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B N N 2 ? C N N 1 ? 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Q14764 1 ? 893 ? 1 893 2 2 9BW6 B 1 ? 1724 ? Q9UKK3 1 ? 1724 ? 1 1724 3 1 9BW6 C 1 ? 893 ? Q14764 1 ? 893 ? 1 893 4 2 9BW6 D 1 ? 1724 ? Q9UKK3 1 ? 1724 ? 1 1724 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete point assembly' ? 156-meric 156 2 'point asymmetric unit' ? tetrameric 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-39)' A,B,C,D 2 1 A,B,C,D # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 -0.00000000 0.00000000 0.00000 -0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.98705000 -0.16041100 0.00000000 91.28519 0.16041100 0.98705000 0.00000000 -77.64753 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? 0.94853600 -0.31666800 0.00000000 193.84379 0.31666800 0.94853600 0.00000000 -139.64637 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? 0.88545600 -0.46472300 0.00000000 305.01960 0.46472300 0.88545600 0.00000000 -184.39078 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.79944300 -0.60074200 0.00000000 421.93323 0.60074200 0.79944300 0.00000000 -210.72191 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? 0.69272400 -0.72120200 0.00000000 541.55666 0.72120200 0.69272400 0.00000000 -217.95779 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? 0.56806500 -0.82298400 0.00000000 660.79172 0.82298400 0.56806500 0.00000000 -205.91103 0.00000000 -0.00000000 1.00000000 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.42869300 -0.90345000 0.00000000 776.55028 0.90345000 0.42869300 0.00000000 -174.89361 0.00000000 -0.00000000 1.00000000 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.27821700 -0.96051800 0.00000000 885.83425 0.96051800 0.27821700 0.00000000 -125.70889 0.00000000 -0.00000000 1.00000000 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? 0.12053700 -0.99270900 0.00000000 985.81324 0.99270900 0.12053700 0.00000000 -59.63071 0.00000000 -0.00000000 1.00000000 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -0.04026600 -0.99918900 0.00000000 1073.89784 0.99918900 -0.04026600 0.00000000 21.62952 0.00000000 -0.00000000 1.00000000 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? -0.20002600 -0.97979100 0.00000000 1147.80671 0.97979100 -0.20002600 0.00000000 115.96723 0.00000000 -0.00000000 1.00000000 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? -0.35460500 -0.93501600 0.00000000 1205.62565 0.93501600 -0.35460500 0.00000000 220.93910 0.00000000 -0.00000000 1.00000000 0.00000 14 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.86602500 0.00000000 1245.85718 0.86602500 -0.50000000 0.00000000 333.82642 0.00000000 -0.00000000 1.00000000 0.00000 15 'point symmetry operation' ? ? -0.63244500 -0.77460500 0.00000000 1267.45931 0.77460500 -0.63244500 0.00000000 451.70548 0.00000000 -0.00000000 1.00000000 0.00000 16 'point symmetry operation' ? 