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EMDB EMD-47472 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2025-03-26 _pdbx_audit_revision_history.part_number ? # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _database_PDB_caveat.id _database_PDB_caveat.text 1 ;Residues LYS 4 834 and ASP 4 835 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 2.95. ; 2 ;Residues THR 5 347 and PHE 5 348 are linked together in the model; however, there are residues between them in the deposited polymeric sequence. ; 3 ;Residues GLU 5 636 and GLU 5 638 are linked together in the model; however, there are residues between them in the deposited polymeric sequence ; # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9E2Y _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-10-23 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Cryo-EM structure of yeast CMG helicase stalled at G4-containing DNA template, state 3' EMD-47472 'associated EM volume' EMDB . 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_citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 387 _citation.language ? _citation.page_first eadt1978 _citation.page_last eadt1978 _citation.title 'G-quadruplex-stalled eukaryotic replisome structure reveals helical inchworm DNA translocation.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/science.adt1978 _citation.pdbx_database_id_PubMed 40048517 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Batra, S.' 1 0000-0003-4210-3991 primary 'Allwein, B.' 2 0000-0002-8756-4786 primary 'Kumar, C.' 3 ? primary 'Devbhandari, S.' 4 ? primary 'Bruning, J.G.' 5 0000-0003-2662-5810 primary 'Bahng, S.' 6 ? primary 'Lee, C.M.' 7 0009-0009-3278-2979 primary 'Marians, K.J.' 8 ? primary 'Hite, R.K.' 9 0000-0003-0496-0669 primary 'Remus, D.' 10 0000-0002-5155-181X # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method 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;MDINIDDILAELDKETTAVDSTKITQGSSSTTHRDANTIVGSSLDLNDKTQIYVSPQQDFSDLMKSWKNERCSPELLPYP HQLMKRLLNRISMQSQLIENISMGFLDMQNASNANPPMPNESKLPLLCMETELERLKFVIRSYIRCRLSKIDKFSLYLRQ LNEDENSLISLTDLLSKDEIKYHDTHSLIWLKLVNDSILKYMPEELQAINDTEGSVNMIDEPDWNKFVFIHVNGPPDGKW NEDPLLQENEFGKPCYTVTIPDLKEEVELTIGSIYVMRYEVIRDLLRDDKVALI ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MYYGISQFSEAYNKILRNSSSHSSCQLVIFVSCLNIDALCATKMLSLLFKKQLVQSQIVPIFGYSELRRHYSQLDDNINS LLLVGFGGVIDLEAFLEIDPQEYVIDTDEKSGEQSFRRDIYVLDAHRPWNLDNIFGSQIIQCFDDGTVDDTLGEQKEAYY KLLELDEESGDDELSGDENDNNGGDDEATDADEVTDEDEEDEDETISNKRGNSSIGPNDLSKRKQRKKQIHEYEGVLEEY YSQGTTVVNSISAQIYSLLSAIGETNLSNLWLNILGTTSLDIAYAQVYNRLYPLLQDEVKRLTPSSRNSVKTPDTLTLNI QPDYYLFLLRHSSLYDSFYYSNYVNAKLSLWNENGKKRLHKMFARMGIPLSTAQETWLYMDHSIKRELGIIFDKNLDRYG LQDIIRDGFVRTLGYRGSISASEFVEALTALLEVGNSTDKDSVKINNDNNDDTDGEEEEDNSAQKLTNLRKRWVSNFWLS