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D A 259 OP2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9DOU _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9DOU _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9DOU _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 9DOU _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 11015 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.090 ? 15539 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 23.421 ? 2831 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.057 ? 1785 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.009 ? 1447 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9DOU _struct.title 'Taeniopygia guttata R2 retrotransposon (R2Tg) initiating target-primed reverse transcription' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9DOU _struct_keywords.text 'retrotransposon, LINE, reverse transcriptase, endonuclease, RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 8 ? J N N 8 ? K N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 9DOU 9DOU ? 1 ? 1 2 PDB 9DOU 9DOU ? 2 ? 1 3 PDB 9DOU 9DOU ? 3 ? 1 4 PDB 9DOU 9DOU ? 4 ? 1 5 PDB 9DOU 9DOU ? 5 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9DOU A 1 ? 1390 ? 9DOU 1 ? 1390 ? 1 1390 2 2 9DOU B 1 ? 211 ? 9DOU -76 ? 134 ? -76 134 3 3 9DOU P 1 ? 13 ? 9DOU 12 ? 24 ? 12 24 4 4 9DOU R 1 ? 333 ? 9DOU 1 ? 333 ? 1 333 5 5 9DOU T 1 ? 211 ? 9DOU -63 ? 147 ? -63 147 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 241 ? 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ALA A 748 GLU A 767 1 ? 20 HELX_P HELX_P16 AB7 LYS A 780 ? VAL A 785 ? LYS A 780 VAL A 785 1 ? 6 HELX_P HELX_P17 AB8 SER A 786 ? ARG A 797 ? SER A 786 ARG A 797 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP A 800 ? TYR A 811 ? ASP A 800 TYR A 811 1 ? 12 HELX_P HELX_P19 AC1 MET A 841 ? GLY A 861 ? MET A 841 GLY A 861 1 ? 21 HELX_P HELX_P20 AC2 SER A 886 ? GLY A 905 ? SER A 886 GLY A 905 1 ? 20 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN A 909 ? LYS A 912 ? GLN A 909 LYS A 912 5 ? 4 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY A 966 ? GLN A 980 ? GLY A 966 GLN A 980 1 ? 15 HELX_P HELX_P23 AC5 LYS A 984 ? TYR A 995 ? LYS A 984 TYR A 995 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 THR A 996 ? ARG A 999 ? THR A 996 ARG A 999 5 ? 4 HELX_P HELX_P25 AC7 LEU A 1000 ? SER A 1007 ? LEU A 1000 SER A 1007 1 ? 8 HELX_P HELX_P26 AC8 LYS A 1010 ? LEU A 1029 ? LYS A 1010 LEU A 1029 1 ? 20 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP A 1037 ? SER A 1042 ? ASP A 1037 SER A 1042 1 ? 6 HELX_P HELX_P28 AD1 SER A 1043 ? GLY A 1047 ? SER A 1043 GLY A 1047 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 LYS A 1053 ? GLN A 1071 ? LYS A 1053 GLN A 1071 1 ? 19 HELX_P HELX_P30 AD3 GLU A 1082 ? ALA A 1097 ? GLU A 1082 ALA A 1097 1 ? 