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'Valencia-Sanchez, M.I.' 2 0000-0002-7199-4546 'Armache, J.P.' 3 0000-0001-9195-2282 'Armache, K.-J.' 4 0000-0001-9949-0270 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 636 _citation.language ? _citation.page_first 755 _citation.page_last 761 _citation.title 'Read-write mechanisms of H2A ubiquitination by Polycomb repressive complex 1.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-024-08183-5 _citation.pdbx_database_id_PubMed 39537923 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lopez, V.G.' 1 ? primary 'Valencia-Sanchez, M.I.' 2 0000-0002-7199-4546 primary 'Abini-Agbomson, S.' 3 0000-0003-0148-6498 primary 'Thomas, J.F.' 4 ? primary 'Lee, R.' 5 0000-0003-2501-5973 primary 'De Ioannes, P.' 6 0000-0003-1944-3912 primary 'Sosa, B.A.' 7 ? primary 'Armache, J.P.' 8 0000-0001-9195-2282 primary 'Armache, K.J.' 9 0000-0002-0890-9513 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15435.126 2 ? 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TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPCKTESAKSAKSK ; ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPCKTESAKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGCGACACCGGCACTGGAACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAA AACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGAT TCTCCAGGGGATCGGGCATCACCCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGGTGATGCCCGATCCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAA ACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATAC ATCCTGTTCCAGTGCCGGTGTCGCGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MHRTTRIKITELNPHLMCVLCGGYFIDATTIIECLHSFCKTCIVRYLETSKYCPICDVQVHKTRPLLNIRSDKTLQDIVY KLVPGLFKNEMKRRRDFYAAHPSADAANGSNEDRGEVADEDKRIITDDEIISLSIEFFDQNRLDRKVNKDKEKSKEEVND KRYLRCPAAMTVMHLRKFLRSKMDIPNTFQIDVMYEEEPLKDYYTLMDIAYIYTWRRNGPLPLKYRVRPTCKRMKISHQR DGLTNAGELESDSGSDKANSPAGGIPSTSSCLPSPSTPVQSPHPQFPHISSTMNGTSNSPSGNHQSSFANRPRKSSVNGS SATSSG ; ;MHRTTRIKITELNPHLMCVLCGGYFIDATTIIECLHSFCKTCIVRYLETSKYCPICDVQVHKTRPLLNIRSDKTLQDIVY KLVPGLFKNEMKRRRDFYAAHPSADAANGSNEDRGEVADEDKRIITDDEIISLSIEFFDQNRLDRKVNKDKEKSKEEVND KRYLRCPAAMTVMHLRKFLRSKMDIPNTFQIDVMYEEEPLKDYYTLMDIAYIYTWRRNGPLPLKYRVRPTCKRMKISHQR DGLTNAGELESDSGSDKANSPAGGIPSTSSCLPSPSTPVQSPHPQFPHISSTMNGTSNSPSGNHQSSFANRPRKSSVNGS SATSSG ; K ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITAL RSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPSRDEYEAHQERVLARINKHNNQQALSHSIEEGLKIQAMNRLQRGK KQQIENGSGAEDNGDSSHCSNASTHSNQEAGPSNKRTKTSDDSGLELDNNNAAMAIDPVMDGASEIELVFRPHPTLMEKD DSAQTRYIKTSGNATVDHLSKYLAVRLALEELRSKGESNQMNLDTASEKQYTIYIATASGQFTVLNGSFSLELVSEKYWK VNKPMELYYAPTKEHK ; ;MSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITAL RSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPSRDEYEAHQERVLARINKHNNQQALSHSIEEGLKIQAMNRLQRGK KQQIENGSGAEDNGDSSHCSNASTHSNQEAGPSNKRTKTSDDSGLELDNNNAAMAIDPVMDGASEIELVFRPHPTLMEKD DSAQTRYIKTSGNATVDHLSKYLAVRLALEELRSKGESNQMNLDTASEKQYTIYIATASGQFTVLNGSFSLELVSEKYWK VNKPMELYYAPTKEHK ; L ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MTMGDKKSPTRPKRQAKPAADEGFWDCSVCTFRNSAEAFKCSICDVRKGTSTRKPRINSQLVAQQVAQQYATPPPPKKEK KEKVEKQDKEKPEKDKEISPSVTKKNTNKKTKPKSDILKDPPSEANSIQSANATTKTSETNHTSRPRLKNVDRSTAQQLA VTVGNVTVIITDFKEKTRSSSTSSSTVTSSAGSEQQNQSSSGSESTDKGSSRSSTPKGDMSAVNDESF ; ;MTMGDKKSPTRPKRQAKPAADEGFWDCSVCTFRNSAEAFKCSICDVRKGTSTRKPRINSQLVAQQVAQQYATPPPPKKEK KEKVEKQDKEKPEKDKEISPSVTKKNTNKKTKPKSDILKDPPSEANSIQSANATTKTSETNHTSRPRLKNVDRSTAQQLA VTVGNVTVIITDFKEKTRSSSTSSSTVTSSAGSEQQNQSSSGSESTDKGSSRSSTPKGDMSAVNDESF ; M ? 