WDALDDRKVELLNRGIQLAQDLQRAIFNTGVAILEKKLIKHLRIYRLCVLQDGPDLDLYRNPLTLLRLGNWLIECCAESE DKQLLPMVLASIDENTDTYLVAGLTPRYPRGLDTIHTKKPILNNFSMAFQQITAETDAKVRIDNFESSIIEIRREDLSPF LEKLTLSGLL ; 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'Saccharomyces cerevisiae W303' 580240 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 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? -58.81 172.29 # loop_ _pdbx_validate_planes.id _pdbx_validate_planes.PDB_model_num _pdbx_validate_planes.auth_comp_id _pdbx_validate_planes.auth_asym_id _pdbx_validate_planes.auth_seq_id _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code _pdbx_validate_planes.label_alt_id _pdbx_validate_planes.rmsd _pdbx_validate_planes.type 1 1 ARG B 49 ? ? 0.219 'SIDE CHAIN' 2 1 ARG B 124 ? ? 0.165 'SIDE CHAIN' 3 1 ARG E 17 ? ? 0.240 'SIDE CHAIN' 4 1 ARG E 494 ? ? 0.230 'SIDE CHAIN' 5 1 ARG E 621 ? ? 0.242 'SIDE CHAIN' 6 1 ARG 2 230 ? ? 0.212 'SIDE CHAIN' 7 1 ARG 2 482 ? ? 0.153 'SIDE CHAIN' 8 1 ARG 2 489 ? ? 0.112 'SIDE CHAIN' 9 1 ARG 2 491 ? ? 0.249 'SIDE CHAIN' 10 1 ARG 2 581 ? ? 0.175 'SIDE CHAIN' 11 1 ARG 2 771 ? ? 0.269 'SIDE CHAIN' 12 1 ARG 2 788 ? ? 0.077 'SIDE CHAIN' 13 1 ARG 3 26 ? ? 0.117 'SIDE CHAIN' 14 1 ARG 3 27 ? ? 0.118 'SIDE CHAIN' 15 1 ARG 3 455 ? ? 0.190 'SIDE CHAIN' 16 1 ARG 4 587 ? ? 0.141 'SIDE CHAIN' 17 1 ARG 4 668 ? ? 0.107 'SIDE CHAIN' 18 1 ARG 4 830 ? ? 0.236 'SIDE CHAIN' 19 1 ARG 5 39 ? 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_em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name Other _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9E2Y _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 81996 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.6 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Yeast CMG-CTM G4 stall state 3' _em_entity_assembly.details 'Yeast CMG stalled at G4, state 3 (lacking most of the fork protection complex Tof1-Csm3)' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 8,9,10,11,12,13,1,2,3,4,5,6,7,14 # _em_imaging.entry_id 9E2Y _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 1800 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 29000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9E2Y _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details 'Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0' # _em_experiment.entry_id 9E2Y _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9E2Y _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A LEU 107 ? A LEU 107 2 1 Y 1 A ASP 108 ? A ASP 108 3 1 Y 1 A LEU 109 ? A LEU 109 4 1 Y 1 A MET 110 ? A MET 110 5 1 Y 1 A SER 111 ? A SER 111 6 1 Y 1 A SER 112 ? A SER 112 7 1 Y 1 A ILE 113 ? A ILE 113 8 1 Y 1 A THR 114 ? A THR 114 9 1 Y 1 A PHE 115 ? A PHE 115 10 1 Y 1 A SER 116 ? A SER 