16 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP A 1100 ? ILE A 1104 ? ASP A 1100 ILE A 1104 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 ASN A 1140 ? LYS A 1151 ? ASN A 1140 LYS A 1151 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 GLY A 1158 ? GLU A 1163 ? GLY A 1158 GLU A 1163 5 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 ASN A 1169 ? TYR A 1174 ? ASN A 1169 TYR A 1174 1 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 PRO A 1179 ? ASN A 1192 ? PRO A 1179 ASN A 1192 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 AD9 THR A 1196 ? ARG A 1202 ? THR A 1196 ARG A 1202 1 ? 7 HELX_P HELX_P37 AE1 SER A 1221 ? ASN A 1228 ? SER A 1221 ASN A 1228 1 ? 8 HELX_P HELX_P38 AE2 CYS A 1229 ? VAL A 1231 ? CYS A 1229 VAL A 1231 5 ? 3 HELX_P HELX_P39 AE3 THR A 1232 ? LYS A 1254 ? THR A 1232 LYS A 1254 1 ? 23 HELX_P HELX_P40 AE4 SER A 1298 ? LYS A 1310 ? SER A 1298 LYS A 1310 1 ? 13 HELX_P HELX_P41 AE5 TYR A 1311 ? HIS A 1313 ? TYR A 1311 HIS A 1313 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 AE6 LEU A 1314 ? ASN A 1323 ? LEU A 1314 ASN A 1323 1 ? 10 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP A 1343 ? LEU A 1351 ? ASP A 1343 LEU A 1351 1 ? 9 HELX_P HELX_P44 AE8 SER A 1354 ? LYS A 1386 ? SER A 1354 LYS A 1386 1 ? 33 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? A CYS 232 SG ? ? ? 1_555 K ZN . ZN ? ? A CYS 232 A ZN 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? ? metalc2 metalc ? ? A HIS 248 NE2 ? ? ? 1_555 K ZN . ZN ? ? A HIS 248 A ZN 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? ? metalc3 metalc ? ? A HIS 253 NE2 ? ? ? 1_555 K ZN . ZN ? ? A HIS 253 A ZN 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? ? metalc4 metalc ? ? A CYS 262 SG ? ? ? 1_555 J ZN . ZN ? ? A CYS 262 A ZN 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? ? metalc5 metalc ? ? A CYS 265 SG ? ? ? 1_555 J ZN . ZN ? ? A CYS 265 A ZN 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? ? metalc6 metalc ? ? A HIS 278 ND1 ? ? ? 1_555 J ZN . ZN ? ? A HIS 278 A ZN 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? ? metalc7 metalc ? ? A CYS 282 SG ? ? ? 1_555 J ZN . ZN ? ? A CYS 282 A ZN 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? ? metalc8 metalc ? ? A CYS 297 SG ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A CYS 297 A ZN 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc9 metalc ? ? A CYS 300 SG ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A CYS 300 A ZN 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc10 metalc ? ? A HIS 313 NE2 ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A HIS 313 A ZN 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? ? metalc11 metalc ? ? A HIS 318 NE2 ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A HIS 318 A ZN 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? ? metalc12 metalc ? ? A ASP 777 OD2 ? ? ? 1_555 F MG . MG ? ? A ASP 777 A MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? ? metalc13 metalc ? ? A ILE 778 O ? ? ? 1_555 F MG . MG ? ? A ILE 778 A MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc14 metalc ? ? A ASP 878 OD2 ? ? ? 1_555 F MG . MG ? ? A ASP 878 A MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.180 ? ? metalc15 metalc ? ? A CYS 1212 SG ? ? ? 1_555 I ZN . ZN ? ? A CYS 1212 A ZN 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? ? metalc16 metalc ? ? A CYS 1215 SG ? ? ? 