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EMDB EMD-43879 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2025-02-05 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9AUG _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-02-29 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3.G57R' _pdbx_database_related.db_id EMD-43879 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email priyamvada.acharya@duke.edu _pdbx_contact_author.name_first Priyamvada _pdbx_contact_author.name_last Acharya _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-0089-277X # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Zhang, Q.E.' 1 0000-0003-0518-6484 'Acharya, P.' 2 0000-0002-0089-277X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Transl Med' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1946-6242 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 17 _citation.language ? _citation.page_first eadr2218 _citation.page_last eadr2218 _citation.title ;An engineered immunogen activates diverse HIV broadly neutralizing antibody precursors and promotes acquisition of improbable mutations. ; _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/scitranslmed.adr2218 _citation.pdbx_database_id_PubMed 39772772 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Swanson, O.M.' 1 0000-0001-8162-8358 primary 'Zhang, Q.E.' 2 0000-0003-0518-6484 primary 'Van Itallie, E.' 3 0000-0002-0736-7345 primary 'Tian, M.' 4 0000-0003-4350-3380 primary 'Brown, A.R.' 5 ? primary 'Harris, C.' 6 0000-0002-8793-1662 primary 'Kapingidza, A.B.' 7 ? primary 'Rhodes, B.' 8 0000-0001-5834-8729 primary 'Smith, L.M.' 9 0009-0006-9804-6796 primary 'Venkatayogi, S.' 10 0000-0001-8976-6827 primary 'Cronin, K.' 11 0000-0002-5984-5978 primary 'Frazier, M.' 12 ? primary 'Parks, R.' 13 0000-0002-6259-7610 primary 'Bar, M.' 14 ? primary 'Jiang, C.' 15 ? primary 'Martin Beem, J.S.' 16 ? primary 'Cheng, H.L.' 17 ? primary 'Davis, J.' 18 0000-0002-9303-6963 primary 'McGovern, K.' 19 0000-0002-0778-4499 primary 'Newman, A.' 20 ? primary 'Edwards, R.J.' 21 ? primary 'Cain, D.' 22 0000-0002-5988-6729 primary 'Alam, S.M.' 23 0000-0003-0941-0703 primary 'Wiehe, K.' 24 0000-0001-9933-9618 primary 'Saunders, K.O.' 25 0000-0001-7399-7954 primary 'Acharya, P.' 26 0000-0002-0089-277X primary 'Alt, F.' 27 ? primary 'Haynes, B.F.' 28 0000-0002-7643-9023 primary 'Azoitei, M.L.' 29 0009-0005-7198-1162 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'HIV-1 BG505 DS-SOSIP glycoprotein gp120' 52505.453 3 ? ? d949.GS-gp120 d949.GS-gp120 2 polymer man 'HIV-1 BG505 DS-SOSIP glycoprotein gp41' 17146.482 3 ? ? 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LWDQSLKPCVKLTPLCVTLICSDAGSGGVEEMKNCSFNTTTEIRDKEKKEYALFYKPDIVPLSETNNTSEYRLINCNTSA CTQACPKVTFEPIPIHYCAPAGYAILKCNDETFNGTGPCSNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEKEIVIRSENLTNN AKIIIVHLHTPVEIVCTRPNNNTRKSVRIGPGQTFYATGDIIGDIKQAHCNISEEKWNDTLQKVGIELQKHFPNKTIKYN QSAGGDMEITTHSFNCGGEFFYCNTSNLFNGTYNGTYISTNSSANSTSTITLQCRIKQIINMWQGVGRCMYAPPIAGNIT CRSNITGLLLTRDGGTNSNETETFRPAGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR ; A,B,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; D,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTGYYMHWVRQAPGQGLEWMGWINPNSGRTNYAQKFQGRVTMTRDTSISTAY MELSRLRSDDTAVYYCARGGWISLYYDSSGYPNFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYF 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B CYS 24 SG ? ? ? 1_555 B CYS 44 SG ? ? B CYS 54 B CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 89 SG ? ? ? 1_555 B CYS 165 SG ? ? B CYS 119 B CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 96 SG ? ? ? 1_555 B CYS 156 SG ? ? B CYS 126 B CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 101 SG ? ? ? 1_555 B CYS 115 SG ? ? B CYS 131 B CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 178 SG ? ? ? 1_555 B CYS 207 SG ? ? B CYS 218 B CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 188 SG ? ? ? 1_555 B CYS 199 SG ? ? B CYS 228 B CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 256 SG ? ? ? 1_555 B CYS 290 SG ? ? B CYS 296 B CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 343 SG ? ? ? 1_555 B CYS 374 SG ? ? B CYS 385 B CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 457 SG ? ? ? 1_555 E CYS 94 SG ? ? B CYS 501 E CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 24 SG ? ? ? 1_555 C CYS 44 SG ? ? C CYS 54 C CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 89 SG ? ? ? 1_555 C CYS 165 SG ? ? C CYS 119 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 96 SG ? ? ? 1_555 C CYS 156 SG ? ? C CYS 126 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf22 disulf ? ? C CYS 101 SG ? ? ? 1_555 C CYS 115 SG ? ? C CYS 131 C CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf23 disulf ? ? C CYS 178 SG ? ? ? 1_555 C CYS 207 SG ? ? C CYS 218 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? ? disulf24 disulf ? ? C CYS 188 SG ? ? ? 1_555 C CYS 199 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 256 SG ? ? ? 1_555 C CYS 290 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 343 SG ? ? ? 1_555 C CYS 374 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? disulf27 disulf ? ? 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A ASN 260 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 300 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 291 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 332 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 320 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? A ASN 362 A NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 344 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? A ASN 386 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 350 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? A ASN 392 A NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 398 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? A ASN 442 A NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 404 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? A ASN 448 A NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? B ASN 58 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? B ASN 88 B NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? 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B ASN 332 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 320 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? B ASN 362 B NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B ASN 344 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? B ASN 386 B NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? B ASN 350 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? B ASN 392 B NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? B ASN 398 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? B ASN 442 B NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? B ASN 404 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? B ASN 448 B NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? C ASN 58 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? C ASN 88 C NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? C ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 156 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? C ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? C ASN 160 C NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? C ASN 157 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 197 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? C ASN 201 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? C ASN 241 C NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? C ASN 222 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 262 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? C ASN 236 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? C ASN 276 C NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? C ASN 260 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 300 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? C ASN 291 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 332 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? C ASN 320 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? C ASN 362 C NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? 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O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale48 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale49 covale both ? N BMA . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N BMA 3 N MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale50 covale both ? N BMA . O6 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N BMA 3 N MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale51 covale both ? N MAN . O2 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 4 N MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale52 covale both ? N MAN . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 6 N MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale53 covale both ? N MAN . O6 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 6 N MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale54 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale55 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O BMA . C1 ? ? O NAG 2 O BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale56 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? 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AF1 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC2 5 6 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD6 5 6 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD8 5 6 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AE1 1 2 ? parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE1 5 6 ? anti-parallel AE2 1 2 ? parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE3 1 2 ? parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE8 4 5 ? anti-parallel AE9 1 2 ? parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 450 ? 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