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ASP F 985 CYS F 1032 1 ? 48 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 213 A . ? GLU 145 A PRO 214 A ? PRO 146 A 1 -3.22 2 GLU 213 E . ? GLU 145 E PRO 214 E ? PRO 146 E 1 -2.55 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 7 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 3 ? 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OG B SER 884 ? ? 2.19 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ILE A 484 ? ? -90.89 -62.10 2 1 PHE B 32 ? ? 58.51 -137.24 3 1 ASN B 81 ? ? -159.85 74.93 4 1 ASN B 87 ? ? 55.33 -120.59 5 1 ASN B 122 ? ? 50.88 -128.64 6 1 ASP B 198 ? ? 38.49 58.86 7 1 LEU B 212 ? ? -172.32 144.99 8 1 ALA B 292 ? ? -93.78 53.47 9 1 PRO B 330 ? ? -68.90 -173.96 10 1 THR B 333 ? ? 51.29 -102.58 11 1 SER B 373 ? ? -140.01 17.65 12 1 ASP B 389 ? ? -94.39 52.42 13 1 GLN B 580 ? ? -78.77 -153.55 14 1 THR B 581 ? ? -32.51 130.55 15 1 ASN B 657 ? ? -92.82 51.91 16 1 SER B 758 ? ? -145.05 30.26 17 1 HIS B 1083 ? ? -84.37 -70.81 18 1 ASP B 1084 ? ? -105.12 61.02 19 1 ASN B 1098 ? ? -80.90 45.27 20 1 LEU C 108 ? ? -79.98 -168.06 21 1 LEU C 266 ? ? -98.50 35.14 22 1 MET C 360 ? ? -170.19 141.33 23 1 ILE C 446 ? ? -101.13 -62.10 24 1 GLU C 483 ? ? -95.92 -60.48 25 1 PHE D 32 ? ? 57.62 -123.23 26 1 ASN D 87 ? ? 53.31 -114.39 27 1 ASP D 111 ? ? -141.39 32.28 28 1 ASN D 122 ? ? 54.67 -170.82 29 1 GLN D 134 ? ? -69.58 93.86 30 1 ILE D 231 ? ? -122.93 -61.60 31 1 ASN D 280 ? ? -79.87 -168.88 32 1 THR D 333 ? ? 52.98 -97.77 33 1 PHE D 347 ? ? -118.79 -169.65 34 1 ALA D 352 ? ? -93.46 53.92 35 1 ASN D 360 ? ? 35.83 47.34 36 1 ASN D 370 ? ? -90.17 53.99 37 1 PRO D 491 ? ? -86.31 45.17 38 1 ASN D 709 ? ? -126.79 -60.05 39 1 SER D 758 ? ? -142.38 28.64 40 1 LYS D 795 ? ? -99.44 35.79 41 1 ARG D 983 ? ? 67.68 -5.79 42 1 PHE D 1042 ? ? -91.91 -60.46 43 1 HIS D 1083 ? ? -95.12 -62.04 44 1 HIS E 195 ? ? 70.69 64.51 45 1 PRO E 336 ? ? -84.16 48.94 46 1 ILE E 446 ? ? -102.91 -61.80 47 1 LYS E 470 ? ? -47.07 -71.50 48 1 ASP E 471 ? ? -57.68 1.25 49 1 PHE F 32 ? ? 52.84 -145.96 50 1 ASN F 87 ? ? 58.46 -118.60 51 1 ASN F 121 ? ? -102.20 76.90 52 1 ASP F 215 ? ? -163.93 -166.74 53 1 THR F 284 ? ? -175.74 149.58 54 1 THR F 333 ? ? 53.88 -138.47 55 1 PHE F 342 ? ? -128.00 -166.78 56 1 ASN F 343 ? ? 53.54 -124.74 57 1 ALA F 352 ? ? -97.17 36.98 58 1 ASN F 370 ? ? -96.32 49.42 59 1 PHE F 377 ? ? -101.07 64.39 60 1 THR F 415 ? ? -127.56 -169.75 61 1 SER F 438 ? ? -91.91 59.56 62 1 ARG F 457 ? ? -160.73 115.08 63 1 THR F 547 ? ? 39.36 41.05 64 1 ASN F 710 ? ? -140.51 44.60 65 1 TYR F 756 ? ? -78.99 -169.07 66 1 SER F 758 ? ? -99.34 37.14 67 1 ARG F 983 ? ? 67.35 -4.75 68 1 THR F 1100 ? ? -123.17 -51.03 69 1 SER F 1123 ? ? -160.12 115.74 70 1 ASN F 1135 ? ? 