1_555 I ZN . ZN ? ? A CYS 1215 A ZN 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? ? metalc17 metalc ? ? A HIS 1224 NE2 ? ? ? 1_555 I ZN . ZN ? ? A HIS 1224 A ZN 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? metalc18 metalc ? ? A CYS 1229 SG ? ? ? 1_555 I ZN . ZN ? ? A CYS 1229 A ZN 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? ? metalc19 metalc ? ? F MG . MG ? ? ? 1_555 G TTP . O1B ? ? A MG 1401 A TTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? ? metalc20 metalc ? ? F MG . MG ? ? ? 1_555 G TTP . O1A ? ? A MG 1401 A TTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? ? hydrog1 hydrog ? ? B DG 107 N1 ? ? ? 1_555 E DC 105 N3 ? ? B DG 30 T DC 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? B DG 107 N2 ? ? ? 1_555 E DC 105 O2 ? ? B DG 30 T DC 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? B DG 107 O6 ? ? ? 1_555 E DC 105 N4 ? ? B DG 30 T DC 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? B DA 108 N1 ? ? ? 1_555 E DT 104 N3 ? ? B DA 31 T DT 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? B DA 108 N6 ? ? ? 1_555 E DT 104 O4 ? ? B DA 31 T DT 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? B DG 109 N1 ? ? ? 1_555 E DC 103 N3 ? ? B DG 32 T DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? B DG 109 N2 ? ? ? 1_555 E DC 103 O2 ? ? B DG 32 T DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? B DG 109 O6 ? ? ? 1_555 E DC 103 N4 ? ? B DG 32 T DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? B DA 110 N1 ? ? ? 1_555 E DT 102 N3 ? ? B DA 33 T DT 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? B DA 110 N6 ? ? ? 1_555 E DT 102 O4 ? ? B DA 33 T DT 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? B DG 111 N1 ? ? ? 1_555 E DC 101 N3 ? ? B DG 34 T DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? B DG 111 N2 ? ? ? 1_555 E DC 101 O2 ? ? B DG 34 T DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? B DG 111 O6 ? ? ? 1_555 E DC 101 N4 ? ? B DG 34 T DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? B DT 112 N3 ? ? ? 1_555 E DA 100 N1 ? ? B DT 35 T DA 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? B DT 112 O4 ? ? ? 1_555 E DA 100 N6 ? ? B DT 35 T DA 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? B DC 113 N3 ? ? ? 1_555 E DG 99 N1 ? ? B DC 36 T DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? B DC 113 N4 ? ? ? 1_555 E DG 99 O6 ? ? B DC 36 T DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? B DC 113 O2 ? ? ? 1_555 E DG 99 N2 ? ? B DC 36 T DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? B DA 114 N1 ? ? ? 1_555 E DT 98 N3 ? ? B DA 37 T DT 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? B DA 114 N6 ? ? ? 1_555 E DT 98 O4 ? ? B DA 37 T DT 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? B DT 115 N3 ? ? ? 1_555 E DA 97 N1 ? ? B DT 38 T DA 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? B DT 115 O4 ? ? ? 1_555 E DA 97 N6 ? ? B DT 38 T DA 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? B DA 116 N1 ? ? ? 1_555 E DT 96 N3 ? ? B DA 39 T DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? B DA 116 N6 ? ? ? 