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SER C 642 PRO C 645 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ILE A 8 ? N ILE A 8 O TYR A 35 ? O TYR A 35 AA2 1 2 O VAL A 25 ? O VAL A 25 N ASP A 20 ? N ASP A 20 AA2 2 3 N LEU A 19 ? N LEU A 19 O ARG A 42 ? O ARG A 42 AA3 1 2 O VAL A 25 ? O VAL A 25 N ASP A 20 ? N ASP A 20 AA3 2 3 N TYR A 15 ? N TYR A 15 O MET A 48 ? O MET A 48 AA4 1 2 O ARG A 91 ? O ARG A 91 N CYS A 59 ? N CYS A 59 AA4 2 3 N TYR A 58 ? N TYR A 58 O THR A 110 ? O THR A 110 AA5 1 2 N GLN A 113 ? N GLN A 113 O TYR A 151 ? O TYR A 151 AA6 1 2 O PHE A 145 ? O PHE A 145 N LEU A 121 ? N LEU A 121 AA6 2 3 N HIS A 122 ? N HIS A 122 O VAL A 160 ? O VAL A 160 AA7 1 2 N PHE A 129 ? N PHE A 129 O VAL A 137 ? O VAL A 137 AA8 1 2 N THR A 166 ? N THR A 166 O TYR A 204 ? O TYR A 204 AA9 1 2 O VAL A 198 ? O VAL A 198 N LEU A 174 ? N LEU A 174 AA9 2 3 N ALA A 173 ? N ALA A 173 O VAL A 216 ? O VAL A 216 AB1 1 2 N CYS A 182 ? N CYS A 182 O ARG A 190 ? O ARG A 190 AB2 1 2 N VAL A 219 ? N VAL A 219 O HIS A 259 ? O HIS A 259 AB3 1 2 O TRP A 249 ? O TRP A 249 N LEU A 229 ? N LEU A 229 AB3 2 3 N HIS A 228 ? N HIS A 228 O LEU A 268 ? O LEU A 268 AB4 1 2 N PHE A 235 ? N PHE A 235 O ARG A 243 ? O ARG A 243 AB5 1 2 N LEU A 276 ? N LEU A 276 O LYS A 306 ? O LYS A 306 AB6 1 2 O VAL A 302 ? O VAL A 302 N CYS A 282 ? N CYS A 282 AB6 2 3 N LEU A 285 ? N LEU A 285 O GLN A 315 ? O GLN A 315 AB7 1 2 O VAL A 302 ? O VAL A 302 N CYS A 282 ? N CYS A 282 AB7 2 3 N TYR A 281 ? N TYR A 281 O GLN A 321 ? O GLN A 321 AB8 1 2 N TYR A 324 ? N TYR A 324 O TYR A 365 ? O TYR A 365 AB9 1 2 O ILE A 359 ? O ILE A 359 N LEU A 332 ? N LEU A 332 AB9 2 3 N GLY A 331 ? N GLY A 331 O ARG A 377 ? O ARG A 377 AC1 1 2 N GLU A 342 ? N GLU A 342 O VAL A 349 ? O VAL A 349 AC2 1 2 O ARG A 399 ? O ARG A 399 N VAL A 390 ? N VAL A 390 AC2 2 3 N GLN A 391 ? N GLN A 391 O VAL A 413 ? O VAL A 413 AC3 1 2 N VAL A 462 ? N VAL A 462 O GLU A 485 ? O GLU A 485 AC4 1 2 O ARG A 477 ? O ARG A 477 N ASP A 472 ? N ASP A 472 AC4 2 3 N TYR A 471 ? N TYR A 471 O GLN A 494 ? O GLN A 494 AC5 1 2 O ARG A 477 ? O ARG A 477 N ASP A 472 ? N ASP A 472 AC5 2 3 N ALA A 467 ? N ALA A 467 O LEU A 516 ? O LEU A 516 AC6 1 2 N LEU A 498 ? N LEU A 498 O ALA A 513 ? O ALA A 513 AC7 1 2 N ASP A 521 ? N ASP A 521 O TRP A 545 ? O TRP A 545 AC7 2 3 N HIS A 546 ? N HIS A 546 O VAL A 634 ? O VAL A 634 AC8 1 2 N ASP A 521 ? N ASP A 521 O TRP A 545 ? O TRP A 545 AC8 2 3 N GLN A 538 ? N GLN A 538 O GLU A 644 ? O GLU A 644 AC9 1 2 N ILE C 8 ? N ILE C 8 O TYR C 35 ? O TYR C 35 AD1 1 2 O VAL C 25 ? O VAL C 25 N ASP C 20 ? N ASP C 20 AD1 2 3 N LEU C 19 ? N LEU C 19 O ARG C 42 ? O ARG C 42 AD2 1 2 O VAL C 25 ? O VAL C 25 N ASP C 20 ? N ASP C 20 AD2 2 3 N TYR C 15 ? N TYR C 15 O MET C 48 ? O MET C 48 AD3 1 2 O ARG C 91 ? O ARG C 91 N CYS C 59 ? N CYS C 59 AD3 2 3 N TYR C 58 ? N TYR C 58 O THR C 110 ? O THR C 110 AD4 1 2 N GLN C 113 ? N GLN C 113 O TYR C 151 ? O TYR C 151 AD5 1 2 O PHE C 145 ? O PHE C 145 N LEU C 121 ? N LEU C 121 AD5 2 3 N HIS C 122 ? N HIS C 122 O VAL C 160 ? O VAL C 160 AD6 1 2 N PHE C 129 ? N PHE C 129 O VAL C 137 ? O VAL C 137 AD7 1 2 N THR C 166 ? N THR C 166 O TYR C 204 ? O TYR C 204 AD8 1 2 O VAL C 198 ? O VAL C 198 N LEU C 174 ? N LEU C 174 AD8 2 3 N ALA C 173 ? N ALA C 173 O VAL C 216 ? O VAL C 216 AD9 1 2 N CYS C 182 ? N CYS C 182 O ARG C 190 ? O ARG C 190 AE1 1 2 N VAL C 219 ? N VAL C 219 O HIS C 259 ? O HIS C 259 AE2 1 2 O TRP C 249 ? O TRP C 249 N LEU C 229 ? N LEU C 229 AE2 2 3 N HIS C 228 ? N HIS C 228 O LEU C 268 ? O LEU C 268 AE3 1 2 N PHE C 235 ? N PHE C 235 O ARG C 243 ? O ARG C 243 AE4 1 2 N LEU C 276 ? N LEU