47.39 -151.75 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9BNF _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;Initial fitting done by superposition of three components of 6M0J (complex of ACE2 and RBD of SARS-CoV-2 spike protein) onto each of the three RBDs of 6VXX (full SARS-CoV-2 spike hexapro protein trimer) ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 6M0J ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 6M0J 1 2 1 6VXX ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 6VXX 2 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9BNF _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.33 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 220795 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ;1x PBS: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4 ; _em_buffer.pH 7.4 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'Complex of SARS-CoV-2 spike HexaPro protein with trimeric T5A antagonist' 'Purified spike protein and T5A antagonist complex isolated by size exclusion chromatography.' ? ? 1,2 2 1 RECOMBINANT COMPLEX 'T5A antagonist with only ACE2 domains modeled' 'Collagen XVIII trimerization domain with extracellular ACE2 domain, trimer (trimerization domain not modeled)' ? ? 1 3 1 RECOMBINANT COMPLEX 'SARS-CoV-2 spike HexaPro protein trimer' 'Stabilized SARS-CoV-2 spike protein, trimer' ? ? 2 # _em_imaging.entry_id 9BNF _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9BNF _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9BNF _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -67 ? A MET 1 2 1 Y 1 A GLY -66 ? A GLY 2 3 1 Y 1 A TRP -65 ? A TRP 3 4 1 Y 1 A SER -64 ? A SER 4 5 1 Y 1 A LEU -63 ? A LEU 5 6 1 Y 1 A ILE -62 ? A ILE 6 7 1 Y 1 A LEU -61 ? A LEU 7 8 1 Y 1 A LEU -60 ? A LEU 8 9 1 Y 1 A PHE -59 ? A PHE 9 10 1 Y 1 A LEU -58 ? A LEU 10 11 1 Y 1 A VAL -57 ? A VAL 11 12 1 Y 1 A ALA -56 ? A ALA 12 13 1 Y 1 A VAL -55 ? A VAL 13 14 1 Y 1 A ALA -54 ? A ALA 14 15 1 Y 1 A THR -53 ? A THR 15 16 1 Y 1 A ARG -52 ? A ARG 16 17 1 Y 1 A VAL -51 ? A VAL 17 18 1 Y 1 A LEU -50 ? A LEU 18 19 1 Y 1 A SER -49 ? A SER 19 20 1 Y 1 A HIS -48 ? A HIS 20 21 1 Y 1 A HIS -47 ? A HIS 21 22 1 Y 1 A HIS -46 ? A HIS 22 23 1 Y 1 A HIS -45 ? A HIS 23 24 1 Y 1 A HIS -44 ? A HIS 24 25 1 Y 1 A HIS -43 ? A HIS 25 26 1 Y 1 A GLY -42 ? A GLY 26 27 1 Y 1 A SER -41 ? A SER 27 28 1 Y 1 A SER -40 ? A SER 28 29 1 Y 1 A GLY -39 ? A GLY 29 30 1 Y 1 A VAL -38 ? A VAL 30 31 1 Y 1 A ARG -37 ? A ARG 31 32 1 Y 1 A LEU -36 ? A LEU 32 33 1 Y 1 A TRP -35 ? A TRP 33 34 1 Y 1 A ALA -34 ? A ALA 34 35 1 Y 1 A THR -33 ? A THR 35 36 1 Y 1 A ARG -32 ? A ARG 36 37 1 Y 1 A GLN -31 ? A GLN 37 38 1 Y 1 A ALA -30 ? A ALA 38 39 1 Y 1 A MET -29 ? A MET 39 40 1 Y 1 A LEU -28 ? A LEU 40 41 1 Y 1 A GLY -27 ? A GLY 41 42 1 Y 1 A GLN -26 ? A GLN 42 43 1 Y 1 A VAL -25 ? A VAL 43 44 1 Y 1 A HIS -24 ? A HIS 44 45 1 Y 1 A GLU -23 ? A GLU 45 46 1 Y 1 A VAL -22 ? A VAL 46 47 1 Y 1 A PRO -21 ? A PRO 47 48 1 Y 1 A GLU -20 ? A GLU 48 49 1 Y 1 A GLY -19 ? A GLY 49 50 1 Y 1 A TRP -18 ? A TRP 50 51 1 Y 1 A LEU -17 ? A LEU 51 52 1 Y 1 A ILE -16 ? A ILE 52 53 1 Y 1 A PHE -15 ? A PHE 53 54 1 Y 1 A VAL -14 ? A VAL 54 55 1 Y 1 A ALA -13 ? A ALA 55 56 1 Y 1 A GLU -12 ? A GLU 56 57 1 Y 1 A GLN -11 ? A GLN 57 58 1 Y 1 A GLU -10 ? A GLU 58 59 1 Y 1 A GLU -9 ? A GLU 59 60 1 Y 1 A LEU -8 ? A LEU 60 61 1 Y 1 A TYR -7 ? A TYR 61 62 1 Y 1 A VAL -6 ? A VAL 62 63 1 Y 1 A ARG -5 ? A ARG 63 64 1 Y 1 A VAL -4 ? A VAL 64 65 1 Y 1 A GLN -3 ? A GLN 65 66 1 Y 1 A ASN -2 ? A ASN 66 67 1 Y 1 A GLY -1 ? A GLY 67 68 1 Y 1 A PHE 0 ? A PHE 68 69 1 Y 1 A ARG 1 ? A ARG 69 70 1 Y 1 A LYS 2 ? A LYS 70 71 1 Y 1 A VAL 3 ? A VAL 71 72 1 Y 1 A GLN 4 ? A GLN 72 73 1 Y 1 A LEU 5 ? A LEU 73 74 1 Y 1 A GLU 6 ? A GLU 74 75 1 Y 1 A ALA 7 ? A ALA 75 76 1 Y 1 A ARG 8 ? A ARG 76 77 1 Y 1 A THR 9 ? A THR 77 78 1 Y 1 A PRO 10 ? A PRO 78 79 1 Y 1 A LEU 11 ? A LEU 79 80 1 Y 1 A PRO 12 ? A PRO 80 81 1 Y 1 A ARG 13 ? A ARG 81 82 1 Y 1 A GLY 14 ? A GLY 82 83 1 Y 1 A GLY 15 ? A GLY 83 84 1 Y 1 A GLY 16 ? A GLY 84 85 1 Y 1 A SER 17 ? A SER 85 86 1 Y 1 A GLY 18 ? A GLY 86 87 1 Y 1 B MET 1 ? B MET 1 88 1 Y 1 B PHE 2 ? B PHE 2 89 1 Y 1 B VAL 3 ? B VAL 3 90 1 Y 1 B PHE 4 ? B PHE 4 91 1 Y 1 B LEU 5 ? B LEU 5 92 1 Y 1 B VAL 6 ? B VAL 6 93 1 Y 1 B LEU 7 ? B LEU 7 94 1 Y 1 B LEU 8 ? B LEU 8 95 1 Y 1 B PRO 9 ? B PRO 9 96 1 Y 1 B LEU 10 ? B LEU 10 97 1 Y 1 B VAL 11 ? B VAL 11 98 1 Y 1 B SER 12 ? B SER 12 99 1 Y 1 B SER 13 ? B SER 13 100 1 Y 1 B GLN 14 ? B GLN 14 101 1 Y 1 B CYS 15 ? B CYS 15 102 1 Y 1 B VAL 16 ? B VAL 16 103 1 Y 1 B ASN 17 ? B ASN 17 104 1 Y 1 B LEU 18 ? B LEU 18 105 1 Y 1 B THR 19 ? B THR 19 106 1 Y 1 B THR 20 ? B THR 20 107 1 Y 1 B ARG 21 ? B ARG 21 108 1 Y 1 B THR 22 ? B THR 22 109 1 Y 1 B GLN 23 ? B GLN 23 110 1 Y 1 B LEU 24 ? B LEU 24 111 1 Y 1 B PRO 25 ? B PRO 25 112 1 Y 1 B PRO 26 ? B PRO 26 113 1 Y 1 B VAL 70 ? B VAL 70 114 1 Y 1 B SER 71 ? B SER 71 115 1 Y 1 B GLY 72 ? B GLY 72 116 1 Y 1 B THR 73 ? B THR 73 117 1 Y 1 B ASN 74 ? B ASN 74 118 1 Y 1 B GLY 75 ? B GLY 75 119 1 Y 1 B THR 76 ? B THR 76 120 1 Y 1 B LYS 77 ? B LYS 77 121 1 Y 1 B ARG 78 ? B ARG 78 122 1 Y 1 B PHE 79 ? B PHE 79 123 1 Y 1 B TYR 144 ? B TYR 144 124 1 Y 1 B TYR 145 ? B TYR 145 125 1 Y 1 B HIS 146 ? B HIS 146 126 1 Y 1 B LYS 147 ? B LYS 147 127 1 Y 1 B ASN 148 ? B ASN 148 128 1 Y 1 B ASN 149 ? B ASN 149 129 1 Y 1 B LYS 150 ? B LYS 150 130 1 Y 1 B SER 151 ? B SER 151 131 1 Y 1 B TRP 152 ? B TRP 152 132 1 Y 1 B MET 153 ? B MET 153 133 1 Y 1 B GLU 154 ? B GLU 154 134 1 Y 1 B SER 155 ? 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