1_555 E DT 96 O4 ? ? B DA 39 T DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? B DG 117 N1 ? ? ? 1_555 E DC 95 N3 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? B DC 124 N4 ? ? ? 1_555 E DG 88 O6 ? ? B DC 47 T DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? B DC 124 O2 ? ? ? 1_555 E DG 88 N2 ? ? B DC 47 T DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? B DC 125 N3 ? ? ? 1_555 E DG 87 N1 ? ? B DC 48 T DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? B DC 125 N4 ? ? ? 1_555 E DG 87 O6 ? ? B DC 48 T DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? B DC 125 O2 ? ? ? 1_555 E DG 87 N2 ? ? B DC 48 T DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? B DG 126 N1 ? ? ? 1_555 E DC 86 N3 ? ? B DG 49 T DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? B DG 126 N2 ? ? ? 1_555 E DC 86 O2 ? ? B DG 49 T DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? B DG 126 O6 ? ? ? 1_555 E DC 86 N4 ? ? B DG 49 T DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? C DG 1 N1 ? ? ? 1_555 E DC 123 N3 ? ? 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LEU A 1271 TYR A 1272 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N VAL A 221 ? 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O TYR A 1272 # _pdbx_entry_details.entry_id 9DOU _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CB A ASP 227 ? ? 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CA C sing N N 97 ASP CA CB sing N N 98 ASP CA HA sing N N 99 ASP C O doub N N 100 ASP C OXT sing N N 101 ASP CB CG sing N N 102 ASP CB HB2 sing N N 103 ASP CB HB3 sing N N 104 ASP CG OD1 doub N N 105 ASP CG OD2 sing N N 106 ASP OD2 HD2 sing N N 107 ASP OXT HXT sing N N 108 C OP3 P sing N N 109 C OP3 HOP3 sing N N 110 C P OP1 doub N N 111 C P OP2 sing N N 112 C P "O5'" sing N N 113 C OP2 HOP2 sing N N 114 C "O5'" "C5'" sing N N 115 C "C5'" "C4'" sing N N 116 C "C5'" "H5'" sing N N 117 C "C5'" "H5''" sing N N 118 C "C4'" "O4'" sing N N 119 C "C4'" "C3'" sing N N 120 C "C4'" "H4'" sing N N 121 C "O4'" "C1'" sing N N 122 C "C3'" "O3'" sing N N 123 C "C3'" "C2'" sing N N 124 C "C3'" "H3'" sing N N 125 C "O3'" "HO3'" sing N N 126 C "C2'" "O2'" sing N N 127 C "C2'" "C1'" sing N N 128 C "C2'" "H2'" sing N N 129 C "O2'" "HO2'" sing N N 130 C "C1'" N1 sing N N 131 C "C1'" "H1'" sing N N 132 C N1 C2 sing N N 133 C N1 C6 sing N N 134 C C2 O2 doub N N 135 C C2 N3 sing N N 136 C N3 C4 doub N N 137 C C4 N4 sing N N 138 C C4 C5 sing N N 139 C N4 H41 sing N N 140 C N4 H42 sing N N 141 C C5 C6 doub N N 142 C C5 H5 sing N N 143 C C6 H6 sing N N 144 CYS N CA sing N N 145 CYS N H sing N N 146 CYS N H2 sing N N 147 CYS CA C sing N N 148 CYS CA CB sing N N 149 CYS CA HA sing N N 150 CYS C O doub N N 151 CYS C OXT sing N N 152 CYS CB SG sing N N 153 CYS CB HB2 sing N N 154 CYS CB HB3 sing N N 155 CYS SG HG sing N N 156 CYS OXT HXT sing N N 157 DA OP3 P sing N N 158 DA OP3 HOP3 sing N N 159 DA P OP1 doub N N 160 DA P OP2 sing N N 161 DA P "O5'" sing N N 162 DA OP2 HOP2 sing N N 163 DA "O5'" "C5'" sing N N 164 DA "C5'" "C4'" sing N N 165 DA "C5'" "H5'" sing N N 166 DA "C5'" "H5''" sing N N 167 DA "C4'" "O4'" sing N N 168 DA "C4'" "C3'" sing N N 169 