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C ILE 876 CD1 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9ZXQ _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 9ZXQ _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 2.90 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_work ? _refine.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_free ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 8151 ? f_bond_d ? ? ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1395 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9ZXQ _struct.title ;EBV gB trimer with "deliDoP" mutations and I5350A2hN (prefusion conformation) - DII-DV local refinement ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9ZXQ _struct_keywords.text ;gB, glycoprotein B, herpesvirus, stabilization, stabilizing mutations, viral entry, vaccine, antigen, EBV, Epstein-Barr virus, prefusion, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, VIRAL PROTEIN ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 9ZXQ _struct_ref.pdbx_db_accession 9ZXQ _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9ZXQ A 1 ? 907 ? 9ZXQ 1 ? 702 ? 1 702 2 1 9ZXQ B 1 ? 907 ? 9ZXQ 1 ? 702 ? 1 702 3 1 9ZXQ C 1 ? 907 ? 9ZXQ 1 ? 702 ? 1 702 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 585 ? 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A CYS 51 SG ? ? ? 1_555 A CYS 733 SG ? ? A CYS 51 A CYS 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 68 SG ? ? ? 1_555 A CYS 689 SG ? ? A CYS 68 A CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 543 SG ? ? ? 1_555 A CYS 590 SG ? ? A CYS 295 A CYS 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 732 SG ? ? ? 1_555 C CYS 839 SG ? ? A CYS 527 C CYS 634 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 756 SG ? ? ? 1_555 A CYS 793 SG ? ? A CYS 551 A CYS 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf6 disulf ? ? A CYS 839 SG ? ? ? 1_555 B CYS 732 SG ? ? A CYS 634 B CYS 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 51 SG ? ? ? 1_555 B CYS 733 SG ? ? B CYS 51 B CYS 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf8 disulf ? ? B CYS 68 SG ? ? ? 1_555 B CYS 689 SG ? ? B CYS 68 B CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf9 disulf ? ? B CYS 543 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? B CYS 295 B CYS 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf10 disulf ? ? B CYS 756 SG ? ? ? 1_555 B CYS 793 SG ? ? B CYS 551 B CYS 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 839 SG ? ? ? 1_555 C CYS 732 SG ? ? B CYS 634 C CYS 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 51 SG ? ? ? 1_555 C CYS 733 SG ? ? C CYS 51 C CYS 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 68 SG ? ? ? 1_555 C CYS 689 SG ? ? C CYS 68 C CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 543 SG ? ? ? 1_555 C CYS 590 SG ? ? C CYS 295 C CYS 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 756 SG ? ? ? 1_555 C CYS 793 SG ? ? C CYS 551 C CYS 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? covale1 covale one ? A ASN 76 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 76 A NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 577 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 329 A NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 596 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 348 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 768 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 563 A NAG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? B ASN 76 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 76 B NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? B ASN 577 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 329 B NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 596 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? B ASN 348 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 768 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? B ASN 563 B NAG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 76 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 76 C NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? C ASN 577 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? C ASN 329 C NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? C ASN 596 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . 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F NAG 1 F FUC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG D . ? 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