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OD1 A ASP 111 ? ? 2.19 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLU A 11 ? ? -79.39 -169.73 2 1 PRO A 15 ? ? -82.23 47.53 3 1 TYR A 215 ? ? -140.37 13.11 4 1 TYR A 385 ? ? -99.63 35.98 5 1 ILE A 446 ? ? -102.37 -60.14 6 1 ILE A 484 ? ? -94.84 -60.32 7 1 PHE B 32 ? ? 56.50 -126.36 8 1 PHE B 59 ? ? 58.91 10.33 9 1 ASN B 81 ? ? -161.35 73.31 10 1 ASN B 87 ? ? 58.45 -122.28 11 1 ASN B 121 ? ? -94.13 52.17 12 1 ALA B 123 ? ? 51.90 -108.66 13 1 ASP B 215 ? ? -163.48 -169.94 14 1 ASN B 282 ? ? -92.97 47.61 15 1 ALA B 292 ? ? -92.01 53.57 16 1 ALA B 352 ? ? -104.50 40.03 17 1 ASN B 360 ? ? 37.58 39.94 18 1 ASP B 389 ? ? -92.34 54.77 19 1 THR B 638 ? ? -98.19 58.14 20 1 ASN B 710 ? ? -140.95 32.48 21 1 LEU B 945 ? ? -84.12 48.78 22 1 ARG B 983 ? ? 66.31 -5.21 23 1 PHE B 1042 ? ? -93.21 -60.35 24 1 THR C 20 ? ? -102.39 -169.10 25 1 PHE D 32 ? ? 57.61 -136.69 26 1 ASP D 88 ? ? 28.90 64.53 27 1 ASN D 121 ? ? -94.16 57.97 28 1 ALA D 123 ? ? 53.93 -108.27 29 1 GLU D 132 ? ? -95.50 58.47 30 1 ASN D 211 ? ? -92.89 53.76 31 1 GLN D 218 ? ? -79.56 -166.04 32 1 ASN D 282 ? ? -92.92 47.48 33 1 THR D 315 ? ? -93.46 -60.57 34 1 ASP D 389 ? ? -91.38 51.31 35 1 ASN D 542 ? ? -161.46 116.11 36 1 ASP D 574 ? ? -131.25 -30.24 37 1 ASN D 710 ? ? -141.70 32.33 38 1 SER D 758 ? ? -141.16 27.94 39 1 LYS D 795 ? ? -90.75 53.67 40 1 LEU D 945 ? ? -90.09 50.49 41 1 ARG D 983 ? ? 47.46 24.68 42 1 PHE D 1042 ? ? -91.00 -61.62 43 1 MET D 1050 ? ? -164.08 -167.88 44 1 TYR D 1110 ? ? -69.99 98.12 45 1 GLU E 11 ? ? -78.79 -169.31 46 1 SER E 19 ? ? -161.64 115.98 47 1 LYS E 363 ? ? -102.47 -150.18 48 1 GLU E 483 ? ? -93.66 -60.48 49 1 VAL E 573 ? ? -109.25 -62.74 50 1 PHE F 32 ? ? 56.25 -137.68 51 1 ARG F 102 ? ? -143.03 10.99 52 1 ALA F 123 ? ? 53.24 -138.31 53 1 VAL F 127 ? ? 29.04 47.91 54 1 ASP F 198 ? ? 36.97 47.90 55 1 ASP F 215 ? ? -161.68 -168.92 56 1 SER F 221 ? ? -160.03 116.04 57 1 ILE F 231 ? ? -95.46 -60.87 58 1 ASN F 343 ? ? -99.60 34.51 59 1 LYS F 529 ? ? 48.04 -104.47 60 1 SER F 530 ? ? 34.36 -124.47 61 1 SER F 758 ? ? -95.41 33.84 62 1 LEU F 945 ? ? -82.11 47.87 63 1 ARG F 983 ? ? 65.44 -3.57 64 1 HIS F 1083 ? ? -94.86 -61.16 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9BND _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;Initial fitting done by superposition of three components of 6M0J (complex of ACE2 and RBD of SARS-CoV-2 spike protein) onto each of the three RBDs of 6VXX (full SARS-CoV-2 spike hexapro protein trimer) ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 6M0J ? ? ? ? ? 