DA "C4'" "H4'" sing N N 170 DA "O4'" "C1'" sing N N 171 DA "C3'" "O3'" sing N N 172 DA "C3'" "C2'" sing N N 173 DA "C3'" "H3'" sing N N 174 DA "O3'" "HO3'" sing N N 175 DA "C2'" "C1'" sing N N 176 DA "C2'" "H2'" sing N N 177 DA "C2'" "H2''" sing N N 178 DA "C1'" N9 sing N N 179 DA "C1'" "H1'" sing N N 180 DA N9 C8 sing Y N 181 DA N9 C4 sing Y N 182 DA C8 N7 doub Y N 183 DA C8 H8 sing N N 184 DA N7 C5 sing Y N 185 DA C5 C6 sing Y N 186 DA C5 C4 doub Y N 187 DA C6 N6 sing N N 188 DA C6 N1 doub Y N 189 DA N6 H61 sing N N 190 DA N6 H62 sing N N 191 DA N1 C2 sing Y N 192 DA C2 N3 doub Y N 193 DA C2 H2 sing N N 194 DA N3 C4 sing Y N 195 DC OP3 P sing N N 196 DC OP3 HOP3 sing N N 197 DC P OP1 doub N N 198 DC P OP2 sing N N 199 DC P "O5'" sing N N 200 DC OP2 HOP2 sing N N 201 DC "O5'" "C5'" sing N N 202 DC "C5'" "C4'" sing N N 203 DC "C5'" "H5'" sing N N 204 DC "C5'" "H5''" sing N N 205 DC "C4'" "O4'" sing N N 206 DC "C4'" "C3'" sing N N 207 DC "C4'" "H4'" sing N N 208 DC "O4'" "C1'" sing N N 209 DC "C3'" "O3'" sing N N 210 DC "C3'" "C2'" sing N N 211 DC "C3'" "H3'" sing N N 212 DC "O3'" "HO3'" sing N N 213 DC "C2'" "C1'" sing N N 214 DC "C2'" "H2'" sing N N 215 DC "C2'" "H2''" sing N N 216 DC "C1'" N1 sing N N 217 DC "C1'" "H1'" sing N N 218 DC N1 C2 sing N N 219 DC N1 C6 sing N N 220 DC C2 O2 doub N N 221 DC C2 N3 sing N N 222 DC N3 C4 doub N N 223 DC C4 N4 sing N N 224 DC C4 C5 sing N N 225 DC N4 H41 sing N N 226 DC N4 H42 sing N N 227 DC C5 C6 doub N N 228 DC C5 H5 sing N N 229 DC C6 H6 sing N N 230 DG OP3 P sing N N 231 DG OP3 HOP3 sing N N 232 DG P OP1 doub N N 233 DG P OP2 sing N N 234 DG P "O5'" sing N N 235 DG OP2 HOP2 sing N N 236 DG "O5'" "C5'" sing N N 237 DG "C5'" "C4'" sing N N 238 DG "C5'" "H5'" sing N N 239 DG "C5'" "H5''" sing N N 240 DG "C4'" "O4'" sing N N 241 DG "C4'" "C3'" sing N N 242 DG "C4'" "H4'" sing N N 243 DG "O4'" "C1'" sing N N 244 DG "C3'" "O3'" sing N N 245 DG "C3'" "C2'" sing N N 246 DG "C3'" "H3'" sing N N 247 DG "O3'" "HO3'" sing N N 248 DG "C2'" "C1'" sing N N 249 DG "C2'" "H2'" sing N N 250 DG "C2'" "H2''" sing N N 251 DG "C1'" N9 sing N N 252 DG "C1'" "H1'" sing N N 253 DG N9 C8 sing Y N 254 DG N9 C4 sing Y N 255 DG C8 N7 doub Y N 256 DG C8 H8 sing N N 257 DG N7 C5 sing Y N 258 DG C5 C6 sing N N 259 DG C5 C4 doub Y N 260 DG C6 O6 doub N N 261 DG C6 N1 sing N N 262 DG N1 C2 sing N N 263 DG N1 H1 sing N N 264 DG C2 N2 sing N N 265 DG C2 N3 doub N N 266 DG N2 H21 sing N N 267 DG N2 H22 sing N N 268 DG N3 C4 sing N N 269 DT OP3 P sing N N 270 DT OP3 HOP3 sing N N 271 DT P OP1 doub N N 272 DT P OP2 sing N N 273 DT P "O5'" sing N N 274 DT OP2 HOP2 sing N N 275 DT "O5'" "C5'" sing N N 276 DT "C5'" "C4'" sing N N 277 DT "C5'" "H5'" sing N N 278 DT "C5'" "H5''" sing N N 279 DT "C4'" "O4'" sing N N 280 DT "C4'" "C3'" sing N N 281 DT "C4'" "H4'" sing N N 282 DT "O4'" "C1'" sing N N 283 DT "C3'" "O3'" sing N N 284 DT "C3'" "C2'" sing N N 285 DT "C3'" "H3'" sing N N 286 DT "O3'" "HO3'" sing N N 287 DT "C2'" "C1'" sing N N 288 DT "C2'" "H2'" sing N N 289 DT "C2'" "H2''" sing N N 290 DT "C1'" N1 sing N N 291 DT "C1'" "H1'" sing N N 292 DT N1 C2 sing N N 293 DT N1 C6 sing N N 294 DT C2 O2 doub N N 295 DT C2 N3 sing N N 296 DT N3 C4 sing N N 297 DT N3 H3 sing N N 298 DT C4 O4 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G N1 H1 sing N N 341 G C2 N2 sing N N 342 G C2 N3 doub N N 343 G N2 H21 sing N N 344 G N2 H22 sing N N 345 G N3 C4 sing N N 346 GLN N CA sing N N 347 GLN N H sing N N 348 GLN N H2 sing N N 349 GLN CA C sing N N 350 GLN CA CB sing N N 351 GLN CA HA sing N N 352 GLN C O doub N N 353 GLN C OXT sing N N 354 GLN CB CG sing N N 355 GLN CB HB2 sing N N 356 GLN CB HB3 sing N N 357 GLN CG CD sing N N 358 GLN CG HG2 sing N N 359 GLN CG HG3 sing N N 360 GLN CD OE1 doub N N 361 GLN CD NE2 sing N N 362 GLN NE2 HE21 sing N N 363 GLN NE2 HE22 sing N N 364 GLN OXT HXT sing N N 365 GLU N CA sing N N 366 GLU N H sing N N 367 GLU N H2 sing N N 368 GLU CA C sing N N 369 GLU CA CB sing N N 370 GLU CA HA sing N N 371 GLU C O doub N N 372 GLU C OXT sing N N 373 GLU CB CG sing N N 374 GLU CB HB2 sing N N 375 GLU CB HB3 sing N N 376 GLU CG CD sing N N 377 GLU CG HG2 sing N N 378 GLU CG HG3 sing N N 379 GLU CD OE1 doub N N 380 GLU CD OE2 sing N N 381 GLU OE2 HE2 sing N N 382 GLU OXT HXT sing N N 383 GLY N CA sing N N 384 GLY N H sing N N 385 GLY N H2 sing N N 386 GLY CA C sing N N 387 GLY CA HA2 sing N N 388 GLY CA HA3 sing N N 389 GLY C O doub N N 390 GLY C OXT sing N N 391 GLY OXT HXT sing N N 392 HIS N CA sing N N 393 HIS N H sing N N 394 HIS N H2 sing N N 395 HIS CA C sing N N 396 HIS CA CB sing N N 397 HIS CA HA sing N N 398 HIS C O doub N N 399 HIS C OXT sing N N 400 HIS CB CG sing N N 401 HIS CB HB2 sing N N 402 HIS CB HB3 sing N N 403 HIS CG ND1 sing Y N 404 HIS CG CD2 doub Y N 405 HIS ND1 CE1 doub Y N 406 HIS ND1 HD1 sing N N 407 HIS CD2 NE2 sing Y N 408 HIS CD2 HD2 sing N N 409 HIS CE1 NE2 sing Y N 410 HIS CE1 HE1 sing N N 411 HIS NE2 HE2 sing N N 412 HIS OXT HXT sing N N 413 ILE N CA sing N N 414 ILE N H sing N N 415 ILE N H2 sing N N 416 ILE CA C sing N N 417 ILE CA CB sing N N 418 ILE CA HA sing N N 419 ILE C O doub N N 420 ILE C OXT sing N N 421 ILE CB CG1 sing N N 422 ILE CB CG2 sing N N 423 ILE CB HB sing N N 424 ILE CG1 CD1 sing N N 425 ILE CG1 HG12 sing N N 426 ILE CG1 HG13 sing N N 427 ILE CG2 HG21 sing N N 428 ILE CG2 HG22 sing N N 429 ILE CG2 HG23 sing N N 430 ILE CD1 HD11 sing N N 431 ILE CD1 HD12 sing N N 432 ILE CD1 HD13 sing N N 433 ILE OXT HXT sing N N 434 LEU N CA sing N N 435 LEU N H sing N N 436 LEU N H2 sing N N 437 LEU CA C sing N N 438 LEU CA CB sing N N 439 LEU CA HA sing N N 440 LEU C O doub N N 441 LEU C OXT sing N N 442 LEU CB CG sing N N 443 LEU CB HB2 sing N N 444 LEU CB HB3 sing N N 445 LEU CG CD1 sing N N 446 LEU CG CD2 sing N N 447 LEU CG HG sing N N 448 LEU CD1 HD11 sing N N 449 LEU CD1 HD12 sing N N 450 LEU CD1 HD13 sing N N 451 LEU CD2 HD21 sing N N 452 LEU CD2 HD22 sing N N 453 LEU CD2 HD23 sing N N 454 LEU OXT HXT sing N N 455 LYS N CA sing N N 456 LYS N H sing N N 457 LYS N H2 sing N N 458 LYS CA C sing N N 459 LYS CA CB sing N N 460 LYS CA HA sing N N 461 LYS C O doub N N 462 LYS C OXT sing N N 463 LYS CB CG sing N N 464 LYS CB HB2 sing N N 465 LYS CB HB3 sing N N 466 LYS CG CD sing