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EMDB EMD-45814 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2025-01-15 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9CQL _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-07-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? 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'Lin, J.C.' 6 0009-0000-7780-8006 primary 'Olson, W.C.' 7 ? primary 'Smith, E.' 8 ? primary 'Franklin, M.C.' 9 0000-0002-1482-0136 primary 'Zhang, T.' 10 0009-0001-4836-4116 primary 'Saotome, K.' 11 0000-0002-4135-5356 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man '9C2 TCR delta chain' 31280.100 2 ? ? ? ? 2 polymer man '9C2 TCR gamma chain' 33697.551 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'anti TCR variable delta 1 Fab heavy chain Fab 3' 24193.801 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'anti TCR variable delta 1 Fab light chain Fab 3' 24032.916 2 ? ? ? ? 5 branched man '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 2 ? ? ? ? 6 non-polymer syn 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 4 ? ? ? ? 7 non-polymer syn beta-D-mannopyranose 180.156 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id 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_refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5814 ? 14618 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0432 ? 1652 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0044 ? 1824 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.9103 ? 1664 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 9CQL _struct.title 'Dimeric 9C2 gamma delta TCR bound by Fab 3' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9CQL _struct_keywords.text 'TCR, CD3, gamma delta, Fab, OKT3, immune receptor, T cell, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 5 ? K N N 6 ? L N N 7 ? M N N 6 ? N N N 6 ? O N N 7 ? 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ASN B 219 VAL B 223 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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F CYS 153 SG ? ? ? 1_555 F CYS 209 SG ? ? B CYS 156 B CYS 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf11 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 96 SG ? ? C CYS 22 C CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf12 disulf ? ? H CYS 23 SG ? ? ? 1_555 H CYS 93 SG ? ? D CYS 23 D CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? covale1 covale one ? A ASN 131 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? E ASN 134 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 194 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? E ASN 197 E NAG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 187 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? F ASN 190 F NAG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? E ASN 131 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 134 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? E ASN 194 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 197 A NAG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? F ASN 187 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? B ASN 190 B NAG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale7 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale8 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? 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None 'Disulfide bridge' 11 CYS C 22 ? CYS C 96 ? CYS J 22 ? 1_555 CYS J 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS D 23 ? CYS D 93 ? CYS K 23 ? 1_555 CYS K 93 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 13 CYS E 23 ? CYS E 91 ? CYS A 26 ? 1_555 CYS A 94 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 14 CYS E 137 ? CYS E 188 ? CYS A 140 ? 1_555 CYS A 191 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 15 CYS F 23 ? CYS F 95 ? CYS B 26 ? 1_555 CYS B 98 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 16 CYS F 153 ? CYS F 209 ? CYS B 156 ? 1_555 CYS B 212 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 17 CYS G 22 ? CYS G 96 ? CYS C 22 ? 1_555 CYS C 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 18 CYS H 23 ? CYS H 93 ? CYS D 23 ? 1_555 CYS D 93 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 6 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 6 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 5 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 6 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 6 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA8 5 6 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC6 5 6 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD3 5 6 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LYS A 3 ? 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ASN K 39 GLN K 43 AB7 5 LYS D 50 ? ILE D 53 ? LYS K 50 ILE K 53 AB8 1 LYS E 3 ? THR E 5 ? LYS A 6 THR A 8 AB8 2 LEU E 24 ? GLU E 26 ? LEU A 27 GLU A 29 AB9 1 VAL E 11 ? PRO E 14 ? VAL A 14 PRO A 17 AB9 2 THR E 110 ? GLU E 115 ? THR A 113 GLU A 118 AB9 3 ALA E 87 ? GLY E 94 ? ALA A 90 GLY A 97 AB9 4 TYR E 33 ? GLN E 39 ? TYR A 36 GLN A 42 AB9 5 MET E 45 ? GLY E 52 ? MET A 48 GLY A 55 AC1 1 VAL E 11 ? PRO E 14 ? VAL A 14 PRO A 17 AC1 2 THR E 110 ? GLU E 115 ? THR A 113 GLU A 118 AC1 3 ALA E 87 ? GLY E 94 ? ALA A 90 GLY A 97 AC1 4 LEU E 104 ? PHE E 106 ? LEU A 107 PHE A 109 AC2 1 VAL E 19 ? LEU E 21 ? VAL A 22 LEU A 24 AC2 2 ALA E 75 ? ILE E 78 ? ALA A 78 ILE A 81 AC2 3 TYR E 63 ? ASN E 66 ? TYR A 66 ASN A 69 AC2 4 LYS E 59 ? SER E 60 ? LYS A 62 SER A 63 AC3 1 SER E 125 ? ASN E 131 ? SER A 128 ASN A 134 AC3 2 ASN E 134 ? PHE E 142 ? ASN A 137 PHE A 145 AC3 3 TYR E 172 ? TYR E 180 ? TYR A 175 TYR A 183 AC3 4 LYS E 156 ? GLU E 159 ? LYS A 159 GLU A 162 AC4 1 SER E 125 ? ASN E 131 ? 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