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PDB 'experimental model' 6VXX 2 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9BND _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.19 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 194801 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ;1x PBS 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4 ; _em_buffer.pH 7.4 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'Complex of SARS-CoV-2 spike HexaPro protein with trimeric T0A antagonist' 'Purified spike protein and T0A antagonist complex isolated by size exclusion chromatography.' ? ? 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B PHE 79 37 1 Y 1 B TYR 144 ? B TYR 144 38 1 Y 1 B TYR 145 ? B TYR 145 39 1 Y 1 B HIS 146 ? B HIS 146 40 1 Y 1 B LYS 147 ? B LYS 147 41 1 Y 1 B ASN 148 ? B ASN 148 42 1 Y 1 B ASN 149 ? B ASN 149 43 1 Y 1 B LYS 150 ? B LYS 150 44 1 Y 1 B SER 151 ? B SER 151 45 1 Y 1 B TRP 152 ? B TRP 152 46 1 Y 1 B MET 153 ? B MET 153 47 1 Y 1 B GLU 154 ? B GLU 154 48 1 Y 1 B SER 155 ? B SER 155 49 1 Y 1 B GLU 156 ? B GLU 156 50 1 Y 1 B PHE 157 ? B PHE 157 51 1 Y 1 B ARG 158 ? B ARG 158 52 1 Y 1 B VAL 159 ? B VAL 159 53 1 Y 1 B TYR 160 ? B TYR 160 54 1 Y 1 B SER 161 ? B SER 161 55 1 Y 1 B SER 162 ? B SER 162 56 1 Y 1 B ALA 163 ? B ALA 163 57 1 Y 1 B ASN 164 ? B ASN 164 58 1 Y 1 B GLN 173 ? B GLN 173 59 1 Y 1 B PRO 174 ? B PRO 174 60 1 Y 1 B PHE 175 ? B PHE 175 61 1 Y 1 B LEU 176 ? B LEU 176 62 1 Y 1 B MET 177 ? B MET 177 63 1 Y 1 B ASP 178 ? B ASP 178 64 1 Y 1 B LEU 179 ? B LEU 179 65 1 Y 1 B GLU 180 ? B GLU 180 66 1 Y 1 B GLY 181 ? B GLY 181 67 1 Y 1 B LYS 182 ? B LYS 182 68 1 Y 1 B GLN 183 ? B GLN 183 69 1 Y 1 B GLY 184 ? B GLY 184 70 1 Y 1 B ASN 185 ? B ASN 185 71 1 Y 1 B ARG 246 ? B ARG 246 72 1 Y 1 B SER 247 ? B SER 247 73 1 Y 1 B TYR 248 ? B TYR 248 74 1 Y 1 B LEU 249 ? B LEU 249 75 1 Y 1 B THR 250 ? B THR 250 76 1 Y 1 B PRO 251 ? B PRO 251 77 1 Y 1 B GLY 252 ? B GLY 252 78 1 Y 1 B ASP 253 ? B ASP 253 79 1 Y 1 B SER 254 ? B SER 254 80 1 Y 1 B SER 255 ? B SER 255 81 1 Y 1 B SER 256 ? B SER 256 82 1 Y 1 B GLY 257 ? B GLY 257 83 1 Y 1 B TRP 258 ? B TRP 258 84 1 Y 1 B THR 259 ? B THR 259 85 1 Y 1 B ALA 260 ? B ALA 260 86 1 Y 1 B GLY 261 ? B GLY 261 87 1 Y 1 B ALA 262 ? B ALA 262 88 1 Y 1 B ALA 623 ? B ALA 623 89 1 Y 1 B ILE 624 ? B ILE 624 90 1 Y 1 B HIS 625 ? B HIS 625 91 1 Y 1 B ALA 626 ? B ALA 626 92 1 Y 1 B ASP 627 ? B ASP 627 93 1 Y 1 B GLN 628 ? B GLN 628 94 1 Y 1 B LEU 629 ? B LEU 629 95 1 Y 1 B THR 630 ? B THR 630 96 1 Y 1 B PRO 631 ? B PRO 631 97 1 Y 1 B THR 632 ? B THR 632 98 1 Y 1 B TRP 633 ? B TRP 633 99 1 Y 1 B ARG 634 ? B ARG 634 100 1 Y 1 B VAL 635 ? 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