C 276 O LYS C 306 ? O LYS C 306 AE5 1 2 O VAL C 302 ? O VAL C 302 N CYS C 282 ? N CYS C 282 AE5 2 3 N LEU C 285 ? N LEU C 285 O GLN C 315 ? O GLN C 315 AE6 1 2 O VAL C 302 ? O VAL C 302 N CYS C 282 ? N CYS C 282 AE6 2 3 N TYR C 281 ? N TYR C 281 O GLN C 321 ? O GLN C 321 AE7 1 2 N TYR C 324 ? N TYR C 324 O TYR C 365 ? O TYR C 365 AE8 1 2 O ILE C 359 ? O ILE C 359 N LEU C 332 ? N LEU C 332 AE8 2 3 N GLY C 331 ? N GLY C 331 O ARG C 377 ? O ARG C 377 AE9 1 2 N GLU C 342 ? N GLU C 342 O VAL C 349 ? O VAL C 349 AF1 1 2 O ARG C 399 ? O ARG C 399 N VAL C 390 ? N VAL C 390 AF1 2 3 N GLN C 391 ? N GLN C 391 O VAL C 413 ? O VAL C 413 AF2 1 2 N VAL C 462 ? N VAL C 462 O GLU C 485 ? O GLU C 485 AF3 1 2 O ARG C 477 ? O ARG C 477 N ASP C 472 ? N ASP C 472 AF3 2 3 N TYR C 471 ? N TYR C 471 O GLN C 494 ? O GLN C 494 AF4 1 2 O ARG C 477 ? O ARG C 477 N ASP C 472 ? N ASP C 472 AF4 2 3 N ALA C 467 ? N ALA C 467 O LEU C 516 ? O LEU C 516 AF5 1 2 N LEU C 498 ? N LEU C 498 O ALA C 513 ? O ALA C 513 AF6 1 2 N ASP C 521 ? N ASP C 521 O TRP C 545 ? O TRP C 545 AF6 2 3 N HIS C 546 ? N HIS C 546 O VAL C 634 ? O VAL C 634 AF7 1 2 N ASP C 521 ? N ASP C 521 O TRP C 545 ? O TRP C 545 AF7 2 3 N GLN C 538 ? N GLN C 538 O GLU C 644 ? O GLU C 644 # _pdbx_entry_details.entry_id 9BW6 _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASN A 63 ? ? 59.18 70.85 2 1 PRO A 96 ? ? -68.34 85.07 3 1 ASP A 108 ? ? -76.24 -164.74 4 1 LEU A 213 ? ? -94.11 -62.43 5 1 THR A 409 ? ? -76.61 -166.83 6 1 PRO A 433 ? ? -88.71 42.69 7 1 ARG A 504 ? ? -71.43 -75.99 8 1 PRO A 505 ? ? -81.60 32.45 9 1 ILE B 1595 ? ? -52.20 -8.96 10 1 GLU B 1691 ? ? 60.15 64.73 11 1 ASN C 63 ? ? 59.15 70.91 12 1 PRO C 96 ? ? -68.39 85.14 13 1 ASP C 108 ? ? -76.18 -164.79 14 1 LEU C 213 ? ? -94.19 -62.33 15 1 THR C 409 ? ? -76.59 -166.85 16 1 PRO C 433 ? ? -88.60 42.57 17 1 ARG C 504 ? ? -71.57 -75.94 18 1 PRO C 505 ? ? -81.62 32.46 19 1 ILE D 1595 ? ? -52.06 -9.01 20 1 GLU D 1691 ? ? 60.03 64.72 # _pdbx_point_symmetry.entry_id 9BW6 _pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol C _pdbx_point_symmetry.circular_symmetry 39 # loop_ _em_3d_fitting.id _em_3d_fitting.entry_id _em_3d_fitting.method _em_3d_fitting.target_criteria _em_3d_fitting.details _em_3d_fitting.overall_b_value _em_3d_fitting.ref_space _em_3d_fitting.ref_protocol 1 9BW6 ? ? ;The starting model was the rat homologue of MVP from a previous crystal structure of the vault cage (PDB accession no 4V60). The final model was refined in real space and validated using PHENIX. ; ? REAL 'FLEXIBLE FIT' 2 9BW6 ? ? ;PARP4's MINT domain, predicted by AlphaFold2, was used as the starting model. The final model was refined in real space and validated using PHENIX. ; ? REAL 'FLEXIBLE FIT' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 4V60 A 1-845 ? A 1-845 PDB 'experimental model' 4V60 1 2 2 . . . ? A 1562-1724 AlphaFold 'in silico model' Q9UKK3 2 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9BW6 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.9 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 44443 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT' _em_buffer.pH 8 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Binary complex of human PARP4 bound to oligomerized human