116 11 1 Y 1 A GLN 117 ? A GLN 117 12 1 Y 1 A GLN 118 ? A GLN 118 13 1 Y 1 B ILE 37 ? B ILE 37 14 1 Y 1 B ARG 38 ? B ARG 38 15 1 Y 1 B GLY 39 ? B GLY 39 16 1 Y 1 B ASP 40 ? B ASP 40 17 1 Y 1 B ASP 41 ? B ASP 41 18 1 Y 1 B ARG 42 ? B ARG 42 19 1 Y 1 B GLY 43 ? B GLY 43 20 1 Y 1 B THR 44 ? B THR 44 21 1 Y 1 B GLY 45 ? B GLY 45 22 1 Y 1 B ASN 46 ? B ASN 46 23 1 Y 1 B HIS 47 ? B HIS 47 24 1 Y 1 B THR 201 ? B THR 201 25 1 Y 1 B ALA 202 ? B ALA 202 26 1 Y 1 B GLY 203 ? B GLY 203 27 1 Y 1 B THR 204 ? B THR 204 28 1 Y 1 B GLU 205 ? B GLU 205 29 1 Y 1 B ASN 206 ? B ASN 206 30 1 Y 1 B ASP 207 ? B ASP 207 31 1 Y 1 B GLU 208 ? B GLU 208 32 1 Y 1 B GLU 209 ? B GLU 209 33 1 Y 1 B GLU 210 ? B GLU 210 34 1 Y 1 B PHE 211 ? B PHE 211 35 1 Y 1 B ASN 212 ? B ASN 212 36 1 Y 1 B ILE 213 ? B ILE 213 37 1 Y 1 C MET -22 ? C MET 1 38 1 Y 1 C GLY -21 ? C GLY 2 39 1 Y 1 C SER -20 ? C SER 3 40 1 Y 1 C SER -19 ? C SER 4 41 1 Y 1 C HIS -18 ? C HIS 5 42 1 Y 1 C HIS -17 ? C HIS 6 43 1 Y 1 C HIS -16 ? C HIS 7 44 1 Y 1 C HIS -15 ? C HIS 8 45 1 Y 1 C HIS -14 ? C HIS 9 46 1 Y 1 C HIS -13 ? C HIS 10 47 1 Y 1 C SER -12 ? C SER 11 48 1 Y 1 C SER -11 ? C SER 12 49 1 Y 1 C GLY -10 ? C GLY 13 50 1 Y 1 C LEU -9 ? C LEU 14 51 1 Y 1 C VAL -8 ? C VAL 15 52 1 Y 1 C PRO -7 ? C PRO 16 53 1 Y 1 C ARG -6 ? C ARG 17 54 1 Y 1 C GLY -5 ? C GLY 18 55 1 Y 1 C SER -4 ? C SER 19 56 1 Y 1 C HIS -3 ? C HIS 20 57 1 Y 1 C MET -2 ? C MET 21 58 1 Y 1 C ALA -1 ? C ALA 22 59 1 Y 1 C SER 0 ? C SER 23 60 1 Y 1 C MET 1 ? C MET 24 61 1 Y 1 C GLY 59 ? C GLY 82 62 1 Y 1 C ASP 60 ? C ASP 83 63 1 Y 1 C GLU 61 ? C GLU 84 64 1 Y 1 C ALA 62 ? C ALA 85 65 1 Y 1 C LEU 63 ? C LEU 86 66 1 Y 1 C VAL 64 ? C VAL 87 67 1 Y 1 C ASP 65 ? C ASP 88 68 1 Y 1 C GLU 66 ? C GLU 89 69 1 Y 1 C GLU 67 ? C GLU 90 70 1 Y 1 C ASP 149 ? C ASP 172 71 1 Y 1 C SER 150 ? C SER 173 72 1 Y 1 C THR 151 ? C THR 174 73 1 Y 1 C GLY 152 ? C GLY 175 74 1 Y 1 C LYS 153 ? C LYS 176 75 1 Y 1 C ASN 154 ? C ASN 177 76 1 Y 1 C SER 155 ? C SER 178 77 1 Y 1 C ALA 156 ? C ALA 179 78 1 Y 1 C ASN 157 ? C ASN 180 79 1 Y 1 C THR 158 ? C THR 181 80 1 Y 1 D MET 1 ? D MET 1 81 1 Y 1 D ASP 2 ? D ASP 2 82 1 Y 1 D ILE 3 ? D ILE 3 83 1 Y 1 D ASN 4 ? D ASN 4 84 1 Y 1 D ILE 5 ? D ILE 5 85 1 Y 1 D ASP 6 ? D ASP 6 86 1 Y 1 D ASP 7 ? D ASP 7 87 1 Y 1 D ILE 8 ? D ILE 8 88 1 Y 1 D LEU 9 ? D LEU 9 89 1 Y 1 D ALA 10 ? D ALA 10 90 1 Y 1 D GLU 11 ? D GLU 11 91 1 Y 1 D LEU 12 ? D LEU 12 92 1 Y 1 D ASP 13 ? D ASP 13 93 1 Y 1 D LYS 14 ? D LYS 14 94 1 Y 1 D GLU 15 ? D GLU 15 95 1 Y 1 D THR 16 ? D THR 16 96 1 Y 1 D THR 17 ? D THR 17 97 1 Y 1 D ALA 18 ? D ALA 18 98 1 Y 1 D VAL 19 ? D VAL 19 99 1 Y 1 D ASP 20 ? D ASP 20 100 1 Y 1 D SER 21 ? D SER 21 101 1 Y 1 D THR 22 ? D THR 22 102 1 Y 1 D LYS 23 ? 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