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN A 291 ? ALA A 298 ? ASN C 269 ALA C 276 1 ? 8 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY A 306 ? LYS A 311 ? GLY C 284 LYS C 289 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 THR A 313 ? THR A 332 ? THR C 291 THR C 310 1 ? 20 HELX_P HELX_P13 AB4 GLY A 334 ? GLY A 362 ? GLY C 312 GLY C 340 1 ? 29 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP B 115 ? LYS B 139 ? ASP A 93 LYS A 117 1 ? 25 HELX_P HELX_P15 AB6 SER B 148 ? GLY B 162 ? SER A 126 GLY A 140 1 ? 15 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP B 175 ? LEU B 183 ? ASP A 153 LEU A 161 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 SER B 184 ? GLY B 190 ? SER A 162 GLY A 168 5 ? 7 HELX_P HELX_P18 AB9 SER B 200 ? SER B 210 ? SER A 178 SER A 188 1 ? 11 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP B 221 ? GLY B 232 ? ASP A 199 GLY A 210 1 ? 12 HELX_P HELX_P20 AC2 THR B 241 ? LEU B 251 ? THR A 219 LEU A 229 1 ? 11 HELX_P HELX_P21 AC3 PRO B 260 ? GLY B 265 ? PRO A 238 GLY A 243 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY B 265 ? GLY B 274 ? GLY A 243 GLY A 252 1 ? 10 HELX_P HELX_P23 AC5 ASN B 291 ? ALA B 298 ? ASN A 269 ALA A 276 1 ? 8 HELX_P HELX_P24 AC6 GLY B 306 ? LYS B 311 ? GLY A 284 LYS A 289 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 THR B 313 ? THR B 332 ? THR A 291 THR A 310 1 ? 20 HELX_P HELX_P26 AC8 GLY B 334 ? GLY B 362 ? GLY A 312 GLY A 340 1 ? 29 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP C 115 ? LYS C 139 ? ASP B 93 LYS B 117 1 ? 25 HELX_P HELX_P28 AD1 SER C 148 ? GLY C 162 ? SER B 126 GLY B 140 1 ? 15 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP C 175 ? LEU C 183 ? ASP B 153 LEU B 161 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 AD3 SER C 184 ? GLY C 190 ? SER B 162 GLY B 168 5 ? 7 HELX_P HELX_P31 AD4 SER C 200 ? SER C 210 ? SER B 178 SER B 188 1 ? 11 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP C 221 ? GLY C 232 ? ASP B 199 GLY B 210 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 THR C 241 ? LEU C 251 ? THR B 219 LEU B 229 1 ? 11 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO C 260 ? GLY C 265 ? PRO B 238 GLY B 243 1 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY C 265 ? GLY C 274 ? GLY B 243 GLY B 252 1 ? 10 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN C 291 ? ALA C 298 ? ASN B 269 ALA B 276 1 ? 8 HELX_P HELX_P37 AE1 GLY C 306 ? LYS C 311 ? GLY B 284 LYS B 289 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 THR C 313 ? THR C 332 ? THR B 291 THR B 310 1 ? 20 HELX_P HELX_P39 AE3 GLY C 334 ? GLY C 362 ? GLY B 312 GLY B 340 1 ? 29 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 110 SG ? ? ? 1_555 A CYS 367 SG ? ? C CYS 88 C CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 110 SG ? ? ? 1_555 B CYS 367 SG ? ? A CYS 88 A CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 110 SG ? ? ? 1_555 C CYS 367 SG ? ? B CYS 88 B CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 110 ? CYS A 367 ? CYS C 88 ? 1_555 CYS C 345 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS B 110 ? CYS B 367 ? CYS A 88 ? 1_555 CYS A 345 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS C 110 ? CYS C 367 ? CYS B 88 ? 1_555 CYS B 345 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 259 A . ? PHE 237 C PRO 260 A ? PRO 238 C 1 -15.71 2 PHE 259 B . ? PHE 237 A PRO 260 B ? PRO 238 A 1 -15.72 3 PHE 259 C . ? PHE 237 B PRO 260 C ? PRO 238 B 1 -15.71 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? parallel AA6 3 4 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? parallel AA9 3 4 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR A 111 ? THR A 114 ? THR C 89 THR C 92 AA1 2 THR A 363 ? THR A 366 ? THR C 341 THR C 344 AA2 1 ILE A 192 ? GLY A 196 ? ILE C 170 GLY C 174 AA2 2 LEU A 166 ? THR A 170 ? LEU C 144 THR C 148 AA2 3 ILE A 140 ? LEU A 144 ? ILE C 118 LEU C 122 AA2 4 VAL A 303 ? VAL A 305 ? VAL C 281 VAL C 283 AA3 1 PHE A 214 ? SER A 217 ? PHE C 192 SER C 195 AA3 2 PHE A 234 ? VAL A 239 ? PHE C 212 VAL C 217 AA3 3 ILE A 255 ? LEU A 258 ? ILE C 233 LEU C 236 AA3 4 LYS A 280 ? PRO A 283 ? LYS C 258 PRO C 261 AA4 1 THR B 111 ? THR B 114 ? THR A 89 THR A 92 AA4 2 THR B 363 ? THR B 366 ? THR A 341 THR A 344 AA5 1 ILE B 192 ? GLY B 196 ? ILE A 170 GLY A 174 AA5 2 LEU B 166 ? THR B 170 ? LEU A 144 THR A 148 AA5 3 ILE B 140 ? LEU B 144 ? ILE A 118 LEU A 122 AA5 4 VAL B 303 ? VAL B 305 ? VAL A 281 VAL A 283 AA6 1 PHE B 214 ? SER B 217 ? PHE A 192 SER A 195 AA6 2 PHE B 234 ? VAL B 239 ? PHE A 212 VAL A 217 AA6 3 ILE B 255 ? LEU B 258 ? ILE A 233 LEU A 236 AA6 4 LYS B 280 ? PRO B 283 ? LYS A 258 PRO A 261 AA7 1 THR C 111 ? THR C 114 ? THR B 89 THR B 92 AA7 2 THR C 363 ? THR C 366 ? THR B 341 THR B 344 AA8 1 ILE C 192 ? GLY C 196 ? ILE B 170 GLY B 174 AA8 2 LEU C 166 ? THR C 170 ? LEU B 144 THR B 148 AA8 3 ILE C 140 ? LEU C 144 ? ILE B 118 LEU B 122 AA8 4 VAL C 303 ? VAL C 305 ? VAL B 281 VAL B 283 AA9 1 PHE C 214 ? SER C 217 ? PHE B 192 SER B 195 AA9 2 PHE C 234 ? VAL C 239 ? PHE B 212 VAL B 217 AA9 3 ILE C 255 ? LEU C 258 ? ILE B 233 LEU B 236 AA9 4 LYS C 280 ? PRO C 283 ? 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N ALA B 120 AA8 3 4 N VAL C 141 ? N VAL B 119 O VAL C 305 ? O VAL B 283 AA9 1 2 N ILE C 215 ? N ILE B 193 O PHE C 234 ? O PHE B 212 AA9 2 3 N VAL C 239 ? N VAL B 217 O LYS C 257 ? O LYS B 235 AA9 3 4 N LEU C 256 ? N LEU B 234 O LYS C 280 ? 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