MVP' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2' # _em_imaging.entry_id 9BW6 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details 'Preliminary grid screening was performed manually.' _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 0.01 _em_imaging.nominal_defocus_min 700 _em_imaging.nominal_defocus_max 1700 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 53000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details 'Quantifoil grids with a 2 nm continuous carbon coating were subjected to a 15 s, 5W plasma cleaning program in O2 gas' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9BW6 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 281 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details 'Vitrification carried out under standard conditions' # _em_experiment.entry_id 9BW6 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9BW6 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry D39 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A ALA 2 ? A ALA 2 3 1 Y 1 A THR 3 ? A THR 3 4 1 Y 1 A GLU 4 ? A GLU 4 5 1 Y 1 A LYS 440 ? A LYS 440 6 1 Y 1 A ASP 441 ? A ASP 441 7 1 Y 1 A THR 442 ? A THR 442 8 1 Y 1 A ALA 443 ? A ALA 443 9 1 Y 1 A LYS 444 ? A LYS 444 10 1 Y 1 A SER 445 ? A SER 445 11 1 Y 1 A LEU 446 ? A LEU 446 12 1 Y 1 A GLN 447 ? A GLN 447 13 1 Y 1 A PRO 448 ? A PRO 448 14 1 Y 1 A GLU 607 ? A GLU 607 15 1 Y 1 A THR 608 ? A THR 608 16 1 Y 1 A SER 609 ? A SER 609 17 1 Y 1 A GLU 610 ? A GLU 610 18 1 Y 1 A ALA 611 ? A ALA 611 19 1 Y 1 A LYS 612 ? A LYS 612 20 1 Y 1 A GLY 613 ? A GLY 613 21 1 Y 1 A PRO 614 ? A PRO 614 22 1 Y 1 A ASP 615 ? A ASP 615 23 1 Y 1 A GLY 616 ? A GLY 616 24 1 Y 1 A MET 617 ? A MET 617 25 1 Y 1 A ALA 618 ? A ALA 618 26 1 Y 1 A LEU 619 ? A LEU 619 27 1 Y 1 A PRO 620 ? A PRO 620 28 1 Y 1 A ARG 621 ? A ARG 621 29 1 Y 1 A PRO 622 ? A PRO 622 30 1 Y 1 A ALA 813 ? A ALA 813 31 1 Y 1 A GLY 814 ? A GLY 814 32 1 Y 1 A PRO 815 ? A PRO 815 33 1 Y 1 A GLU 816 ? 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Data was collected in SerialEM using a strategy of 3 by 3 + 1 shots per hole. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 7491 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 8 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'Microscope was modified with a Cs corrector with two hexapole elements' _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 670079 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' 'Manual templates were generated for the first round of picking' 1 1 ? ? cryoSPARC 4.4 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 SerialEM 4.0 MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 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The program was instructed to optimize the per-particle defocus and per-exposure-group CTF parameters, fit the anisotropic beam magnification, and apply Ewald sphere correction using the correct curvature sign. ; 16 1 ? ? cryoSPARC 4.4 # _em_specimen.concentration 1.5 _em_specimen.details 'Sample was monodisperse' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number 'R35 GM143052' _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 4V60 2 'in silico model' AlphaFold Q9UKK3 # _atom_sites.entry_id 9BW6 _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ #