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'expression tag' 16 616 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'electron microscopy' 'not applicable' 2 1 'gel filtration' ? 3 1 microscopy ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLN A 57 ? 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ARG H 57 ALA H 61 AA8 2 VAL H 78 ? VAL H 82 ? VAL H 50 VAL H 54 AA8 3 ARG H 112 ? THR H 114 ? ARG H 84 THR H 86 AA9 1 ARG I 85 ? ALA I 89 ? ARG I 57 ALA I 61 AA9 2 VAL I 78 ? VAL I 82 ? VAL I 50 VAL I 54 AA9 3 ARG I 112 ? THR I 114 ? ARG I 84 THR I 86 AB1 1 ARG J 85 ? ALA J 89 ? ARG J 57 ALA J 61 AB1 2 VAL J 78 ? VAL J 82 ? VAL J 50 VAL J 54 AB1 3 ARG J 112 ? THR J 114 ? ARG J 84 THR J 86 AB2 1 ARG K 85 ? ALA K 89 ? ARG K 57 ALA K 61 AB2 2 VAL K 78 ? VAL K 82 ? VAL K 50 VAL K 54 AB2 3 ARG K 112 ? THR K 114 ? ARG K 84 THR K 86 AB3 1 ARG L 85 ? ALA L 89 ? ARG L 57 ALA L 61 AB3 2 VAL L 78 ? VAL L 82 ? VAL L 50 VAL L 54 AB3 3 ARG L 112 ? THR L 114 ? ARG L 84 THR L 86 AB4 1 ARG M 85 ? ALA M 89 ? ARG M 57 ALA M 61 AB4 2 VAL M 78 ? VAL M 82 ? VAL M 50 VAL M 54 AB4 3 ARG M 112 ? THR M 114 ? ARG M 84 THR M 86 AB5 1 ARG N 85 ? ALA N 89 ? ARG N 57 ALA N 61 AB5 2 VAL N 78 ? VAL N 82 ? VAL N 50 VAL N 54 AB5 3 ARG N 112 ? THR N 114 ? ARG N 84 THR N 86 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O LEU A 87 ? O LEU A 59 N LEU A 80 ? N LEU A 52 AA1 2 3 N SER A 79 ? N SER A 51 O LEU A 113 ? O LEU A 85 AA2 1 2 O LEU B 87 ? O LEU B 59 N LEU B 80 ? N LEU B 52 AA2 2 3 N SER B 79 ? N SER B 51 O LEU B 113 ? O LEU B 85 AA3 1 2 O LEU C 87 ? O LEU C 59 N LEU C 80 ? N LEU C 52 AA3 2 3 N SER C 79 ? N SER C 51 O LEU C 113 ? O LEU C 85 AA4 1 2 O LEU D 87 ? O LEU D 59 N LEU D 80 ? N LEU D 52 AA4 2 3 N SER D 79 ? N SER D 51 O LEU D 113 ? O LEU D 85 AA5 1 2 O LEU E 87 ? O LEU E 59 N LEU E 80 ? N LEU E 52 AA5 2 3 N SER E 79 ? N SER E 51 O LEU E 113 ? O LEU E 85 AA6 1 2 O LEU F 87 ? O LEU F 59 N LEU F 80 ? N LEU F 52 AA6 2 3 N SER F 79 ? N SER F 51 O LEU F 113 ? O LEU F 85 AA7 1 2 O LEU G 87 ? O LEU G 59 N LEU G 80 ? N LEU G 52 AA7 2 3 N LEU G 81 ? N LEU G 53 O LEU G 113 ? O LEU G 85 AA8 1 2 O LEU H 87 ? O LEU H 59 N LEU H 80 ? N LEU H 52 AA8 2 3 N SER H 79 ? N SER H 51 O LEU H 113 ? O LEU H 85 AA9 1 2 O LEU I 87 ? O LEU I 59 N LEU I 80 ? N LEU I 52 AA9 2 3 N SER I 79 ? N SER I 51 O LEU I 113 ? O LEU I 85 AB1 1 2 O LEU J 87 ? O LEU J 59 N LEU J 80 ? N LEU J 52 AB1 2 3 N SER J 79 ? N SER J 51 O LEU J 113 ? O LEU J 85 AB2 1 2 O LEU K 87 ? O LEU K 59 N LEU K 80 ? N LEU K 52 AB2 2 3 N SER K 79 ? N SER K 51 O LEU K 113 ? O LEU K 85 AB3 1 2 O LEU L 87 ? O LEU L 59 N LEU L 80 ? N LEU L 52 AB3 2 3 N SER L 79 ? N SER L 51 O LEU L 113 ? O LEU L 85 AB4 1 2 O LEU M 87 ? O LEU M 59 N LEU M 80 ? N LEU M 52 AB4 2 3 N SER M 79 ? N SER M 51 O LEU M 113 ? O LEU M 85 AB5 1 2 O LEU N 87 ? O LEU N 59 N LEU N 80 ? N LEU N 52 AB5 2 3 N SER N 79 ? N SER N 51 O LEU N 113 ? O LEU N 85 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O G PHE 27 ? ? HD1 G HIS 30 ? ? 1.36 2 1 HH12 E ARG 107 ? ? O F ILE 23 ? ? 1.48 3 1 O E LEU 102 ? ? H E GLY 106 ? ? 1.50 4 1 O K PHE 27 ? ? HD1 K HIS 30 ? ? 1.56 5 1 OE1 J GLN 29 ? ? HG J SER 32 ? ? 1.57 6 1 HE22 M GLN 101 ? ? O M ARG 107 ? ? 1.57 7 1 O I GLN 101 ? ? HG I SER 105 ? ? 1.57 8 1 O I LEU 102 ? ? H I GLY 106 ? ? 