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EA 4 NAG 1 1304 1304 NAG NAG C . # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9ATO _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9ATO _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9ATO _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 9ATO _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 28358 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.598 ? 38577 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.490 ? 10193 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.049 ? 4477 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 4933 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9ATO _struct.title 'XBB.1.5 spike/Nanosota-3C complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9ATO _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, XBB.1.5, Nanobody, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 3 ? T N N 3 ? U N N 3 ? V N N 4 ? W N N 4 ? X N N 4 ? Y N N 4 ? Z N N 4 ? AA N N 4 ? BA N N 4 ? CA N N 4 ? DA N N 4 ? 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UNP P0DTC2 ASN 460 variant 456 25 1 9ATO ASN A 460 ? UNP P0DTC2 SER 477 variant 473 26 1 9ATO LYS A 461 ? UNP P0DTC2 THR 478 variant 474 27 1 9ATO ALA A 467 ? UNP P0DTC2 GLU 484 variant 480 28 1 9ATO PRO A 469 ? UNP P0DTC2 PHE 486 variant 482 29 1 9ATO SER A 473 ? UNP P0DTC2 PHE 490 variant 486 30 1 9ATO ARG A 481 ? UNP P0DTC2 GLN 498 variant 494 31 1 9ATO TYR A 484 ? UNP P0DTC2 ASN 501 variant 497 32 1 9ATO HIS A 488 ? UNP P0DTC2 TYR 505 variant 501 33 1 9ATO GLY A 597 ? UNP P0DTC2 ASP 614 variant 610 34 1 9ATO TYR A 638 ? UNP P0DTC2 HIS 655 variant 651 35 1 9ATO LYS A 662 ? UNP P0DTC2 ASN 679 variant 675 36 1 9ATO HIS A 664 ? UNP P0DTC2 PRO 681 variant 677 37 1 9ATO ALA A 665 ? UNP P0DTC2 ARG 682 'engineered mutation' 678 38 1 9ATO GLY A 666 ? UNP P0DTC2 ARG 683 'engineered mutation' 679 39 1 9ATO LYS A 747 ? UNP P0DTC2 ASN 764 variant 760 40 1 9ATO TYR A 779 ? UNP P0DTC2 ASP 796 variant 792 41 1 9ATO PRO A 800 ? UNP P0DTC2 PHE 817 'engineered mutation' 813 42 1 9ATO PRO A 875 ? UNP P0DTC2 ALA 892 'engineered mutation' 888 43 1 9ATO PRO A 882 ? UNP P0DTC2 ALA 899 'engineered mutation' 895 44 1 9ATO PRO A 925 ? UNP P0DTC2 ALA 942 'engineered mutation' 938 45 1 9ATO HIS A 937 ? UNP P0DTC2 GLN 954 variant 950 46 1 9ATO LYS A 952 ? UNP P0DTC2 ASN 969 variant 965 47 1 9ATO PRO A 969 ? UNP P0DTC2 LYS 986 'engineered mutation' 982 48 1 9ATO PRO A 970 ? UNP P0DTC2 VAL 987 'engineered mutation' 983 49 1 9ATO GLY A 1195 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1208 50 1 9ATO SER A 1196 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1209 51 1 9ATO GLY A 1197 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1210 52 1 9ATO TYR A 1198 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1211 53 1 9ATO ILE A 1199 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1212 54 1 9ATO PRO A 1200 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1213 55 1 9ATO GLU A 1201 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1214 56 1 9ATO ALA A 1202 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1215 57 1 9ATO PRO A 1203 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1216 58 1 9ATO ARG A 1204 ? UNP P0DTC2 ? ? 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None 'Disulfide bridge' 59 CYS C 374 ? CYS C 508 ? CYS C 387 ? 1_555 CYS C 521 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 60 CYS C 463 ? CYS C 471 ? CYS C 476 ? 1_555 CYS C 484 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 61 CYS C 521 ? CYS C 573 ? CYS C 534 ? 1_555 CYS C 586 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 62 CYS C 600 ? CYS C 632 ? CYS C 613 ? 1_555 CYS C 645 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 63 CYS C 645 ? CYS C 654 ? CYS C 658 ? 1_555 CYS C 667 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 64 CYS C 721 ? CYS C 743 ? CYS C 734 ? 1_555 CYS C 756 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 65 CYS C 726 ? CYS C 732 ? CYS C 739 ? 1_555 CYS C 745 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 66 CYS C 1015 ? CYS C 1026 ? CYS C 1028 ? 1_555 CYS C 1039 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 67 CYS C 1065 ? CYS C 1109 ? CYS C 1078 ? 1_555 CYS C 1122 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 68 CYS D 22 ? CYS D 95 ? CYS D 22 ? 1_555 CYS D 95 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 69 CYS E 22 ? CYS E 95 ? CYS F 22 ? 1_555 CYS F 95 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 70 CYS F 22 ? CYS F 95 ? CYS L 22 ? 1_555 CYS L 95 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 7 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 7 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 6 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 7 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 7 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 6 ? AD9 ? 2 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 5 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 4 ? AE7 ? 3 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 4 ? AF1 ? 2 ? AF2 ? 4 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 4 ? AF5 ? 4 ? AF6 ? 2 ? AF7 ? 5 ? AF8 ? 4 ? AF9 ? 2 ? AG1 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA7 6 7 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC1 5 6 ? anti-parallel AC1 6 7 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC6 5 6 ? anti-parallel AC6 6 7 ? parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD6 5 6 ? anti-parallel AD6 6 7 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD8 5 6 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE3 1 2 ? parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF6 1 2 ? parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF7 4 5 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF9 1 2 ? parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG1 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR A 7 ? 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GLY A 427 ASN A 433 AA8 5 ALA A 359 ? TYR A 363 ? ALA A 372 TYR A 376 AA9 1 CYS A 344 ? VAL A 345 ? CYS A 357 VAL A 358 AA9 2 VAL A 507 ? CYS A 508 ? VAL A 520 CYS A 521 AB1 1 LEU A 435 ? ARG A 437 ? LEU A 448 ARG A 450 AB1 2 LEU A 475 ? SER A 477 ? LEU A 488 SER A 490 AB2 1 TYR A 456 ? GLN A 457 ? TYR A 469 GLN A 470 AB2 2 CYS A 471 ? TYR A 472 ? CYS A 484 TYR A 485 AB3 1 GLU A 637 ? TYR A 638 ? GLU A 650 TYR A 651 AB3 2 ILE A 676 ? THR A 679 ? ILE A 689 THR A 692 AB3 3 ILE A 653 ? SER A 656 ? ILE A 666 SER A 669 AB3 4 ILE A 647 ? GLY A 650 ? ILE A 660 GLY A 663 AB4 1 ALA A 684 ? GLU A 685 ? ALA A 697 GLU A 698 AB4 2 GLN B 770 ? ILE B 771 ? GLN B 783 ILE B 784 AB5 1 SER A 694 ? PRO A 711 ? SER A 707 PRO A 724 AB5 2 GLY A 1042 ? THR A 1060 ? GLY A 1055 THR A 1073 AB5 3 TYR A 1030 ? ALA A 1039 ? TYR A 1043 ALA A 1052 AB6 1 SER A 694 ? PRO A 711 ? SER A 707 PRO A 724 AB6 2 GLY A 1042 ? THR A 1060 ? GLY A 1055 THR A 1073 AB6 3 VAL A 1077 ? SER A 1080 ? 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