10 'polypeptide(L)' no no MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC N ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MSETAPAAPAAPAPAEKTPVKKKARKSAGAAKRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSLAALKKALAAAGYDVEKNNSRI KLGLKSLVSKGTLVQTKGTGASGSFKLNKKAASGEAKPKAKKAGAAKAKKPAGAAKKPKKATGAATPKKSAKKTPKKAKK PAAAAGAKKAKSPKKAKAAKPKKAPKSPAKAKAVKPKAAKPKTAKPKAAKPKKAAAKKK ; ;MSETAPAAPAAPAPAEKTPVKKKARKSAGAAKRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSLAALKKALAAAGYDVEKNNSRI KLGLKSLVSKGTLVQTKGTGASGSFKLNKKAASGEAKPKAKKAGAAKAKKPAGAAKKPKKATGAATPKKSAKKTPKKAKK PAAAAGAKKAKSPKKAKAAKPKKAPKSPAKAKAVKPKAAKPKTAKPKAAKPKKAAAKKK ; O ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 12 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 ARG n 1 54 ARG n 1 55 TYR n 1 56 GLN n 1 57 LYS n 1 58 SER n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 LEU n 1 62 LEU n 1 63 ILE n 1 64 ARG n 1 65 LYS n 1 66 LEU n 1 67 PRO n 1 68 PHE n 1 69 GLN n 1 70 ARG n 1 71 LEU n 1 72 VAL n 1 73 ARG n 1 74 GLU n 1 75 ILE n 1 76 ALA n 1 77 GLN n 1 78 ASP n 1 79 PHE n 1 80 LYS n 1 81 THR n 1 82 ASP n 1 83 LEU n 1 84 ARG n 1 85 PHE n 1 86 GLN n 1 87 SER n 1 88 SER n 1 89 ALA n 1 90 VAL n 1 91 MET n 1 92 ALA n 1 93 LEU n 1 94 GLN n 1 95 GLU n 1 96 ALA n 1 97 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UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 8 14 9DDE CYS N 76 ? 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GLU L 37 VAL L 40 AB3 1 HIS K 36 ? CYS K 39 ? HIS K 36 CYS K 39 AB3 2 ALA K 28 ? ILE K 31 ? ALA K 28 ILE K 31 AB3 3 ILE K 69 ? SER K 71 ? ILE K 69 SER K 71 AB4 1 ARG L 70 ? CYS L 72 ? ARG L 70 CYS L 72 AB4 2 THR L 61 ? THR L 64 ? THR L 61 THR L 64 AB4 3 LEU L 100 ? PRO L 102 ? LEU L 100 PRO L 102 AB5 1 TRP M 25 ? ASP M 26 ? TRP M 25 ASP M 26 AB5 2 ARG M 33 ? ASN M 34 ? ARG M 33 ASN M 34 AB6 1 THR N 12 ? GLU N 16 ? THR N 12 GLU N 16 AB6 2 GLN N 2 ? LYS N 6 ? GLN N 2 LYS N 6 AB6 3 THR N 66 ? LEU N 71 ? THR N 66 LEU N 71 AB6 4 GLN N 41 ? PHE N 45 ? GLN N 41 PHE N 45 AB6 5 LYS N 48 ? GLN N 49 ? LYS N 48 GLN N 49 AB7 1 VAL O 57 ? SER O 58 ? VAL O 56 SER O 57 AB7 2 SER O 104 ? LEU O 107 ? SER O 103 LEU O 106 AB7 3 LEU O 93 ? GLN O 95 ? LEU O 92 GLN O 94 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 84 ? N ARG A 83 O VAL B 82 ? O VAL B 81 AA2 1 2 N ILE A 120 ? N ILE A 119 O ARG B 46 ? O ARG B 45 AA3 1 2 N TYR B 99 ? N TYR B 98 O THR G 102 ? O THR G 101 AA4 1 2 N ARG C 43 ? N ARG C 42 O ILE D 90 ? O ILE D 86 AA5 1 2 N ILE C 79 ? N ILE C 78 O GLY D 54 ? O GLY D 50 AA6 1 2 N THR C 102 ? N THR C 101 O TYR F 99 ? O TYR F 98 AA7 1 2 N ARG E 84 ? N ARG E 83 O VAL F 82 ? O VAL F 81 AA8 1 2 N ILE E 120 ? N ILE E 119 O ARG F 46 ? O ARG F 45 AA9 1 2 N ARG G 43 ? N ARG G 42 O ILE H 90 ? O ILE H 86 AB1 1 2 N ILE G 79 ? N ILE G 78 O GLY H 54 ? O GLY H 50 AB2 1 2 N ILE K 7 ? N ILE K 7 O ILE L 38 ? O ILE L 38 AB3 1 2 O PHE K 38 ? O PHE K 38 N THR K 29 ? N THR K 29 AB3 2 3 N THR K 30 ? N THR K 30 O ARG K 70 ? O ARG K 70 AB4 1 2 O PHE L 71 ? O PHE L 71 N MET L 62 ? N MET L 62 AB4 2 3 N THR L 63 ? N THR L 63 O ARG L 101 ? O ARG L 101 AB5 1 2 N TRP M 25 ? N TRP M 25 O ASN M 34 ? O ASN M 34 AB6 1 2 O ILE N 13 ? O ILE N 13 N VAL N 5 ? N VAL N 5 AB6 2 3 N PHE N 4 ? N PHE N 4 O LEU N 67 ? O LEU N 67 AB6 3 4 O VAL N 70 ? O VAL N 70 N ARG N 42 ? N ARG N 42 AB6 4 5 N PHE N 45 ? N PHE N 45 O LYS N 48 ? O LYS N 48 AB7 1 2 N VAL O 57 ? N VAL O 56 O PHE O 105 ? O PHE O 104 AB7 2 3 O LYS O 106 ? O LYS O 105 N VAL O 94 ? 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REAL ? 2 9DDE ? ? ? ? ? ? # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 . . . 'Multimer prediction' ? ? AlphaFold 'in silico model' ? ? 2 1 3tu4 ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 3tu4 2 3 1 8H1T ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 8H1T 3 4 1 8SVF ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 8SVF 4 5 1 4R8P ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 4R8P 5 6 1 2D9G ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 2D9G 6 7 1 . . . SwissModelTemplate ? ? SwissModel 'in silico model' ? ? 8 1 1UBQ ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 1UBQ 8 9 1 7PFV ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 7PFV 9 10 2 2WWZ ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 2WWZ ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9DDE _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 205635 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 RECOMBINANT COMPLEX 'ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 Chromatosome' ? ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11' 2 1 RECOMBINANT COMPLEX Histones ? ? ? 1,2,3,4 3 1 RECOMBINANT COMPLEX DNA ? ? ? 5,6 4 1 RECOMBINANT COMPLEX ncPRC1-RYBP ? ? ? 7,8,9 5 1 RECOMBINANT COMPLEX Ubiquitin ? ? ? 10 6 2 RECOMBINANT COMPLEX 'Histone H3.2' ? ? ? 1 7 2 RECOMBINANT COMPLEX 'Histone H4' ? ? ? 2 8 2 RECOMBINANT COMPLEX 'Histone H2A' ? ? ? 3 9 2 RECOMBINANT COMPLEX 'Histone H2B 1.1' ? ? ? 4 10 3 RECOMBINANT COMPLEX 'DNA (187-MER)' ? ? ? 5 11 3 RECOMBINANT COMPLEX 'DNA (187-MER)' ? ? ? 6 12 4 RECOMBINANT COMPLEX 'Polycomb complex protein BMI-1' ? ? ? 7 13 4 RECOMBINANT COMPLEX 'E3 ubiquitin-protein ligase RING2, Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3' ? ? ? 8 14 4 RECOMBINANT COMPLEX 'RING1 and YY1-binding protein' ? ? ? 9 15 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Histone H1.4' ? ? ? 11 # _em_imaging.entry_id 9DDE _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode OTHER _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_vitrification.entry_id 9DDE _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 298 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9DDE _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 0 ? 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J 13 ? 19 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DC 14 1_555 J DG 174 1_555 I DA 15 1_555 J DT 173 1_555 0.314 -0.585 3.051 2.825 2.888 36.080 -1.314 -0.136 3.012 4.645 -4.543 36.298 1 II_DC14DA15:DT173DG174_JJ I 14 ? J 174 ? I 15 ? J 173 ? 1 I DA 15 1_555 J DT 173 1_555 I DC 16 1_555 J DG 172 1_555 -0.200 -1.142 3.390 1.627 1.185 38.082 -1.902 0.518 3.344 1.814 -2.491 38.133 2 II_DA15DC16:DG172DT173_JJ I 15 ? J 173 ? I 16 ? J 172 ? 1 I DC 16 1_555 J DG 172 1_555 I DT 17 1_555 J DA 171 1_555 0.359 -1.025 3.460 3.764 1.056 35.095 -1.855 -0.003 3.448 1.745 -6.217 35.306 3 II_DC16DT17:DA171DG172_JJ I 16 ? J 172 ? I 17 ? J 171 ? 1 I DT 17 1_555 J DA 171 1_555 I DG 18 1_555 J DC 170 1_555 0.178 -0.465 3.331 4.147 2.715 31.907 -1.327 0.428 3.278 4.901 -7.487 32.280 4 II_DT17DG18:DC170DA171_JJ I 17 ? J 171 ? I 18 ? J 170 ? 1 I DG 18 1_555 J DC 170 1_555 I DG 19 1_555 J DC 169 1_555 -0.136 0.057 3.957 -1.297 -0.553 36.890 0.181 0.003 3.958 -0.874 2.049 36.916 5 II_DG18DG19:DC169DC170_JJ I 18 ? J 170 ? I 19 ? J 169 ? 1 I DG 19 1_555 J DC 169 1_555 I DA 20 1_555 J DT 168 1_555 -0.166 -0.060 3.174 -0.596 -0.211 39.261 -0.065 0.179 3.176 -0.314 0.887 39.266 6 II_DG19DA20:DT168DC169_JJ I 19 ? J 169 ? I 20 ? 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