1.58 9 1 OE1 M GLN 29 ? ? HG M SER 32 ? ? 1.58 10 1 O N PHE 27 ? ? HD1 N HIS 30 ? ? 1.59 11 1 HG I SER 51 ? ? OE1 I GLU 58 ? ? 1.59 12 1 OD1 C ASP 49 ? ? H C LYS 63 ? ? 1.59 13 1 O G LEU 102 ? ? H G GLY 106 ? ? 1.60 14 1 O M LEU 102 ? ? H M GLY 106 ? ? 1.60 15 1 OG H SER 51 ? ? OE2 H GLU 58 ? ? 1.91 16 1 OG D SER 51 ? ? OE2 D GLU 58 ? ? 1.96 17 1 OG G SER 51 ? ? OE2 G GLU 58 ? ? 1.96 18 1 OG C SER 51 ? ? OE2 C GLU 58 ? ? 1.97 19 1 OE1 H GLN 29 ? ? OG H SER 33 ? ? 1.98 20 1 OG B SER 123 ? ? OG C SER 123 ? ? 2.03 21 1 NE E ARG 42 ? ? O E ARG 60 ? ? 2.06 22 1 O L CYS 48 ? ? NH2 L ARG 60 ? ? 2.07 23 1 O N GLN 101 ? ? OG N SER 105 ? ? 2.08 24 1 O J CYS 48 ? ? NH2 J ARG 60 ? ? 2.08 25 1 OG A SER 51 ? ? OE2 A GLU 58 ? ? 2.09 26 1 O E CYS 48 ? ? NH2 E ARG 60 ? ? 2.09 27 1 OE1 N GLN 29 ? ? OG N SER 33 ? ? 2.10 28 1 OE1 M GLN 24 ? ? NH1 N ARG 107 ? ? 2.11 29 1 O N PHE 27 ? ? ND1 N HIS 30 ? ? 2.11 30 1 O D CYS 48 ? ? NH2 D ARG 60 ? ? 2.11 31 1 O L PHE 27 ? ? 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ND1 G HIS 30 ? ? 2.18 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLU A 44 ? ? -65.99 0.81 2 1 PHE A 47 ? ? 59.89 9.45 3 1 GLU C 44 ? ? -69.53 1.88 4 1 GLU F 44 ? ? -66.07 1.50 5 1 GLU N 44 ? ? -64.90 0.10 6 1 PHE N 47 ? ? 59.70 9.88 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9B9V _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details 'Real-space refinement without local grid search' _em_3d_fitting.overall_b_value 762 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9B9V _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;Asymmetric helical refinement followed by local refinement led to the final reconstruction. The helical symmetry values represent the angular rotation and axial rise for two dimers at the core of the map, where the local resolution was the highest. These values, however, were not applied during helical refinement as they did not improve the quality of the final reconstruction. ; _em_3d_reconstruction.resolution 8.1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 147135 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type HELICAL # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM CHAPSO, 1 mM TCEP' _em_buffer.pH 7.4 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'ZBTB9 BTB domain filament' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 9B9V _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TALOS ARCTICA' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 36000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50.0 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details 'Grids were glow-discharged for 60 s at 15-20 mA and 39 Pa' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9B9V _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 90 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 283 _em_vitrification.instrument 'LEICA EM GP' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;Grids were vitrified using a Leica EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 10 s pre-blot, 3 s blot, 3 s post-blot. ; # _em_experiment.entry_id 9B9V _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method HELICAL _em_experiment.aggregation_state FILAMENT _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -27 ? 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