N N 467 LYS CG HG2 sing N N 468 LYS CG HG3 sing N N 469 LYS CD CE sing N N 470 LYS CD HD2 sing N N 471 LYS CD HD3 sing N N 472 LYS CE NZ sing N N 473 LYS CE HE2 sing N N 474 LYS CE HE3 sing N N 475 LYS NZ HZ1 sing N N 476 LYS NZ HZ2 sing N N 477 LYS NZ HZ3 sing N N 478 LYS OXT HXT sing N N 479 MET N CA sing N N 480 MET N H sing N N 481 MET N H2 sing N N 482 MET CA C sing N N 483 MET CA CB sing N N 484 MET CA HA sing N N 485 MET C O doub N N 486 MET C OXT sing N N 487 MET CB CG sing N N 488 MET CB HB2 sing N N 489 MET CB HB3 sing N N 490 MET CG SD sing N N 491 MET CG HG2 sing N N 492 MET CG HG3 sing N N 493 MET SD CE sing N N 494 MET CE HE1 sing N N 495 MET CE HE2 sing N N 496 MET CE HE3 sing N N 497 MET OXT HXT sing N N 498 PHE N CA sing N N 499 PHE N H sing N N 500 PHE N H2 sing N N 501 PHE CA C sing N N 502 PHE CA CB sing N N 503 PHE CA HA sing N N 504 PHE C O doub N N 505 PHE C OXT sing N N 506 PHE CB CG sing N N 507 PHE CB HB2 sing N N 508 PHE CB HB3 sing N N 509 PHE CG CD1 doub Y N 510 PHE CG CD2 sing Y N 511 PHE CD1 CE1 sing Y N 512 PHE CD1 HD1 sing N N 513 PHE CD2 CE2 doub Y N 514 PHE CD2 HD2 sing N N 515 PHE CE1 CZ doub Y N 516 PHE CE1 HE1 sing N N 517 PHE CE2 CZ sing Y N 518 PHE CE2 HE2 sing N N 519 PHE CZ HZ sing N N 520 PHE OXT HXT sing N N 521 PRO N CA sing N N 522 PRO N CD sing N N 523 PRO N H sing N N 524 PRO CA C sing N N 525 PRO CA CB sing N N 526 PRO CA HA sing N N 527 PRO C O doub N N 528 PRO C OXT sing N N 529 PRO CB CG sing N N 530 PRO CB HB2 sing N N 531 PRO CB HB3 sing N N 532 PRO CG CD sing N N 533 PRO CG HG2 sing N N 534 PRO CG HG3 sing N N 535 PRO CD HD2 sing N N 536 PRO CD HD3 sing N N 537 PRO OXT HXT sing N N 538 SER N CA sing N N 539 SER N H sing N N 540 SER N H2 sing N N 541 SER CA C sing N N 542 SER CA CB sing N N 543 SER CA HA sing N N 544 SER C O doub N N 545 SER C OXT sing N N 546 SER CB OG sing N N 547 SER CB HB2 sing N N 548 SER CB HB3 sing N N 549 SER OG HG sing N N 550 SER OXT HXT sing N N 551 THR N CA sing N N 552 THR N H sing N N 553 THR N H2 sing N N 554 THR CA C 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T 41 ? B 31 ? T 40 ? 1 B DA 108 1_555 E DT 104 1_555 B DG 109 1_555 E DC 103 1_555 0.447 0.031 3.058 -7.121 6.761 32.374 -0.956 -1.833 2.847 11.792 12.420 33.793 2 BB_DA31DG32:DC39DT40_TT B 31 ? T 40 ? B 32 ? T 39 ? 1 B DG 109 1_555 E DC 103 1_555 B DA 110 1_555 E DT 102 1_555 -0.290 -0.544 3.474 0.978 2.094 41.150 -1.011 0.523 3.436 2.976 -1.390 41.212 3 BB_DG32DA33:DT38DC39_TT B 32 ? T 39 ? B 33 ? T 38 ? 1 B DA 110 1_555 E DT 102 1_555 B DG 111 1_555 E DC 101 1_555 0.515 -0.500 3.390 -3.933 3.137 31.313 -1.504 -1.680 3.239 5.766 7.228 31.704 4 BB_DA33DG34:DC37DT38_TT B 33 ? T 38 ? B 34 ? T 37 ? 1 B DG 111 1_555 E DC 101 1_555 B DT 112 1_555 E DA 100 1_555 -1.019 -0.519 3.426 0.908 -0.910 31.647 -0.775 2.041 3.410 -1.668 -1.664 31.672 5 BB_DG34DT35:DA36DC37_TT B 34 ? T 37 ? B 35 ? T 36 ? 1 B DT 112 1_555 E DA 100 1_555 B DC 113 1_555 E DG 99 1_555 0.388 -0.450 3.399 -0.606 2.575 31.666 -1.309 -0.823 3.345 4.709 1.108 31.773 6 BB_DT35DC36:DG35DA36_TT B 35 ? T 36 ? B 36 ? 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